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就这样，在1798年7月21日，金字塔大战就此告终。据贝利亚尔将军的统计，埃及人死伤1；000人，法军死伤仅30人。然而，更加实际的统计是，埃及人死亡和溺水者2；500人，法军死伤总计100人以上。
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第七章法老的领地（9）
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当晚拿破仑命令修建一座连接开罗和吉萨的浮桥。凌晨3点左右，穆斯林宗教领袖在幸免于屠杀的重要欧洲商人和被吓得魂不附体的土耳其大使的陪同下，在都城冲天的火光下来到拿破仑设在吉萨的司令部。
接受开罗归降后，胜利而疲惫的拿破仑签发了《告开罗人民书》，他告诉开罗人民自己是作为他们的“救世主，来摧毁马穆鲁克”，并保护埃及人和他们的贸易的。“不用担心你们的家庭、你们的住宅和你们的财产，特别是你们信奉先知的宗教信仰，这一切将受到我的尊重。”他坚持道，“法国人是来拯救埃及人而不是来毁灭埃及人的。”与此同时，拿破仑命令邦将军进驻开罗城。傍晚，开罗已在法军的有效控制之下。法国人克服了各种障碍和后勤补给的极大困难，达到了他们的目标——人人都对此感到惊异，除了拿破仑·波拿巴以外。
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第八章深渊（1）
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1798年8月1日，停泊在亚历山大港外的装载有80门炮的“弗兰克林”号上，海军上尉沙里耶在航海日志上记道：“海上风和日丽，风向西北偏北；微风拂面，海上波涛不兴。约一半水手今日上岸打井找水。”一切和以往没有什么不同，直到当天下午2点，‘幸运’号打来信号，西北偏西方向发现12艘船……十分清晰，不用多久就确认了那是12艘战舰。旗舰立即升起紧急集合信号。阿布基尔要塞对面，海港入口处的小岛上，有两门臼炮的炮台立即做好了御敌准备。3点，布吕埃斯命令舰队各就各位，准备战斗，同时派出两艘双桅横帆船出海侦察。
敌舰队顺风扬帆迅速朝法国舰队驶来。4点，又增加了两艘——它们的确是英国舰队。双桅横帆船“警戒”号靠近敌舰，在火炮距离之外试图将敌舰引向海湾的暗礁，但英国舰队对这种海战中惯用的手法了如指掌。沙里耶上尉记录道：
5点，敌舰队将航向右转向阿布基尔直接驶来……这一对抗性动作使我确信敌舰队意在当晚对我舰队发起攻击。我海军司令布吕埃斯已经下令全体集合上船准备出海迎战，但很快发现我们人手太少，无法出海，他撤销了这道命令。事实上，我们每条船上都缺少20名最好的水手。他只得发出就地停泊迎战的信号。
布吕埃斯的舰队之所以至今还停泊在这个易受攻击的开阔海湾，是有原因的。布列纳和贝尔蒂埃之所以能和拿破仑成功合作，是因为他们在某种程度上能够对拿破仑察颜观色，琢磨他多变的念头。布吕埃斯则不然，他对总司令了解不深，也不善于应付复杂易变的形势。作为一个缺乏想像力的职业军官，他只知道执行确切的命令和具体的目标。他是个诚实、勤奋、彻底的人。他亲眼目睹他所属的贵族阶级是如何在1793年和1794年的大革命恐怖中垮台并被大批处死的。同时，也看到路易十六一手精心创建的法国皇家海军是如何沦为一支只有少数几个高级将领指挥的、军纪涣散、指挥不力、管理混乱的部队的。