明史云：“京师大疫，自二月至九月。” 和山西的情况一样，在初次流行的第二年，也就是崇祯十七年，北京大疫进入高峰，高峰期正是三、四月间。
这个横行华北的大疫究竟是什么？“东死鼠、西死鼠，人见死鼠如见虎” ，是人类历史上最重要的烈性传染病：鼠疫。当时人们不知道传播途径，因为每次流行都见到？？。250年后，日本人北里柴三郎和法国人耶尔森从香港鼠疫病人身上分离出一种杆菌，证明这种杆菌是鼠疫的病源，人们才开始对鼠疫有了认识，并且找到了防止手段。可是在1644年，面对鼠疫，人们只能束手待毙。
历史上最有名的鼠疫流行是十四世纪消灭了欧洲将近一半人口的黑死病。黑死病是通过跳蚤的叮咬在耗子之间、耗子和人之间传播的。其发病很快，死亡率极高。但这种病初发地要高温潮湿，象地中海边的意大利。同时卫生条件要很差，跳蚤老鼠到处都是。华北在明代虽然卫生环境不怎么样，可是气候干燥有冬季，不适合跳蚤大规模繁殖，为什么也流行鼠疫？和黑死病不同，在华北流行的鼠疫潜伏期长，死亡率没那么高，身上没有黑斑，往往有出血现象，以致迄今还有人认为不是鼠疫。
这个问题在20世纪初东北鼠疫大流行时由一代名医伍连德找到答案，证明鼠疫有两种。引起黑死病的是腺鼠疫，通过跳蚤传播。在中国北方流行的是肺鼠疫，通过呼吸道传播，有效预防的方式是戴口罩。口罩口罩，1644年人们哪里知道何为口罩。直到359个春天以后，北京才做到全城口罩，这一次是萨斯，也是经呼吸道传播的烈性传染病，高发期也是春天。
这也证明了，北京春天干燥的气候适合呼吸道传播的病源生存，使它们在离开人体后能存活一段时间。流感如此，萨斯如此，鼠疫也如此。当李自成兵临城下的时候，北京城里鼠疫正好是突然爆发的关键时刻。联想一下萨斯在北京时，那种恐慌的情况，如果有敌人，怎么能守得住？三个城垛一个兵，北京才有多少城垛？三大营再虚额，十分之一也会有吧。“鞭一人起，一人复卧如故”，这难道是人心涣散？杀一警百不就行了，李自成部素来凶残，难道大家情愿受死？是因为鼠疫流行，感染以后身体虚弱，无能为力。
北京人满为患，正好利于鼠疫流行。鼠疫在生活环境差的百姓和士兵中间流行，官僚家庭受波及很小，所以在深宫里的崇祯不知道，在城外的李自成也不知道，这才有议和的故事。等到李自成想惩罚性地攻一下城，没等开始，守城的别纷纷献城。这是因为大家都知道守不了。如果没有鼠疫，再不济事，靠着大炮和坚固的城防，怎么说也能坚持几天吧？
李自成就这样连自己都不敢相信地轻易地进了北京，同时连自己都不敢相信地发现他梦里繁华的京城现在如同鬼域。
不管是不是鬼城，进了京的没有人肯退出去。李自成在西安已经立国了，这么轻易地进北京，不登基等什么那？于是大顺的精兵良将就在北京住下了，不是住兵营就是住民居，降卒也要收编，无数的密切接触机会。鼠疫便开始在这些外地人中间流行开了。四十一日迅速丧失战斗力，不是北京的花花世界，而是满城的咳咳细菌。
既然已经拿下京城，为什么那么急向官员们追缴，难道不知道稳定人心的重要性？可是李自成没有办法，宫里空荡荡，老百姓贫病交迫，只有官员有油水，万一哪天瘟疫扛不住了得赶紧撩脚丫子。其实这并不是李自成所部一家所为，古来叛军入城，都是烧杀**掠夺，以已经被丑化了的历史记载来看，李自成算是文明的，多少次王公贵族被屠杀的，也没听说那么快就丢了到手京城的。
