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而陈炯明也接到吴佩孚的密电，催他早日动手。说：“彼已将徐世昌逼走，请即履行条件倒孙，如再延不遵办，彼即宣布废除前约。”陈炯明终于横下心，先拘禁了廖仲恺，下达了对总统府的总攻击令。
孙中山是炮轰前得到消息紧急转移的。远处已隐隐传来叛军进攻的号音，宋庆龄怕同行不便催他快走，他却还想向叛军晓明大义制止叛乱。孙中山的左右见情势不容再犹豫了，就强挽起他的手臂离开了总统府。夜已经深街上一团漆黑，伸手不见五指，但总统府四周已布满了叛军的岗哨。孙中山化装成医生，从容自若地穿过封锁线，登上停泊在白鹅潭的楚豫舰。而宋庆龄是冒着密集的炮火，在卫士队长和副官的护卫下，于第二天才冲出重围与丈夫会合的。
6月17日这天，孙中山登上永丰舰，亲自率领六舰军舰，以密集的炮火教训了陈炯明一顿。他曾手书密令要江面前线的李烈钧、许崇智迅速回粤平乱。而回师的部队终因遭到直系和陈炯明叛军的前后夹击，经过一番苦战，被迫分成东西两路，在8月份撤退到福建和江西。而孙中山就这样一直孤守在黄埔海面，以艰苦奋战五十多个昼夜的最后失败，宣告了第二次护法战争的结束。这是他一生中最惨重的失败，他确实有些想不通，清朝政府曾用重金购买他的头，却没有成功，而自己一手培植起来的党羽，竟会在关键时刻把枪口对准了自己。当他乘俄国“皇后号”邮船回到上海时，已是炎热的夏天。他惨痛地发表了《对外宣言》和《致海外同志书》等文告，他不愧是一位愈挫愈奋的革命领袖。他不止一次地对汪精卫、张继和蒋介石说，第一次护法活动的失败，使他认识到南北军阀如一丘之貉。而这次的失败，又使他认识到革命队伍内部也可能产生新军阀。他开始寻找新的同盟者，开始关注十月革命，思考起以俄为师的新策略。
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1922年的蔡元培没有想到，这是他真正主长北大的最后一个年头他因足疾年初就住进了医院，而欠饷和经费不足又像瘟疫缠住了他疲惫不堪的身心。由于军阀混战，北京政府的预算光军费就占去了一半以上，而教育经费只占七十五分之一。就是这点可怜的经费，也常因被侵占而不能如数拨付。蔡元培一回国就发现，他的北大已寸步难行。不光建筑无费、购书无费、置办仪器及一切校务行政无费，连教授的薪水又开始拖欠身为北大校长和学界泰斗，他只能不断地领衔向北京政府抗议。他还乘当时关税增加，德国承认赔款，各国庚子赔款的退还等有利时机，与北京教育界及各校学生组织，发起了一个全国性的教育独立运动。在北京高师召开大会，发表宣言，提出了教育经费、教育基金、教育制度应急谋独立的三大主张。
为了推动教育独立运动，从根本上对抗北洋政府，他又在《新教育》杂志发表了名震学界的《教育独立议》，大声地向社会各界疾呼：
教育是帮助被教育的人，给他能发展自己的能力，完成他的人格，于
人类文化尽一份的责任。而不是把被教育的人，造成一种特别器具，给抱
有他种目的的人去应用的。所以，教育事业应当完全交给教育家，保持独
立的资格，毫不受各派政党或各派教会的影响。
教育是要个性与群性平均发展的。政党是要制造一种特别的群体，抹
杀个性的。例如，鼓动人民亲善某国，仇视某国；或用甲民族的文化，去
同化乙民族。今日的政党，往往有此等政策，若参入教育，便是大害。教
育是求远效的，政党的政策是求近功的。中国古书说：“一年之计树谷，
十年之计树木，百年之计树人。”可见教育的成效，不是一时能达到的。
政党如能掌握政权，往往不出数年，便要更迭。若把教育权也交与政党，
两党更迭的时候，教育方针也要跟着改变，教育就没有成效所以，教
育事业不可不超然于各派政党以外。
教育是进步的，教会是保守的，无论如何尊重科学，一到《圣经》的
成语，便绝对不许批评，便是加了一个限制。教育是公同的，英国的学生，
可以读阿拉伯人所作的文学；印度的学生，可以用德国人所造的仪器。教
会是差别的，基督教与回教不同；回教又与佛教不同。彼此谁真谁伪，永
远没有定论，只好让成年的人自由选择，所以各国宪法中，都有“信仰自
由”一条。若是把教育权交与教会，便恐不能绝对自由。所以，教育事业
不可不超然于各派教会以外。
蔡元培的文章一出来就惹得当局非常恼火，那位内阁总理梁士诒就亲自给教育部挂电话说：“一派胡言，教育如真独立于政党之外，还要政府拨什么款，发什么薪”而全国学界却欢欣鼓舞，他人一出医院，李大钊和胡适就赶来家中拜访。
走进书房，只见案头放着一盆暗香袭人的草兰和四册《胡适文存》，蔡元培正在翻阅那篇《红楼梦考证》。胡适得意地笑了，这是他送给蔡先生的新年礼物，去年两人还为考证这部奇书论战过一场呢。李大钊身为共产党领袖，也被胡适拉进了努力会，见他神情严肃地说起一件正事：
