关系，李鸿章便有把握，崧骏一定会附和其议，力赞其成。
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同一天还有一道紧要上谕，就是设立海军衙门，为预先所计议的，特派醇王总理海军事务，“所有沿海水师，悉归节制调遣”。
在醇王总理之下，有两会办、两帮办，满汉各半。会办是奕劻与李鸿章，帮办是正行旗汉军都统善庆与还在伦敦、尚未交卸出使大臣职务的兵部右侍郎曾纪泽。懿旨中又特别宣示：北洋精练海军一支，着李鸿章专司其事。
上谕一下，李鸿章第一件事是呈递谢恩折子，同时也要预备召见。这就必得跟醇王先见一次面，估量慈禧太后可能会问到的话，商量应该如何回答。那知他未到适园，醇王先就送了信来，说这天上午，慈禧太后召见军机，曾提到驻德使馆有人来信，指控李凤苞订船的弊端，迫不得已，只有由总理衙门将王咏霓的来信，送交军机呈递。同时又面奉懿旨：
下一天召见李鸿章。
接到这个信息，李鸿章暗暗心惊。不想小小刑部主事的一封私函，竟会上达天听，倘或因此惹起风波，阴沟里翻了船，才是丢人的大笑话。
所幸的是，王咏霓的原信，张荫桓已觅来一个抄本，找出来细细参详，还有可以辩解之处，比较放心了。不过为了表示问心无愧，要出以泰然，醇王那里，反倒不便再去，免得他疑心自己为此事去探听口气。因而只写了一封回信，提到李凤苞之事，说他亦非常诧异，如果真有弊端，李凤苞就是辜恩溺职，应该严办。
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到了宫里，才知道内奏事处已传懿旨：李鸿章与醇王一起召见。两人匆匆见面，谈不到几句话，已经“叫起”了。
进殿先看慈禧太后的脸色，黄纱屏掩映之下，不甚分明，只听得慈禧太后微微咳嗽，声音发哑而低，李鸿章凝神静听，连大气都不敢喘，真有屏营战兢之感。
“办海军是一件大事。”慈禧太后闲闲发端：“史书上说的‘楼船’，那能跟现在的铁甲船比？将来等船从外洋到了，你们都该上去看一看才好。”
“是！”醇王答说：“船一到，臣就会同李鸿章去看。”
“这倒也不必忙在一时，总先要操演纯熟了，才有个看头。
这三条铁甲船，派谁管带？“
这下该李鸿章回答了：“原有副将刘步蟾他们二十多个人，派到德国，一面照料造船工程，一面学习驾驶、修理。这一次帮同德国兵弁，驾驶回国，等他们到了大沽口，臣要详细考查，再禀知醇亲王，请旨派定管带。”
“德国兵弁把船开到，自然要回国。咱们自己的人，接得下来，接不下来呢？”
“一时自然接不下。臣跟醇亲王已经商量过，酌留德国兵弁三两年，把他们的本事都学会了，再送他们回国。”
“可以。”慈禧太后拈起御案上的一封信，扬了一下：“有人说，镇远的工料不及定远，造价反而贵了。这是怎么说？”
“镇远铁甲厚薄，一切布置，都跟定远一样，不同的是，定远水线之下，都是钢面铁甲，镇远的水线之下，参用铁甲。这因为当时外洋钢价，突然大涨，不能不变通办理。当时奏明有案的。”
“济远呢？”慈禧太后将信往外一移，“这个王咏霓来的信，你们看看！”
于是醇王先看，看完不作声，将信随手递给李鸿章，他假意看了一遍，恭恭敬敬地将原信缴呈御案，方始不慌不忙地分辩。
“王咏霓是亲眼目睹，臣还没有见过济远，不知道王咏霓的话，说得对不对？不过，他说济远不能跟定远、镇远一起回国，似乎言过其实，如今济远已经跟定远、镇远一起东来了。”
