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摄论师则主张黎耶依持说，认为现象法生成的根源在于第八阿赖耶识，此识是无记无明识，摄藏生死流转法的种子，起现生死流转法。此外，阿赖耶识中亦寄藏正闻熏习所生的清净无漏种，转识成智后，无漏种现行而起现清净还灭法。摄论师安立第九阿摩罗识，并认为此识是清净心（或法性），是转识成智后所显的道后真如。摄论师的解脱过程，就体现为转灭无明识以及阿赖耶识而生起清净有为法，证得道后真如。按智者的说法，这也是缘理断九，断生死而得涅槃，而不知圆教不思议中道实相理。
地论师、摄论师虽然在现象法生成的根源上有不同的主张，但却有着共同的特点，即都有性执之偏见，执一心法缘生三千法，不能体会到一念三千不思议之境。所以在法性与无明的问题上，割裂了法性与无明之间同体相即之圆融关系。在解脱问题上，二师都不能体现生死即涅槃的圆融旨趣。智者大师在《摩诃止观》中对二师批评道：
若从地师，则心具一切法；若从摄师，则缘具一切法；
此两师各据一边。若法性生一切法者，法性非心非缘，非
心故而心生一切法者，非缘故亦应缘生一切法，何得独言
法性是真妄依持耶？若言法性非依持，黎耶是依持，离法
性外别有黎耶依持，则不关法性；若法性不离黎耶，黎耶
依持，即是法性依持，何得独言黎耶是依持？
智者本着“若得此意（作者注：指一念三千不思议境），俱不可说，俱可说。若随便宜，应言无明法性生一切法”的宗旨，对二师之说的错误进行了纠正。他认为，黎耶依持即是法性依持，黎耶即无明心，无明心无自性当体即法性，黎耶与法性同体相即，不可割裂为二。黎耶依持维持着现象界的存在，法性依持则维持着涅槃界的实在。前者可称为无明心摄持的存在，也即虚幻的假名世界，后者则可称为清净心摄持的存在，也即实相涅槃之境。虚幻假名与涅槃境界，关联着众生与佛的迷悟之别。众生迷执故有无明心；佛断无明，解心无染故是清净心。无明心即具三干法，此称为迷染三千；清净心亦即具三千法，此称为觉了三千。迷悟有别而三千法不异。也就是说，无明心与清净心所涉指的理境是同一的，但开显的意义是不同的。无明心与清净心都不是实体，而是境界化的无明心与清净心。在此，智者采用和合的模式将无明心与清净心（法性）统合成一念心，而不再是指割裂为二的单独的无明心或单独的清净心。智者由此就将生死世间与涅槃境界统合于众生一念心中，认为一念心妄，则涅槃即生死；一念心净，则生死即涅槃，从而彻底地弥合了世间与出世间，相对与绝对之间的界限，实现了生死与涅槃圆融不二。
四、不纵不横的涅槃三德
天台宗认为，由“一念三干”开出的不思议的涅槃境界，是由法身、般若、解脱三德共同构成。所谓的法身，是指佛所证显之实相理境，是规范众生成佛的一个目的性概念。智者大师对法身概念解释道：“法者法名可轨，诸佛可轨之而得成佛。故经言诸佛所师所谓法也。身者聚也，一法具一切法无有缺减，故名为身。”山法者诸佛所轨名之法，它是成佛的理则，此理则并非抽象的概念，而是具有常乐我净不迁不变之性，所以是一种绝对，是宇宙的本体，又称法性。法身者，乃是以宇宙间一切法（三千法）而为身，“一法具一切法无有缺减”，就是说，法身是即具着一切相对法而为绝对，法身是诸法之真实体性，从相对的角度看是渚法，从绝对的角度看，则是法身。法性与法身，虽同是指向绝对的宇宙本体，但所表达的侧重点不同。法性是就客观的法理而说的宇宙本体，而法身则是侧重于主观实践地开显意义上的宇宙本体，二者之间是隐与显的关系，如智者说：“诸佛果智冥于法性，法性得显名为法身。”所谓的般若德，也就是体证本体的直觉智慧，它使众生自身成为觉者（佛），主体在成为佛的同时，也使一切法超升为本体界的存在，也即将一切相对的存在点化成绝对，如智者说：“般若者，觉了诸法集散非集非散，即是觉了三谛之法。”所谓的解脱德，即是“于渚法无染无住名为解脱”。这是圣者体证绝对后，于相对的世界无所染执的心灵境界。天台宗认为，涅槃三德即三而一，即一而三，“虽有三名而无三体”，三德相冥，共成一不思议法界。
三德之中，不仅法身德具足诸法而成一宇宙大全（绝对），而且般若德、解脱德亦具足诸法。智者说：“云何为德？一一法皆具足常乐我净名为德。”这就是说，般若德、解脱德皆是具足三千法而为般若、解脱。三千法的整体构成法身，般若、解脱则是即于三千法整体而为般若、解脱。若结合体用关系来讲，法身是体，般若、解脱是用。智者曾讲“实相是体，智即是用”，此即以法身为体，般若是用，而解脱是智满常照，随机即应，体缚即脱，故亦当属用。灌顶则以体、宗、用来概括涅槃三德，“法身德摄一切法，不纵不横，以当其体；般若摄一切法，以当其宗；解脱摄一切法，如三点伊，以当其用”。宗者，修行之要。以般若为宗，即以般若智为因地修行之功，以显法身本体。用者，依法身本体，体缚即脱，调伏众生。宗、用，皆以法身体为体，离体则无宗、用，而体中又具宗、用。体、宗、用皆摄一切法，并非独头三德。灌顶这种说法与智者不异。