这几个在共和国铁腕下幸存的高级将领，虽目睹了自己的家人和朋友因贵族血统而被处死，仍然愿意为共和国效劳。现在的法国海军就是由他们指挥的，他们——包括舰队司令布吕埃斯在内——都终日诚惶诚恐、小心翼翼，生怕随时可能飞来的横祸和斥责。布吕埃斯不会忘记1793年他曾经因其贵族血统而被革命政府视为“嫌疑分子”；直到1795年才官复原职，次年11月升任海军少将，指挥爱奥尼亚群岛和科孚海峡战役。革命造成的混乱使他感到迷茫。现在，在埃及，在一个他尊敬但却不甚了解、而且永远无法理解的年轻人手下，他更加迷茫。拿破仑对于控制自己身边的人有一套诀窍，他将布吕埃斯打造成了一个听其摆布拍他马屁的人、一个受到大革命震慑的人、一个他可以随心所欲加以支配的穿号衣的仆人，布吕埃斯和难以对付的海军部长布律克斯是完全不同的两种人，后者有一副伶牙俐齿、极其自尊、不向任何人低头。
从舰队到达埃及水域并在阿布基尔湾抛锚停泊起，倒霉的布吕埃斯没有遇到过一件顺利的事：首先，他在错误的地方进行了组织得很糟糕的登陆行动；接着，在7月3日，贝尔蒂埃告诉他，拿破仑对于他“在法军进攻亚历山大时，没有封锁亚历山大新港，导致4艘巨大的埃及商船逃到海上，感到非常不满”。布吕埃斯没有接到任何命令让他离开阿布基尔海湾去拦截商船，再说，他必须在大风暴中维持庞大的舰队不被吹散，并将人员和装备尽快登陆。7月4日，拿破仑又命令布吕埃斯将舰队驶进亚历山大旧港，条件是“如果风力减弱，水深允许的话”。
由于拿破仑在战前没有认真收集研究地质水文资料，他不知道自己的舰队是否可能驶入这个重要的海港。他要求布吕埃斯测量水深，明确报告舰队能否进港，或是能否在阿布基尔海湾停泊并抵御敌舰的攻击，如果敌舰力量甚为强大，则将舰队撤至科孚海峡（据报告，纳尔逊的舰队实力和布吕埃斯的旗鼓相当，法国舰队载有1；287门火炮，英国舰队载有1；012门火炮，因此撤往科孚海峡的理由不充分）。
和以往一样，拿破仑下达命令时从不考虑别人如何执行，或是否有可能执行。用手工探测海港水道的水深确定又大又重的战舰是否能够通过，即使对最熟练的水手来说，也是个费时的工作。这工作往往需要数周的时间，而不是如拿破仑认为的那样只要一两天就能完成的。后来，拿破仑对布吕埃斯的命令改为舰队暂时停泊在阿布基尔，除非遇到实力甚为强大的敌舰队。
7月1日，开始混乱的登陆行动，7月3日，布吕埃斯给拿破仑送信，祝贺他攻占亚历山大，称之为“继续获得成功的令人愉快的先兆”。他告诉拿破仑虽然初步的探测结果“并不令人满意”，他将立即着手进行探测水深的工作（结果同样不令人满意）。但是，他提出，他的舰队不能继续停泊在阿布基尔湾，因为，如果“同等实力”的敌人海军舰队此时到达的话，他们“完全能够摧毁我们的整个舰队……如果我不幸仍然停泊在这里坐以待毙的话”。然后，他又自相矛盾地告诉拿破仑：“然而，目前我找不到别的地方，没有可供选择的锚位……离开你会使我感到不安，我没有别的希望，只希望至少能够对你们的行动有所支持。”拿破仑没有对布吕埃斯的结论做任何变更。
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第八章深渊（2）
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布吕埃斯对自己的处境是清楚的：由于没有找到适当的水道使舰队进入较为安全的亚历山大港，他只能继续停泊在阿布基尔湾，直到舰上的货物卸完为止。虽然他也惧怕在那里遇上英国舰队的袭击，他却并不想离开拿破仑——因为那样会使整个法军处于没有海上保障和遇到意外情况失去海上退路的境地。他对拿破仑和法国军队的一片忠心老天可鉴。
