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这时，当年起兵反桓玄的第三路领导人诸葛长民暗中写信给冀州刺史刘敬宣，找他一起造反。刘敬宣委婉拒绝，并将此事向刘裕报告。刘裕正打算趁势进兵收复西蜀，知道后方诸葛长民可能会有叛乱后，便把所有军队都给西阳太守朱龄石带领，让他进攻西蜀。由于军队中很多人比朱龄石资格老、功劳大、经验多，论级别和官职也比朱龄石高，绝大多数老将对刘裕任命年轻人朱龄石为帅感到很不理解。刘裕说：“古有陆逊，今有谢玄，都是没有经过大战的年轻人，后来都以少胜多，一战成名。朱龄石有大才，我当然要不拘一格，委任不疑。”刘裕力挺朱龄石，手下这些将领们也就没说的了。
刘裕送朱龄石出兵后，只带了身边的侍卫长丁旿，两个人日夜兼程，很快乘船回到建康。回去后什么也不提，只说是好久不见，要请诸葛长民喝酒。诸葛长民自恃已经备下两千精兵，而刘裕只带丁旿一人，于是欣然赴宴。刘裕与诸葛长民在酒席上东拉西扯，谈天说地，一叙旧情，说到最后，刘裕突然问道：“咱们兄弟两个这么有感情，你为什么还要害我呢？”
诸葛长民一愣，这时身高体壮的丁旿走了出来，用一根绳子把诸葛长民给勒死了。诸葛长民一死，他手下的军队全部散去。廷尉命人搜捕诸葛长民的兄弟。诸葛长民的大弟弟诸葛黎民拒捕被杀，小弟弟诸葛幼民逃跑后很快被捕获，当即斩首。诸葛全家男子全部被杀。
朱龄石被任命为益州刺史，带三万水军来到白帝城。白帝城有内、中、外三条水道都可通往成都。上次刘敬宣攻打川蜀走的是内道，结果大败而归。朱龄石料定这回蜀军一定会加强外水的防御，以防晋军从外水进攻。但内水险峻，实在是不适合进攻；外水又有重兵，进攻也会很吃力。
朱龄石经过策划后是这样部署的：他把最好的上百艘高大船只配给战斗力最不强的五千士兵，一路虚张声势，如大军行进般从内水进发；他把主力调到外水，偃旗息鼓，悄悄前进；同时又派臧熹率三千精兵，从中水向广汉进攻，吸引敌方的注意力，并分散敌人兵力。
谯纵那边是这样想的：晋军上次在内水失败，了解到内水的险峻，按道理这次应当从外水进攻，自己要加强外水的防御。但对方肯定也知道自己加强外水防御的想法。这样，对方就可能以重兵来攻内水，以避免与自己的主力相遇。当时的情报又表明，内水有一些晋军高大的船只在行进，而外水暂时没有动静，于是谯纵调重兵防守内水的关口涪城。
但后来又有确切情报表明，外水有大量晋军在迅速行进。谯纵这才恍然大悟，知道自己中了朱龄石的计策，又急调内水的兵力，和成都的兵力驰援外水的关口平模。
但这时候的军事调动已经是来不及了，朱龄石与刘钟进军到平模后立刻发动攻击，用了两天的工夫，把平模攻下，然后迅速逼近成都。谯纵胆子很小，当年造反也是硬被反将绑在车上被迫成为主帅的，见晋军势如破竹，便扔下成都带兵逃走。半路上正碰到来援平模的谯道福，他见了哥哥这个样子，气得大骂：“你为什么不守城呢？你弃城而逃，你就安全了么？你真是太胆怯了。”大怒之下，把剑一扔，正刺到谯纵的马鞍上，把谯纵吓得够呛。谯纵本来还想投奔弟弟，被谯道福这么一吓，连活下去的勇气都没有了，离开军营，找了个地方自杀了。后来他的首级被人割下，送给朱龄石求赏。
