11日，拿破仑坐在他的轻便旅行马车里，口袋里装着英国人在2月3日炮轰亚历山大的报告，驶向大马士革，投入一场可能使他成功也可能使他失败的战争。敌人就在他的周围，这是他最后的机会。拿破仑打算在阿克将奥斯曼苏丹派出的、由英国海军协助从水陆两路前来收复埃及的杰扎尔军击败。
雷尼尔将军到达阿里什堡时发现法国谍报人员又一次搞错了情况。他在这里看到的是由武器精良、供应充足的2；300名马穆鲁克和阿尔巴尼亚人坚守的巨大石头城堡。城堡的包围战一直持续到2月16日拿破仑到来，3天后，城堡中的900名幸存的守军缴械投降。22日，法军继续沿着海边的荒漠向加沙进发，并在两天后占领了加沙。3月1日，法军攻占阿尔拉姆勒（al…Ramleh），3月3日，向雅法挺进。
3月7日黎明，贝尔蒂埃将军派了一位军官去见雅法的司令官阿巴德·阿拉·阿加：“真主是善良和仁慈的。”他的信以传统的伊斯兰方式开头，告诉对方——拿破仑已经包围了这座海港城市，随时可以发起进攻；如果守军投降，则可以保全身家性命。土耳其军官不但没有投降，反而将这个不幸的法国军官斩首示众，贝尔蒂埃得到的回信是挑在长矛上的血淋淋的人头。法军立即开火，后来拿破仑向督政府报告道，在当天下午5点，“我们控制了这座城市，我们对这座城市进行了24小时的洗劫，它经受了战争中最隐蔽的恐怖方式”。
投降时，4；000人的守军被解除武装，在拿破仑的两名副官博阿尔内和克鲁塞的押送下走出城来，法国人向战俘承诺将保证他们的生命安全，他们被带到拿破仑的帐前。拿破仑走出帐来，只见战俘黑压压一片，他转头质问博阿尔内和克鲁塞：“你们要我拿他们怎么办？”由于粮食匮乏，法军的给养还不够自己吃，而且也没有足够的水，甚至没有足够的人力押解战俘回埃及。拿破仑召开了军事会议讨论这个问题，会上意见分歧，僵持不下。3月10日，拿破仑将他的最后决定通知了贝尔蒂埃：“命令已经下达，将这批战俘就地枪决。”战俘被押到海边，枪毙或是用刺刀刺死（为了节省弹药）。“海面上漂浮着死尸……我还是不去详细描述我亲眼所见的那种恐怖场面为好……至今想起这残暴的一幕仍然令我发抖……那是浴血的一天。”布列纳几年后这样回忆道。与此同时，法军也遭到了他们无法控制的灾难的折磨，鼠疫迅速在法军中蔓延开来。
离开雅法后他们向海法进军，3月1日，克莱贝尔轻而易举地攻克了海法。但是海法只是控制这个小小海湾的两个要塞之一，海湾另一端的要塞是阿克。
还是由于谍报的错误，次日到达阿克城下时，法军发现阿克城墙十分坚固，并有250门火炮严阵以待，迎接从海上或陆上来犯的敌人。尽管守军只有5；000人，但是法军缺乏海上的支援和攻城的重炮，而且驻守城堡的杰扎尔，这个波西尼亚奴隶出身的军人虽然已经有70多岁了，却是个十分难以对付的、无所畏惧的老头。此外，两天前赶来的西德尼·史密斯部队更增加了守军的炮火威力并截断了拿破仑从亚历山大运往海法港的辎重后援。事实上，史密斯为守军提供了上千训练有素的炮手和数十门火炮。同时，拿破仑在布里埃纳军校的同学，现在是史密斯舰队的一名军官的菲利波，也帮助土耳其人和法国人为敌。由佩雷少将从达米塔运来的大炮还需要数周甚至一个月才能到达，太晚了，也太少了。更糟的是，史密斯护送奥斯曼帝国的运兵船前来增援杰扎尔，使法军的兵力更加处于优势。如果拿破仑如同原来计划的那样提前10天赶来，赶在史密斯的前面，而不在阿里什耽搁的话，攻占阿克可能要容易得多。而目前攻占阿克的形势不容乐观。尽管如此，拿破仑率领着4个师团开始了一场用挖地道的方法对城堡展开中世纪式的围城战。
