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在三路北伐的同时，刘福通也开始出击。至正十八年五月，刘福通攻占汴梁，定为宋政权都城。这时，北方红巾军出现了鼎盛局面。但由于三路北伐相继失利，形势逆转。察罕帖木儿和孛罗帖木儿率领的两支元军，对宋政权的包围进一步紧缩。十九年八月，汴梁城破，刘福通保护韩林儿冲出重围，逃奔安丰。
至正二十三年二月，早已占领了壕州的张士诚，趁安丰空虚之机，遣其将吕珍进攻安丰。刘福通等顽强抵抗，小明王遣人向朱元璋求救，朱元璋率军救出小明王等，安置在滁州。二十六年十二月，朱元璋部将廖永忠迎归小明王至应天，途经瓜步，将其沉死。宋亡。
南方红巾军在元军高邮大败后，乘机吸收了一部分元军，壮大了自己的队伍。至正十五年正月，天完将倪文俊率领红巾军占领沔阳。十六年正月，天完政权据汉阳为都，以倪文俊为丞相，改元太平。十七年九月，倪文俊谋杀徐寿辉篡夺帝位没有成功，自汉阳逃奔黄州，被部将陈友谅杀死。陈友谅夺得军权后，把进攻重点放在东南，十八年正月，与巢湖水师赵普胜攻克安庆，乘胜连克江西、福建许多地区。陈友谅为篡夺天完帝位，于十九年九月先杀赵普胜，同年底，又逼徐寿辉徙都江州，伏杀其部属，自称汉王。二十年五月，陈友谅攻占太平，杀害徐寿辉，自称皇帝，国号大汉，改元大义。闰五月，陈友谅出兵集庆，企图一举消灭朱元璋，却在龙湾中伏大败而归。
陈友谅杀徐寿辉后，天完陇蜀省右丞明玉珍在四川重庆称陇蜀王，脱离陈友谅独立。至正二十二年三月建国大夏，改元天统，自称皇帝，占据全蜀，进兵云、贵，但在进攻盘踞于云南的元梁王时，不利而退。
张士诚在高邮转危为安后，至正十六年二月，攻克平江路（今江苏苏州），改平江路为隆平府。分兵克常州、松江、湖州、杭州。这时朱元璋的军队已克集庆，势力向东伸张，两军发生交战。十七年，朱元璋连克长兴、常州、泰兴、江阴、常熟等地，张士德也在常熟为朱元璋军擒获。张士诚投降元朝，被封为太尉。他在军事上继续与红巾军为敌，在政治经济上支持元朝统治，生活上腐朽堕落。趁宋政权三路北伐的时机，势力扩张到济宁、濠州一带。二十三年春出兵安丰，逐走小明王。九月自称吴王。
元末农民战争形势图
方国珍自至正八年至十四年六年间，曾三降元朝。十六年三月，又降元，官至江浙行省参知政事。十八年底，朱元璋的军队已经东下衢州、婺州，逼近方国珍割据的温、台、庆元诸路。次年，方国珍献温、台、庆元三郡之地于朱元璋，被授为福建行省平章政事。不久，又接受元江浙行省平章政事职，并于至正二十年至二十三年，每年派大批海船，运送张士诚的十余万石粮到元大都去。顺帝封他为江浙行省左丞相，赐爵衢国公。
垂死挣扎的元末统治集团 脱脱在高邮前线被贬后，元朝统治集团更加腐朽不堪，内部倾轧，军阀混战，终于到了不可收拾的地步。哈麻因阴荐西番僧“演揲儿”（意为“大喜乐”）法，深受元顺帝妥欢贴睦尔所宠，继任中书左丞相，弟雪雪拜御史大夫，妹婿秃鲁帖木儿亦受宠。顺帝终日过着荒淫无耻的生活，“怠于政事，荒于游宴”，国家大权尽归哈麻兄弟。哈麻、雪雪阴谋废顺帝，立皇太子爱猷识理达腊，并杀秃鲁帖木儿等。事泄，反被顺帝、秃鲁帖木儿定计杀掉。顺帝命搠思监为右丞相、太平为左丞相。皇太子生母奇皇后与爱猷识理达腊仍谋废立，令宦官朴不花与左丞相太平商议，太平不肯，于是宫廷内分为支持皇太子的搠思监、朴不花一派和支持顺帝的老的沙、秃鲁帖木儿一派。
