写完《记念刘和珍君》的鲁迅先生，终于怀着复杂的心情，告别了生活了十五年的老北京，应林语堂之邀赴厦门任教。
在这虎狼当道之时，蔡元培还有必要北上他真的还能北上在一个阴云密布的早晨，他怅然地送别了去南方投身革命的李平原后，就愤而致电北京政府和教育部，明确表示辞去北大校长，辞去俄国庚子赔款委员会委员等一切职务。面对军阀的残暴，他又一次打出不合作主义的旗号进行抗争。虽然北京政府迫于他的声望没有批准这份辞呈，他也依然关心着北大的一切，但是，命运终于将1926年的蔡元培留在了上海。他也把关注的目光投向风云突变的广州，耳边仿佛传来北伐的炮声
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这一年的春天真是充满肃杀之气，北方的“三·一八”惨案血迹未干，南方的“中山舰”事件又接踵而来。蒋介石真是吃了豹子胆，以身家性命和前程下了一次大赌注。
3月18日和19日，蒋介石发现停泊在黄埔大本营的中山舰升火待发，他又接到同一人三次打来电话询问他何时去黄埔？这种可疑的迹象使他忧心忡忡，他当时和广州的三位苏联军事顾问关系非常紧张，他甚至怀疑汪精卫和苏联顾问团阴谋劫持他，会把他弄到海参崴流放。于是，他犹豫之后果断地决定镇压。他在3月20日清晨，背着国民党中央和国民政府，以共产党阴谋暴动为借口，调动大批军警，扣住了这艘军舰，拘捕了海军局代理局长，共产党员李之龙。又以“保护”为名，让他的军队解除了苏联顾问住地和省港罢工委员会总部卫兵的武装，包围了汪精卫的住宅。这一突发事件，既没有征询汪精卫的意见，也没有向苏联顾问预先发出警告，加上他平时树敌过多，所以一下子成为众矢之的，陷入了进退两难的境地。刚从东江前线返回广州的周恩来，当天下午就赶到广东造币厂质问蒋介石，说他是破坏国共合作的罪人。而何香凝还要愤怒，冲破重重岗哨找上门要他立即释放被扣押的共产党人，还指着他的鼻子说：“孙先生和仲恺尸骨未寒，你就公然背叛三大政策，你对得起谁”
当然，来自共产党的反抗更为激烈。国民党代理宣传部长毛泽东，中共广东区委负责人陈延年和张太雷，立即与苏联军事顾问团商量对策。毛泽东一针见血地指出，蒋介石对我们搞突然袭击，一是威胁，二是试探，我们必须公开声讨，迎头痛击，削其兵权，将他开除查办。蒋介石这才发现，自己的权力还毕竟有限。在这关键时刻，又是张静江这位大盟兄出来为之解围。孙中山逝世后，张静江时刻关注着蒋介石与各派政治力量的角逐，全身心地帮他出谋划策，扫清夺取最高统治权征途上的各种障碍。就在年初召开的国民党“二大”上，张静江以党国元老的面目出现，有意和蒋频繁接触，颇受与会代表的尊敬。为了斡旋与汪精卫的矛盾，他还亲自邀请两人带家眷同游黄埔东面的海神庙。这次又关门密谈了几次，为他巧度难关献上了一条条锦囊妙计。
于是，蒋介石先主动向军事委员会递交了请求处分的圣文。还致书汪精卫负荆请罪。然后与鲍罗延开始了紧张的讨价还价式的谈判，鲍罗廷似乎过多地看重了蒋介石的作用，对他作出了最大的让步。他们达成了三条君子协议，鲍罗廷接受蒋介石的建议，同意召回令蒋最反感的三位苏联顾问，限制共产党在国民党中的活动；蒋介石同意鲍罗廷的主张，开除一群更为保守的国民党官员；鲍罗廷同意支持和援助北伐。汪精卫慑于蒋的淫威，主动离粤去了法国。