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各族人民的反抗斗争 从攻南宋以来，连年战争，加以宫廷廪禄、宗藩岁赐，都需要巨额经费来支持。忽必烈急于解决国用不足的问题，因而日益信用以“理财助国”邀宠的大臣阿合马、卢世荣、桑哥等人主持国政。至元七年至九年、二十四年至二十八年间，两次设尚书省综理财用。尚书省的理财政策主要包括：增加税收、兴铁冶、铸农器官卖、“括勘”（追还被私人、寺院夺占的南宋公田，起征田赋）、“理算”（追征各地历年积欠的钱粮）、变更钞法等，使国家的收入显著增加。但由于吏治腐败，专注搜刮，流于横征暴敛，成为阻碍社会经济发展的重要原因之一。同时，为了对外战争，打造东征海船，沿海和江南地区徭役征发日益加重。人民不堪沉重的封建剥削与压迫，纷纷起义。至元二十年，江南各族人民起义凡两百余起，二十六年更增至四百余起。在这前后，爆发了广州欧南喜、黎德和福建黄华、钟明亮等人领导的几次规模较大的起义。
与北方诸王之战 至元初年，忽必烈巩固对中原汉地的统治后，立即着手恢复大汗对西道诸王的政治控制。他诏令窝阔台后王海都入觐，把察合台系诸王八剌从朝廷派回察合台兀鲁思，控制当地局势。海都拒不入朝，至元五年，在按台山挑起兵端。返回中亚夺得察合台兀鲁思汗位的八剌也为争夺斡端（新疆和田）与元朝开战。六年，海都、八剌和术赤后王忙哥帖木儿在答剌速河谷举行忽里台，划分各自在中亚草原的势力范围及河中农耕区的财赋收入，联合反对大汗和伊利汗阿八哈。至元八年，忽必烈命皇子北平王那木罕出镇阿力麻里。此后，元政府采取置驿、遣使安抚、设畏兀儿断事官等措施，不断加强对天山南北的统治，企图相机西进。十三年，那木罕所部宗王昔里吉（蒙哥子）等叛，械系那木罕与安童，逾按台山占领吉利吉思，并于次年分道东进。八月，伯颜率元军破昔里吉于鄂尔浑河。战事延续五年之久，元军虽收复岭北，海都在畏兀儿之西的势力却迅速发展起来。二十二年，海都拥立的察合台兀鲁思汗笃哇（八剌子）围畏兀儿都城火州，大掠后退兵，以后又连续进犯畏兀儿地区。二十四年，东道诸王以斡赤斤后王乃颜为首，又在辽东叛乱。忽必烈亲征，败叛军主力，擒乃颜。次年，诸王合丹等复叛，被元军击溃东逃，数年后败亡。二十五年，海都、笃哇举兵东犯，二十六年春，掠称海，至杭海山，击败镇边宗王那木罕以及甘麻剌（忽必烈孙），进据和林。忽必烈最后一次率军亲征，复和林，留伯颜镇守。至元之末，元政府已明显地收缩了天山南部的防线，而在岭北却顺利地将海都逐过按台山，牢固地掌握了祖宗“肇基之地”。
至元三十一年正月，忽必烈在大都去世，庙号世祖。皇太子真金先死，其子铁穆耳受皇太子宝，抚军于漠北，闻报赶回上都，大会诸王宗亲，四月即位，是为成宗。元贞二年（1296）秋，西北诸王药木忽儿（阿里不哥子）、兀鲁思不花（蒙哥孙）粮匮厌乱，归投元廷。成宗得讯，遣土土哈载粮西迎。从大德元年（1297）至四年，元军与海都、笃哇在北边屡次交锋。五年，海都、笃哇东逾按台山，下营于铁坚古山。皇侄海山与大将床兀儿、晋王甘麻剌、太师月赤察儿合力苦战。海都先胜后败，受伤后与笃哇退出岭北，在这年秋冬之间病死。
