慷褐诠セ髦泄采虾Ｊ形�10日制造了沪宁铁路全线中断行车30多小时的“安亭事件”。周恩来、陶铸对他们进行了严肃批评。但是，“中央文革”派去上海处理这一事件的张春桥，同王洪文达成协议。同意他们的要求，为自己培植了一支篡党夺权的帮派势力。
在中央，周恩来继续努力控制局面。11月中旬，他把一批单位列为重点，不准外面的人去冲击。同月，他起草了北京大、中学校师生暂缓外出串连的通知。他还采取了其他一些措施。可是，由于林彪、江青一伙的阻挠、破坏，很多措施没有能实现。
1967年1月1日，《人民日报》、《红旗》杂志联合发表了经毛泽东审定的元旦社论，号召“向党内一小撮走资本主义道路的当权派和社会上的牛鬼蛇神，展开总攻击”。张春桥、姚文元急忙赶到上海，接见“造反派”组织“工总司”的头头们说，“当前的基本问题是把领导权从走资派手里守回来。”6日，在他们指挥下，以王洪文等为首的“造反派”篡夺了上海市党政大权，刮起了“一月风暴”。接着，山西、贵州、黑龙江、山东等省党政领导机关先后被所谓“造反派”夺权。夺权之风遍及全国，加剧了混乱的局面。1月下旬，周恩来和徐向前、聂荣臻、叶剑英等一起修改《中央军委命令》稿，形成军委“八条命令”，如一切指战员及其他工作人员不得擅离职守，必须坚守岗位，严格区分两类矛盾，不允许无命令自由抓人、任意抄家、封门，不允许体罚或变相体罚，如戴高帽、挂黑牌、游行、罚跪等。周恩来把这个文件以中共中央的名义发下去，指出八条命令“除第七条关于军队的文化大革命的部署外，其他各条，都适用于地方”，力图扭转混乱局面。2月中旬，由周恩来主持在怀仁堂召开的碰头会和稍前召开的军委会议上，谭震林、陈毅、叶剑英、李富春、李先念、徐向前、聂荣臻等对“文化大革命”的错误作法表示强烈不满，对林彪、江青、康生、陈伯达一伙诬陷迫害老干部，乱党、乱军的罪恶活动进行了大义凛然的斗争。周恩来在会上还责问“文革小组”一伙：《红旗》第13期社论发表前为什么不送阅？在2月16日碰头会的激烈斗争之后，当天晚上，张春桥、姚文元、王力就秘密整理了《二月十六日怀仁堂会议》材料，经与江青密谋，向毛泽东作了汇报。毛泽东在18日晚严厉批评了这些老同志。从2月25日起到3月18日，江青、康生，陈伯达等在中央召开的多次会议上，以“二月逆流”的罪名批斗这些同志，江青一伙指责周恩来是“二月逆流总后台”。
1966年下半年，“中央文革小组”已经通过”造反派”散布“新文革与旧政府”的矛盾，把矛头对准国务院和总理周恩来。1967年初，北京大街上连续出现打倒周恩来的标语。江青曾多次召集黄永胜、吴法宪、叶群、李作鹏、邱会作、张春桥、姚文元在钓鱼台诽谤周恩来。周恩来巍然不动。2月18日，他接见国防工业口“造反派”代表时克思主义全部学说的理论基矗马克思和恩格斯在19世纪，继续指出：宣传、财政、外交、国防、国防工业等大权属于中央，不能夺；走资派有的地方不一定有，即使有也是少数人。3月21日，他在一个文件上加了这样一段：“要正确对待干部问题。对他们要进行调查研究，阶级分析。对犯错误的各级领导干部要根据党的政策，按其情节轻重分别处理，不要不分青红皂白，一概排斥，一概打倒。”康生给外交路线扣上了“三降一灭”的帽子，有人告知周恩来，周恩来说：“不通。”在他主持中央碰头会时，还通过了《中共中央关于禁止挑动农民进城武斗的通知》。