蒋介石终于在这场政治赌博中成了大赢家，他趁国民党左派群龙无首之际，召开了中执委和政府委员联席会议，将自己增补为军委主席。又在国民党的二届二中全会上，先推选张静江当上了国民党中常委主席。再由张提议他出任组织部长，逼迫共产党让出了组织部、宣传部、农民部以及秘书处的一系列重要职位。毕竟北伐是孙中山留下的遗愿，蒋介石当上国民革命军总司令并继张静江登上中常委主席宝座以后，终于踌躇满志地于7月9日誓师北伐。出师前，他将中常委主席一职交给张静江代理。张静江就这样成了蒋留在大后方的核心人物，张静江指使同乡陈果夫接管了由共产党控制的国民党广东省党部，并向各地党部派出一批反共的亲信分子。待部署完这些大事后，又开始关心起他的发迹地上海和浙江。他突然想起了多年的老友吴稚晖、李石曾和蔡元培，频繁地与他们书信往来，商量起北伐军南下后的各种策应措施。
难以北上的蔡元培终于又陷入了令他一度厌烦的政治。当时的上海还在孙传芳势力控制之中，随着北伐军的节节胜利，国民政府任命夏超为国民革命军第十八军军长兼管浙江省政，夏超又推荐蔡元培、马叙伦等人为浙江省政务委员会委员。吴稚晖和李石曾又像影子一样粘住了这位容易受人摆布的老书生。一个秋天的下午，吴稚晖拿着张静江的信来找蔡元培，他开门见山地说：
“为了响应北伐，静江兄已指示褚辅成、许世英、沈钧儒等人发起组织苏浙皖三省联合会，策划三省自治运动，抵制孙传芳请来的奉鲁军南下。静江兄想请你出山，代表浙江参加联合会。”
蔡元培为难地说：“我一介书生，又不懂政治，恐怕难担当此任哟！”
吴稚晖是位老谋深算的典型政客，与蒋介石和张静江关系又非同一般。他非常羡慕张静江的登龙之术，感叹自己碌碌无为。眼见蒋介石将大功告成，一心想借蔡元培的声望，与李石曾一起，以“四元老”的名义集体登台亮相，为自己在未来的中国政坛谋求一席之地。所以他一见蔡元培无意政治，就急忙鼓动如簧之舌竭力劝说起来。见他沉下脸厉声说道：
“孑民兄，在这国难之时，我们身为总理信任的老同志，更应该主动担当重任呵！否则，总理在天之灵，也不会瞑目的。”
蔡元培的脸色一下子凝重起来，他像突然听到了圣灵的召唤，掂出了肩头沉甸甸的责任。回想起这些年在中山先生最困难之时，自己却出力甚微，甚至在南北和议上还干过些糊涂的蠢事，心里便渗出深深的歉意。他是个深明大义的人，眼见一时还难以北上，终于答应老友出来做点事情。
五省联帅孙传芳虽其貌不扬，待人接物倒像位饱学之士。一副长脸总是笑容满面，但只要一当他打仗杀人时，那一对三角眼却射出两道凶光，显得格外心狠手辣。他为人精明细致，十分敏感。平时手不释卷，对经、史、子、集，涉猎颇多。他当时正处在鼎盛之时，为了装点门面，特地请出江浙一带的知名人士和巨绅张謇、章太炎、丁文江等人做顾问。这位中国东南地区的实际统治者，此时正萌发了捧出江苏巨绅张謇当临时总统。由他来控制北京政权的野心。他还特地以出巡为名前往南通拜访，张謇也搭起牌楼表示欢迎。
蒋介石就是在这时候秘密派张群来杭州与他会谈的。张群也是位谋士，想劝孙传芳顾全大局与蒋合作。没想到对方比他还健谈，一开口就说古论今，能言善辩，见自己一直未能将其说服，张群讥讽地冷笑道：
“我看大帅不像个军人，倒很像一位政客呢！”
孙传芳一听这话怫然不悦，不客气地反唇相讥道：
“我不是政客，还最讨厌政客。我的儿子，也决不会让他当政客。政客全是朝三暮四妓女般的下流东西。我是一个地地道道的军阀！”
