实际上也是掌握在皇帝手中。御史大夫是负责监察百官的，也是副丞相，皇帝的诏令一般由御史大夫转交给丞相去执行。
三公的下面是九卿：奉常，掌管宗庙礼仪；郎中令，负责传达皇帝命令，以及皇帝的警卫；卫尉，就是宫廷的警卫首领，负责皇帝住所的日常守卫；太仆，主要工作是负责侍从皇帝，掌管皇帝的车马；廷尉，掌管全国的司法事务，负责审理重案要案；典客，负责国家的外交事务，同时负责内部少数民族的事务；宗正则是专门管理皇室事务的官员；治粟内史，管理中央财政，并负责全国的税收工作；少府是皇帝个人的财政官员，管理归皇帝私有的山泽湖泊和宫廷手工业。
在地方，加强君主集权的重要措施是实行了郡县制。这是地方政治体制的历史性变化，代替了原来的分封制。在讨论时，李斯反对分封制，周朝因为分封制，将子弟封到各地为王，几代之后，关系就疏远了，不可能像原来那样团结，致使周朝分崩离析。天子无法控制，徒有其名。应该设置郡县，由皇帝亲自任命官吏进行治理，罢免权也操纵在皇帝手里。这样就能使天下长期稳定，政权永远掌握在中央皇帝的手里。秦始皇采纳了李斯的建议，在全国设立了三十六郡，郡下设县。郡的长官是郡守，县的长官有两个名称，一是县令（万户以上），一是县长（万户以下）。县以下依次是乡、亭、里、什、伍，是一种准军事化的管理体制，基层百姓五家为一个单位，由伍长负责。什则由十家组成，由什长负责。
秦朝对于官吏的管理是很严格的，制定了很多处罚官吏的法令。官吏犯法，不是像西周那样享有特权，即‘刑不上大夫‘，而是加重处罚。这使得秦朝的吏治非常清明，政府的办事效率极高。对于官吏要求很严，必须通晓法律，但也给了很高的地位，不但是政治地位，法律的学习也向官吏请教，即‘以吏为师‘。
除了政治体制改革外，秦始皇还采取了一系列的措施来巩固集权统治。
第一，修造长城。秦始皇下令将原来六国的首都和各自修造的长城拆毁，然后统一修造抵御北面匈奴的长城。秦的长城西起陇西的林洮（现在的甘肃岷县），东到辽东（现在大同江一带），东西长达万里。第二，没收天下的兵器，然后熔化铸成十二个巨大的铜人，每个有24万斤，防止天下人作乱。第三，修建官道，即弛道。以咸阳为中心，共修成三条，一条向北通到了内蒙，叫做直道。一条通向东面的河北和山东，直到海边。一条向南，通两湖和江苏。弛道宽达五十步，两旁每三丈远就种一棵青松树。弛道的建立，大大缩短了信息传播的时间，有利于中央集权的加强和政令的及时传达。第四，为了根绝先前六国后裔的反叛行动，秦始皇将后裔贵族们连同富豪一块迁到了咸阳，这样便于监视，同时也繁荣了都城的经济。
同时，秦始皇还改革并统一了原来混乱的度量衡和货币，汉字也得到了统一，促进了各地文化的交流。
秦时的疆域异常辽阔，北到长城和阴山，南到南越，即现在的岭南地区，秦还设置了南海、桂林、象郡进行管理。疆域的西界是陇西，东则延伸到了辽东。
《焚书坑儒苛政猛于虎》
秦始皇由于实行严酷法律，引起了士人的不满，纷纷指责秦始皇。已经升任丞相的李斯主张严厉镇压这些胆大妄为的士人，他给秦始皇写了一封奏疏，要求进行焚书。即除了《秦记》之外的所有史书一律烧毁，全国百姓和士人私自收藏的经书和诸子百家的典籍，也全部由官府统一烧毁。敢再违抗命令，议论政事的人一律处死。如果官吏知情隐瞒不报，也和藏书的人同等治罪。除了少数史书之外，其他的最后只留下了关于农业、卜筮和医药的书籍。
