彭巴的夜晚充满危险，美洲狮和狐狸在草原中四处流浪，威胁着过路的牲口。一个夜晚，达尔文等人就是用美洲狮和骆马肉作晚餐的。这些特殊的餐点不是猎取的，是暴风雨的功劳。草原上疯狂无比的暴风雨，时常夹着大如苹果的冰雹不断地攻击地面，动物在绝望的奔程中纷纷被击毙。一次，暴风雨过后，达尔文发现了13只鹿和好几百只鸟的尸体。
赶着家畜横越彭巴草原，是一件十分困难的事。倘若美洲狮乘夜色混入马群，受到攻击的马群就会四处狂奔。一名军官曾指挥一队士兵从布宜诺斯艾利斯赶着500匹马横越草原，到达营地时只剩下十几匹马了。草原沿途覆盖着枯萎的黄原丛，罕见的树被印第安人视作神坛，树上挂满了祭品，树周围则是用来祭奠的已经发白的马骨。
过了彭巴草原后，达尔文经过了树木丛生的群岛，这里有许多豚和食水豚为生的美洲豹。过去人们在旅途中谈论的话题是印第安人，现在人们谈论的话题是美洲豹的踪迹。这种猛兽特别多，经常袭击人畜。人们告诉达尔文，一只美洲豹曾钻进一个小教堂，咬死了两名牧师。在阿根廷中部东海岸附近的一个小平原的断层中，达尔文发现了许多古代陆生动物的化石，经过3小时的挖掘，他终于挖出了一块巨大的动物头骨。一年后，达尔文再度来到这里，又发掘出更多的巨大的动物化石。他初步鉴定后又将化石寄回英国。经英国动物学家欧文甄别，化石中有4件是距今约3000万年的树懒科动物化石，与现在仍然生活在南美的树懒相似，是一种贫齿目的四足兽。从化石看，这种动物的骨质外壳像现代动物犰狳的背甲。还有一种巨大的箭齿兽化石，身体各部分与现代几种动物极为相似，它有象的躯干，兔的牙齿，海牛的眼、鼻、耳。达尔文对此十分惊诧：“现代的几个彼此分得很清楚的目，竟能在箭齿兽的身体构造的各个不同部位上互相混和在一起，这是一件多么使人奇怪的事情。”于是，达尔文对《圣经》上说的一切生物都是由上帝一次创造出来的说法有了怀疑。他开始探究起地球上新的生物第一次出现和演化的问题，这是一个一切秘密当中的秘密。此时，达尔文头脑中已归纳了许多问题，他在南美的大量调查和观察逐渐奠定了进化论的基矗1835年2月20日上午11点30分，达尔文躺卧在瓦尔迪维亚的海边森林中休息，突然感觉地面开始轻微摇动，“那种摇晃的感觉就像坐在微波中的小船上晃动不已的情景，也很像在薄冰上溜冰时，身体失去平衡时那种摇摆不定的感觉。”达尔文事后在日记中这么写道。当地的房屋大都是木材建筑，倒塌较少，但地板裂开，钉子松脱，格格作响，极其怕人。当时正值退潮，但迅速掀起的巨大浪潮，把海水推向岸上，到达最高水位。“贝格尔”号上的人在船舱中大喊大叫，以为舰身已经搁浅在岸上，碰撞到了海底。达尔文因为安静地躺着，只见树木左右摇晃，反觉有趣，未觉惊慌。这次震动持续了两分钟，谁也没有料想它会带来什么灾难。两周以后，“贝格尔”号来到了灾难的中心智利，这时达尔文才得知他们遇到的是智利百年以来最大的地震。
到达智利重镇康塞普西翁港，他看到过去繁华的街道成为一片废墟，整个城市像座无人居住的死城，到处是地震时从海底抛掷上岸的岩石碎片，还有几座孤零零的破茅草屋。地震使海岸崩塌，鸟的面积减少。地震引起的损失十分惨重，居民都露宿在树林中。幸亏大地震发生在白天，居民大都及时逃出户外，死亡约100人。紧接地震后的巨浪和海啸，以迅雷不及掩耳之势席卷了康塞普西翁港。从五六公里外的海面上可以看到一层层涌动的巨大如山的波浪，以一种缓和的速度慢慢逼向港口，到近处时则变得非常有力、快速，一下子就扫平了岸上的房子和树木。贮留湾内的巨浪变成惨白的碎波，吞没了岸边的船只，就连绑紧缆索、下锚海底11米的大船也仅能保持几分钟的完整。