当然，还有其他因素使布吕埃斯无法断定他在此停留的时间长短，包括将部队的人员、弹药、马匹、大炮以及成千辆战车全部卸下送上陆地所需要的时间以及补充舰队两个月航海的给养，如绳索、船帆、木料、新鲜食物和水所需要的时间，这些补给品是任何一支准备出海的舰队都不可缺少的。
海军拨款审查官若贝尔在7月9日给海军部长布律克斯发出的一份密报中指出，亚历山大港“缺乏海军停泊的条件，连最基本的设施都没有”，诸如干船坞、仓库和车间等，如果建立这些设施“至少需要一年时间”。他认为小船是否能进港都难说，何况大船！在这种情况下，“总的感觉是一旦完成登陆，我们必须立即驶往科孚海峡，因为英国人离这里不远，任何时候都可能出现。”他还说，“布吕埃斯的决定完全与此不同……其结果造成了这里浓厚的宿命论气氛，甚至使我的原则也发生了些微动摇。”
早在7月6日，布吕埃斯的第一份正式勘测报告就说明整个亚历山大港“是无法使用的，充其量是危险的海港”。布吕埃斯将这个结果报告了拿破仑，并附带说：“相信我，将军，我最大的愿望是支持你的军事行动。”拿破仑当天向督政府做了报告：“这个结论完全打乱了我的计划。”但在他次月给督政府的报告中却称他已经命令布吕埃斯在24小时内驶入亚历山大海港（这是他掩盖证据而虚构的谎言）。
在亚历山大和拨款审查官若贝尔度过了几天时间之后，布吕埃斯回到了阿布基尔湾。由于水浅和暗礁的原因，他仍然将他的舰队一字排开，停泊在离海岸4英里的开阔海面上；因此，岸上的防御设施，包括阿布基尔要塞上的8门加农炮、和阿布基尔岛上的臼炮对舰队都无法起到有效的保护作用。布吕埃斯打算在7月为舰队获取新鲜食物和淡水的计划也完全不可能实现。因为阿布基尔湾一带的水井随时会遭到阿拉伯人的袭击，食物储备地则远在罗塞塔和塔米亚。甚至对布吕埃斯特别反感、竭力主张舰队在英国人到达之前驶向科孚海峡的若贝尔也认为舰队的形势十分危急，布吕埃斯目前没有条件出海航行。
7月中旬，舰上的食物供应十分短缺，以致舰长们不顾以前下达的一系列命令，秘密给梅努将军（他不是拿破仑的朋友）写信，请求他增援食物供应。一位舰长泰弗纳愤怒地说道：“真正的饥荒开始了。我真不该到这个倒霉的国家来。”远征军一向不动感情的司库普西格乞求拿破仑：“舰队需要紧急的粮食增援。”他的手上已经没有可支配的经费了，尽管法军在马耳他掠得大量财物，拿破仑却拒绝发放使用，因此无法给舰队征集食物；埃及人拿不到现钱是不会将食物卖给他的。据普西格估计，布吕埃斯紧急需要275吨大米、330吨木材（舰队燃料）以及80头牛和150头羊。当布吕埃斯得知梅努准备派6条小船装运救急的食物增援他们时，他感激地说，这是解救了“因饥渴而濒临死亡的人们”。事实上，在出征前，海军部门为布吕埃斯的舰队提供了充足的给养，但大部分被拿破仑运到岸上给他的陆军使用了。
布吕埃斯在7月26日发出了最后一封求救信，信中他提醒拿破仑：“我们是在希望和绝望之间漂浮着。”他们的面包和水都已经没有了。而且，整个舰队一旦遇到攻击将处于完全没有防御的境地。即使不遭遇进攻，目前至少已有3；000人离舰住院或是在岸上四处打井找水，还有的是擅自离船上岸，包括许多反叛的军官。“没有食物，军舰得不到维修，”他告诉拿破仑，“舰队处于瘫痪状态。”尽管如此，在两天后，收到法军金字塔大捷的消息时，兴奋的布吕埃斯从病中挣扎起来对舰队发布了公告：“共和国万岁！拿破仑万岁！我们英勇的兄弟部队已一举攻克埃及首都开罗！”他命令所有舰只鸣放24响礼炮以示庆贺，当天定量配给的食物和水比平时多了一倍。