广州城，被占领的不安情绪在百姓中反而不见了踪影，人们最关心的还是惩处贪官。再有一个关心的重点就是政府公告即将出台的改革方案，一切的变革全部按照茂名成功地改革方案进行。茂名的变革广州老百姓是知道的，特别是太平天国的《田朝田亩制度》在这里将被更彻底更完善的执行，他们当然明白改革将会使他们大获其利，一时间广州老百姓欢欣鼓舞，到处奔走相告。
郭嵩焘没有被公审，因为从他的府第一共就查出1000多两白银，看来他为官还是很清廉的。特别是他在广州半年多政务上很勤勉，也做了不少实事。李健特别下令，不能为难他，要尽力满足他的要求。
广州喜气洋洋，北京皇城也是热闹非凡。先是四川总督骆秉章传来奏章：数年来专力围攻石达开，石达开奔突万余里，蹂躏百余城，专以出没边地，避实蹈瑕为能事。臣将计就计，与布政司刘蓉定议，决逼达开入边，终在大渡河边生擒反贼石达开，并押赴成都，恭请圣上裁决。大清国西面的叛乱终于被平复了。
再有就是两江总督曾国藩奏报，经查实长毛头子洪秀全病死在南京城。现在南京城外无救兵，内无粮草，不日即将平复。看来江南叛乱的平定也为期不远了。
就在双喜临门之际，湖广总督官文来了奏折，广州失陷，巡抚郭嵩焘，镇总兵蒋益澧被俘虏，广州将军阿杜兴战死。福建提督林文察飞书告急，闽省空虚无兵，加之隔海台湾的威胁巨大，请求朝廷早做对策。广东提督邓安邦急奏，反贼进逼惠州，惠州情况万分紧急，随时可能失陷，请朝廷早发救兵。一道道奏折文书把难得的喜庆气氛一扫而空。
慈禧紧急召见议政王奕訢，惇亲王弈誴商量对策。
两位王爷一致认为，福建备战不利，导致广东一败竟无兵可援。加上福建水师全军覆灭这件事情，巡抚柏贵罪不可恕，因该立即查撤。另外可令四川总督骆秉章遣兵从贵州进入广西作战以牵制叛军。晋升荆州将军都兴阿为湖南陆路提督，扩军备战，调拨吉林、黑龙江马队回鄂，驰赴湘南，并派知府肃翰庆，率水师炮船前往湘南，尽归都兴阿将军指挥，从湖南进攻两广。福建方面可让浙江巡抚左宗棠遣兵前往救援。命广东提督邓安邦死守惠州等待救援。
慈禧也知这些办法一时半会起不到效果，可是没有办法，谁叫广州城只几天的功夫就被攻陷，广东主力尽没。周围几省又无援兵。事到如此，也只能这样救救急了……翁退律偾洹５诙辏苋说辣幌髦胺导衷谏轿魑逄ㄉ街鞒制揭Ｊ樵骸？br /》
慈禧听了比较中意，就问惇亲王弈誴的意见如何。惇亲王原本另有人选，除了和奕訢意见不和外，主要是因为他年纪太大，已经67岁了。可是没有想到工部薛福辰前几日就向他举荐这个人，说徐继畲年岁虽大，可是老当益壮，又熟悉洋务，支持改革，绝对可以再次启用。于是这次惇亲王同意了奕訢的意见。
等到两位王爷准备离开的时候，慈禧对惇亲王说：“我和姐姐商量过了，大学士翁心存近日刚过世，工部尚书倭仁改任都察院左都御使。工部没人管，侍郎薛福辰才可大用，以前翁心存翁同和父子两个没少在我这里夸奖他，惇亲王又这么大力举荐，我和姐姐商量晋升他为工部尚书，军机处上书房议事大臣，总理衙门办事大臣。赏一品顶戴。”惇亲王听了大喜，连忙跪地替薛福辰谢恩。