成宗“守成” 元成宗铁穆耳称帝前长年在北边带兵，即位五年多，对六部官员尚“未知其人为谁”。但他委政于世祖旧臣完泽、不忽木、哈剌哈孙等人，罢征日本、安南之役，内政以奉行忽必烈成规为务，国家相对安定，因而被称为守成之君。这时对诸王宗亲的赐予为数日巨，一年修佛事五百余次，加上战争开支，国用匮乏，岁入不足，一再借支钞本，财政方面始终未摆脱慢性危机。大德五年，元廷派刘深出侵西南八百媳妇（今泰国北部等地）。元军沿途骚扰，道出顺元（今贵州贵阳），向当地少数民族征发丁役、勒索金钱和马匹。土官宋隆济和女土官蛇节举兵围刘深于穷谷，云南行省东部人民皆起而响应。十一月，诏刘国杰往镇。七年春，蛇节、宋隆济先后被俘杀，南征之师亦罢。
大德七年，笃哇和海都之子、窝阔台兀鲁思汗察八儿遣使请息兵，“通一家之好”。八年，元廷与笃哇、察八儿约和，各遣使臣偕往伊利汗朝宣谕和平。大汗虽完整地保有岭北行省，但被迫承认了察合台兀鲁思控制哈密力（哈密）以西地区的事实。此后除延祐年间曾与察合台兀鲁思发生一次战争外，终元之世，西北边地大体上安定无事。
“武仁授受”与南坡之变 成宗晚年连年患病，皇后卜鲁罕掌权。大德十一年初成宗卒，因皇太子早死无后，卜鲁罕与左丞相阿忽台等人相结，图谋立镇守河西、拥兵十五万的安西王阿难答为帝，定于三月三日举事。右丞相哈剌哈孙则秘密遣使北迎出镇朔漠的怀宁王海山，南迎被卜鲁罕排挤出京的海山母弟爱育黎拔力八达。爱育黎拔力八达母子先至大都，立即派李孟与哈剌哈孙秘密定议。三月二日，爱育黎拔力八达率卫士入宫，诱执阿难答，诛阿忽台等，奉御玺北迎海山。五月，海山至上都，大会诸王，处死卜鲁罕、阿难答，即帝位，是为武宗。次月，下诏立爱育黎拔力八达为皇太子。海山长年抚军北方，昧于政事，即位后斥去世祖旧臣哈剌哈孙，对中书省进行大改组，几乎全部改任自己的亲信，政令失当，朝政紊乱。国家的用人制度和财政制度都被破坏。即位仅三个月，近臣获得高官厚禄的约达九百人。为广示恩宠，“遥授”职衔，名爵冒滥，冗员充斥。世祖时枢密大臣六员，这时增至三十二员。滥赏泛赐和建寺修佛事比前代更加没有节制。残酷的剥削加上连年天灾，农民破产流亡，仅江浙一省流民已达一百三十多万。为弥补国家财政亏空，至大二年（1309），诏乞台普济、乐实、三宝奴等立尚书省敛财，变更钞法；税课以大德末旧额为率，增收三成以上。
至大四年正月，武宗卒。爱育黎拔力八达由东宫入总大政，罢尚书省，杀乐实、三宝奴。五月，即位于大都，是为仁宗。他受教于名士李孟十余年，受汉文化影响较深，积极采取措施，力图改革朝政和吏治，如：严禁近侍擅传圣旨；由朝廷派官任投下份地达鲁花赤，降诸王投下所任命者为副达鲁花赤；规定吏员入官只能升至从七品，并于皇庆二年（1313）下诏，恢复自宋亡以后中断了几十年的科举取士制度；延祐初，元廷还派人检括河南、江西、江浙等地漏隐田土，核实税入。但由于官吏奉行过当，延祐经理变成对百姓的巧取豪夺，江西受害尤甚。延祐二年（1315）四月，宁都蔡五九举众起义。元廷调两省兵力镇压，九月，蔡五九兵溃被杀。仁宗对母后答己奉命惟谨，答己得肆意干预朝政，擢升贪奸不法的私党铁木迭儿为中书省右丞相，势倾朝野。仁宗对宗戚勋旧过于软弱，在诸王压力下不断让步。他还背毁传位给武宗子嗣的誓约，诱逼武宗长子和世■出京就藩，在答己和铁木迭儿参与下立己子硕德八剌为皇太子，从而引起海山旧部和一部分反对政治改革的蒙古贵族的不满，也导致仁宗本人对答己及其党羽的妥协。由于这些原因，仁宗后期，改革实际上中止了。