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第十一章通往大马士革之路（2）
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拿破仑担心在阿克城外遭到从大马士革向阿克逼近的土耳其军队的钳制，他于3月30日派他最信任的副官朱诺带领着500人去内陆侦察。4月10日，他们遭到了人数大大超过他们的数千敌人的包围，好在克莱贝尔率领的1；500人的小分队及时赶到将阿拉伯人击退。4月15日，缪拉率领的骑兵纵队越过约旦河，有效地拦截了大马士革的援兵。但是，法军的谍报和时间表再一次发生错误。由大马士革出发的约25；000人的骑兵和10；000人的步兵越过白雪覆盖的塔博山，出其不意地来到了克莱贝尔军队的面前——无论人数、弹药还是装备都远不及对方的克莱贝尔军一时束手无策。此时，拿破仑亲自率领着步兵师团翻过多石的山丘前来为克莱贝尔解围。虽然土耳其的兵力仍然是法军的9倍，但拿破仑出其不意的炮火将人数众多却纪律涣散的阿拉伯骑兵打得一败涂地，向大马士革的方向落荒而逃。这就是1799年4月16日的塔博战役，该战役成功地击退了大马士革的援兵，并且使法军能够集中兵力围攻阿克城。拿破仑的出击拯救了数千法军，不仅扭转了可能使法军陷入钳制包围的不利局面，反而对阿克城形成了钳制的态势。
但是，阿克城久攻不下，形势逐渐恶化。加之，卡弗雷里将军因手臂中弹在简陋的条件下截肢后于4月18日去世的消息使拿破仑深受刺激——他不仅失去了一位无人能够替代的军事工程师，而且还失去了一位在军中难得的他真正喜欢、尊敬和信赖的军人。而且，蒙日到达阿克不久就患上了疟疾，生命垂危，有几次险些死去。拿破仑常常数小时地守在昏迷不醒的蒙日的病床旁，不时地给他盖好毛毯。直到4月底，这位不屈的几何学者才得以死里逃生。
除了这个令人宽慰的消息外，没有任何可以让这位法军司令官高兴的消息了。4月15日，运炮的船终于到达雅法港，并于4月底运到了阿克城下，使拿破仑得以向杰扎尔的城堡发起猛攻。从5月1日到10日，攻城持续了10天，虽然一座塔楼被部分摧毁，形成了一个临时的突破口，但由于瘟疫的流行和大量的伤亡，法军拒绝踏着自己同伴腐烂的尸体攻城。在最后的进攻中，拉纳受了重伤，5月20日，邦将军和拿破仑的副官克鲁塞阵亡。
由于高级将领死的死、伤的伤，德热内特率领着由2；300伤病员组成的弹药和军需都十分匮乏的军队，对付由于受到来自罗得岛的援军和史密斯舰队火炮增援而变得更加强大的阿克守军。5月17日，拿破仑宣布他决定放弃围攻阿克返回开罗。但和以往一样，拿破仑必须挽回面子，这一次他的做法甚至使他的士兵都哑然失笑。拿破仑在塔博山发表了一份公告，宣称他对土耳其获得了伟大的胜利：“我们人数不多的军队经过过去3个月在叙利亚的炎热下作战，缴获了40门大炮，抓获了6；000名俘虏，加沙、雅法和海法的要塞已被夷为平地，我们现在要返回埃及了。”拿破仑宣称目前放弃攻城是为了防止土耳其人在亚历山大进行大规模的登陆。
法军将阿克城下的大炮撤下，由雷尼尔将军形容枯槁的师团断后，拿破仑于5月20日离开阿克，和大病初愈的蒙日一道乘坐着他的轻便马车，由克莱贝尔将军的师团开路返回埃及。从卡梅尔山到雅法的4天行程中法军历尽磨难。“法国军队遭到难忍的饥渴的折磨。饮水极其缺乏，加上沙漠的炎热，士兵在灼热的流沙上行军，军心涣散，士气十分低落。”布列纳记述道，“我亲眼看到一位被截肢的军官被抬担架的人抛弃在路上……我看到被截肢的重伤员和无数被瘟疫折磨得奄奄一息的士兵被遗弃。经过的村庄、城镇和农田被愤怒的士兵放火焚烧。整个村庄一片火海。”法军借一切机会发泄心中因军事失利和受到的磨难而郁积的悲哀。