“我也觉得他的话，不免过分，可是也有说得有理的。”
“是！”李鸿章答道：“济远是一条快船，当时是仿英国的新样子定造的，因为是头一回，有些地方不大合适，臣亦早已写信给曾纪泽，托他跟许景澄商量，新订的两条船，尽力修改图样。总之，好的地方，务必留着，不好的地方，务必改掉。”
“原该如此。不过，如今既有这么许多毛病，只怕枝枝节节地改也改不好。七爷，你看，是不是打个电报给他们，那两条新船先缓一缓，等事情水落石出了以后再说？”
“这，”醇王转脸，低声问道：“少荃你看呢？”
李鸿章想说：“两条新船已经跟人家订了建造合同，付过定洋。如果缓造，要赔补人家的损失，太不合算。”这几句话已到口边，发觉不妥，就不肯出口了。
“皇太后圣明，理当遵谕办理。”
“那就这样办了。”醇王答说，“臣回头就发电。”
“李凤苞这个人，”慈禧太后看着李鸿章问，“他是什么出身？”
“他是江苏崇明的生员……。”
李鸿章奏报李凤苞的简历：此人精于历算测绘之学，为以前的江苏巡抚丁日昌所赏识，替他捐了个道员，派在江南制造局当差。曾主办吴淞炮台，绘制地球全图，还译过许多声光化电之书，在洋务方面颇有劳绩。
光绪元年丁日昌当福建巡抚，兼充船政大臣，特地调李凤苞为船政局总考工。以后遣派水师学生留学，由李凤苞充任监督，带领出洋。
光绪四年继刘锡鸿为驻德国使臣，以迄于今。
“李凤苞对造船，原是内行，而且在外洋多年，洞悉洋人本性。不过，臣与他本无渊源，只觉得他很干练，操守亦还可信。而况他是朝廷驻德的使臣，这几年既然向德国订造铁甲船，臣自然委托他经理。”
这是李鸿章为自己开脱责任。慈禧太后懂他的意思，点头说道：“原不与你相干。将来等船到了，有没有象王咏霓所说的那些情弊，当然要切切实实查一查。你也不必回护他。”
最后这句话颇见分量。李鸿章诚惶诚恐地答道：“臣不敢！”
“七爷！”慈禧太后遂即吩咐：“你就传话给军机拟旨吧！你一个，李鸿章一个，”她想了一下又说：“再派奕劻。就是你们三个，会同去查。”
这重公案，到此算是有了处理的办法。虽然面子上不甚好看，但还算是不幸中的大幸，因为醇王与奕劻都可以讲得通。倘或交都察院或者兵部，甚至刑部查办，要想大事化小，小事化无就不容易了。
“李鸿章！”慈禧太后谈到一件耿耿于怀的事，“蚕池口的天主教堂，那么高！西苑的动静，都在洋人眼里了。实在不大妥当。六月里，神机营找过一个英国人，他上了一个条陈，说有法子让他们迁走。这件事别人办不了，你得好好费心。”
李鸿章在天津就听说过此事，料知责无旁贷，也约略思量过应付之道，此时自然毫不迟疑地应承：“皇太后请放心！
臣尽力去办，办妥为止。“
这个答复简捷痛快，慈禧太后深为满意，转脸对醇王说道：“你就把那个条陈交给李鸿章吧！”
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等李鸿章回到贤良寺，总理衙门已将条陈送到。上条陈的英国人叫敦约翰，十年前曾由英国公使威妥玛介绍，与李鸿章见过一面。在他的印象中，此人谨慎能干，颇可信赖。因此，李鸿章对他的条陈，相当重视，急着要看。
原本是英文，由北洋衙门的洋务委员伍廷芳，连夜赶译成中文。接着便将敦约翰约了来，当面商谈。
“你为北堂所上的条陈，我已经看到了。今天要跟你细细请教。”