李自成讨伐吴三桂，人数为什么争议很大，就是因为瘟疫流行，减员严重。可是为何在山海关前李自成一度占优？这还要说说肺鼠疫，这类鼠疫的潜伏期可以长到20多天，也就是感染了20多天才发病。这种长潜伏期的烈性传染病流行面广，因为未发病时和正常人一样，可以继续感染别人。李自成带到山海关前的部队，正是剩下的还未发病的那部分人，战斗力还在。这批人在山海关战死了一部分，逃回来的也陆续发病，于是李自成手下全是鼠疫病人，即便是痊愈的也非常虚弱，能跑路就不错了。这就是为什么李自成从山海关下来，不能守北京，离开北京也连战连败。一路退一路把鼠疫流行过去， “凡贼所经地方皆大疫，不经者不疫”。各地留守的部队也染上鼠疫，于是弃山西弃西安最后败死九宫山。那支无敌的雄师被鼠疫消灭了，联合南明时已经是乌合之众。
历史上瘟疫造成大军死亡几成的记载比比皆是，行军打仗，最怕瘟疫。李鸿章便深有体会，考察西洋军事最大的感慨就是西方部队以医官为重，这才开设北洋医学堂，培养军医。在古代那种卫生条件和医疗水平之下，一旦军营出现瘟疫，整个部队便不战而溃，多少次到手的胜利就是让瘟疫夺去的，李自成也一样，只不过他丢的可惜，丢得让人感慨，才让后人忽略了瘟疫的作用。
出西安之时，摆在李自成面前是两条路，一是经营河南湖北，夺取江淮，二是进逼北京，最后他采取了顾君恩的中路直进策略。从夺取北京的结局来说，是个好计谋。可是暗中看不见的鼠疫之手，让在皇位上屁股没有坐稳的李自成急速败亡。如果采取稳扎稳打的策略，先把占领的地盘稳固了，然后在夺取北京，结局会截然不同。明朝灭亡是迟早的事，在北方除了满清以外，没有别的叛军跟他争，多等一年有何不可？这就是所谓死催。
坚持讨伐吴三桂，也是一着臭棋。吴三桂不会主动进攻北京，也不会投降满清。大军压境，只能把吴三桂推向满清。如果占领北京以后马上解决吴三桂，那时军容尚整，可以以战逼降，是李自成唯一的机会。古人迷信，往往将大疫归于天意，这场大疫，断送了崇祯性命，也使李自成手下离心离德，无人效力。
后人分析李闯败亡，奇谈怪论层出不穷，偏偏就忽略了这个时机的问题。李自成以宋献策为军师，观天象占卜，可惜不会看显微镜。李闯之败，怪只怪天时。
三月二十三日到三月二十七日之间，吴三桂降而复叛，原因不是因为知道家人受虐待，而是知道了京城的虚实，知道大顺军瘟疫流行，他才敢背关一战。手下那批辽东军人和他一样在瘟疫中看到了称雄的希望，所以才义无反顾的追随他返回山海关。
吴三桂的算盘，李自成在大疫中不会与他交战，几个月后让瘟疫折磨得七七八八了，北京就是他吴三桂的了。到时候或者扶植新君，挟天子以令诸侯，或者以华北而割据。人在辽东的吴三桂，因为家人在京，北京大疫的情况他很清楚，也会料到会流行到秋天的，所以才敢冲天一怒。
人云吴三桂引清兵入关，是想借清兵灭流寇，然后用金银财宝把清兵哄回去。吴三桂自幼和清兵为敌，那儿会这么天真。何况满清还有范文程洪承畴，他这种把戏焉能瞒得过去？吴三桂不会不考虑引清兵入关，重则千古罪人，轻则也是石敬塘。历史上这种引狼入室的，有哪一次轻易回去的？
吴三桂知书达理，不会冒此罪名的。他的真实想法，是把满清也引进疫区，让这场瘟疫帮他消灭两个大敌。到达北京之后，吴三桂没有在疫区停留，率军猛追李自成，他知道现在是最好的时机，尽管他手下伤亡很大，可是李自成已经无还手之力了，而且他不能留在北京让手下失去战斗力。追了一半不追了，也是因为部下也开始发病了。