慈禧又对奕訢说：“都察院和户部尚书翁同和弹劾曾国藩私通乱匪的折子，我看过了，曾国藩的胆子是越来越大了，上海的报纸都登出来了，不过我看这事情先压压，叫曾国藩写个罪己折子就算了，朝廷还有用他的地方啊。至于扩军的事情，就全权交给荣禄和多隆阿。还有崇厚和黄禹门接收舰队的事情办的也差不多了吧，叫他们尽快出战。”奕訢听着一一应允。听太后说到：“尽快出战。”惇亲王立即回禀慈禧太后：“黄禹门刚给军机处上了一个折子，他认为舰队刚刚接管就南下作战，十分不利，听闻南方反贼的海外基地唐城常派运输舰队通过对马海峡给南方反贼输送物资。他建议不如在那里偷袭运输舰队，一来打击南方反贼，二来积累海战经验。臣以为这确实是一条妙计。”慈禧说：“看来这黄禹门果然有将帅这才，惇亲王真是慧眼识人啊。好的，准许他的奏请。”听着太后的夸奖，惇亲王心里别提多高兴了，想想这些都是薛福辰给他出的主意，心里更加器重薛福辰了。
英国驻北京公使卜鲁斯也听到了南方攻克广州的消息，不过他最关注的是南方红军拒绝英国鸦片从他们的地盘上输入，现在广州被占领，英国在中国南方的鸦片输入几乎被完全阻断。广州公使巴夏礼还向他报告，红军武器装备先进，自己制造的铁甲舰虽然排水量不大，不过技术先进，很多地方英国也比不上。这一切更让卜鲁斯关注这支几乎是突然冒出来的强大对手。然而此时，清廷的议政王奕訢又暗示如果英国肯帮忙平定南方反叛，清廷可以给更多的好处。卜鲁斯陷入了两难境地，他决心好好的全面调查一番，然后给英国本土送一份详尽的报告，让女王维多利亚和首相帕麦斯顿来决定英国到底应该如何应对中国复杂多变的形势。
在南方，红军跨过珠江，东征惠州。惠州被围，不过李健将围攻惠州的指挥权交给了加里波第，自己回到广州，因为他又要做一件轰动的大事。王韬已经为他做好了全部的准备工作。
８月底，张之洞派兵包围了英国使馆和外国商人所住的商馆，逼迫英国公使交出全部鸦片。态度之强硬令英国广州公使巴夏礼目瞪口呆，他有点担心会像当年在通州一样被中国人拘捕关押。为此他向李健递交了外交照会，强烈抗议这种强制行为。李健以中英两国没有正式建交为由拒绝了他的外交照会。
李健心里明白，鸦片的危害是巨大的。当时的鸦片价格，每公斤约值白银五两，可是早在１８４０年，每年流入中国的鸦片少说就有２５０万公斤，每年仅鸦片一项，即流出国境白银就超过一千万两白银。这是一种残酷的贸易，把毒药卖给愚昧无知的中国人，使他们中毒，再把他们榨穷。如果放任它发展下去，必然产生两种后果，一是中国财富罄尽，社会崩溃，一千多万平方公里庞大国土上，一片荒芜。一是中国人体格败坏，一个个骨瘦如柴，种族灭绝。所以在红军占领广州之始，他就命王韬注意调查英国人在广州的鸦片贸易，他要重新做一件先人林则徐２０多年前做过的事情，虎门销烟。
李健示意王韬必要时可以使用强硬手段。于是广州解放八天后，王韬就下令禁绝鸦片，接着又命外国商人把现存的鸦片，于三天内全部交出，还要具结保证：“以后永不夹带鸦片，如果违犯被查出时，甘愿船只立即没收，人员就地处决。”三天过后英国人没有任何反应，王韬命令张之洞率部队将外国商人所住的商馆立即被包围，中国仆妇跟附近居民，全部遣散撤退。很快其他国家都相继愿意作此承诺。广州公使巴夏礼被迫也愿具结保证以后英国商船绝不夹带鸦片，但遇到有违犯这项禁令时，他要求两点：一是，没收鸦片，必须付给补偿。二是，对于违法人员，不能就地处决，必须经过英国公开的审判，才可以定罪。王韬嘲笑他说：“请公使先生不要忘记，这不是印度，这是在中国。”几番谈判不成，红军把守的又严格，匿藏的鸦片无法偷偷运出广州。加上王韬不理会巴夏礼的要求，宣称如果不交出鸦片，便断绝商馆和使馆的饮食供应，相关人员将被强制拘捕关押并公开审判。巴夏礼被包围到第９天，不得不屈服，交出全部鸦片三百四十万公斤，但仍拒绝具结保证，遂跟全体英国商人使馆人员撤出广州，退往香港。
