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但顾宪成这短时间顺风顺水只是他仕途的“回光返照”，万历二十二年（1594年），他因廷推阁臣得罪了皇帝，被革职为民，回到了老家无锡的东林书院讲学，集聚了一批不得志的文人，开始收徒讲学。
什么叫廷推？就是选拔重要官员，照例要由吏部提出候选名单，然后进行讨论，呈报皇帝定夺，在形式上这种做法对皇权可算是某种限制。万历二十二年（1594年）五月，首辅大臣（相当于宰相）王锡爵告老还乡，要新的首辅接任。皇帝以内阁辅臣地位重要为理由，想“特简”——不按规矩由皇帝直接提拔，吏部尚书力争，认为廷推是惯例，宰相（明自洪武帝废宰相后，没有了名义上的相，但习惯将内阁中首辅称为宰相）如果不经过廷推，“恐开捷径”，整个大明帝国的官员选拔制度将受到极大的破坏。万历帝虽然擅权，但祖宗传下的习惯法对他还是很有约束力的，并不是人们想象那样，皇帝完全能为所欲为。因此万历帝只好听从吏部的建议，仍由吏部提出候选名单。
提出名单的权力主要集中在吏部尚书、侍郎和文选司郎手中，由此可见顾宪成当时级别不高，但地位重要。他们几人一商议，将两年前因“册立东宫”之事得罪皇帝而辞职的首辅王家屏列入候选名单。
万历朝皇储之争是晚明重大政治事件之一，万历帝想舍长子而立宠妃郑氏所生的次子为太子，但在众位耿直大臣看来，这和嘉靖帝追赠生父为皇帝一样，是对礼法的破坏，当然要极力反对。——帝制时代，没有比皇位继承更大的政治了。因此事引起君臣在这个问题上尖锐对立，而大臣中间也产生派系，直接后果是朝局动荡，许多有道德操守的大臣为了维护礼法而去位。
礼部给事中李献可，看到皇帝没有立长子为太子的意思，决定迂回一下，建议举行“豫教元子”的典礼，即皇长子正式接受学校的教育，因为当时皇长子已经十一岁了，以此来提升皇长子的地位。皇帝很恼火，抓住奏折中一个笔误大做文章，御批他“诬戏君上，好生可恶”，要求降级罚俸，调到京外。
这御批当然要交给首辅大臣王家屏去办理，谁知道王家屏这位山西人，有着一股驴子的倔劲儿，他公开支持李献可，竟然封还御批——把皇帝的命令退回去，这样大胆的首辅，从明清以后，确实不多见。一些言官前赴后继上书为李献可说话，而且言词十分激烈，指责皇帝“坐视元子失学，而敝帚宗社”。也就是说皇帝坐视长子失学，是对老祖宗传下来的江山不负责任，皇帝这下忍不住了，命令锦衣卫将这个谏官廷杖一百棍。王家屏作为首辅大臣，救不了这些言官，干脆辞职。皇帝早就看他不顺眼，自然批准。
这次顾宪成等人继续将皇帝不喜欢的王家屏列入名单，皇帝不高兴，下令再拟一份名单。可再次拟的名单，王家屏大名赫然在列，而且顾等人理由很充分，说没有哪条规矩说已经辞官的人不能作为首辅的候选人。可以想见，万历帝该是如何的窝火，心想你们这些老小子，分明是公开给朕叫板吗！于是顾宪成被革职回家了。
那个时候，一个士人的声望和他的官职并不成正比，有些入阁大员，被天下士人嘲讽，有些品秩不高的官员，其道德学问却被天下士人景仰。顾宪成虽然官最高只做到司局长，但他的清名早就为朝野所熟知，这也是他回乡入东林书院，能引起那么大动静的根本原因。
因此，他在朝的时候，内阁大臣们并不因为自己级别比这个“小顾”高得多，就在他面前颐指气使，或者摆出一副上级对下级关心爱护的样子。许多大臣对顾宪成，采取的是一种平等的态度进行对话。
还在顾宪成当员外郎（副司长）的时候，大批言官上书请皇帝早封长子为太子，这种意见符合礼法——用现在的话来说是充分尊重宪法的建议，但和皇帝的意愿完全对立。皇帝又不愿意公开违宪，希望大臣们站出来替他说话，或者分担压力。当时的首辅王锡爵，他既不愿意得罪皇帝，但是也不愿意公开建议皇帝破坏祖制，而成为千夫所指，夹在中间十分难受。那个时候小官比阁臣好当，级别低的官员可以畅快地上书阐述自己的意见，得罪高层大不了回家，还博得了好声名。而做了内阁大学士可不能这样随便，因为他权大，责任也重，要小心翼翼地维持和皇帝的关系。
有一次他碰见顾宪成，王是苏州太仓人，两人算是大同乡，王很诚恳地向顾提出自己的疑惑：“当今所最怪者，庙堂之是非，天下必反之。”意思是说现在怎么这样邪性，朝廷对某件事的是非判断，天下人必定反着来。
顾宪成硬邦邦地扔下一句话：“吾见天下之是非，庙堂必欲反之耳。”
顾在这里承认朝野对立，是非判断满拧这一事实，朝廷颂扬的、提倡的，民间必定嘲笑、反对，但因果关系和王锡爵所说的倒置。首先是朝廷罔顾民意，民间喜欢的、推崇的、坚持的，朝廷一定要反对，要限制，朝野关系紧张的责任是在庙堂而非天下。
