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政治协商会议通过了有利于人民的决议，受到全国人民的欢迎。国民党虽然也宣布批准政协决议，但提出许多保留条件。接着，在3月间召开的国民党六届二中全会上则公然不承认政协会议的约束力，继续鼓吹一党专政。同时对全国人民要求遵守政协决议和反对内战的活动横加破坏镇压，制造了“较场口事件”、“李闻血案”及“下关惨案”等流血事件。国民党为独占东北三省，蛮横地拒绝与共产党谈判有关东北问题。苏联军队自东北撤退后，由美国飞机、军舰运送国民党部队十余万人到达东北，进驻长春、沈阳等城市。国民党军队对解放区频繁进犯，造成“关内小打，关外大打”的局面。对于国民党挑动内战的种种行径，共产党进行了坚决斗争，一方面坚持与国民党谈判，在马歇尔的斡旋下，2月完成国共整军方案，3月达成东北停战协议；另一方面积极准备自卫战争。中共中央制定了“向北发展、向南防御”的战略方针，从关内各地调集军队和干部约十五万人到东北，建立了巩固的东北根据地，使国民党未能达到独占东北的目的。同时在各解放区普遍开展练兵运动、减租减息和生产运动，增强了解放区的经济和军事实力。
1946年5月，国民政府从重庆还都南京，国共谈判也转到南京举行。蒋介石借口共产党拒绝从苏北、皖北等地撤退，公然调集二十万军队，于6月大举围攻以宣化店为中心的中原解放区，发动全面内战。
全面内战爆发时，国共双方实力对比甚为悬殊，国民党兵力为四百三十万，其中正规军约两百万，拥有现代武器装备，控制着全国四分之三的地区，占据着大城市和交通干线，拥有现代工业技术和丰富的资源，在军事物资和财政上得到美国政府的大量援助，与国民党相比。中国共产党在军事及经济实力方面都处于劣势。解放军只有一百二十多万人，装备简陋，没有空军和海军。解放区只有一亿多人口，现代工业甚少，经济上没有外援，但在国内外得到道义上的声援。国民党依恃其军事优势，把一百六十万军队用于内战第一线，采取全面进攻、速战速决的方针。计划一举全歼中原解放军之后，攻占苏北，打通津浦路和胶济路，在三至六个月内消灭关内解放军，然后再解决东北问题。战争初期，国民党军攻占了解放区的一些城市，1946年11月11日攻占张家口时，达到了国民党进攻解放区的高峰。
占领张家口后，国民党当局以为胜利在望，便不顾共产党、民主同盟等各民主党派及人民团体的反对，公然践踏政协决议，在南京召开“行宪国民大会”，通过“中华民国宪法”。由于内战日趋剧烈，1947年1月马歇尔宣布调解失败回国，美国退出军调部；中共驻南京、上海等地军调处的代表被迫撤回延安。国民党一意孤行，于同年3月又召开“行宪国民大会”，选举蒋介石为总统、李宗仁为副总统。在民主宪政的幌子下，继续实行一党专政的独裁统治。
对于国民党的军事进攻，中国共产党采取了集中兵力打运动战为主的方针，主要目标在于歼灭敌军有生力量，而不是保守或夺取城市。因此，人民解放军进行积极防御作战，经过中原突围的胜利、苏中战役、定陶战役、晋北战役、新开岭战役、宿北战役、鲁南战役、莱芜战役等十几个战役，挫败了国民党军队的全面进攻。至1947年2月，解放军以二十四万人的损失，歼灭国民党军队七十一万人。由于兵力不足，蒋介石自1947年3月被迫放弃全面进攻，对晋冀鲁豫、晋察冀、东北等战场转取守势，集中兵力对南部战线的两翼——山东和陕北，实施重点进攻。到同年夏天，经过青化砭、羊马河、蟠龙、孟良崮等战役，陕甘宁和山东两解放区粉碎了国民党军队的重点进攻。6月底，晋冀鲁豫解放区的刘（伯承）、邓（小平）大军约十三万人渡过黄河，挺进大别山，揭开了人民解放军战略大反攻的序幕。抗日战争时期，共产党的力量主要集中在华北；抗日战争胜利后依靠华北，夺取东北。1947年，共产党向全国颁布《中国人民解放军宣言》，提出“打倒蒋介石，解放全中国”的口号，开始全力开辟中原地区。为了配合刘邓大军南下，八九月陈赓、谢富治率领另一支晋冀鲁豫野战军八万余人，由晋南强渡黄河，挺进豫西；陈毅、粟裕率领华东野战军十八万余人越过陇海路，辗转于豫皖苏地区。三支大军互为犄角，逐鹿中原。这一胜利，冲破了国民党军队对解放区的围攻，把战争引向国民党统治区。
同时，中国共产党建立了最广泛的人民民主统一战线。在国民党统治区，由于四大家族官僚资本和美国垄断资本控制了经济命脉，民族工商业破产。财政经济急骤恶化，民不聊生。在京、沪、平、津等大城市里接连发生以学生为主体的抗暴运动和反饥饿、反内战、反迫害运动，形成反美、反蒋的第二条战线，抢米风潮席卷全国。广大中间阶层迅速觉悟。1947年7月，蒋介石发布“戡乱总动员令”，解散了民主同盟。一大批爱国民主人士抛弃了中间路线，拥护中共的主张。国民党进一步分化，一些地方实力派开始与中共联系，反对蒋介石的独裁、内战政策。