元末农民起义爆发后，元军在起义军打击下土崩瓦解。但依靠地主武装起家的察罕帖木儿、答失八都鲁、李思齐、张良弼等逐渐崛起，形成了新的军阀集团。答失八都鲁在北方红巾军的打击下兵败病死，其子孛罗帖木儿继之；察罕帖木儿死后，其养子扩廓帖木儿继之。这四家军阀出于争权夺利，长期以来互相攻伐不已。皇太子为了控制朝政，以扩廓帖木儿为外援，老的沙等则依靠孛罗帖木儿来对抗。
至正二十四年，右丞相搠思监、朴不花指责孛罗帖木儿图谋不轨，于是就下诏削其官爵，解其兵权。孛罗帖木儿拒不从命。遣秃坚帖木儿出兵大都，顺帝不得已将搠思监、朴不花缚送给他，并复其官爵。皇太子很不甘心，命扩廓帖木儿出兵攻打孛罗帖木儿，孛罗帖木儿又出兵攻大都，皇太子战败，逃奔冀宁。孛罗帖木儿入大都，顺帝命孛罗为中书右丞相，节制天下军马，老的沙为平章政事，秃坚帖木儿为御史大夫。二十五年，皇太子下令扩廓帖木儿讨孛罗帖木儿，孛罗战败。七月，孛罗帖木儿被刺死于宫中，余党被杀。九月，皇太子和扩廓帖木儿入京，命扩廓帖木儿为中书左丞相。奇皇后要扩廓逼顺帝让位，扩廓不从，请求带兵外出。闰十月，顺帝封扩廓为河南王，代皇太子总制关、陕、晋、鲁诸道兵马，出征南方。但李思齐不服。二十七年，李思齐、张良弼、孔兴、脱列伯等结成联盟，与扩廓交战。十月，顺帝罢扩廓兵权，其原统军兵由白琐住、虎林赤、貊高等分别统率。另立抚军院，由皇太子总制天下兵马，专防扩廓。这时朱元璋即将北伐，元朝行将灭亡。
朱元璋领导的统一战争 至正十二年，定远富豪郭子兴于濠州（今安徽凤阳东北）起义。朱元璋原是郭子兴部亲兵，以战功升为总兵。郭死后，升任左副元帅。十五年，收降部分巢湖水师，渡长江东进。十六年，据集庆，宋政权任命他为江南行省左丞相。屡败陈友谅、张士诚，势力扩展至苏、浙、皖、赣。
至正二十三年，陈友谅特制数百艘“楼船”，兵号六十万，包围洪都（今江西南昌），守将朱文正率军死守八十五天。七月，朱元璋亲率二十万大军来救，陈友谅退至鄱阳湖迎战，这就是著名的鄱阳湖大战。陈友谅大败，中流矢死。二十四年正月，朱元璋称吴王。二月，朱元璋率水陆大军征武昌，陈友谅子陈理请降。汉亡。至正二十六年五月，朱元璋发布《平周檄》。这篇檄文虽然仍用大宋“皇帝圣旨”和“龙凤”年号，却完全站在地主阶级立场上污蔑红巾军。八月，朱元璋令徐达为大将军、常遇春为副将军，率军二十万攻张士诚。徐达等先后攻占湖州、杭州、绍兴、嘉兴等地，形成对平江的包围。十一月，开始围攻平江，四周筑长围以困之。吴元年（1367）九月，城破，张士诚被俘，自缢死。
吴元年九月，朱元璋灭张士诚后，遣军分两路进攻方国珍。十一月，方国珍投降。同月，又派军南下征陈友定。陈友定本为驿卒，因袭击红巾军有功，官至福建行省平章，占有闽中八郡，一直效忠元朝，与朱元璋为敌。次年正月，朱元璋即皇帝位，建国号为明，年号洪武。同月，明兵攻取建宁，进围延平，陈友定被俘，福建平定。接着，两广也为明朝所有。