我们完全被垂死的人、瘟疫患者和纵火者包围了……大火熊熊，浓烟遮天蔽日。我们的右面是大海，我们的左面和后面是沙漠和我们沿路留下的废墟。
5月24日，到达雅法，拿破仑发现没有船只给他运送伤病员。事实上，海军少将佩雷已经抛弃了陆军，在将大炮运送到之后就返回了埃及。拿破仑知道自己是没有能力将大量的伤员运回埃及的，但是又不愿意将他们留给土耳其和阿拉伯人的屠刀；他命令德热内特将伤员用鸦片毒死，医疗队的军官拒绝执行这项命令。拿破仑到医院探视了伤残者、瘟疫患者和眼炎患者。然后，他命令将重伤员留下，他命令在离开时将城墙炸掉。
拿破仑以胜利者的姿态回到开罗并发布了他最新的《陆军公告》，声称他“带回了许多战俘和军旗。我已将杰扎尔的宫殿和阿克城的堡垒彻底摧毁。我杀得敌人片甲不留，阿克城的市民全部从海上逃离。杰扎尔受重伤”。谎言！这一切从头至尾都是谎言。“我必须承认，记录拿破仑口授的这些军事报告是件痛苦的事。”布列纳说。但当他对此提出异议时，拿破仑只是一笑了之，说：“Moncher（我亲爱的），你真是个傻瓜。你实在是什么也不懂。”布列纳不得不同意，他的确不理解这个人。
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第十一章通往大马士革之路（3）
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在率领着残兵败将回到开罗前，拿破仑就已经计划着放弃远征军回到法国去。他将要使用的借口是法国又一次与奥地利和俄国开战——法军犹豫不前，需要他回去收拾残局、重整旗鼓。拿破仑在围攻阿克城时就从报纸上得知了法军在欧洲战场失利以及巴黎政治局势不稳的消息。拿破仑在叙利亚战役中使尽浑身解数，却惨遭失败，损兵折将，损失约3；000人，加上在埃及战役中损失的7；000人，共损失约10；000人。他的3名副官和数名将军阵亡，大量其他军官不止一次受重伤。他的许多军官公开违抗他的命令，对埃及战役强烈不满。甚至连他的亲弟弟路易也背弃了他。全军的总军需官竟是个可耻的大骗子，已被他革职查办。尽管沿路抢劫，军需仍然匮乏，军费比来时减少了1/3。被征服的国家不断发生反叛，开罗成了灾难的起点，大瘟疫每天都夺去埃及人和法国人的生命。他的舰队被击沉。他的貌似辉煌却构思拙劣的远征完全失败了。
希望幻灭的拿破仑·波拿巴于6月14日回到了开罗的艾兹拜基耶广场上的宫殿。在开罗拿破仑也没有得到任何他希望的、出乎预料的好消息。相反，奥斯曼帝国的小舰队在西德尼·史密斯率领的皇家海军分舰队的保驾下，现在已经来到了海上，据报告正在向亚历山大进发。拿破仑不得不再一次靠他的军队和大海来抵御敌人的进攻，然后，他将从海上回到法国。拿破仑早已事先秘密安排了三桅快帆船，6月21日，他命令新任命的海军司令冈托姆赶紧备妥船只和粮食。拿破仑将把一支所剩无几的残破军队留在埃及，同时，由于6月埃及科学院的第一次重开的结果，他还要将那支医疗队也留在埃及。
拿破仑要求组成一个委员会报告叙利亚战役中法国军队所遭到瘟疫的影响程度，以便通过这样的统计说明大量人员伤亡的原因。通过这个报告他将推卸自己的责任，而医疗队将承担军队减员的主要罪责。这对于德热内特医生来说是太过分了——他跳起