等伍廷芳译述了李鸿章的话，敦约翰答道：“神机营有个姓恩的道员，是我的朋友，他来跟我说：北堂建在内城，邻近宫殿，大不相宜，能不能把这个教堂拆掉？我告诉他说，拆教堂这件事，亵渎宗教，是极大的忌讳，切不可鲁莽。他请我想办法，我考虑了好久，认为只有一个办法或者可行，就是在京城里，另外找一处大小相称的地方，照北堂原来的规模，新造一所教堂，作为交换。恩道员就请我写一个书面文件，拿走了。”
“原来如此！”李鸿章问道：“北堂现在由谁主持？”
“是意大利人，名叫德理雅布，我也认识的。”
“属于那个教会？”
“属于法国的教会。”
“拆北堂一事，跟德理雅布交涉，行不行？”
“不行，不行！”敦约翰连连摇手：“以前的主持叫都乐布理斯，秉性和平，有勇有谋，跟他商量，或者可以成功。现在的这个德理雅布，是去年都乐布理斯去世以后，由宣化府调来的。此人胆小，没有主见，跟他商量，一定大为张皇，反而误事。”
“那么，”李鸿章问：“跟法国公使商量呢？”
“更加不可以。法国一定会从中作梗，无济于事。”敦约翰说，“这件事如果希望成功，只有派人到巴黎，与北堂所属教会的会长商量，得到他的许可，法国公使就不会再阻挠了。”
敦约翰在条陈中，曾经自告奋勇，所以李鸿章问他：“如果请你去，你是英国人，怎么能办得通？”
“我虽是英国人，但是我信奉天主教，以教友的资格，代表中国去交涉。”
“如果请你代办，你这个交涉，预备怎么一个办法？”
“第一，”敦约翰说，“要请中国政府给我一份委任书，作为凭证；第二，我到了巴黎，先要联络几位有声望的人士，请求他们协助；第三，见了法国天主教会的会长，我预备这样说……。”
敦约翰的说词是：天主教在中国传教，一向受到优待保护。如上年中法失和，兵戎相见，而法国教士受中国政府保护，照常传教，并未驱逐出境。这种格外体恤的恩惠，不可忘记。
北堂的建制过高，下窥宫廷，依照中国的习惯，是一件不能容忍的事。现在中国政府愿意另外拨给一方基地，并负担建筑新堂的费用，这是情理两得之举。如果接受中国政府的要求，中国政府还可以特颁上谕：凡在中国传教的外国人，只要安分守己，不犯法纪者，各省督抚一律保护，不准欺侮。
“我想，”敦约翰说，“大致照这样的说法，应该可以征得同意。然后，我再转到罗马去见教皇，事无不成。现在唯一的顾虑是，法国天主教会会长，虽然同情中国的要求，但怕他不敢作主，要跟法国政府去报告。那一来就麻烦了。”
“是啊！倘或如此，你又有什么应付的办法？”
“或者可以请英国驻法公使出面斡旋，不然就请德璀琳协助，由他跟北堂主持、法国公使去关说。这只有见机行事，到那时候，我会从巴黎直接跟德璀琳密电商议。”
德璀琳是德国人，现在是中国的客卿，担任天津海关税务司的职务。李鸿章知道敦约翰跟他有很深的交情，认为办法相当切实，决定接纳。
“敦约翰先生，”李鸿章问道：“如果请你代办，往还要多少日子？”
“总得五六个月。”
“费用呢？”
“旅费估计要五千银元。”
李鸿章点点头表示同意。灵机一动，随又问道：“我中国遇有天主教传教案件，向来是跟法国交涉。如果你能见到教皇以及教廷外务部，那么日后如有传教案件，不经过法国，直接跟教廷打交道，可以不可以？”
“怎么不可以？中国果真有这样的意思，教廷一定非常欢迎。”敦约翰说，“近来我听各地天主教士说，中国待教士相当厚道。可是传教案件，一经法国公使总理衙门交涉，往往节外生枝，插入其他事故，多方勒索，使得中国政府误会天主教士难以相处，这决不是教廷的本意。如果中国能派一位公使，常驻教廷，教廷亦派代