武后身边的一个名叫团儿的宠婢，事先做好两个木人，刻上武则天的姓名，钉上一枚大钉子，分别放在刘妃和窦妃的床下，然后由团儿向武则天诬告，说二妃同谋，施行法术咒诅皇上。第二天，刘、窦二妃进宫朝贺，便离奇地失踪了。
太子妃刘氏，是刑部尚书刘德威的孙女儿，她父亲刘延景任陕州刺史。刘氏以宫女的身份进入当时的相王王府，不久，生下长子李成器。文明元年（684年），李旦曾即位为睿宗，刘妃册为皇后。不久，睿宗让位于武后，还称太子，刘氏仍为太子妃。
窦德妃出身高贵，为唐太宗的母亲窦皇后的堂兄、窦杭的曾孙女。她祖母则是高祖李渊的二女儿襄阳公主。李旦当相王时，窦氏以宫女的身份进王府，不久，就因德容兼备受到李旦的宠爱，生下李旦的第三子李隆基以及两个女儿。当她离奇失踪时，两个女儿都还未谙世事。李旦处处谨慎，没有流露丝毫的悲愤之情。武则天杀死二妃后，还派人暗中观察李旦，见他一直没有表现出异样，才放下心来。
但是武承嗣仍不甘心，还想将太子李旦置于死地。他再次指使团儿去向武则天进谗，说太子自二妃失踪之后，疑是皇上所杀，表面上装作不经意，实际上心怀怨怒，图谋报复。武后信以为真，命有名的酷吏来俊臣审理此案。来俊臣立即把太子李旦全家老少、连同侍役下人等统统抓起来，并严刑拷打。下人们起初还替太子李旦喊冤，后来禁不起酷刑摧残，只得胡乱招供画押。
本来太子李旦一家包括李隆基已经难逃此厄，但事情突然起了戏剧性的变化。来俊臣取得不利于太子李旦的口供后，得意洋洋，正准备退堂，忽然有一个人闯入公堂，大声叫道：“大堂之上，严刑相逼，什么口供取不到？太子并未造反，为何诬陷他？我是一名乐工，本不愿干预此事，但事关国家社稷，怎能不辨个明白？我愿剖心表明心迹！”说完从怀中掏出匕首，撕开自己的衣服，照着胸口用力一划，顿时，鲜血喷涌，立时昏倒在地。事出突然，来俊臣不免惊慌，走到堂下一看，只见那人的胸膛已被划开很长一道口子，五脏六腑都可看到。摸摸他的口鼻，尚有一丝气息。来俊臣一时不知道该如何处理。
这情景刚好被武则天派来的人看见。原来武则天想到此案关系重大，担心来俊臣滥用酷刑逼供，所以特地派人来察看。当武则天听说有人剖心呼冤后，大为震动，命御医全力救活自剖之人。
御医先将这人的五脏放回原处，再用桑皮线缝好创口，涂上药。直到第二天天亮，才见这人睁开眼睛，御医再用人参汤灌入他口中。到午后，这人完全清醒过来。武后亲自前去探望，询问他叫什么名字。这人答道：“臣名安金藏，长安人氏，系太常寺乐工。”然后说了一通太子无辜的话。武则天听了黯然伤神，说道：“我自己的儿子尚不知他好坏，连累了你，真是忠心可鉴！”让安金藏安心静养。武则天回到宫中，当日便下诏：“立即停止追查，将太子左右家臣、侍役尽行释放！”一场即将酿成的大狱，便因为安金藏的义举而意外平息。事见《资治通鉴·卷二百零五》。
但从此之后，李旦“止于宫中朝谒，不出外朝”，“公卿以下皆不得见”（《资治通鉴·卷二百零五》）。李旦、隆基父子，实际都被幽闭宫中，完全丧失了行动自由。年不及9岁的李隆基，失去了亲生母亲，“幼失所恃，为窦姨鞠养”。窦姨即窦德妃的亲妹妹。
过了5年多，武则天的三子李显被迎回立为皇太子，皇嗣李旦于圣历二年（699年）正月辞去太子位，复为相王。李隆基兄弟五人结束了长达6年的幽闭生活，在东都洛阳积善坊相王府侧“分院同居”，称为“五王子宅”。这一年，李隆基15岁，伯父李显为皇太子、父亲李旦为相王，重新回到自由的天地，李隆基感到有如鱼得水一般欢快。