“蔡先生，最近由美国控制的世界基督教学生同盟，决定在清华大学召开第十一届大会，想诱导各校学生信仰基督教。我以为教育独立和非宗教运动，应是‘五四’爱国民主运动的组成部分，也是先生一贯倡导的思想主张。所以我们想在北大发起一次非宗教同盟大会，想请你出面做发起人。你不是一贯提倡以美育代宗教”
蔡元培爽快地点点头，说：“我们一起做发起人吧！”
4月9日这天，北京大学召开了有中外人士参加的非宗教同盟大会，蔡元培和李大钊先后发表了演说。当时的北大真是自由到了家，北大教授周作人、钱玄同、沈兼士、沈士远和马叙伦，就公开跳出来唱反调，抢先在报上发表宣言，声称信仰自由，知识阶层应首先遵守，反对他们发动的非宗教运动。于是蔡元培就在演说时反驳他们说：“信教是自由，不信教也是自由，如果说非宗教同盟的运动是妨碍‘信仰自由’，那么难道宗教同盟的运动，倒不妨碍‘信仰自由’了现在的各种宗教，都是用诡诞的仪式，夸张的宣传，来诱惑未成年学生的盲从。这完全是用外力侵入个人的精神界，这难道不是一种侵犯人权的行为”
随着直奉战争的爆发，北京屡屡遭受溃兵的骚扰。为了保卫学校，蔡元培接受白雄远的建议，发动全校学生报名，很快组织起一支三百多人的北大学生军。蔡元培来北大后，目睹学生皆长袍大褂，一派文弱之气，一贯来重视体育锻炼。这次正好趁热打铁，任命出身军校的白雄远担任军事训练主任。在成立大会上，他亲自颁发了军旗，并邀请军事学家蒋百里来校授课。这支全国首创的学生军后来在反帝爱国运动中名扬四海，两年后当蔡元培被迫远走欧洲，孙中山先生抱病北上时，北大学生军担任了在前门火车站迎接孙中山的仪仗队和警卫任务。中山先生逝世后，又是这支学生军守卫了灵堂，当移居香山碧云寺时，学生军三百多人着孝护送灵车，使灵柩倍增了一种特殊的哀荣。
刚刚在改选中荣任北大教务长的胡适先生，终于走出书斋，手捧着黑皮包，容光焕发地大谈起政治。他虽然想方设法营救过陈独秀，但这并不妨碍他反对各种过激的主义。一次北大学生成立了新闻事业同志会，请他去演讲，他一开口就讲了一句令人膛目的大话：
“我希望你们研究真问题，少讲虚主义。你们宁可因讨论活问题而被封禁、被监禁、被枪毙，也不要拿马克思、克鲁泡特金来替张作霖、曹锟、薛大可、叶公绰的报纸充篇幅。”
看来，马克思主义也曾被军阀和政客搬弄和利用。胡适为了创办《努力周报》，开始频繁地出人各种社交场合。他看来很有性格魅力，眼界又很高，一手拉着曾是研究系的丁文江，并通过了抓住吴佩孚控制的北京政府，总想跟军阀比学问，做新世纪的帝王师。一手又紧紧倚靠蔡元培为首的北大派，扮演起一种想在南北二府中保持独立评论人的言论界领抽姿态。他开始直接干预政治，操持言论可胡适并不轻松，越想不偏不倚地公正，越是注定两头不讨好。胡适的思想立场终于成了二十年代中国各派政治势力声讨的活靶子。
当时的北京思想界，真有点山雨欲来风满楼的态势。各派势力的头面人物纷纷登台亮相，以梁启超为首的研究系，先派元老林长民去争取以顾维约为首的一批相对独立的技术官僚。研究系试图组织一个研究社会政治状况的团体，但顾维钧不为所动。研究系又转而游说北大派，蔡元培是好好先生，先被罗文干说眼了，但胡适的政治嗅觉很灵敏，为了保持努力会的纯洁性，经他一提醒，蔡元培又婉言谢绝
五月的一个夜晚，空气中弥漫着春天的气息。胡适正在书房翻阅好不容易出版的《努力周报》，胡同里响起汽车的喇叭鸣叫。耳边传来丁文江的叫嚷声：
“适之呀，贵客临门了！还不快来迎候。”
门外走进一位气宇轩昂的青年将领，见他一身戎装。身材高挑，白净脸皮上留着墨黑两绺八字髭须。他稳稳地向胡适行了个军礼，剑眉下一双（黑目）（真目真）的瞳人闪烁出冷峻傲岸的神情。胡适已被他的神气慑得有点气馁，多亏了丁文江的及时介绍才解了围。
“这位就是吴将军的军师白坚武参谋，当初和段祺瑞开战，赶走徐世昌，全是他出的主意。”
胡适连忙请客人人座，白坚武寒暄几句后气势沉雄地说：
“你们这份刊物玉帅都看了，他很欣赏你的《努力歌》，特地关照我来看看胡博士。很想听听你们这批名流对时局的见解呢。”
胡适顿时眉开眼笑，他摸出一罐进口香烟，抽出一支递了过去。待两人都优雅地点燃了烟，胡适说：“在我们这些英美派知识分子心目中，吴将军是一位最有力量解决中国问题的爱国军人。他在‘五四’时期公开表示支持学生运动，反对过安福系控制的亲日政府，并最后一举推翻了这个政权。现在又赶走了日本人支持的奉系军阀，我们寄希望他出面促进南北统一，让北京出现一个有‘好人’参加的新政府。”
丁文江也不失时机地说：“我们