秦始皇同意了李斯的意见，下令全国进行焚书，这是对中国文化的一次清洗，和法律一样是秦朝暴政的集中体现。
只烧掉书籍并不能堵住士人的口，反而激起更大的反抗，百姓和士人对秦始皇的暴政怨愤异常，对他不利的言论遍布天下。这使秦始皇勃然大怒，派出御史到全国各地追查，最后抓到四百六十多人，秦始皇下令一块押到骊山的山谷中，全部坑杀，也就是活埋。因为这些人绝大部分是儒生，所以被后人称为“坑儒”。
焚书坑儒是秦始皇无法抹去的一大污点，极大地抵消了他统一全国的历史功绩。
不仅是焚书坑儒，秦始皇的暴政还体现在大兴土木，修建阿房宫导致民怨沸腾。
秦始皇很喜欢六国华丽的宫殿，所以，每当灭掉一个国家，他都要让人将宫殿的图画下来，然后在咸阳照样仿造。等全国统一了，他还曾经想造一个最大的苑囿，西起雍、陈仓（现在陕西凤翔和宝鸡地区），东面延伸到函谷关（现在河南灵宝），长达千里。最后被秦始皇的侍从、侏儒优旃（音沾）劝止。优旃对秦始皇说：“这样可太好了，有了这么辽阔的皇苑，我们可以多放养些猛兽，如果六国的后裔有人敢从东方进攻，就把这些猛兽赶出去将他们吓跑。”秦始皇一听，不禁大笑，于是就打消了建这个巨大苑囿的打算。
最大的苑囿没有建成，但秦始皇却建了其他很多的宫殿，单单咸阳的周围就建有宫殿二百七十多座，行宫在关外有四百多座，关内三百多座。在这些宫殿中，最大最有名的还是阿房宫。因为在秦末已经被项羽烧毁，所以其规模究竟有多大，现在无法估计，但根据历史记载，光阿房宫的前殿的东西就宽达五百步，大约相当于七百米。南北有五十丈，相当于一百一十五米。殿的门用磁石砌成，主要是用来防止人带兵器行刺。在殿门前排列着十二个铜人，即用没收民间兵器熔铸而成的那十二个铜人。
在秦始皇死在出巡的路上时，阿房宫还没有建成，这个巨大的工程，每年都要调用民工七十万人。另一个宏大的工程是修建秦始皇自己的骊山墓，每年也用工七十多万人。加上其他的用工，如修建长城，修弛道，常年的兵役征发，致使秦朝每年服役的人达三万之多，男子征发不足使用，有时还要征发女子。秦朝因为实行法治，反对儒家思想，没有像后来那样限制妇女从事公众活动。儒家主张和长辈同住，以便尽孝，秦则要成家的男子和父母分居，这样国家可以按照户数多收赋税。
苛捐杂税，加上严酷的法律，使人民生活如同水深火热，由于原来的秦国变法，被东面其他国家称为“虎狼之国”，现在统一后，暴政使秦朝真成了“虎狼之国”。人民动不动就触犯了法律，处罚也相当严厉，特别是当时的野蛮的肉刑制度，常将犯人的脚砍断，造成大量的残废人。原来百姓渴望统一，结束无休止的战争，是想从此过上安宁的日子，现在秦的暴政让他们失望至极，秦的民心丧失是它迅速灭亡的主要原因。
秦始皇的长子扶苏曾经劝说过秦始皇：“现在天下刚刚安定，但远处的民众还没有彻底安定，士人们现在也都在推崇儒家的主张。父皇这样用严酷法律治理天下，儿臣担心会令天下不稳。希望父皇能认真考虑，改变政策，安定人心。”秦始皇听不进扶苏的话，反而斥责扶苏多事。最后，秦始皇将扶苏派到北面边境的军队里做监军，和大将蒙恬一起抵御匈奴。
