兵之后，必须向未知的目的港，“立即起航不得延误”。雪上加霜的是，委员会还通知布吕埃斯，由于海军经费空虚，无力支付他拖欠舰队9个月的军饷！
海军中将不顾坐镇巴黎的那些人的决定，坚持舰队需要修整的时间；更有甚者，舰队将补充在沿海强征入伍的士兵。这当然意味着大量未经训练的水手将进行这次远征，尽管有命令“尽量限制外国人”入伍也于事无补。此外，布吕埃斯还做出了非同寻常的决定：清除不称职和不服从命令的海军军官，包括5艘军舰的舰长。还有，布吕埃斯拒绝接受3个月的修整期，坚持要经过6个月的修整之后才能出海征战。训练成千上万强征入伍的水兵是一件麻烦的事。舰队的纪律必须得到维持，布吕埃斯据理力争，现有的对整个舰队中普遍存在的不服从军纪的军官和水兵的惩罚条例过于宽松。革命中诞生的军事法庭陪审团制度应予以取消，应赋予舰长更大的权力，“包括在战争中有权对怯弱者处死的权力”。至于临阵逃脱的水兵，必须“就地予以正法”。对动摇军心者更应严惩不贷。“我们面对着舰只数量3倍于我们的强大而训练有素的敌人，”他用非常逆耳的语言对巴黎的海军领导总结道，“我们打算进行的战役，对我们是有决定性的。要么我们的海军蒙受耻辱，要么我们成为欧洲最强大的海军力量。归根结底，整个远征的胜败取决于压倒对手的制海权。”
除了海军舰队的组建混乱无序，还有一些非常奇怪的延误因素。例如：拿破仑总司令还要带上法文、希腊文和阿拉伯文的排字模板，远征军里还编入了大量学者，包括天文学家、数学家、博物学家、地理学家、化学家、建筑师、各种东方语的翻译、道路和桥梁工程师，甚至还有一位热气球专家以及一位才艺出众的艺术家。
成千上万的队伍很快集结于马赛和土伦地区，他们大部分是从莱茵河乘船而来。当军队的主计官从巴黎寻找第一批数百万法郎的薪金支付时，在财政上身无分文的拿破仑下令瑞士占领军从瑞士国库强行提取300万法郎，用船护送到里昂。的确，除了最基本的军需物资，如鞋袜、步枪（在刚补充的12；000枝步枪中就有10；000枝是坏的）、大炮、炸药以及运兵船只等奇缺之外，影响、限制和延误陆军和海军战备的最大因素是没有资金（尽管拿破仑和塔列朗都曾当面保证过资金无虞），仅马赛军港一项就需要耗资5；837；377法郎。同时，刚从契维塔韦基亚过来督促备战的蒙日惊愕地发现调兵的工作几乎停滞不前，他要拿破仑立即拨给250万法郎。在科西嘉也是如此，当地军需部门拒绝合作，除非以前拖欠的经费得到立即支付。法国舰队的情况也好不了多少：他们仍然欠着过去9个月的180万法郎的军饷。布吕埃斯不得不向拿破仑恳求资金。尽管如此，布吕埃斯仍然百分之百地支持拿破仑，不仅对他大加赞扬，而且“保证全力以赴争取远征胜利……效忠共和国政府”。
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第五章决定（3）
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尽管授权数百万法郎的开支，购买大量军火武器，向地中海沿岸大规模集结兵力，抢修和建造船只，以及强迫征用200艘以上的民船；但是，直到1798年4月12日，督政府才正式签发命令。在卢森堡宫，督政府将这支军队定名为“东方军”，任命“公民拿破仑、现英格兰方面军司令”为东方军统帅；同时下达命令，确认拿破仑率领的这支军队将“进攻埃及并占领这个国家”；同时，命令他“将英国人从他们在东方所占领的地方或其他地方驱逐出去……摧毁他们在红海的商业基地”。他必须“切断（保障）苏伊士运河，采取一切必要手段确保法兰西共和国在红海的利益”，同时“要和土耳其苏丹保持良好关系……”