另一方面，林彪、江青一伙对周恩来的攻击和诬蔑不断升级。1967年5月，军队中文艺界的两派都要为纪念《在延安文艺座谈会上的讲话》发表25周年而演出。周恩来和中央军委总政治部都希望“两派同台演出”，以利于促进团结。但是林彪、叶群支持一派，挑起武斗，造成了流血事件。这月，造反派贴出炮打周恩来的大字报、大标语，并称“总理是老保”。6、7月间，“中央文革小组”一伙多次在会议上提出：中国人民解放军的创建日期不应是“八一”南昌起义，而应是“九九”秋收起义。也在这期间，江青把解放前国民党报纸上伪造的所谓“伍豪等脱离共产党启事”送林彪、周恩来、康生，说什么“他们查到一个反共启事，为首的是伍豪（周××）”。周恩来立即以事实加以驳斥，说明“纯属敌人伪造”。林彪和“中央文革”一伙企图整垮周思来的迹象越来越明显，王力、关锋、戚本禹加紧组织和操纵着反革命阴谋集团“五一六兵团”，连续抛出反对周恩来的大字报、标语、传单，他们要夺“旧国务院的大权”。王力在8月7日讲话，煽动群众夺取外交部大权，矛头直指周恩来，江青、康生、陈伯达都表示支持。随即发生了火烧英国驻华代办处那样的一系列涉外事件，严重破坏了我国的对外关系和声誉，林彪在8月9日鼓吹“要建立新的国家机器”；江青提出“文攻武卫”的口号煽动武斗，全国混乱达到顶点。周恩来把王力的讲话送给在外地的毛泽东阅，毛泽东看后指出是大、大、大毒草。8月底，毛泽东批准周恩来的报告，对王力、关锋实行隔离审查，陈伯达才被迫宣布：外交大权归中央，由周总理负责。9月上旬，周恩来在北京市革委会扩大会议上讲话，批评红卫兵对形势的错误估计和“揪军内一小撮”、“对香港、九龙的斗争”等错误作法。他在会见广州地区各派赴京代表时疾呼反对武斗，制止武斗。他对财贸口各部“造反派”要夺武器、夺金库表示强硬态度，说：“夺就是非法的，当场就要逮捕”；“如果你们组织一些人去夺金库，那你们算造反派，还是强盗？”“如果夺金库就开枪”。他在接见前往哈尔滨的调查组人员时，批评了7、8月间极左思潮的煽动，指出现在的中心问题是反对武斗，反对夺枪，抓革命，促生产，促业务。经过艰苦的工作，全国的形势逐渐稳定下来。
林彪、“四人帮”利用“文化大革命”篡党夺权，他们的首要一着，是打倒一切党政机关领导人。因此，保护领导干部还是打倒领导干部，是当时极为尖锐的斗争焦点。在这暴风雨般的年代中，周恩来身处中央岗位，他殚精竭虑，努力保护一切他力所能保护的同志。
1965年11月《人民日报》被迫转载姚文元的《评海瑞罢官》后，周恩来一而主张要说理，一面曾对吴晗说：“吴晗老，我给你换个工作怎么样？”这种保护措施，后来由于形势迅速发展而未能实现。“文化大革命”之初识主要有三种方法，即观察、思考和实验，批判了凭主观思，周恩来就指示北京卫戍区司令傅崇碧对罗瑞卿要“保护好，要保密，不要被人抢走”。他指示吴法宪把罗瑞卿安排到空军医院，吴法宪却请示叶群后予以拒绝。罗瑞卿只好送到另一家医院。当有人要罗瑞卿参加批斗会时，周恩来指示：手术期间不能批斗。有人要把罗瑞卿揪走，周恩来说：“绝不能让抓人。”当一些人还是把罗瑞卿揪走后，周恩来反复做工作，终于把人要回。“文化大革命”中周恩来对于老帅们的保护，更是人所周知的。他很少考虑自己，但对战友们却关怀备至。从1966年12月到次年1月底的50天中，周恩来接见外交学院造反派五次，累计20多小时，其中有一半是说服他们正确对待陈毅的。