谈判就这样决裂了，北伐军采取各个击破的策略，在打败吴佩孚之后，又兵分三路攻入江西和福建。节节败退的孙传芳只好调过头来，亲自前去乞怜于昔日的怨家张作霖。他先派人去天津和济南分别拜见了张作霖和张宗昌，取得了一些谅解。然后化装成一名商人，身着灰布大褂，贴身带两支手枪和两名随从，秘密乘火车直奔天津。当张作霖正在蔡家花园开会时，他突然单刀赴会地出现在奉系的文武大员们面前，边向张作霖行鞠躬礼，边对满座惊疑的众将领抱拳作揖道：“兄弟对不起大帅和诸位，特地前来赔罪！”张作霖忙大度地说：“过去的事不要提”于是，两人又捐嫌修好，当场商议起“讨赤”大计，决定成立“安国军”，由张作霖任总司令，他和张宗昌为副司令，并派张宗昌率直鲁联军南下，支援他坚守上海、南京和浙江防线。
蔡元培仿佛又回到了辛亥革命的时期，整天为苏浙皖三省联合会奔走呼号。时而发表宣言，时而主持集会，时而通电拒绝孙传芳苛征军费，预借漕粮，反对他发行军用券，时而号召三省人民推翻军阀统治，以武力抵制直鲁联军的入侵。这一年冬天的某个下午，心情烦躁的孙传芳，在南京突然看到登有蔡元培攻击他言行的上海报纸，当场下令通缉他和马叙伦归案。孙传芳曾下令禁止妇女穿旗袍和美专师生画模特儿，可是他的老婆却偏偏和他唱对台戏，在去灵隐烧香时大模大样地穿着露出臂膀的旗袍招摇过市。一位记者写文章以嬉笑怒骂的笔法嘲讽他说：
“照孙大帅的言论，仿佛对上海要进行若干善政，其实一样也没有做到，于是他就和模特过不去。孙大帅曾问上海知县，‘什么叫模特？’这位知县回答得十分干脆，‘就是光屁股的姑娘。’他一听原来如此，犹如五雷劈顶，口叼着雪茄烟，半天说不出话来。他从此便授权这位知县迫害刘海粟，非要将美专封闭不可。又听说他写过《反三民主义》的书，另行炮制了一套‘爱国家、爱人民、爱敌人’的‘三爱主义’自行吹嘘。笔者特地采访蔡先生请教此事。蔡先生幽默地说，他的‘爱人民’就是主张办事要勒索，要钱财，要吃回扣。何以为证，因为孙传芳说过，‘现在做官的分三种人：要钱而能办事的是好官，只要钱不办事的是坏官，办事不要钱的行不通，不能做官。’马叙伦先生还要尖刻，说孙传芳口头上主张‘爱人民’，又反对当‘人民公仆’。说什么‘现在做官的自称是人民的公仆，凡是仆人没有一个是好东西，不是赚主人的钱，就是匈搭主人的姨太太。我是不做公仆的，我是民之父母。’可就是这位‘民之父母’，在最近残酷地镇压了上海工人为迎接北伐军举行的第一次武装起义。所以我们说孙传芳什么都不是，他只是一个地地道道的反动军阀厂
蔡元培和马叙伦是1927年1月5日乘海轮前往宁波的。此行一是为了避难，二是因为国民政府已任命他为浙江政治分会代主席，上海的国民党人想在宁波先成立浙江省政府，他们也想实地考察一番。同行的还有北大毕业生姜绍谟。可是一到宁波，就见满街都是刚反正的周凤歧的溃兵，谣传孙传芳部队即将渡曹娥江而上。于是他们又匆匆避走象山，几天后便漂海前去福建，一直逗留到初春才返回上海。当时何应钦的北伐军东路总指挥部已攻克福州，蔡元培应邀前去做客。并以党国元老的声望，分别在革命军第四师和福建省党部演讲。正在厦大任教的顾颉刚碰巧来福州买书，闻讯后便请恩师前往厦门小住了几天。厦大正在闹学潮，校长林文庆已赶去新加坡向陈嘉庚告急。听说蔡校长来了，一些北大的