在对奥斯曼帝国的领土作毫无理由的入侵辩解了一番之后，督政府抱怨控制埃及政府的马穆鲁克“与英国有着密切的联系”，并愈来愈依靠英国。其结果，马穆鲁克“对法国人民充满敌意并以恐怖和残忍的手段反对法国人民，每天都对他们寻衅滋事、掠夺和杀害”，因此法兰西共和国迫不得已，只有“全线追捕共和国的敌人”。命令最后说：英国已经完全控制了好望角，法兰西共和国别无选择，只有打开通向“印度”的另一条通道。第三道命令指示拿破仑：基于马耳他对法国人的仇视，以及5年前马耳他拒绝承认新成立的法兰西共和国导致法国在地中海的通航瘫痪，故而这次要占领马耳他。随着这3道命令的秘密“发布”，在督政府看来，整个军事行动已经完全合法，可以放手去干了。
战争的策划紧锣密鼓地进行着。次日，拿破仑好像觉得远征军的备战事务还不够繁忙似的，又一次向世人展示了他杰出的战略远见，他向督政府献上了一份题为《对英作战的说明》的长长的形势分析报告。在这份报告中，他告诫督政府：虽然入侵英国的计划被搁置起来，但绝不能取消。事实上，他将这个计划视为全球军事战略的重要部分，入侵埃及只是其另一部分而已——其目的都是为了迫使傲慢的英国人坐到谈判桌上来，与法国和平共处。
东方军总司令的这份令人惊讶的报告，提出法国将在1798年11月从两地登陆：一方面，4万军队从波隆那乘400艘战船出发进攻英国；另一方面，一万军队从被占的荷兰岛屿特塞尔出发进攻苏格兰海岸；与此同时，远征军同时征服埃及。这的确是一个荒谬而不合逻辑的白日梦，为实现这个计划，使法国海军能与英国海军匹敌，拿破仑提出了一个耗资巨大的造船计划，经费高达“4；000万～5；000万法郎”。
这是个看来显得疯狂的计划——就相对弱小的法国海军而言，要想在英国的殖民地印度、埃及和英国本土同时打击英国是完全不现实的——却不能不说是个十分激动人心的计划。拿破仑认为，只有通过这样一个全球性的军事行动才能挫败英国。但是，拿破仑忽视了英国的海军战略，同时严重忽略了法国海军的训练、军官和水兵较差的素质。这是他整个军事生涯中的一个主要弱点。他制订针对强敌的横扫千军的作战计划时往往以他的个人愿望为基础，没有也不想去了解或考虑对手的军事实力、自己的不利之处或战略上的问题以及他自己可能出现的失败。
很难说拿破仑提出这样的冒险计划是多么蛮勇，或是多么不负责任，或是多么疯狂……说到底，他毕竟才只有28岁！考虑到动荡不安的欧洲，与奥地利刚刚签署的和平协定带来的尚不稳定的和平以及英国仍然在欧洲大陆企图组成新的反法联盟，法国没有可能抽回自己边境和海岸的军队和海军力量。拿破仑目前连凑够埃及远征军的38；000人都有困难，到4月15日还差9；000人，更不用说海军征募新兵的问题和运兵船、护卫舰和攻击舰奇缺的问题了。
最基本的军事装备包括枪支弹药、鞋袜等，对于埃及远征军来说都一直是个问题（拿破仑的正式建议只提计划用兵28；000人）。甚至连面粉供应这样一个简单的问题都有困难：科西嘉由于遭到干旱，水磨房无法运转，大量的小麦无法磨成面粉装船。而且，由于木材缺乏，船只和今后在贫瘠的埃及所用燃料都将是个问题。
