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自安庆失守后，李秀成便把兵力全部集中到了江浙。从江西东向的侍王李世贤部及从广西回师的石达开旧部，几乎遍布了浙江全省。十一月二十八日（12月29日），李秀成带领太平军一举将浙江省会杭州攻克，巡抚王有龄万般无奈，只得自杀。在这之前，十月十七日、十月十八日、十月二十三日，清廷曾发三次廷寄，谕令左宗棠马上赶到浙江去，负责军务的督办。曾国藩等于十月底作出决定，十一月十六日在给朝廷的奏折中说：“臣等往返熟商，即请左宗棠督率所部进援浙江，并将驻防徽州之臬司张运兰，驻防广信之道员屈蟠，驻防玉山之道员王德榜、参将顾云彩，驻防广丰之道员段起各军，及副将孙昌国内河水师，均归左宗棠就近节制调度。兵力稍厚，运棹较灵，于援剿浙、皖之时，仍步步顾定江西门户，庶于三省全局有裨。”当时，曾国藩作为两江总督，原本只是负责统率江苏、安徽、江西三省，清廷因为对曾氏集团的依赖，又于十月十八日下发明谕，上述三省除外，“并浙江全省军务，所有四省巡抚、提镇以下各官，悉归节制”，杭州将军瑞昌只是负责浙江军务的帮办。但曾国藩于十一月二十五日给朝廷的奏折中说：“以臣遥制浙军，尚隔越于千里之外，不若以左宗棠专办浙省，可取决于呼吸之间。”又说，左宗棠“其才实可独当一面，应请皇上明降谕旨，令左宗棠督办浙江全省军务，所有该省主客各军，均归节制。即无庸臣兼统浙省”。曾国藩深感朝廷对自己有太重的依赖，给了他太尊贵的权位和太多的期望，令他感到有些畏惧，因此不敢控制四省，恐怕自己会犯下过错；另一方面，也说明曾国藩当时给予左宗棠的信赖与倚重也是非常多的。
左宗棠此时在广信负责驻防工作，他根据“宁肯缓进，断不后退”的原则，率军至婺源，又分兵解除了徽州的包围，使后方得到了巩固。十一月十一日、十二日、十四日、十六日，朝廷又连发四道谕旨，催促左宗棠赶快带兵赶到浙江。同治元年正月十五日，左宗棠才从江西东北边境和皖南边境翻山越岭，历经千辛万苦进入到浙江省西北部开化县，迫使太平军退到遂安方向。其后，左宗棠根据曾国藩的以衢州府作为控制全浙的根据地的战略决策，于五月初四日（5月31日）攻占衢州，以衢州为基地进夺全浙。八月，蒋益澧带领八千多名湘军从广西开至衢州，左宗棠部的人数增到了一万六千名之多。他们由南向北逐渐推进，太平军顽强地抵抗了这种推进行动。经过一年多的双方拉锯，直至同治三年二月二十五日（1864年4月1日），左宗棠在法国军官德克碑的不败之师的帮助下，才最后把杭州攻下。双方又争夺了几个月，到这年八月下旬，左宗棠的楚军基本上占领了浙江全境。左宗棠攻占杭州后不久，在三月十八日，朝廷命曾国荃补授浙江巡抚，左宗棠补授闽浙总督，同时仍然担任浙江巡抚的职务。至此，左宗棠在官场上已经比较成熟了，成为清廷的大员，与曾国藩处于同等的地位。
第四部分：天国瓦解任用李鸿章
比左宗棠组建军队晚一些时候，李鸿章奉曾国藩之命，在安徽也组建了一支号为淮军的军队。从此，湘军及其别系楚军和淮军形成了三足鼎立的局面，一在安徽，一在浙江，一在江苏，从三面威胁着天京，成为后来对抗太平天国的主要力量。