延祐七年正月，仁宗卒。铁木迭儿先已罢职，答己下旨复任为中书右丞相，大肆更换省官，将私党调进中书省，矫命杀害仁宗时参劾过他的前中书平章萧拜住等人。三月，硕德八剌继帝位，即英宗。英宗刚毅而思有作为，答己当初以为他柔懦易制，所以立为皇太子，此时深为后悔。五月，答己幸臣失列门等谋废立事泄，英宗将他们尽加诛杀，以木华黎后裔拜住为中书左丞相。至治二年（1322）秋，铁木迭儿和答己相继病死。英宗摆脱掣肘，专任拜住，锐意于改革。朝廷召集有治国经验的退职老臣，优其禄秩，使议事中书；行助役法，民田百亩抽三，以岁入助役；正式颁行《大元通制》，督责各级官吏遵循国家的政制法规，改变政令不一、罪同罚异的混乱现象；裁罢冗职，节省浮费，减免赋役，以舒农力。这时，拜住揭发了铁木迭儿生前贪赃巨万的旧案，追夺其官爵封赠，籍其家。时铁木迭儿党羽御史大夫铁失兼典左、右阿速卫亲军，遂与心怀不满的蒙古宗戚密谋，欲刺杀英宗，并与抚军漠北的晋王也孙铁木儿（甘麻剌子）联络，相约事成后推他为帝。至治三年八月，英宗自上都南归，驻跸南坡（内蒙古正蓝旗东北）。铁失等以阿速卫为外应，入皇帝行帐，杀拜住，弑英宗，并于当夜驰回大都，收封省部印信，遣使奉玉玺至漠北晋王镇所。九月，也孙铁木儿在漠北即位，次年改元泰定，史称泰定帝。
两都之战和燕铁木儿专权 泰定帝在位五年。在他统治时期，元廷对贵族赐予益奢，兴役造作益多，国家财源已呈枯竭，吏治更加腐败。致和元年（1328）七月，他病死于上都。八月，留守大都的武宗亲信燕铁木儿（床兀儿子）凭借所掌怯薛发动兵变，控制大都，遣使迎武宗次子图帖睦尔入京。同月，梁王王禅（泰定帝侄）、丞相倒剌沙奉泰定帝年幼的皇太子阿剌吉八即位于上都，改元天顺，分诸道进攻大都。这时，图帖睦尔已从藩所江陵北上，武宗藩邸旧臣、河南平章政事蔑里乞氏伯颜邀截经河南北解的国赋以为军资，亲自带兵护送图帖睦尔至大都。九月，图帖睦尔即位于大都，改元天历，并宣布待长兄和世■归自北边将立即让位。而辽东、关陕、川蜀等地先后起兵响应上都。两都之战发展成为大规模内战。大都政权控制了财赋所从出的南方各省，实力占居优势。十月，大都所部军乘上都守备空虚，从辽东出兵，袭围之。倒剌沙以城降，被诛。阿剌吉八不知去向。王禅兵败被俘后赐死。图帖睦尔遣使迎异母兄和世■于北边。天历二年（1329）正月，和世■受朔漠诸王奉戴，在和林北即帝位，是为明宗，随即启程南返。三月，燕铁木儿奉玺北迎明宗。明宗虽宣布凡图帖睦尔所用百官并仍其旧，却擢拔不少亲信入省、院、台供职；他的从官中有些人对燕铁木儿“不为之礼”。这就使一心想专任独署的燕铁木儿深怀怨俱。八月，明宗和自大都出迎的图帖睦尔会于旺忽察都之地（今河北张北）。仅数日，明宗中毒暴死。燕铁木儿立即带着帝玺偕图帖睦尔急驰上都。八月中，图帖睦尔再次即皇帝位于上都，是为文宗。