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就在吉纶顺利地验明李毓昌死因的同时，刑部派出提调王伸汉与其他人证的差官们却遇到了不少麻烦。提调王伸汉倒没费一点气功，到了山阳就将他拘禁了，但王伸汉的心腹仆人包祥却闻讯逃遁了。刑部缉查人员追到包祥的老家山西平遥县，没有发现踪迹，幸亏山阳县一位被废的教谕章家磷暗中指示，才在河南商丘东郊的一个小村镇中拿获了包祥。马连升的下落也十分难找，费了几备周折在河北省定县把他抓了起来。另外的两名仆人李祥、顾祥直到四月底才分别在长州和宝应县被找到拿获。以至于嘉庆皇帝两次降旨要惩处刑部那些办事不力的缉查差役。
李太清的这一状，不但惊动了京城、山东、河北，也惊动了江苏的大小官府，首先沉不住气的是两江总督铁保，他深悔自己一时轻率，照准了江苏巡抚的报贴。为了挽回损失，亲自下令到山阳县，把合衙差吏都拘禁起来，分头质询，希望能得出个像样的结论来。谁知拷来问去，折腾了一个多月，竟没有发现一点线索。江苏省巡抚汪日章见总督重新过问此案，也坐不住了，他本性就又懒惰又糊涂，不想从头查起，却把藩、臬二司找来询问。藩台杨护所能知道的，只有他的那位钓鱼幕僚告诉他的消息，待进一步追问时，那位幕僚竟不辞而别了，使杨藩台支支吾吾一句整话也说不出来。臬台胡克家收了王伸汉的贿赂，一口咬定他是根据淮安知府王毂的验尸单结案，并不知道内中的详情。及至找了王毂，王毂又把事情一股脑推在了王伸汉身上。等到汪巡抚要想直接找王伸汉商议对策时，王伸汉已被提调进京了，就这样，整个江苏省官府凡是沾了山阳凶案边的，没有一个不战战兢兢地等候着朝廷的最后决断。
嘉庆十四年从夏到秋，北京城里最引人注目的话题，就是山阳凶案。奉皇帝亲笔谕令，军机处派出三名军机大臣会同刑部，审询从各地押调进京的有关案犯及人证。王伸汉自知不管说不说实话，自己都免不了一死，所以横下一条心来，一口咬定李毓昌是自缢。及至会审大臣拿出李毓昌的骨殖来揭穿他的谎言后，他又一问三不知，把事情推了个一干二净。包祥、李祥、顾祥也是守口如瓶，尽管他们知道事情已经败露了，但谁也不肯说出实话来。因此，案子从春天审到夏天，竟没有一点进展。幸亏主审的军机大臣目光敏锐，他看出在所有人犯中，马连升是个最胆小的，就决定从马连升这里突破。一连五个通宵，连审带吓，连摆证据带拉拢劝慰，总算撬开了马连升的嘴，他把谋杀李毓昌的经过原原本本供了出来。审讯官员见他所说的与验尸结果完全一致，就以这个供辞为依据，分头对王伸汉等人加紧追问。在人证物证面前，几个罪大恶极的凶犯不得不投降了，分别招供了自己的所做所为。几个人的口供碰在一起，连细节都十分吻合。刑部觉得这个案子头绪已经清楚了，就将审理结果具折报给了嘉庆皇帝。
九月初，嘉庆同时接到刑部、两江总督和江苏巡抚的三道奏折，都是报告对李毓昌案件的侦审结果，但内容却大相径庭。刑部与军机处的会审结论，情节清楚，证据确凿，主犯王伸汉等人俱已画押，可谓真相大白，嘉庆不觉点头赞许。而两江总督的那份奏折，是以八百里加急送来的，打开一看，折上奏道：“万岁严旨缉查山阳凶案，臣窃思李毓昌暴死实为可疑，恐系王伸汉为掩饰克扣赈银之罪，在酒席宴中投毒，致使毓昌饮毒而亡。但几个月来，遍询当时同席之人，竟没有一人提出线索。臣又抓捕当日宴席之厨役人员，严加审讯，也无结果。故席间投毒之疑。可以摈弃，内中是否还有其他隐情，臣正留意缉查，待访得实信后再行禀报……”嘉庆读罢奏折，勃然大怒，大骂铁保昏愦胡涂已极，省中发生如此大案，竟然毫不觉察，乃至案情已然真情大白，还在那里痴人说梦，欺蒙上聪。大骂之后犹不解气，提起朱笔来批道：“铁保身为封疆大吏，昏愦无能，如痴如盲，着将铁保即刻就地革职，发往乌鲁木齐效力赎罪，旨到即行，勿庸申辩。”发落了铁保以后，他又拿过了江苏巡抚的奏折，读了两遍，竟不知他说的是什么。原来汪日章在这奏折中东拉西扯，一会儿埋怨总督不明，一会责怪臬台无才，突然又加上几句请安的话语，全折对案件没有一点结论性的意见，似是而非，模棱两可，叫人猜不出他的想法。嘉庆更加震怒，吼道；“汪日章呵汪日章，朕留你在江南何用！”吼罢抓过笔来疾速地写道：“汪日章身为巡抚，于所属有此等巨案全无察觉，如同聋聩，实属年老无能，难堪布政重任，着即革职，夺去奉禄，永不叙用！”嘉庆确实是动了真气了，一个上午竟然罢黜了两名声势显赫的朝廷大员。