曾国藩担任两江总督之后，于咸丰十年五月十七日奏请建立三支水师，分别为淮扬、宁国、太湖，增添围攻金陵的力量，他特别强调创办淮扬水师，因为这样一来淮扬一带产米产盐可以更为便利，且可以对淮扬的陆军起辅助作用。接着，他于七月初三日上疏，对于李鸿章的“劲气内敛，才大心细”、“研核兵事，于水师要，尤所究心”、“堪膺封疆之寄”大为赞赏，奏请派李鸿章到淮扬去担任兴办水师的工作，又奏请“破格擢授两淮盐运使”。清廷虽然同意让李鸿章去负责兴办淮扬水师，但对曾国藩的疏奏并没有全盘肯定，没有简放李为盐运使。但李鸿章也趁机抓住机会，从而拥有了在长江下游组建新的军队的权柄。
这之后，曾国藩于咸丰十年八月上疏朝廷，被朝廷批准黄翼升为淮扬镇总兵。黄翼升出身铁工，长沙人，原在湖南负责监造战船的工作，后随彭玉麟、杨岳斌水师在武昌、九江、安庆等地与太平军厮杀。咸丰十一年，淮扬水师建成，他被曾国藩举荐为水师总统，在彭、杨水师之外作为一支独立的部队。这是曾国藩把自己的军事势力伸向江苏所做的最初一步。
同治元年三月初七日、十三日、十七日、二十四日、三十日和四月二十二日、五月十一日，李鸿章在曾国藩的命令之下，率领不久前在桐城、舒城一带收集的团勇旧部五营和郭松林、程学启的部分湘军六营，一共五千五百多名湘军，分七批潜伏在七艘英国商船上，那些商船是上海道宝应时用十八万两银子租来的，那些船从安庆出发，偷越太平军的水上防线，一直驶向了上海。他们到达上海的时候是三月初十。
淮军一到上海，就勾结了美国人华尔的常胜军，由此可以看出他们与外国反动派是联盟。这时，李秀成所率领的大军先后占领了上海外围的嘉定、青浦、松江、奉贤、南汇等地，英国侵略军的司令何伯被太平军打伤，法国侵略军司令卜罗德甚至被太平军击毙。太仓一战，清兵被杀者数百人，落入水中者千余人，三十余座营垒被攻破，大炮洋枪也有好多被太平军缴获了。常胜军副统领法尔思德也在青浦被俘。然而，正在这时，天京的军情却比较危急，洪秀全一日三诏，李秀成只好从松江前线回去援助天京，只留下谭绍光等少量部队围驻上海，这就使李鸿章及其淮军有了重新发展的机会。
在李鸿章疯狂地扩军备战之后，淮军的数量一下子增加到了四万多。他们趁天京被围、李秀成孤军奋战的时机，在从东向西推进的过程中不断取得胜利。他们攻占太湖东岸的吴江，使得江浙两省的太平军之间的联系被切断；他们招降纳叛，在同治二年十二月四日（1864年1月22日）把苏州攻占；接着占领无锡和浙江嘉定，与左宗棠的楚军一起威胁到太平军的军势。最后，淮军于四月初六日（5月11日）攻占了常州，与金陵外围的湘军取得了联系。左宗棠占领杭州，李鸿章占领常州，湘、淮、楚三军结合到了一起，为曾国藩最后完成他攻克天京的宏图大业，镇压太平天国的首脑机构做出了非常大的贡献。至此，曾国藩在江浙约三年的经营终于大见成效。
第四部分：天国瓦解围攻南京（1）
咸丰十一年，曾国藩在安庆之战取得胜利以后，就一直把南京，或者说金陵作为他的下一个目标。当时，曾国藩令曾国荃回到家乡继续招兵买马，以使他的吉字营实力得到进一步的扩充。同治元年三月，曾国藩的弟弟国荃和贞干从南北岸分别东下，接连着攻下了十几座处在要隘的名城。西梁山古称天险，太平军把它当作金陵的门户，想不到清军未用多少兵力就攻下了它。而与此同时，左宗棠率领的大军连续在江山、常山等地获胜，声威大振。