大足元年（701年）十月，在东都洛阳住了将近20年的女皇武则天带领太子李显、相王李旦、宗室子弟及文武百官西入关中，回到京师长安。17岁的李隆基，初次来到西京长安，被赐宅兴庆坊，在京城东隅。此间，李隆基历任右卫郎将、尚辇奉御等职。
神龙元年，李隆基21岁，武则天传位于中宗李显。二月，复国号为唐，礼仪制度皆如高宗在位时旧制。李隆基生父李旦加号“安国相王”，李隆基姑母太平公主加号“镇国太平公主”，李隆基迁卫尉少卿。
然而，太子李重俊兵变事件后，韦后对相王及李隆基兄弟起了戒心，出李隆基为潞州别驾、李隆范为陇州别驾、李隆业为陈州别驾，让李隆基兄弟离开了京城这个权力中心。李隆基自京师来到潞州（今山西长治）后，并没有安于享乐，而是潜识英豪，暗结亲党。
唐中宗景龙三年（709年），李隆基自潞州返回京师。在长安的半年时间，“数引万骑帅长及豪俊，赐饮食金帛，得其欢心”（《新唐书·卷一百二十一·王毛仲传》）。万骑是宫廷禁军，隶属左右羽林军。李隆基把目光盯住这支禁卫力量，正表现了他的深谋远虑。结果，万骑帅长葛福顺、陈玄礼、李仙凫等都被他拉了过来。李隆基还争取到了太平公主的支持。太平公主是中宗、相王的亲妹妹，武则天最宠爱的女儿，韦后等虽然“用事禁中，皆以为智谋不及公主，甚惮之”，李隆基“乃与太平公主谋之，公主喜，以子崇简从”。（《旧唐书·卷八·玄宗本纪》）
这时候，有个会望气的方士对中宗奏道：“隆庆坊五王子宅中，有帝王之气。”再一次引起中宗对李隆基兄弟的疑忌。
隆庆坊五王子宅，共有5座宅第，为相王李旦5个儿子的住处，位于隆庆池北面。这个隆庆池大有来历，原来只是百姓家中一口普通的水井，后来竟天然扩至占地数十顷的大池。一口井变成一个大湖，不费丝毫人力，成为当时轰动一时的奇事。朝廷也认为这池是吉祥之物，特地赐名“隆庆”。
中宗一直不大放心，便借游幸隆庆池为名，驾幸五王子宅。中宗此行，名为游乐，实为祭天消灾，想以自己真龙天子的身份，压住这里所谓的“帝王之气”。几个月后，中宗突然暴病而亡，不过并非隆庆坊的“帝王之气”把他压死，而是他的妻子韦氏下手把他毒死的。
韦后毒死中宗后，秘不发丧，立中宗16岁的幼子李重茂为帝，自己为太后，临朝称制。又怕朝臣们反对，让上官婉儿出面同太平公主商量，想取得太平公主支持。太平公主提出必须让相王李旦辅政，才能让韦后临朝，想以此牵制韦后。韦后装作同意，等敕令发布，她正式临朝听政后，又以相王与韦后叔嫂之间、难以在朝堂为礼的理由，要求相王李旦退出辅政地位。
相王李旦常年在武则天的高压下生活，养成了淡泊自守的个性。韦后不让他参与朝政，他也没有什么意见，但却引起了李隆基的不满。李隆基见韦后等人浊乱朝政，料到将来必为祸患，便秘密交结羽林将佐及京中豪杰之士，相约伺机起事。
而韦后也预感到威胁将来自相王李旦家中。为了巩固自己的统治权，她与女儿安乐公主及其他亲信密商，计划杀少帝李重茂，就此嫁祸于相王李旦，乘机发动一次大清洗，将所有异己一并铲除。
兵部侍郎崔日用获悉韦后的阴谋后，密遣宝昌寺僧人深夜至李隆基府中告密。李隆基不敢延迟，连夜赶去太平公主府中，对太平公主说：“如今事已危急，时不我待，若姑姑再犹豫，大家都死无葬身之地。”太平公主听了勃然大怒，决定支持李隆基联络羽林军重要将领，发动兵变。太平公主还命儿子薛崇简相助，去说动羽林营总监钟绍京作内应。
