他最感到担忧的，是城里那种可怕的卫生条件。他在各个方面的最高当局之间奔走求助，建议把那些西班牙式的阴沟填掉，那是巨大的老鼠温床，代之以加盖的下水道；脏东西也不能象过去和现在那样泻进市场旁边的海湾里，而应运到远方某处的垃圾堆里去。设备齐全的殖民地时期的房屋有带粪坑的厕所，但拥挤在湖边容易窝棚里的人，却有三分之二是在露天便溺。粪便被太阳晒干，化作尘土，随着十二月凉爽宜人的微风，被大家兴冲冲地吸入体内。乌尔比诺医生曾试图在古堡里开办一个义务训练班，让穷人学会修建自备厕所。他曾一无所获地斗争过，禁止在树林里倒垃圾——千百年来，那里已经变成了藏垢纳污的渊源——他主张至少每周收集两次垃圾，拉到没人的地方去烧掉。
他明白，饮水是个致命的危险。想修一条水管，简直成了痴人说梦，因为那些有能力促成这件事的人，都有自己的地下水池，厚厚的青苔下面，藏着多年储存的雨水。那个时期最值钱的家具之一，就是用刨光的木板做的水瓮，水瓮的石头漏嘴夜以继日地把水滴入水缸。为一了防止有人就着吸水的铝瓢喝水，瓢的边儿是锯齿形的，就象滑稽戏里的王冠一样。盛在若明若暗的陶罐里的水，显得又清又凉，还带有林间山泉的余味儿。但是。乌尔比诺医生并没有被这种自欺欺人的净化所迷惑，他心里清楚，虽然采取了种种防范措施，水瓮底部依然是蛆虫的草生之地。童年时候，为了消磨百无聊赖的时光，他带着近乎神秘的惊奇久久注视那些了了，跟当时许许多多人一样，他确信号了是精灵，是小妖，它们在静静的水底的泥沙里向小姑娘求爱，而且为了爱情，它们会进行疯狂的报复。小时候，他看见过一位名叫拉萨拉阿L德的女教师的房子被弄得支离破碎，因为她斗胆得罪了精灵。他还看见过满街的碎玻璃片儿，为了破坏窗户，精灵们三天三夜运来了成堆的石头。很长时间，他对此信以为真，后来他从学习中知道了子了实际上就是蚊子的幼虫，不过一旦学会了，就永远也不会忘记，因为从那时候起他就发现，不仅是子了，还有许许多多害虫，都可以安然无恙地通过我们那些天真的石头滤嘴。
在相当长的时间里，人们毕恭毕敬地认为，城里成千上万的男人不以为耻反以为荣地拖着的阴囊迹气，全是水池里的清水所赐。乌尔比诺在上小学的路上看见那些店气清人在赤日炎炎的下午坐在各自的家门口，用扇子给那跟一个在两腿中间睡着了的孩子一般大小的睾丸扇风的时候，总免不了有大祸临头的预感。据说，在风雨交加的夜晚，底气会发出不祥之鸟的叫声；如果在近处点燃一片兀鹰的羽毛，疯气就会使人痛得死去活来。然而，没有一个人因为这种倒霉事怨天尤人，因为硕大无朋的阴囊，是一种凌驾于一切之上的男人的骄傲。乌尔比诺医生从欧洲回来的时候，早已知道这些信仰是毫无科学根据的了，但是这些信仰在当地根深蒂固，不少人因为担心培养大阴囊的方法从此失传，反对在水池中增加矿特质。
跟水质不纯一样，公共市场的卫生状况也令乌尔比诺医生感到担忧。市场是幽魂湾正面的一大片空地，安的列斯公司的帆船就停靠在幽魂湾里。当时的一位著名旅行家，把它描绘成了世界上最琳琅满目的市场之一。确实，市场物资丰富，品种繁多，热闹极了，但同时也许是最令人担心的。海浪忽东忽西地去而复来，海湾的潮汐把污水沟排进海里的垃圾又涌回地上，市场就躺在自个儿的粪便里。紧靠市场的那个屠宰场，也在那里倾倒脏东西，砍碎的脑袋，腐烂的内脏、牲口的粪便，静静地飘浮在血泊上，暴晒在阳光下。