这次大地震强烈地冲击着达尔文原有的思想观念。他将过去观察所得的各种事实和演变慢慢地整理出了一个理论体系，逐渐地确信自己的进化论的观点是正确的。他说：“怀疑正以非常慢的速率在我的心头滋长，但最后终于完成了。”
1836年10月2日，久别的祖国海岸到了。达尔文拖着十分疲惫的身子，独自乘坐邮递马车，从英格兰西南角康瓦尔郡的法尔默思港出发，在黑暗中冒着风雨，急速向家乡驶去，将南美探险的经历远远抛在身后。
23年后，1859年，达尔文请他的朋友和师长、著名的科学家顿伊尔向出版商默里洽商刊印一本书。达尔文初次拟定的书名为《论文（通过自然选择的物种的变种的起源）的摘要》，那就是后来被称为《物种起源》这部划时代的伟大著作。
未开发土地最多的大陆
玛雅文化是美洲最伟大的古文明之一。美洲大陆处于世界两大洋之间，与欧亚大陆距离遥远。两种文明状态截然不同，欧亚文化的基础是车、家畜、小麦、稻子、锄头、26个字母、青铜、铁、钢。除了纯属巧合的青铜外，美洲大陆没有以上的东西，但占全世界农产品一半以上的玉米、马铃薯、蕃薯、大豆、葫芦、辣椒、南瓜、凤梨、木瓜、花生等是它们特有的。在哥伦布发现美洲大陆之前，美洲与欧亚文明只不过是零星的接触。创造这两种文化的人们只有过小小的交流，但其发展却是同样光辉灿烂。当欧洲人来到西半球时，有三个最发达的文明在各自不同的环境中生长着。这三种文明是墨西哥南部、中美洲低洼地区的玛雅文化，墨西哥中央高地的阿兹特克文化和南美沙漠地带、安第斯高原上的印加文化。
1521年科尔特斯将阿兹特克文化从历史中抹去后，他的部下仍然在不断地探寻阿兹特克领土以外的地方。两年后，1523年，彼德罗·德·阿尔瓦拉多进入了南方内部，他发现了这里存在着另一种高度文明的社会——玛雅人的社会。这时的玛雅文化已经走向了衰亡。仅两年功夫，阿尔瓦拉多就征服了玛雅帝国。但玛雅人顽强地守住尤卡坦半岛直到1545年。与科尔特斯在阿兹特克王国时的感觉不同，阿尔瓦拉多到达玛雅时并未意识到自己在与另一个具有独立系统的文明接触，征服欲使他来不及对被他进一步毁灭的文明加以仔细观察。
后来大量的发掘和研究才使人们发现，在欧洲还处在昏暗中时，玛雅文化已经发展到了它的顶峰。350～380年是玛雅文化的古典时代，他们在危地马拉、洪都拉斯、墨西哥、尤卡坦半岛建立了100多个都市。他们在没有拖车和牲畜可利用的情况下，依靠原始工具和众多的人力开发丛林，建造城市。
他们建造城市主要不是为了居住，而是为了宗教和世俗的仪式。依赖农牧为生的人们都住在城郊的农庄，过着集体生活。由于玉米的产量很高，食物不显匮乏，玛雅人因而有了艺术、宗教乃至科学的追求。宗教是玛雅文化的原动力，玛雅人认为一切努力都是为了祈求神的宽耍神的喜怒决定着谷物的丰收与欠收，为了感动众神，玛雅人乐此不疲地用祭品供神。壮丽的神庙、宫殿、金字塔、广场都是为了赞美神的功德。