在全面防御计划破产后，蒋介石被迫采取分区防御。为此，1947年底至1948年夏在华北（北平）、东北（沈阳）、华中（汉口）、华东（徐州）、西北（西安）分别设立了“剿匪”总司令部，并提出军事、政治、经济三位一体的总体战方针。但这并未能改变国民党的败局。各地解放军经过清风店战役、石家庄战役、运城战役、临汾战役、盐城战役、豫东战役、西府陇东战役、洛阳战役、襄樊战役、胶济路中段战役及东北解放军的秋季和冬季攻势作战等，从1947年7月至1948年6月，共歼灭国民党军一百五十二万人，收复或攻克石家庄、四平、吉林、沈阳、开封、潍县、临汾、延安、宝鸡等县城以上大小城市一百六十四座，使解放区联成一片，并开辟了新的中原解放区。1947年，在解放区深入开展土地改革运动，彻底消灭了封建地主土地所有制。数百万农民子弟参加了解放军，有力地支援了解放战争。在新解放的城市里，积极执行保护工商业、学校、教堂的城市政策，扩大了中国共产党的政治影响。1948年春，毛泽东、周恩来、任弼时率中共中央机关和人民解放军总部到达晋察冀解放区的平山县西柏坡村，与前此到这里的刘少奇、朱德率领的中央工作委员会会合。面对日益有利的战争形势，中共中央及时抓住战略决战的有利时机，连续组织了震惊中外的三大战役。
为了挽救危局，1948年7月底8月初，国民党在南京召开军事会议，决定将“分区防御”改为“重点防御”，即裁撤绥靖区，收缩战线，集中兵力于沈阳、北平、西安、汉口、徐州五大战略要地，以卫立煌、傅作义、刘峙、胡宗南、白崇禧分别担任总司令，掌握各战区的军政大权。各“剿总”企图依托大城市坚固的阵地进行防御。同时抽调精锐部队组编机动兵团，加强应援能力。蒋介石还计划把东北的国民党军撤至关内，以便集中兵力。中共中央毅然决定在蒋介石尚未决策从东北逃跑以前，首先发动辽沈战役。为了就地歼灭国民党军，东北野战军七十万人在林彪、罗荣桓指挥下，连续作战五十二天（9月12日至11月2日），以伤亡六万九千人的代价共歼灭国民党军四十七万，攻克长春、锦州、沈阳，东北全境宣告解放。
1949年1月31日中国人民解放军举行北平入城式
同时，华东野战军在粟裕、谭震林指挥下攻克济南，歼灭国民党军十余万人。华东野战军及中原野战军在刘伯承、邓小平、陈毅等指挥下，发起淮海战役。以徐州地区为中心的这次战役，是国共两党进行的空前规模的决战。国民党军集结近八十余万人，解放军六十余万人，经过六十六天（1948年11月6日至次年1月10日）的激战，解放军以伤亡十三万人的代价，歼灭国民党军五十五万余人，解放了长江中下游以北广大地区。在淮海战役接近结束时，东北野战军挥师入关，与华北野战军会合，发起平津战役，由林彪、罗荣桓、聂荣臻指挥包围平津。经过六十多天战斗和谈判，以伤亡三万九千人的代价，歼灭和改编国民党军队五十二万，攻占天津、张家口等城市。1949年1月31日北平宣布和平解放。在三大战役中广大人民群众积极支援解放军，各地支前民工达五百四十万人，支前粮食近十亿斤，充分显示了人民战争的威力。同年春，解放军实行统一整编，西北、中原、华东、东北各野战军相继改称第一、二、三、四野战军，大大提高了正规化程度和机动作战能力。3月5～13日，中共在平山县西柏坡村举行了七届二中全会。毛泽东主持会议并作了报告。全会制定了迅速夺取民主革命胜利的方针。全会认为，全国胜利后必须“使中国稳步地由农业国转变为工业国，把中国建设成一个伟大的社会主义国家”。为此，全会规定了胜利后在政治、经济、外交等方面的基本政策。会后，中共中央由西柏坡迁往北平，共产党的工作重心由乡村转到城市。
经过三大战役，蒋介石赖以发动内战的主力部队几乎损失殆尽。国民党政府在军事、政治和经济等方面，都已濒临绝境。国民党的总兵力下降到二百零四万人；其中能用于作战的只有一百四十六万人。这些部队分布在从新疆到台湾的广大地区，已无法在战略上组成有效的防御。经济情况迅速恶化，金圆券急剧贬值，物价飞涨，从1948年8月到1949年3月，上海的物价上涨了八万多倍。政府财政枯竭，赤字高达九百万亿元。翁文灏内阁无法维持政局宣告垮台。国民党统治集团内部倾轧愈演愈烈，四分五裂，南京政府已陷入“一国三公”的境地。蒋介石派宋美龄赴美乞求援助，未能成功。美国政府不得不承认众叛亲离的蒋介石政府已很难挽救了。但蒋介石不甘心失败，一方面在长江以南及西北地区继续拼凑军事力量，准备抵抗；另一方面于1949年元旦发表文告乞求“和平”，并提出以保存“宪法”、“法统”和国民党军队作为国内和平的前提，其真正的目的是企图取得喘息的时间。中国共产党提出惩办以蒋介石为首的战争罪犯，废除伪宪法和伪法统、改编一切反动军队、没收官