涅槃三德虽分为三，其实是一整体。法性是在迷染三千中，就客观的理上而说的宇宙本体，般若、解脱只是潜在地具于法性整体之中（此即体中含用）。也就是说，法性是从客观的理上说具有般若、解脱二德，而并非是主观的实践中的具。法身则是侧重于指称主观实践地开显意义上的宇宙本体，“诸佛果智冥于法性，法性得显名为法身”。法身的开显，须藉般若、解脱。故法身的开显，同时就意味着般若、解脱的显现。所以单说法身德之时，必然含带般若、解脱二德（此亦即体中含用）。从客观的理上说的法性及其所潜具之般若、解脱，称为性德三轨。而从主观的实践的开显意义上说的法身及其所具之般若、解脱二德，可称为修德三轨。性德三轨是就迷染之中本具三德，修德三轨是就悟净之中修显三德。迷悟不同，而三德不异。
由此可见，在天台宗那里，法身、般若、解脱，并非孤调的涅槃三德，而是即具着三千法而为涅槃三德，“一一法皆常乐我净名之为德，，。此即是说，成佛不断九界，必即具着九界而同登涅槃之境，“毗卢遮那遍一切处，一切诸法皆是佛法”。若结合一念三千来说，“一念心即如来藏理”，即是就迷就事而说的涅槃三德。智者讲一念心即如来藏理，如故即空，藏故即假，理故即中。理者，即理即佛，理即涅槃。理故即中，中即即二边（不离空、假）之圆中。一念心即如来藏理，是就客观的理上讲，一念心即佛，即是涅槃。然并未主观实践地呈现之。而涅槃三德则侧重于讲主观实践地呈现出来的终极佛果涅槃。不论是就理上说的如来藏，还是就实践的终极境界，都即具三千法。如来藏具足三千，三德涅槃也具足三千，而三千法是同一个三千法，并非存在着两个三千法。也就是说，如来藏与三德涅槃所涉指的理境是同一的，而开显的意义不同。如来藏具足的三千，是指迷染三千；三德涅槃具足的三千，则是觉了三千。佛果三德涅槃，乃是在迷染三千中当下转迷成悟，解心无染，而不断断地开显出的无执的存有。而前者由于是迷染中的三千，故可称为执的存有。两重存有皆是在一念心中同体来回地相即（法性即无明，无明即法性），体现了天台宗生死即涅槃的不断断的圆具思想。然三德涅槃作为佛果，是指主观实践地开显而言，如果从客观的理上讲，三德涅槃并不局于佛果，众生一念心即如来藏，如来藏即空即假即中，“涅槃三德为秘密藏”，故众生本具涅槃三德。众生本具涅槃三德，即迷中三德，称理即佛，理即涅槃。
天台宗还讲十种三法，认为十种三法摄尽一切法。这十种三法是：三道、三识、三佛性、三般若、三菩提、三大乘、三身、三宝、三德秘密藏。其中，三道即苦烦恼业道，代表着无明生死迷染三千，而涅槃三德则代表着涅槃法觉了三千。智者认为十种三法，任何一种皆具九法门，九法门名称的安立，是适应不同的时机。三道是对应迷染众生而言，三德是对应觉佛而言。三道与三德本质无异。天台讲无住本立一切法，无明立一切法，即顺推地立一切法；法性立一切法，则是逆推地立一切法。此即十种三法的“逆顺两番生起”，具体表现是：“夫三德者名秘密藏，秘密藏显由于三宝，三宝由三涅槃，三涅槃由三身，三身由三大乘，三大乘由三菩提，三菩提由三般若，三般若由三佛性，三佛性由三识，三识由三道。此从法性立一切法也。”“从无明为本立一切法者，一切众生无不具于十二因缘三道迷惑，翻惑生解即成三识，从识立因即成三佛性，从因起智即成三般若，从智起行即成三菩提，从行进趣即成三大乘，乘办智德即成三身，身办断德即成三涅槃，涅槃办恩德得物即成三宝，究竟寂灭人于三德即成秘密藏也。”此逆顺两番生起，并不表示时间上的生起顺序，毋宁说是逻辑上的设定。因无明即法性，法性即无明，无明生诸法，即是法性生诸法。两番生起，意在表明无明与法性的同体依即。作为无明生死法之始的三道，与作为涅槃法之终的三德秘密藏，理境相同，事体有异。理境上相同，故三道即三德，生死身为法身，无明爱取为般若，行有及五无间皆解脱相，三道体之即真常乐我净。事体有异，故三道乃迷染之三千，三德则是觉了之三千，三道与三德乃是约迷悟而言。
天台宗的涅槃三德思想显然不同于其他宗派。智者认为，小乘教修禅定，人灭定有身无智，罗汉在无色界有智而无身，若入无余但有孤调解脱，此则三德不相关，并之则横。另，小乘教涅槃的过程，是先有相好之身，次得种种智般若，后灭身智方具解脱，此则三德成纵。总的说来，小乘涅槃是灰身灭智无体之解脱，三德终归断灭，生死与涅槃为二。摄论师则认为，法身清净众生本有，此即自性清净涅槃，但般若、解脱则是当有，须缘修方有；法身作为自性！清净涅槃，具常乐我净四德，而般若、解脱只具乐净二德。因此，摄论师获得涅槃的过程，就体现为断舍无明杂染法，而缘修般若、解脱无漏法。法身是先天的无为法，般若、解脱二德成后天的有为法。无为与有为不一，涅槃三德整体就被割裂为二。众生虽具法身，但不必然具有达到涅槃的能力（因无漏正智乃正闻熏习所生），故五姓分家，阐提不成佛。此则，涅槃三德纵而不圆，生死与涅槃截然为二。地论师主张真心为法性涅槃体，般若、解脱是真心体上所