正当元朝统治下的北方处在军阀混战的时候，吴元年十月，朱元璋命中书右丞相徐达为征虏大将军、平章常遇春为副将军，率军二十五万北伐。他再三申明行军纪律，又发布了北伐檄文，提出“驱除胡虏，恢复中华，立纲陈纪，救济斯民”的口号。根据朱元璋的作战部署，徐达率军先抵淮安，攻占山东全境。洪武元年三月，徐达等进入河南，同时，由冯宗异率领的偏师克陕州，扼潼关，西略华州，以防李思齐等援兵东犯。五月，朱元璋抵汴梁，准备进军大都。闰七月，明兵会集德州，步骑舟师继续沿运河北上，下长芦，克清州，至直沽，大都震惊。七月二十八日，当明军占领通州后，元顺帝率后妃、太子逃到上都。八月初二，徐达率北伐明军进入大都，元朝政权被推翻。时扩廓帖木儿拥兵山西，李思齐、张良弼等盘踞陕西，纳哈出据守辽阳。九月，徐达、常遇春等进兵山西。十二月，扩廓帖木儿乘北平（明改大都为北平）空虚，率军出雁门关企图夺取北平，徐达等直取太原，又偷袭扩廓兵营，扩廓大败，仅以十八骑逃遁，太原失陷，山西平定。洪武二年四月，常遇春、冯宗异等率军入陕西，李思齐投降。常遇春、李文忠又率军直捣上都，元顺帝再往北逃，次年四月病死于应昌。
元朝的制度
蒙古国对华北的统治方式，是草原贵族原有的统治体系在它所征服的定居农耕地区的延续。汉地户口的一部分直接领属于大汗；一部分被大汗分封给诸王、宗戚和勋臣。蒙古统治者把主持军事、财赋征敛的部分官员和监临各级地区的达鲁花赤派到华北，同时又以款服入质、领军从征、缴纳差发为条件，允许自金末战乱以来出现在北方的大小军阀世侯，继续行使在各自势力范围内的实际统治权。世侯们集兵刑赋役之政于一己，俨若列藩，不相统属。直到忽必烈建立元朝，这种局面才获得根本转变。他借鉴金代制度，在以“藩邸旧臣”为核心的中原知识分子参议下推行“汉法”，同时保留能充分保障蒙古贵族特权地位的种种制度，重新在华北确立了封建的中央集权制统治体系以及相应的各种典章制度。中统、至元间的创置，奠定了有元一代制度。元朝制度多沿袭金制，同时又有不少前代所不具备的特点。其中有的反映了中原王朝历代相承的传统体制本身的发展变化，如行省的设立；有的反映了被保留的蒙古旧制，如蒙古、探马赤军中的奥鲁（老小营）建置；也有一些是在这两者的交互作用下形成的，如刑罚体系中某些不同于前代的变化，对吐蕃地区实行的政教合一的统治等。
官制 中央政府的军、政统治机构，主要由中书省、枢密院和御史台构成。中书省相当于金代的尚书省，领六部，掌全国政务，枢密院掌兵，御史台掌督察。此外，元世
元朝帝系表
达鲁花赤铜印
祖忽必烈曾于至元三年（1266）设制国用使司，总理全国财政，以后一度成为与省、台、院并立的最重要的国务机构之一。七年，罢制国用使司，立尚书省，统六部，并改天下行中书省为行尚书省。中书省建置虽仍被保留，但实际上已改由尚书省总领国政。九年，罢尚书省，以其职权归并中书省。至元后期和武宗至大年间，元廷又两次立尚书省，分别历时五年、三年，以“理财”为施政中心。主持全国释教及吐蕃地区军、民之政的宣政院，由于职掌的特殊性，自成系统。蒙古国初期，即置