山海关前“暴骨盈野，三年收之未尽也” ，满清入关后安葬崇祯，为什么不下令地方官员收尸，而听之暴露荒野？这不象是新王朝的气象。原因还是瘟疫，病尸谁敢收？清军入关后，一部分随吴三桂追击李自成，此外还有很大一部分人马，就驻扎在北京无所事事，当年除了顺治登基就没有一丝南下的打算，看着南京那里建立小朝廷渐渐成了气候，其原因也是入京以后染上瘟疫了。吴三桂的绝户计几乎成功了，可惜，还是天时。满清入关是因为天时，坐稳了还是因为天时。
历史记载，鼠疫在北京和华北的确流行到1644年九月，可是满汉分治，满人和汉人没有杂居，接触的机会少，加上满人入京天气已经开始热了，离开人体的细菌不容易存活，鼠疫便没有象大顺军那样大规模在满人中传播。即便这样，还是有一定程度的流行，造成当年满清无力南下。
可是正和山西的情况一样，连续流行两年后，第三年不流行了。烈性传染病流行过程中一些迄今为止无法解释的自然规律甚至在今天，科学家们也只能说是天意。不仅1645年不流行，其后几年也只是小规模流行，为什么？顺治二年开始风调雨顺，天气不再干燥了，于是大规模鼠疫就没有了。吴三桂的妙计终归敌不过天时。
鼠疫这个黑暗中的手在当时和后世造成对满清战力过高的估计，因为连纵横中原的李自成都一战而溃，人们普遍认为满清部队的战斗里很强。实际上从后来郑成功、李定国的战绩上来看，率领那种算不上雄师的部队都能几乎席卷南方，满清部队的战力没有那么厉害，因为入关是没有多少人，全是后来投降加入进去的。所谓八旗子弟三代不能战，不能说不对，可是也没有那么绝对。
满清以十万之众夺取天下，鼠疫帮了大忙了。今人赞许多尔衮，可是历次北方民族侵入中原时，其领袖人物在能力上堪与多尔衮并肩的比比皆是，那些民族除了蒙古外，都没有如愿，就是因为没有鼠疫这个天时。
七
三国演义为了扬刘抑曹，产生了一句名言：天时不如地利，地利不如人和。自古占地利的都是采取守势，夺天下靠的是中原逐鹿，靠地利的最多是偏安。人和就更谈不上了，人心如铁、官法如炉，朝代更替时哪一次不是杀人如麻、血流成河？所谓人心向背是因为老百姓厌倦战争，支持强大的一方而已。因此，最重要的还是天时，三国归晋，那地利与人和不是都输给天时了？
三国演义，演义耳！所谓天时，有天下大势和机会，也有自然环境的影响，这里面包括疾病的流行。唐末梁晋之争，开始梁军占尽优势，几次包围太原，都因为大疫，士卒损失过半而罢兵，最后输给了晋军。类似的例子还有很多，这种不可预料才是让历史缤纷多彩的内在原因。
明朝为什么祸不单行？流寇北虏还有鼠疫，可以说天欲亡明。但是仔细探讨一下，究竟是什么导致明朝灭亡？退一步说为何1644年北京一年三变天？满清的问题先放在一边，流寇和鼠疫其实同源，都是因为土地兼并。
老百姓丢掉了土地，出路有两条，一是成为流民饥民，最后走投无路加入流寇。二是去开荒，大批的失去土地的农民经山西去草原垦荒。草原原来是野鼠的地？？在于野鼠群中的鼠疫。万历年开始山西经常性地流行鼠疫，正是因为草原被逐渐蚕食的原因。
为什么偏偏就李自成倒霉？这说要从流行病的传播过程说起。染病不象中毒，把耗子药往井里一撒，吃完饭全村