案子审到这里，嘉庆认为是彻底清楚了。他感到对于这一案件的有关人员要有一个使朝阙震憾的判决。刚刚罢掉两位封疆大臣，已使群臣瞠目结舌了，而下面的处理更要使人喘不过气来。于是，他不再与军机大臣及刑部商议，完全按照自己的意图做了如下的批断：
即墨新科进士入李毓昌奉委查赈，一身正气。为民请命，不避斧钺，不肯捏报户口侵冒赈银，断然拒绝重贿，居心实为清正，宜为群臣之表，特令赏加知府衔，优厚安葬。
写到这里嘉庆激情冲动，诗才滚涌，笔走龙蛇，写出了一首五言长诗，题名为《悯忠诗三十韵》，令山东巡抚吉纶采石勒碑，树立在李毓昌的墓前，以为万世垂念之。
感念李毓昌中年为国殉身，未留子息，特旨将其族兄之子立为毓昌继子，恩赏举人功名。毓昌族叔李太清万里奔波，参告庸臣俗吏，忠义气节可嘉，着即赐武举功名，以示奖掖。
原任山阳知县王伸汉，承办赈务，捏开浮冒，从中侵饱，甚至将不肯扶同舞弊之委员起意杀害，实属凶狡。行凶之后，又以巨金贿买上司，遮掩恶迹，贪黩残忍，莫此为甚，着立处斩决，不得宽贷。其家产尽数抄没归官，其子息不论长幼俱发往伊犁，以泄幽愤。
原任淮安知府王毂，身任方面，知情受贿，同恶相济，罪不可宥，着处以绞立决。
王伸汉仆役包祥，助纣为虐，狼狈为奸，阴谋毒狠，罪大恶极，处以斩决。
李毓昌仆役李祥、顾祥、马连升为虎作伥，残杀忠良，一律凌迟处死。其中李祥一犯尤为此案紧要渠魁，着刑部派司官一员，将其押解山东即墨，在李毓昌坟前行刑，摘取心肝致祭忠魂，以泄众愤。
嘉庆一口气写完了对全部案犯及受害者的处理意见，心头总算舒了一口气。但他感觉到，既然这个案子已经公开化了，不如再惩处几个有地位有影响的大官，以做为震慑贪官庸臣的榜样，所以又降了一道圣旨，将江苏藩司杨护、臬台胡克家、两江总督府同知刘永升一同革职，发往河工效力。
对该惩处的官吏都惩处完了以后，嘉庆又想起山阳县那位不肯与王伸汉同流合污的教谕章家磷，在贪官污吏成群的地方，居然有这样一位出污泥而不染，敢于坚持正义的小吏，实属难能可贵，于是特别降旨，送吏部引见，以知县之职任用。
九月中旬，嘉庆的圣谕在京城公布了，百姓们为此欢呼雀跃，一些忠正的官吏也都挺起了腰板。那些贪官污吏，受此震慑，一时也有了收敛，因而朝野上下倒出现了一时的繁荣景象。李太清以一个平头百姓居然告倒一省的所有主要官员，这在清代也是十分罕见的。因而山阳凶案曾经轰动一时，被列为清代屈指可数的几大要案之一，直到现在还常常有人讲起这个案子。
再版后记
《明清奇案录》是上世纪八十年代付梓的。此书出版后，曾引起较广泛的注意。燕山出版社、外文出版社、先后共印四次，又以英、德、西文三种文字译成外文本，对海外发行。报刊转载、影视改编均曾受各界青睐。二十余年来，许多朋友对此书予以褒奖鼓励，令我对读者如此垂爱感动万分。
去年以来，先后有几家出版单位，希望我能对此书进行一些修订，由他以比二十余年前更好的版式，更少的讹误，出版一本精华本。但因工作繁忙，虽然感念他们的好意，却一直未能动手修订。
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本人虽修史二十余年，毕竟才疏学浅，书中错论之处在所难免，深刻各界学者，不吝赐教，以使此书能更加完美，在此先致谢忱。
刘建业
二○○七年春于京华