谯纵的军事才能虽然不行，但他的为政还是比较开明的，也颇得人心，而谯道福在这方面远不如他的哥哥。所以谯纵死后，谯道福虽然想聚众决一死战，可手下的人却不肯为他卖命，一哄而散，都逃命去了。谯道福成了光杆司令，也只好逃跑，在路上被擒获，送给朱龄石。朱龄石将他斩首，又把谯纵的同姓宗族全部杀死。谯纵在西蜀建国割据七年之后，被东晋平定。
刘裕上表皇帝，封朱龄石为监梁、秦州六郡诸军事，赐爵丰城县侯，也就是把川蜀之地全交给他管理。这时刘裕腾出手来，又开始收拾荆州刺史司马休之。
司马休之作为皇室宗亲，他和刘裕本就不是一路人。这时在东晋手握实权的主要有两类人：
一类是和刘裕一起靠反桓玄起家的，如：刘敬宣、刘穆之、毛修之、冯迁、孟怀玉（孟昶的堂弟）、刘怀敬（刘裕的表兄，当年刘怀敬的母亲断了他的奶，转而哺育刘裕，使刘裕得以活下来）、刘怀肃（刘怀敬的亲弟弟，刘裕的表弟）、辛扈兴、童厚之、刘道规和刘道怜兄弟（此二人为刘裕的亲弟弟）、王元德和王仲德兄弟、朱龄石和朱超石兄弟、沈渊子和沈田子及沈林子三兄弟、魏咏之和魏欣之及魏顺之三兄弟、檀凭之和檀范之兄弟，以及檀氏兄弟的三个侄子檀韶、檀祗和檀道济等一大帮子人。
还有一类是刘裕一手提拔起来的，如胡籓（当初曾是桓玄的人）、臧熹、谢晦、刘钟、韩范（南燕尚书令，向后秦求救不成投奔刘裕）、孙处、王镇恶、赵伦之和丁旿等人。
这些人对刘裕都是唯命是从，跟着刘裕混社会，把刘裕当做他们的老大，皇帝对他们来说只是个摆设而已。而司马家族中在东晋中掌实权握兵权的只有司马休之一个人。司马休之在荆州的政治相当清明，在发展经济生产、保证社会安定方面也卓有成效，所以很得人心。而且司马休之没有野心。他的哥哥谯王司马尚之因为没有儿子，就从司马休之这里过继了一个儿子叫做司马文思。司马文思性格暴躁，有很多次因为一时小怨就动手打死人。他在养父司马尚之死后继承了谯王的职位，便打算和亲生父亲一起去进攻刘裕，为司马家族夺回朝廷大权。
司马休之认为自己没有这个实力，所以没同意。司马文思就联合两个弟弟在京城准备起事，结果被刘裕捉住。刘裕把司马文思送给司马休之让他处理，又把司马休之的另两个儿子司马文宝和司马文祖羁押在京中。司马休之上表请废掉司马文思，并写了一封长长的道歉信，请刘裕原谅。刘裕一直想找理由除掉司马休之，所以他把司马休之的两个亲生儿子当成了激怒司马休之的工具。等灭了卢循和徐道覆，又把西蜀平定之后，刘裕便利用闲暇时间把司马休之的两个亲生儿子给处死了。
司马休之听说儿子被刘裕处死了，这个好脾气人气得都快疯了。加上刘裕故意放回去的那个暴躁性子的司马文思的撺掇，司马休之立刻上表称刘裕是奸臣，把持国政，专权擅断，整起兵马讨伐刘裕。
刘裕要的就是这个结果，他当即带军去灭司马休之。但不防雍州刺史鲁宗之也带着儿子鲁轧起兵帮助司马休之。这支军队从襄阳绕到刘裕的后路，袭击了刘裕部队储备物资的地方。刘裕手下大将刘虔之被杀，粮草辎重被烧。刘裕的部将徐逵之所率领的另一支军队恰好路过，急忙前来救援。但鲁宗之很快撤走，徐逵之赶来的时候粮草辎重都被烧成灰烬。徐逵之率军追击鲁军，又被鲁宗之设伏击败，徐逵之、王允之、沈渊子等大将连同数千士兵被杀。只有蒯恩率后军逃出。鲁宗之遂和司马休之合兵一处，由鲁轧和司马文思负责长江北岸防务。