９月初，惠州城墙多处被红军大炮轰塌，红军冒着密集的枪弹冲入惠州。惠州遂告解放。广东提督邓安邦被生擒活拿，押解广州。至此，广东大部基本解放，红军已经占有广西，广东，台湾中国西南一隅。红军的大后方初具规模。
９月１８日，在广州虎门，李健亲自主持了虎门销烟，四乡八里的老百姓都自发的赶来观看，许多２０多年前经历过林则徐虎门销烟的老人带着儿孙赶来重温当年壮事。
在硝烟正式开始之前，李健亲自主持了祭奠林则徐的宏大仪式，当众宣读王韬起草的纪念文章，称林则徐为当代民族之大英雄，功在当代，福及千秋。许诺在虎门修建祠堂，立碑修撰纪念林则徐对国家民族的功绩，千秋万代，永世不忘。并且在文章中第一次正式提出在清廷任职的官员只要心系国家民族大义，愿意投诚倒戈，红军既往不咎，并会量才许以重任。
然后，张之洞，詹保柱，菲利浦等人率众向十个挖好的大坑中倾倒鸦片和石灰，硝烟正式开始，一共销毁了１５０万公斤以上的鸦片。以此表明南方政府禁烟的决心。围观的数十万老百姓高声赞贺，不知是谁高喊“李健万岁！”一会儿，几十万人都转而高呼“李健万岁！万万岁！”声势响彻云霄。
广东老百姓是有千万个理由认同他们心中的万岁的。广州新政已经正式开始实施。就像当初在茂名改革时一样，政府一面残酷镇压大地主，大官僚，大商人，将他们的巨额财产没收充公。取缔查封鸦片馆，妓院，赌馆。没收从事这些行当商人的财产。治了他们重罪。另一面，政府无偿平均分给农民土地，耕牛，农具，房舍。保护城里的中小合法商户，手工作坊，鼓励商人兴办工厂，经营商业。政府为商人提供低息贷款，低价或者以入股的方式出让民用商品制造专利和生产技术。比如火柴，肥皂，煤气灯，自行车等等。政府自己也新建工厂，矿场，给城里的普通市民稳定的工作机会。政府同时兴办学校，医院，一系列改革给了给了占大多数的中下阶级老百姓实实在在的实惠。
特别是在禁烟问题上，对待列强的强硬态度和手段，使得老百姓一扫几十年来对待洋人低迷消沉的心理，大大的长了中国人的志气。另外政府出人意外的高度称颂林则徐，使老百姓和读书人感到新政府海纳百川的宽博胸怀。心里崇敬之情不由得不油然而生。
虎门二次硝烟再次震动了大江南北，朝廷内外。事件发生之后，各省一下子冒出了很多激进的革命党人，到处散发虎门二次硝烟时李健当众演讲的檄文。几乎全中国老百姓茶余饭后谈论的主题就是南方新政和二次硝烟。一个是代表百姓的利益，一个是代表民族的尊严。这些在普通老百姓和读书人中的巨大震动先不说。就是在朝廷内部，各省督抚都开始认真思考一个问题，那就是民心所向。他们中很多人私下里表示了对南方政府能够对洋人采取强硬手段的敬佩之情。这其中，由以浙江巡抚左宗棠，山东巡抚丁宝桢最为典型，两个人都上书朝廷，历数朝廷弊端，要求朝廷加大洋务改革力度，致力于富国强兵的洋务运动以挽回民心。而曾国藩因为上次的通匪事件，朝廷已有猜忌，虽有心上谏，终究没有将写好的奏章送出。采取了沉默的态度。
两宫太后震怒，数次严厉训斥军机处办事不利