12月31日．各军事院校“造反派”把几位老帅列为全军资产阶级反动路线代表，周恩来就向他们做工作，说：陈、叶两副主席和刘、徐、聂三位副主席，是拥护毛主席的，“以他们做为全军资产阶级反动路线的代表，是不符合实际的”。“反击二月逆流”后，陈伯达、戚本禹煽动群众攻陈毅，周恩来指示北京卫戍区布置保护陈毅安全的措施。他坚决反对“打倒陈毅”的标语和口号。“造反派”每次批斗陈毅，周恩来都要亲自参加，这是极有力的保护，但又等于陪斗。有一次，他在连续工作18小时后又因遭到一伙人长时间围攻，而心脏病发作。对贺龙的保护，周恩来也是作了最大的努力。1966年7月，康生诬陷贺龙等在北京“调动军队搞二月兵变”。8月，林彪指使吴法宪编造诬陷贺尤的材料。12月，周恩来为了贺龙能正常工作和休息，帮他移住国务院新六所。月底，江青煽动群众造贺龙的反。
1967年1月9日．林彪亲自攻击贺龙。接着，贺龙家被抄。周恩来把贺龙移住到中南海西花厅。不久，中南海也分成了两个群众组织。周恩来对贺龙说：现在中南海也不安全，我另外给你找个安静地方，休息一下，秋天再接你回来。他把贺龙移住到西山某处。对外，他不断嘱告国家体委“造反派”：总理不同意批斗贺龙同志。2月22日，江青要周恩来表态“把贺龙揪出来”。遭到周恩来严辞拒绝。但后来林彪、江青侦知了贺龙藏身之处，把他作了转移，周恩来再也找不到他了。直到林彪摔死，周恩来才得知贺龙已去世；他派人专程接回贺龙夫人薛明，失散五年的孩子们也团聚了。彭德怀是1966年12月被江青指使“造反派”从成都劫往北京的。彭德怀所在单位向中央请示，周恩来下达二条指示：（一）由成都军区派出部队与红卫兵一道护送彭德怀同志到北京。沿途不许任何人截留，不得对他有任何侮辱性的言行，绝对保证他的安全。（二）不坐飞机，由成都军区联系火车来京。（三）由北京卫戍区派部队在北京站等候，并负责安排彭德怀同志的住宿和学习。红卫兵把彭德怀劫持到北京火车站后，立即向戚本禹报告，成本禹眉飞色舞地在“文革”碰头会上通报这个消息，恰好周恩来在场。他立即站起来说：这事由我来处理，由我派人去接。随后他就离开会议室，亲自去安置。彭德怀暂时被“监护”期间，从年底到1967年7月由专案组管理之前，他没有受到后来那种非人的折磨和摧残。
对其他老帅，周恩来也倍加关注。在“文化大革命”混乱期间，他曾在夜深人静的时候，带着傅崇碧等，到几位老帅的住地，视察那里的警卫工作。1967年2月上旬，“造反派”在三座门闹事，矛头指向徐向前。周恩来对此极为重视，并通报给聂荣臻、叶剑英，杨成武、肖华、傅崇碧等。林彪、江青一伙反“二月逆流”，抓“军内一小撮”，一些群众组织要冲击老帅们住地。周恩来专仍找卫戍区领导人研究保护措施，要他们把老帅们安排在安全地方，加强警卫，并研究了万一老帅们受威胁时需要采取的应急措施。这年八一建军节，林彪、江青等坚决反对徐向前、聂荣臻、叶剑英出席招待会，周恩来决定直接向毛泽东请示，得到毛泽东同意，三位老帅仍旧出席了招待会。周恩来为了避免意外，还布置了老帅从住处到人民大会堂的行车路线。10月，老帅们都住在西山，江青指使群众组织去搜山。周恩来知道后，马上指示傅崇碧派两个团前去劝阻、警卫。
1966年12月，当周恩来得知彭真、刘仁、万里、夏衍等被揪走后，立即令傅崇碧、周荣鑫把人找回。他说：“不能开这个先例