刘裕吃了一个败仗很不甘心，遂率大军强行渡江，但鲁轧和司马文思在北岸修筑了工事，加上江岸天然陡峭高耸，易守难攻。刘裕的每次进攻都被对方击退，死伤无数，就是不能踏上北岸一步。刘裕打红了眼，把盔甲穿上，拿起刀来就要往外冲，主簿谢晦抱住刘裕的大腿死也不放，刘裕说：“你再不放手我杀了你。”谢晦也道：“天下可以没有谢晦，但不能没有你。”刘裕当然不能杀谢晦。这时胡藩带一支生力军前来，向刘裕报到。一进帐见谢晦和刘裕两个人扭作一团，惊道：“这是怎么回事？”谢晦急忙把刚才的事一说。胡藩道：“这个强攻的事交给我吧。”
刘裕很信任胡藩，于是便派胡藩去强攻。胡藩带着人不要命地向北岸冲，以极大的伤亡代价终于把司马文思的防线冲开一道口子。刘裕的后军紧跟着冲上，鲁轧、司马文思抵挡不住，只得退守江陵。
刘裕追到城下，集中兵力再攻江陵。司马休之和鲁宗之守了十几天后，便守不住了，弃城向北逃到襄阳。但襄阳守将李应之已经投降了刘裕，闭起城门来不让他们进城。他们只好带着败兵向后秦撤退。这时王镇恶率一支部队急速赶来，眼看就要被追上，后秦派司马国示佑ΑＭ跽蚨袼焱吮蛔贰�
刘裕赶走司马休之后，上表皇帝封亲弟弟刘道怜为骠骑大将军、荆州刺史，以亲信赵伦之为雍州刺史。而刘裕则获得“剑履上殿，入朝不趋，赞拜不名”的资格。这三个资格是什么意思呢？
第一个“剑履上殿”的意思是上殿的时候可以穿鞋和带剑。带剑上殿好理解，可穿鞋上殿又算是什么特权？其实在秦汉时期，鞋被认为是不洁之物，是不能带入屋子的，进屋要脱鞋，进大殿同样要脱鞋。也就是说，大臣们上朝和皇上谈事，都要在进殿时脱掉鞋子，光着脚丫子走进去。《礼记？曲礼》中还提到，和长者在堂上坐的时候，必须将鞋子脱在台阶下。而且解系鞋带的时候，不可以正对着台阶。将要走进屋子的时候，一定要低头看看。如果看到室外有两双鞋，就证明堂上有二或三人在交谈，所以后来者要大声询问一下，告知堂上的人知道又有人来了，在得到堂上之人的回答后，才可入内。另外，带剑上殿也是有讲究的。虽然带剑上殿是给予大臣一种特殊的尊贵身份，但因为带剑之人在无形之中会对皇帝的安全构成威胁。为了消除皇帝的猜忌，同时又显示自己的特权，大臣所带之剑，是没有开刃的剑，后来甚至出现只有剑把和剑鞘而没有剑身的纯粹装饰剑。
第二个“入朝不趋”的意思是上朝的时候不用快步走。大臣见到君王要小步快速前行，神情严肃紧张，以表示尊崇。获得“入朝不趋”权力的大臣，上朝时就可以用自然的步子走。
第三个“赞拜不名”。按照古代礼仪，臣下在皇帝面前自称必须用其名；在皇帝面前提到其他大臣，也须称其名；皇帝对大臣们，当然也要直呼其名。特别是大臣朝见皇帝的时候，旁边要有赞礼官在皇帝面前把他的官衔和他的名字都喊出来。比如说刘裕以前见到皇帝，赞礼官要喊“豫章郡公、相国、侍中、都督八州军事刘裕，参见皇上”。大臣有了“赞拜不名”的权利后，除了自称大臣还是要称自己的名字外，赞礼官只称爵位和官职，而不呼其名；其他大臣们在朝中也是只称呼其官职；甚至皇帝也以官职来称呼他。这样的地位是相当高的。
这时刘裕不但掌握了东晋朝政，而且在威信和人心所向等方面也占据了优势地位。宗室大臣司马国А⑺韭硎瀛＇、司马叔道兄弟都感觉到东晋可能保不住了，纷纷逃奔后秦。姚兴问他们道：“刘裕从贫贱的地位起家，因为诛桓玄，灭卢循而成为权臣，按道理他做的这些事都是为了晋室江山