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1932年，陈独秀被捕，关押在南京监狱。蔡元培与宋庆龄等人联名致电国民党中央，要求立即释放陈。之后，蔡还安排刘海粟到狱中探望陈，让刘转告陈，在狱中从事一些学术研究，不要虚度岁月，他们会设法进行营救。陈独秀听罢很是激动。蔡元培还为陈在狱中出版的《独秀文存》第9版作序。
1938年2月9日，蔡元培70大寿，各界名流在上海国际饭店为其大摆寿宴。蔡在答辞中说：“诸位来为我祝寿，总不外要我再做几件事。我到了70岁，就觉得过去69年都错了，要我再活几年，无非要我再做几年错事。”
蔡元培自奉甚俭。民国成立后，有人得知其就任教育总长，上门恭贺。蔡身穿短袄，出门迎接，贺客见他满手肥皂沫，一边招呼，一边抹手，贺客倒不自在起来，蔡氏会意，微笑说：“没关系，没关系，今天因为无事，随便洗洗衣服，请里面坐罢！”
北伐胜利后，蔡元培任国府委员，但家中陈设极为简陋，客堂沿墙摆放了四张靠背椅子，当中放一张方桌，四个方凳，再无其他。在上海，他也只是住在普通的里弄，1931年才搬入一栋破旧的洋楼。
蔡元培于吃穿素不挑剔，蔡夫人说蔡元培好侍候，“稀饭也吃，干饭也吃，焦饭也吃”。他常穿西服，但西服的料子却是极为廉价的料子。
段锡朋忆及，一次他碰上给校长蔡元培送饭的伙计，于是好奇地打开菜篮一看，里面一盘木须炒肉、一盘醋溜白菜和几个馒头，简单若此。
1922年，蔡元培出国考察教育，他到纽约前，纽约的北大同学会组织一个专门接待蔡的接待委员会，陪同蔡考察。冯友兰回忆，他们到码头上迎接蔡，他仍是一介寒儒，书生本色，没有带秘书，也没有带随从人员，不惊动中国驻美的外交人员，如同一个老留学生一样独来独往，住在哥伦比亚大学附近的一个小旅馆内，和留学生在一起。
1935年，蒋梦麟、胡適、王星拱、丁西林、赵畸、罗家伦准备给蔡元培买一所房子，作为蔡70大寿的贺礼，让他用于藏书和居住。然后，随着抗战爆发，淞沪沦陷，此事最终未成。
蔡元培一生身居高位，却一贫如洗，他去世后，有自香港回重庆的人对王世杰说：“蔡先生为公众服务数十年，死后无一间屋，无一寸土，医院医药费1000余元，蔡夫人至今尚无法给付，只在那里打算典衣质物以处丧事，衣衾棺木的费用，还是王云五先生代筹的……”
【厚德】
清季士大夫出行必以轿，蔡元培竭力反对，谓：“以人舁人，非人道；且以两人或三四人代一人之步，亦太不经济。”某次，某名流设宴于邸，以轿接蔡，蔡坚不肯乘，使空轿还，而己则徒步往。及至，已肴残酒阑，主人责轿役，蔡元培立为解释。蔡元培亦不坐人力车，谓：“目睹人力车夫伛偻喘汗之状，实太不忍。”
“苏报案”发生后，章太炎、邹容被捕，蔡元培逃到青岛避难，得以幸免。蔡从青岛返沪后，每月必到狱中轮流探望章、邹二人（当时监狱规定每次只能探望一人）。邹容病逝后，蔡与其他革命党人将其葬于华泾。邹容墓前纪念塔修建落成时，蔡做了一次极富感染力的演讲，据说陈其美就是因为听了此次演讲，回家变卖家产，投身革命的。
任教育总长后，蔡元培在报纸上读到胡玉缙的文章，对其颇为欣赏，便让教育部承政厅写信邀请胡到教育部任职。当时民国刚成立，写信之人沿袭清朝官场用语，开头便写“奉总长谕”。胡收到信后大加不满，写信向蔡抗议，认为“谕”是承袭了清朝的陋习。蔡接到信后，马上复函向胡道歉。胡见蔡的复函言辞恳切，这才同意到教育部任职。