兀鹰、老鼠和狗，为争食挂在货棚房檐下面的鹿肉和美味可口的索塔文托阉鸡，还有那晾晒在席子上的阿尔霍纳早豆荚，没完没了地吵闹不休。乌尔比诺医生想整顿这个地方，提出把屠宰场迁走，修一个象他在巴塞罗那看到的古河道入海口那种玻璃圆顶的室内市场——那些市场里的食品，收拾得漂漂亮亮，干干净净，吃了都觉得可惜。然而，在他那些有地位的朋友中，就连对他最言听计从的也不同情他的狂想。他们是些这样的人：以自己的籍贯为骄傲，炫耀城市的历史功绩，它的文物的价值，它的英雄主义和施旋风光，浑浑噩噩。时光对城市的侵蚀，他们却视而不见，和他们相反，乌尔比诺医生则是以深切的爱和现实的眼光来看待城市的。
“这座城市倒真是难得，”他说，“四百年来我们一直企图毁掉它，却至今没有达到目的。”
然而，大祸临头了。传染性霍乱，在十一周内，创造了我国历史上的死亡记录，而这场霍乱的第一批牺牲者，就是猝然倒毙在市场的几处水坑里的。在此之前，有些地位显赫的人物死后在葬在教堂的墓地里的，与那些落落寡合的主教及教士会信徒为伴，另一些不是那么富的人，则葬在修道院的院子里。穷人们埋在殖民地公墓，公墓在一座迎风的小山上，一条污浊的水渠横在小山和城市中间，水渠上那道泥灰桥的拱形防雨顶盖上，有位未卜先知的市长下令刻上了这么一行字：“入此门者应将一切希望留在门外。”霍乱流行的头两周，公墓就已人满为患。尽管把许许多多不知姓名的显贵人物的枯骨迁进了万人坑，教堂里还是腾不出一个墓｜穴。没掩盖严实的墓｜穴里散发出来的水汽，使大教堂里的空气都变稀薄了，大教堂的门三年之中再也没打开过，直到费尔米纳在大弥撒上第一次遇到阿里萨的时候为止。第三周，圣克拉拉修女院的回廓上死尸都堆不下了。一直难到了杨树林里，后来只好把比杨树林大两倍的教堂大菜园改成公墓。在那里，人们挖成深葬墓｜穴，准备分三层堆理死人，草草安葬，不装棺材。然而，后来连这种办法也不得不放弃了，因为理满了死人的土地变成了一块海绵，一脚踩下去就渗出恶臭难闻的血水。于是，决定在离城市不到一西班牙里的那个名叫“上帝之手”的育肥牧场里掩埋死人，那个牧场后来被命名为“大同公墓”。
自从发布发现霍乱的公告开始，每隔一刻钟。当地驻军营地的碉堡就鸣炮一响，昼夜如此。按民间的迷信说法，火药能辟邪。霍乱在黑人中间流传得最厉害，因为黑人最多，也最穷。不过，实际上霍乱并不管你是什么肤色和何种出身。同突然蔓延开来一样，霍乱又突然停止了，从来没弄清楚到底有多少人死于非命，这倒不是无法统计，而是因为我们最常见的美德之一就是对自己的不幸逆来顺受。
马可奥雷略·乌尔比诺医生，即乌尔比诺医生的父亲，在那些不幸的日子里成了一位人民英雄，同时也是最引人注目的牺牲品。根据政府的决定，他亲自制订了抗病战略并亲自领导了抗病斗争。他自报奋勇干预一切社会事务，在瘟疫最猖獗的那些日子里，他成了凌驾一切的权威人士。几年之后，乌尔比诺医生在查阅那段历史的大事记时，证实他父亲的办法是仁慈重于科学，许多做法是和常理背道而弛的，在很大程度上为瘟疫横行起了推波助澜的作用。他怀着儿子对父亲的同情心证实了这一点——生活逐渐把儿子变成了父亲的父亲，破天荒第一次，他为在父亲铸成错误孤军奋战的时刻没有伴随在父亲周围而感到痛心。不过，他没有贬低父亲的功绩：勤勤恳恳，奋不顾身，尤其是他的孤胆，说明他对城市从飞来横祸中死而复生后人们奉献给他的丰厚的荣誉是当之无愧的。他的名字，理所当然地同其它并不那么光彩的战争中曾出现的不少英雄人物的名字排在了一起。