秦始皇不听劝告，仍在一意孤行，秦在民众的诅咒下气数将尽。楚国旧地的民谣中有了“楚虽三户，亡秦必楚”的说法。在公元前221年，即秦始皇三十六年，在秦的东郡（现在河南濮阳）有一块陨石坠落，于是有人便趁机在上面刻了诅咒秦的一句话：“始皇帝死而地分”。秦始皇得到消息，火冒三丈，派御史严厉追查刻字的人，但最终也没有查出来。御史便将附近的住户全部处死，又将刻有字的陨石毁坏。但这丝毫不能挽救秦朝灭亡的命运。
《向东求仙寿终却归西》
秦始皇做了皇帝之后，虽然希望皇位能万世万代地传下去，但他自己还是想长生不老，于是就千方百计地寻求仙丹妙药，因此，在统一全国之后，秦始皇经常出巡，这样也能向天下人炫耀自己的文治武功。没有想到，他的性命就坏在了为了求仙丹的出巡路上。
在统一的第二年，秦始皇曾经出巡过北面，当时主要是为了抵御匈奴，鼓舞士气。他全国性的出巡一共有四次，第一次是在统一全国后的第三年，在第四次，秦始皇死在了出巡回来的路上。
现在，许多地方还存有秦始皇出巡时留下石刻，如著名的泰山上的石刻，这些石刻主要是为秦始皇歌功颂德，宣传自己统一国家、进行各项改革的历史功绩。
为了找到神仙，求得仙药，秦始皇的出巡总是到海边去，因为他听说神仙总是在海边出现。到碣石（现在的河北昌黎）一次，到成山（现在山东成山角）两次，到琅邪和之罘三次，就是因为这些地方传说是神仙常来登陆的地点。每到一个地方，秦始皇都要派很多的方士去求仙找药，著名的徐福东渡日本就是秦始皇所派，现在日本有的学者甚至认为徐福就是日本的一代天皇。
到了公元前的120年，即秦始皇三十一年，秦始皇开始了他的死亡之巡。他率领大队人马，从都城咸阳出发，直奔南方的云梦（现在的洪湖和洞庭湖地区），并到九嶷山祭祀了祖先舜。接着，乘船东进，在丹阳（现在安徽当涂）上岸，到了钱塘（现在浙江杭州），又向西渡江登会稽山，祭祀了治水的大禹，然后刻石于会稽山。下山后，从吴中（现在江苏吴县）北上，继续他的求仙之旅。为了能见到神仙，秦始皇一直是沿着海边北上，但总是一无所获，最后，失望的秦始皇只得往回返，没想到在平原津（现在山东平原县）就一病不起。
随行的赵高、李斯和胡亥等人知道秦始皇时日不多，但因为秦始皇忌讳说“死”字，所以没有人敢向他问身后的国事如何安排。随着病情越来越重，秦始皇也意识到生命到了极限，便留下了遗诏，要长子扶苏奔赴咸阳主办丧礼，并继承皇位。诏书放在任中车府令的赵高那里，还没有等诏书送出，秦始皇便在公元前210年的七月暑热季节，在沙丘平台（现在河北广宗境内）病死了。
秦始皇死时仅五十岁，他在秦王位共二十五年，称皇帝十二年，总共三十七年。
为了防止秦始皇的儿子们争夺皇位而导致天下大乱，李斯封锁了消息，将秦始皇的尸首放在车里继续向咸阳赶路，但热天中尸体开始腐烂，散发出臭气，为了掩盖，李斯让每辆车上都装一石鲍鱼，用鱼臭掩盖尸体的腐臭。
赵高比李斯奸诈，他为了自己专权，竟借扶苏不喜欢李斯的事实来蛊惑李斯和他一起篡改了诏书，让胡亥继承了皇位。同时假造圣旨让扶苏自尽。胡亥即位后就是秦二世。
同年九月，秦始皇被葬在骊山墓中。墓高有五十丈，像座山陵一样。皇帝原来的墓都是依山而建，所以叫陵墓，后来，皇帝的墓不都依山而建，而是建成山丘一样高，所以，“陵”除了指小山外，就是指皇帝的墓了。按照规定，皇帝的墓可以建九丈高，但至高无上的皇帝陵墓总是超过这个高度。至于百姓的墓，不但要称为“坟”，还限制在三尺以下，否则就是触犯法律，要受处罚。其他大臣们的坟墓也有规格限制，不能随便超越。
秦始皇的骊山墓建得很豪华，因为墓室很深，有泉水渗