最主要的问题，也是成败的关键问题是——如同布吕埃斯提出的那样——法国海军缺乏训练的问题。逃亡、低廉的军饷、恶劣的条件、死亡的威胁和不合格、不守军纪的新水兵和军官，使法国海军形同虚设。军官并不比怕死的水兵可靠，士气低落的海军是全军的害群之马，这使得新上任的海军中将布吕埃斯伤透脑筋。他需要足够的战船、水兵和军官，否则如何能够像拿破仑所建议的那样同时进攻印度、埃及和英国？即使为埃及远征军征集1；000万到1；500万法郎（最高数额未曾透露过）已经是一场噩梦了，而按照拿破仑的作战计划则需要5；000万法郎，这简直是个无法企及的天文数字。和平协定切断了法国国库的财路，虽然从被占的荷兰、比利时、瑞士和意大利的战利品源源不断运往法国，法国国库仍然濒临破产，由于和平协定的签订，法国断了战利品和“战争贡献”这两个财源。此外，拿破仑在他的计划中还忽略了一个重要的因素，那就是时间。
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第五章决定（4）
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早在3月份，拿破仑第一次提出远征埃及的计划，正是考虑到进攻英国“在数年内”是不可能的，因为需要时间造船和组建新海军。但是，一个月后，他却谈论起要在1798年11月发动一场更大规模的战争。仅造船所需要的木材、麻和帆布等其他材料的订购就需要数月时间，此后可能需要数年的时间才能造好；即使从最快的情况考虑，使用最大的资金，执行拿破仑的计划也需要两年到两年半的时间。但是，他却白日做梦般地建议在7个月内发动这场战争。
拿破仑的这个梦自然没有成为现实。不幸的是，蒙日当时没有能够研究他的这个最新的建议，实干的贝尔蒂埃也没有。尽管如此，这项伟大幻想的计划向督政府证明了拿破仑将军有着令人害怕的天才头脑，能够应付一项错综复杂的全球性的战略问题。虽说他的计划是不可行的，但却是出自一个非同凡响的人的计划，这个人将来可以干出任何他们所期待的事，也可以干出令他们害怕的事——他很快就要出征地中海另一边的遥远国度，谢天谢地，这真是令督政府松了一口气。
1798年春，已经被远征事务缠身的拿破仑又遇到一件先令他奇怪后来差点使他气昏的事情。3月，一名因与约瑟芬不和而被她解雇的使女路易·科姆波茵向他指控他的妻子与一名叫伊波利特·夏尔③的年轻英俊的军官私通，这个夏尔就是在意大利战役中陪同约瑟芬奔赴米兰的夏尔中尉。这名使女同时揭发他们还染指非法投资和投机活动。拿破仑深知下人的报复心和不诚实，下令大多数都是反对约瑟芬的波拿巴家族成员（包括哥哥约瑟夫）就此事进行调查。经过调查，3月9日，约瑟夫会见拿破仑并向他报告了调查结果，不仅证实了听到的一切，而且还有更多。
约瑟芬于1796年与夏尔中尉初次相遇后便一见钟情，频繁往来。1796年～1797年的意大利战役期间，由于拿破仑或是其他人员的在场，使得这对恋人的私情受到障碍，但是，在坎波福米奥和约签订之后，就在他们回法国之前，两人在威尼斯找到了肆意放荡的机会。后来，当拿破仑在前往拉什塔特的路上时，约瑟芬和夏尔又得以有机会一起乘坐她的马车（用拿破仑的钱）旅行，花了数周时间翻越阿尔卑斯山，在马车越过国境时夏尔才与她分手。当妻子于1798年1月2日抵达巴黎时，已是数周之后的事，拿破仑虽然非常恼怒，但对于中尉竟敢与他平分秋色之事尚蒙在鼓里。还有，本身也染指各种投机活动和暗箱交易的约瑟夫告诉他的弟弟：约瑟芬、夏尔伙同巴拉斯和其他官员在专门与意大利军从事战争交易和欺诈的波丁公司投资，数额巨大，还涉嫌买卖国家财产，特别是北方被占领土的地产包括修道院等。
拿破仑召见约瑟芬，和约瑟夫一起向她摊了牌。她痛哭流涕，声称这一切