这种民间舆论和朝廷的是非观完全反着来的情形在大明晚期处处可见，被廷杖和贬官的人士，回到民间，被公众当成英雄一般看待。可谓是“权力在朝廷，道义在民间”。被削职为民的顾宪成正是由于这种朝野的分歧和对立，他可以利用自己的道德资源在老家办书院，不但当地士子、商人支持，连无锡知县这种中低级官员也鼎力相助。这种对立到了熹宗朝达到顶峰，已经不是舆论上的对立了，当权者对反对者的处罚也不仅仅是申饬和罢官了，而是利用专政机器，将反对者从肉体上消灭。东林书院被毁，东林诸君子被杀。幸亏顾宪成已于万历四十年（1612年）寿终正寝，免于他的学生兼同道高攀龙那样自杀的命运。而明帝国，也临近崩溃了。
朝局稳定重于寻求真相
万历四十三年（1615年）五月初四的黄昏，北京城发生了一件惊天大案，一位男子企图闯宫袭击太子。《明通鉴》是这样记载的：
“五月，己酉酉刻，有不知姓名男子，持枣木梃入慈庆宫门，击伤守门内侍李鉴。至前殿檐下，为内侍韩本用等所执，付东华门守卫指挥使朱雄等收系。”
慈庆宫居住的是当朝太子、后来的泰昌帝朱常洛，这是一次危害大明皇储未遂的大案要案，史称“梃击案”。这样的案子，绝不是一个地方司法机构能够审理的，当时的巡视皇城御史刘廷元初审后，拿出一个初步意见：“罪犯叫张差，蓟州井儿峪人。察其行迹似乎有疯癫症状，而仔细看他的容貌实乃狡猾之人，请交给刑部严加审讯。”
巡察皇城的官员并非没有审察一件突发案件的能力，而是这个案子牵连到太子，一个流窜进京的农民，去袭击太子，明眼人一看就知道非同寻常，背后的曲折之处可以想象。这个负责皇城治安的小御史很聪明，他将案件的基本要素查清楚，如犯罪嫌疑人的姓名、住址，以及他对嫌疑人的初步判断。他知道再往下深究，就不知会牵连出什么来，干脆把这个皮球踢给了最高司法机关——刑部。而且刘廷元给这个案子的发展留下了有意思的活扣：张差行动好似疯癫，但看上去有些狡猾，如此案件可大可小，怎样做都可以。不愧是一位长期在皇城办差的老练官员。
刘廷元和当时的大多数官员心里肯定知道，这件案子很可能有重大政治背景，如此则不是办一件普通刑事案那样简单，亦非可以简单地寻求真相。案涉太子，则是超级政治案件，如此大的政治案件之走向，一个小官员哪能做主。
这个案件一发生，就引起了朝野政治方面的联想。因为万历帝喜欢和郑贵妃所生的福王，但迫于祖制和群臣的压力，不得已立长子为皇储，但对太子仍然很疏远。大家都知道皇帝仍然喜欢好不容易才去洛阳就藩的福王，如果太子不幸死在老皇帝前头，福王肯定会顺利登基。就在大家都担心太子安危时，发生了这样一个蹊跷的案件，不能不让人浮想联翩，朝廷内外怀疑这件案子背后的指使人是郑贵妃和她的兄弟、当朝大臣郑国泰。
案件由刑部复审后，郎中胡士相顺着案犯疯癫这条线，拟好了奏禀的草稿，说张差在老家收购和存放的柴草被人烧毁，气愤地上京申冤。走到东华门遇见一人，告诉他说“持木棍进入可当冤状”。于是误入东宫。按律当判死刑，死刑上罪加一等就是立即处决。
按刑部的复审意见，无非说他是一个普通的上访户，脑子有些不正常，伸冤无门才做出过激行为。如果案犯一死，就一了百了，背后的秘密就会跟随消失。但稍有司法经验的人，不可能相信这样的解释，世上那样这么巧的事情，迅速将张差处死，难免让人觉得有人希望灭口。
刑部主事王之寀对这样的结案深为怀疑，按理说郎中是司官，是主事的上司，上司如此下结论他没必要多管闲事。但那时候的官员中还真有这样较真的人。一天，这位王大人在刑部大狱值班，私下里去讯问张差，几番言语往来，张差回答“不敢说”，王大人让跟随的人退走，留下两名吏员再讯问——当时还很讲办案程序，问案和笔录必须有两个以上办案人员在场。张差便交待，他小名叫张五儿，被马三舅、李外父引荐见到一个宫内的太监，太监说事情要是办好了，给你几亩地。然后被带到京城，进了一个大宅院，一太监让他吃了顿饭，然后让他冲进慈庆宫，遇到人就把他打死。于是给他一根枣木棍，领着他从厚载门走到东宫，趁机将守门人击倒，但侍卫太多，就被抓住了。
这样一个审讯结果，仍然不太符合逻辑，如果真有宫内人指示张差谋害太子，准备不至于这样小儿科。王之寀将审讯结果写成揭帖，请代理刑部尚书张问达上奏。——因为他级别太低，还没有直接上书皇帝的资格。并且建议将案犯押赴文华殿进行朝审，由九卿、给事中、御史和刑部、大理寺、都察院三法司会审，以求真相。
王的奏折送入后，皇帝尚未批复，廷臣接二连三上奏折支持王之寀。这时候大学士方从哲、吴道南认为王的奏折荒谬，请求皇帝明示办案方针。朝廷再发文到蓟州，命令详查。当地知州戚延龄查询后，报告了案犯得疯癫病的原因：贵妃派太监在当地建佛寺，需要大量烧制砖瓦，于是老百姓纷纷买薪草囤积赚钱，张差将田产变卖买了大量薪草，可有人嫉妒他偷偷地放火将其薪草焚烧，让他破产。愤怒的他受到了刺激，持着木棍进京告状。
这个结论和郎中胡士相的复审意见差不多，加上这番地方政府的调查，完全可以结案了吧。胡士相便催