五月初一日，曾国藩的弟弟国荃向秣陵关发起进攻。秣陵关是金陵的重镇，这时太平军守备得并不太严密，清军到达后，守关的太平军将领不久便投降了。清军绕过三汊河后向大胜关进逼。初二日，国荃派军队先埋伏在桥边，然后六营大军飞速前进。太平军见清军从后面抄了过来，害怕被困住，于是乘夜纵火，弃巢而走，清军前去追击，打败了他们，夺下了大胜关、三汊河。这时彭玉麟驻守在金柱关，听到曾国荃孤军深入太平军营的消息，恐怕被太平军算计，于是便急调水师前来策应，由烈山驶近头关。水陆结合，一举拿下头关。彭玉麟进攻江心洲，上面有坚固的石垒。水师用炮火攻击。最后逼得石垒中的太平军焚火自尽。清军乘胜追击，立马夺取了蒲包洲，于是便停泊在金陵的护城河口。曾国荃率领三万多名水陆大军进驻雨花台，距南京城只有四里之遥。曾贞干驻扎在三汊河东桥一带，在江边修筑起堡垒以保护西路粮道。就这样开始了对南京的攻防战。初四日，鲍超进攻寒亭、管家桥逆垒并一举攻破。十二日，二万太平军共同向雨花台的清军进犯，曾国荃设计埋伏将其攻破。十五日，鲍超在抱龙关击破了太平军，进攻宁国府。
十六日，驻扎在金陵的太平军大举向清军进攻，共分二十多支，并集结重要兵力向雨花台长壕猛扑过来，对清军在南京的各处营垒构成了极大的威胁。曾国荃在长壕奋力防守，双方军队互有损伤。部将刘连捷英勇善战，一举斩了二千多人，太平军纷纷逃跑，曾国荃冒雨修墙。而宁国府尚有二万人驻守在雄黄镇，二十四日那天晚上与太平军勾结图谋袭击清军。二十五日曾国荃派部将易良虎、刘连捷将他们击退。
这时，驻扎在这里的清军因疾疫已经死亡了大半，而伪忠王李秀成率领苏、常两地的太平军二十多万人来援助金陵。十九日，开始围攻曾国荃的大营。太平军使用西洋的落地开花炮前后轰击，声动天地，清军各处布兵防御，共与太平军激战了十五个昼夜。
九月初三日，伪侍王李世贤从浙江率领十万大军来到这里，攻扑更加猛烈。清军伤亡很多，而太平军伤亡更多。初五日，清军出濠击贼，攻破了十三座逆垒，杀了数千人。十二日，太平军埋伏在地道的两穴里，同时轰发，土石上飞，太平军逾过墙进去了。太平军白天并没有怎么进攻，反到了夜间轮番攻战起来，连续地在清军的营壕之外扎了一百多个营，相距仅二十丈，并在暗处挖地道，想乘着雨夜进行袭击。曾国荃下令各军开挖内濠、内墙进行防御，分兵连破了七处地洞。
十月初五日，清军出濠，攻破了太平军的十座营垒。太平军兵败逃跑，死伤无数。伪忠王、伪侍王无计可施便逃跑了。金陵大营才得以解围。
同治二年四月初二日，鲍超、刘连捷向六安州发起进攻，苗沛霖包围了寿州，公檄将凝学、毛有铭前去援助，使太平军败退。初七日，曾国荃、彭玉麟共同攻克了东关太平军的营垒，然后攻克了铜城闸。
这时曾国荃已经围攻了金陵很长时间，太平军想尽办法解围，太平军与捻军联合做战。这时同治帝颁布谕旨道：“此时曾国荃雨花台之军自不能辄自移动，堕贼诡计；湖北为数省枢纽，诚不可稍有疏失，严树森出驻团风，当不至任贼窜人。群丑蓄谋纷窜，曾国藩所部各军几于应接