蔡元培到北大之前，北大的教员学生都是大人老爷，校工们见了他们都要恭敬地行礼。蔡第一次到北大时，校工们排队向校长恭敬行礼，蔡见后急忙脱下礼帽，恭恭敬敬地鞠躬还礼。校工和学生大为惊讶。此后，蔡每日出入校门，校警向他行礼，他也脱帽鞠躬。
北大规定，新生入校，必须有一名京官为其担保。1919年，一位马姓湖南学生考入北大，但他在京无亲友，更谈不上认识京官了。他便写信向蔡元培抗议，要求北大取消这一规定。蔡马上回信说，国外大学确无此制度，但北大是教授治校，取消这一规定必须教授会决议通讨。在取消这一规定前，他愿为马担保。于是马顺利入北大求学。
有人嘲笑蔡元培的字如同鸡爪，蔡笑道：“余学黄山谷书，惜未得其长，而短处辄不能自掩耳！”
1915年夏，许德珩只身来到北京，考入北京大学英文门。许是年已25岁，家中无力供他上学，经济困窘。两年后，蔡元培出长北大。此时，许生活实在没有着落，只好去找校长。他向蔡陈述了自己的困境，蔡问道：“会外文不？”答曰：“会一点英文。”蔡从书架上拿出一本英文的《多桑蒙古史》，随手挑到一节叫他翻译。他当即下就写，翻译的中文贴切通顺，加上写得一手好毛笔字，蔡看了比较满意，当即介绍许到国史编纂处做课余翻译，月薪10块银元。从此，许德珩不但可以吃饱穿暖，而且每月还能寄点钱给乡下的寡母。多年后，许德珩还时常对子女孙辈说：“正是我山穷水尽的时候，我师蔡先生援人以手，给了我课余翻译的机会，对我真是莫大的支持和鼓舞。”
冯友兰回忆，其弟冯景兰在北大上预科时，想报考河南省公费留学生，需要北大出具的肄业证明。由于时间紧张，冯友兰写好证明信，直接到校长办公室找蔡元培，冯走上前去，蔡欠了一欠身，问有什么事。冯把信交给他，他看了，笑笑说：“好哇，好哇，能够出去看看好哇。”冯说：“那就请校长批几个字吧。”蔡提起笔来就写了两个字“照发”。接下来，冯的证明信很快就办好了。
冯友兰又回忆蔡元培：“1921年，我在纽约哥伦比亚大学的时候，他到美国访问，到了纽约。北大的同学组织了一个随从班子，轮流着陪同他到各地方去。有几天，我们常在一起。有一天，在旅馆里，每人都拿出一张纸，请他写字。我恰好有一把折扇，也请他写。他给每人都写了几句，各不相同。又一天晚上，在纽约的中国学生开会欢迎他，人到的很多。蔡元培一进会场，所有的人都不约而同地站起来了，好像有人在那里指挥一样。当时的留学生杨荫榆说：‘我在中国教育界多年，还没有看见校长和学生间的关系这样好的。北大的学生向来自命甚高，可是见了老校长，这样地恭敬，我现在真是佩服蔡先生了。’”
1921年，26岁的刘海粟应蔡元培的邀请到北大画法研究会授课。之后，蔡元培为刘办了一次隆重的画展，并亲自撰写了《介绍画家刘海粟》，刊登在《新社会报》上。蔡又将刘的画作荐售给德国大夫克里依博士，解决了刘的生活来源。
1922年，北大马克思学说研究会的成员到苏联出席会议，在满洲里有五六名北大学生被捕。罗章龙向蔡元培求助，蔡马上致电东三省的官员，这几名学生很快获释。
蔡元培住在南京成贤街中央研究院办公厅时，他住在房间的里间，进出时，需从某君住的外间经过。一日，蔡元培早起准备去洗漱，但外间的某君却酣眠未醒，他怕惊扰其好梦，便在自己的房间看书，直到某君起床后，才走出去漱洗。