景龙四年（710年）六月庚子之夜，即中宗死后的第18天，李隆基同羽林营中几十个心腹豪杰，从南苑潜入羽林营，将羽林将军韦播、高嵩杀死，提着两颗人头，向羽林营全体将士示众，并宣布道：“韦氏鸩杀先帝，妄想篡国，当共诛诸韦及逆臣贼子，为先帝报仇。”韦氏一伙人一直不得人心，李隆基一番话，引起了羽林军士中大部分人的共鸣，表示愿意听从调遣，支持李隆基。于是，众人一起涌出军营，兵分两路，一路攻玄德门，一路攻白兽门。几路人马在凌烟阁前会合后，一齐杀向太极殿。
正在睡梦中的韦后闻变后从床上惊起，披发跣足逃出太极殿，想逃到飞骑营（皇帝的心腹卫士）避难。半路遇到乱兵，立时便被杀死。将士们割下她的首级献给了李隆基。安乐公主则被万骑营斩首。此刻，上官婉儿已由婕妤进为昭容，闻知事变后，立即见风使舵，主动带领宫人去迎接李隆基，却被李隆基立斩于旗下，死时46岁。禁卫宫中的诸韦和韦后亲信，全部斩首。第二天，李隆基下令紧闭宫门和长安城门，分派万骑搜捕诸韦亲党，尽诛诸韦。
【上官婉儿有很高的文学成就，她的诗文创作一洗江左萎靡之风，力革南朝以来四六骈俪的章法，挣脱六朝余风，使文风为之大变。与其说开古文复兴气运的是韩愈、柳宗元，无宁说是上官婉儿已经早为盛唐的文学面貌绘出了清晰的蓝图。她的诗对唐诗的辉煌发展也有极大的启导作用。到了开元年间，唐玄宗追念上官婉儿的才华，下令收集其诗文，辑成20卷。张说为她写序：“敏识聆听，探微镜理，开卷海纳，宛若前闻，摇笔云飞，成同宿构。古者有女史记功书过，复有女尚书决事言阀，昭容（上官婉儿）两朝兼美，一日万机，顾问不遗，应接如意，虽汉称班媛，晋誉左媪，文章之道不殊，辅佐之功则异。”她在险恶的宫廷环境下长大，善于逢迎，懂得随波逐流的生存之道。是以被后人评价为“有才无德”。】
等到大事已定，李隆基立即亲自赶到相王府向父王叩头谢罪，说明为形势所迫、不能预先告知父王的苦衷。相王还能说什么呢，老泪纵横，一把抱住儿子道：“我的儿，社稷之祸由你平定，拯救天下百姓，全仗你大力，你还有什么罪呢？”父子相抱而泣。由此也可见李隆基谋定后动的冷静性格。
事变后第二天，李重茂照例出视早朝，登上皇帝宝位就座，对重大变故毫无知觉，群臣面面相觑，不知道该如何应对。此时，太平公主走进大殿，大声说道：“嗣君（指李重茂）准备让位给叔父（指李旦），各位大臣以为如何？”大臣中有人事先早已与太平公主通气，立即大声赞成，说理应立长君，群臣自然一片附和声。太平公主走到李重茂面前高声说道：“人心已经都归向相王，这已经不是你这小孩子的座位了，快快下来吧。”李重茂木然呆着，不知所措。太平公主却不由分说，走上前去，亲自动手，强行将少帝李重茂从皇帝宝座上拉了下来，此时，距离他初登皇位仅仅16天。相王李旦顺理成章地走上皇位坐下，恢复帝位，即为唐睿宗。太平公主的果敢性格由此可见。她与母亲武则天相同的果断性格和对权势的热烈渴望也注定了日后必定要与精明能干的李隆基发生激烈的冲突。
李重茂被拉下皇位后不知该如何应变，只能流着眼泪走到下首站着，随即被降封为温王，又改封楚王，史称殇帝，又称少帝。不久，李重茂兄谯王李重福不服相王，拥兵占据洛阳，自行称帝，并封李重茂为皇太弟。