玛雅人与其他印第安人一样，对俘虏采取原始的处置方法。一场战争结束后，他们将全部俘虏押到一个大广场中的神庙前，上面站着衣着华丽的贵族和祭司。祭司帽子顶端插着一丛大大的羽毛，长长的毛冲天而起，然后重重地坠在肩后。他手腕上戴着厚厚的用玉石和金粒镶成的手镯，右手扶着一支插地的圣物，杆子上用兽皮绑着绒厚的羽毛，杆端是宝石制成的尖头。他在上方正中站着，代表着不可抗拒的神的威严。他的身旁站着两名手擎火炬状圣物的小祭司，身披花斑兽皮，头扎皮绳，神情肃穆，仿佛在等待神圣的召唤。祭司的对面是贵族首领，他右手执一剑，左手伸向祭司，探寻神的旨意，精美的皇冠耸立在他的头上。他的身后，4位彪悍的武士穿着战甲，双手紧握长矛佩剑。俘虏们则挤在台阶中间，他们神情恐惧，绝望地等待判决。
大批手执兵器的士兵层层围住整个广常玛雅帝国在很大程序上如同印加帝国一样，是由于内部战争的混乱而崩溃的。
玛雅人的天文学举世瞩目，但是他们研究天文学是为了选择播种、收割、祭拜和宗教仪式的日期。他们认为只有选择神所喜悦的日期，祭典才有功效。
他们又根据天文学的研究发展历法，同时发明了数字体系以及文字记载方法。祭司被认为是人与神之间的桥梁，负责传达神的旨意。
700年代，玛雅的建筑与艺术达到最高峰。但是突然间一切璀璨骤然圆寂，玛雅文明一下子神秘地消失了。964年，玛雅文明的没落已成事实，到底是什么原因呢？也许是地震、瘟疫、内乱、入侵、气候，但没有人确切知道这是为什么。刻在玛雅殿中的象形文字，或许是唯一的答案，可是，有谁能解读出这些呢？这是一个世界性的文化之谜。
到了第二时期，即900～1500年，这是玛雅文化的墨西哥时代，特迪卡族崛起于尤卡坦半岛北部平地，建立了三个联合都市，玛雅文化得到了复兴。
他们在建筑规模上超过了古典时期，宏大而优雅。但在其他方面，新帝国远不如以前，他们失去了少年的童贞，毫无可引以为荣的创造。过了200年的平静生活后，联合都市也在内乱和欧洲人的入侵下踏上了灭亡之途。
经过几个世纪的变迁，繁茂的密林将人类过去的遗迹完全覆盖起来，与世隔绝。世人很难窥探玛雅遗址之所在。
1840年，美国探险家约翰·L·史蒂芬森，在洪都拉斯的森林中行走着。
密密的树枝和悬空的巨大藤条使他不得不常常停下来绕过去，没人高的草丛使探险显得异常吃力。史蒂芬森顽强地在丛林中观察着，行走着，期待着。
忽然，他感觉脚下好像踏上了一些石块砌成的整齐的石阶，一步一步地感到自己随着石阶在升高。他兴奋极了，这里有人类建筑的遗址，有人类生活的印证。低头细细看来才发现，在长满青苔的树藤横空的路下露出了巨大的整齐的石块。史蒂芬森用力拨开层层密林，沿着石阶向前，他为自己的发现兴奋得简直要晕倒了。他发现丛林中的这条石梯通向一座巨大的精美石象。这座石象双手护胸，脸容端庄，面带笑容，身着精美图案的服装，身下是一个硕大的底座，雕满了稀奇古怪的纹样。史蒂芬森发现的是一座玛雅神殿的遗址。这座规模宏大的金字塔建筑被四周的密林遮住了，因此，人们在距离遗址约100米的地方就无法窥得丝毫的端倪。史蒂芬森不禁赞叹道：“野蛮人绝对无法建造这些建筑物。”
可惜的是，揭开谜底的机会几乎不复存在了。当1773年西班牙人在墨西哥南部帕连奎阴暗的热带雨林中发现处于巅峰时期的玛雅建筑时，它们都深埋在丛林之中，关于它的记载除了神殿中的铭文已无从考查。有关玛雅文化的书籍早在16世纪都被疯狂的弗朗西斯修道院的修士桑地亚哥·德·兰特焚毁。他认为玛雅的书籍是“