1927年，姜绍谟曾随蔡元培到宁波，他回忆，蔡元培虽年届花甲，但身体健康，事必躬亲，从不假手他人。在厦门期间，每次搬迁，他都自己收拾好铺盖行礼，不用姜动手。他待人接物很是谦和，饮宴之时，不论谁敬酒，他都喝下，然后举杯回敬；敬他香烟，无论好坏，他也都接受。
1927年，刘开渠到大学院任书记员，他对当时的大学院院长蔡元培提及想去法国学雕塑，蔡微笑着说：“想到法国学雕塑是好事情，我们中国还没有派过专人去学，我记着这个事情。”一年后，刘接到了大学院的聘书，委任其为“著作员”，月薪八十元，刘终于实现到法国学习的梦想。为了解决刘到法国的路费，蔡特地预付刘半年工资，并帮他买到了打折的船票。刘极为感动。
蔡元培一生致力于教育，即使涉足政治，也倾向于实现自己教育救国的抱负。民国初年，他被任命为教育部长，他欣然接受。1928年，南京政府成立五院，蔡元培原本想担任考试院长，当南京政府准备请他出任监察院院长之职时，他婉谢，说：“我是好好先生，怎么可以做监察事情？”
1928年，熊十力到杭州疗养，蔡元培到浙看望。此后，蔡元培以教育部的名义，让北大为熊安一职务，每月发薪200元。
1932年，蔡元培到武昌珞珈山小住几日，当时陈西滢卧病在床，蔡元培便拾级而上，走百余级石阶到山上看望陈，陈感动不已。之后不久，陈与蔡一起乘火车从南京北上，蔡对陈说，中央委员乘车是不用花钱的，所以这次一个钱也没有花，心里觉得颇为不安，请陈让他支付餐车的费用。陈见蔡说得诚恳委婉，便不再推辞。结果第二天陈才得知，蔡不仅支付了饭费，连茶房的小费都支付了。车到站后，蔡又让迎接之人将陈的行李也一并运走。陈深为蔡待人接物和蔼体贴的风度所折服。
瞿秋白之妻杨之华回忆，1935年，瞿秋白被捕，国民党中央高层开会讨论是否要处决瞿。蔡元培说：“像秋白这样有天才的人，在中国不可多得，主张不要杀他。”
蔡元培一生为人写推荐信无数，他的八行书推荐信极为有名，多则一日三四十封，少则也有十余封，有人认为有泛滥之嫌，甚至有人求他介绍门房或工役，他也欣然同意。曹建回忆：“（蔡）先生对于北大毕业同学确实能做到来者不拒有求必应的地步。……先生的介绍信有两个地方是不写的：真正无把握的不写，绝对有把握的也不写，最愿意写的是在‘有’‘无’之间。写信的方式也有二种：一种是亲笔的，一种是签名盖章的。亲笔的信在他的主观上是冀其必成的，签盖的信虽负介绍之责，但引用与否，在客观上还请受信的予以权衡。”
起初，各机关接到蔡元培的介绍信，都颇为重视，尽力纳之。蔡的介绍信日益增多，各机关不堪应付，旋与蔡协商，如为力荐之人，须另用一种特殊印章；而仅敷衍了事者，则仍用其普通印章，蔡从之。讵料未几，挟特殊印章之求荐者，又纷集于各机关。各机关苦于无法应付，再与蔡相商，嗣后函荐无效，必面告方可，此后求蔡介绍者，遂渐寥落。
许寿裳回忆，蔡元培的访客每日络绎不绝，他只要有闲暇，无论是早餐前还是深夜，总不厌其烦地接待。蔡任大学院院长时，甚至有素不相识的商店伙计拿着书本前来请教，蔡也详细地为他讲解，毫无倦容。
杨亮功回忆，他担任安徽大学校长时，蔡元培写信介绍一人到安大教书。当时正是学期中间，杨复函蔡说：“等到暑假，再行设法。”之后，杨将此事抛诸脑后，不想蔡对此事还颇为上心，暑假期间，杨回上海，蔡便提醒杨此事。杨遂聘此人为国文教师。到校后，杨发现此人根本不能教书，只好将其调至图书馆