父亲没有享受到他的荣耀。当他发现自己染上了他曾目睹并同情过的别人所患的绝症时，想都没想去徒劳无益地挣扎一番，而是与世隔绝，以免传染别人，他把自己反锁在慈善医院的一间后勤工作室里，对同事们的呼唤和亲人们的哀求充耳不闻，对走廓里地板上挤得满满的垂死挣扎的霍乱患者的撕心裂肺的哀号无动于衷，给妻子儿女们写了一封表露对他们的火热的爱和困活了一辈子而感谢上苍的信，信中抒发了他对生活的无比的接骨铭心的热爱。那是一封毫无掩饰的长达二十页的告别信，字迹越来越模糊，看得出他的病是越来越沉重，不必了解写这封信的是何许人就知道，落款署名是在生命的最后一息写上去的。根据他的要求，那具青灰色的遗体混杂着埋进了公墓，没让任何一个爱他的人看见。
三天之后，乌尔比诺医生在巴黎收到了电报，当时他正在和朋友们共进晚餐。他提议于一杯香槟酒来纪念他的父亲。他说：“他是个好人。”过后他准会责备自己不成熟：为了不痛哭失声，他逃避现实。可是，三周后他收到了遗书的抄件，他向实际投降了。猛然间，那个他最先认识的人，把他抚养长大并教育成｜人的人，和他母亲同床共枕、结发三十又二年的人，然而又是仅仅因为羞于启齿而在写这封信之前从来没有向他表露过心声的人的形象，深刻地展示在他面前了。到那时为止，乌尔比诺医生及其一家，一直视死亡为发生在别人身上，发生在别人的父母身上，发生在旁人而不是自己的兄弟姐妹和丈夫妻子身上的灾难。他们一家是些新陈代谢缓慢的人，没看见他们变老、生病和死去，而是慢慢地在他们的时代烟消云散，变成回忆，变成另一个时代的云雾，直到被忘却。父亲的遗书，比报告噩耗的电报更狠地给了他当头一棒，使他确信人总是要死的。然而，他最早的记忆之一，可能是九岁，也可能是十一岁的时候的记忆，在某种程度上是从父亲身上看到的死亡的早临的信号。在一个雨蒙蒙的下午，他和父亲两人都呆在家里的办公室里，他用彩色粉笔在地板的瓷砖上画云雀和向日葵，父亲对着窗户的亮光看书，父亲身上的背心没有系如，衬衣袖口上扎着橡皮筋儿。突然，父亲停止了阅读，用一根一头镶着银抓手的老头乐抠背。因为够不着，父亲要儿子用小手的指甲帮他的忙，他照办了。奇怪的是，他觉得父亲让他抠的时候好象抠的不是自己的身体。抠完，父亲凄然笑着看着他的肩膀。
“如果我现在就死了，”他说，“等你长到我现在这个年纪的时候都快记不得我了。”
父亲说这句话，没有任何明显的理由，死亡天使在若明若暗的凉飓飓的办公室里飞了一会儿，又从窗户飞出去了，飞过的地方留下一缕羽毛，但小孩没有看见。从那时起，又过了二十多年，乌尔比诺医生很快就到他父亲那天下午的那个年纪了。他知道他随父亲长得一模一样，现在除了知道长得相象以外，他又惊恐地知道，他跟父亲一样，总是要见上帝的。
霍乱曾经是个使他头痛的问题。除了在某个课外补习班上学到的一般常识外，他对霍乱知之不多，而且他觉得，三十年前在法国，包括巴黎，霍乱曾使十四万人丧命是不大可信的。可是父亲死后，他对各种各样的霍乱凡是能研究的都研究了，这几乎成了使他的良心得到安宁的赎罪行为。他师事过阿德连·普鲁斯特教授——那个时代最杰出的传染病专家、防疫线发明者、大文豪普鲁斯