过了几个星期，各地的讨论小组就开始集会反对梅—约翰逊法案。
由加州理工学院的学生和博士后组成的讨论小组的活动很具代表性。他们开始在学院教工俱乐部的被称为雅典娜神殿的地下室里，开会研讨原子能技术的影响及控制问题，并很快成立了一个名为帕萨迪纳科学家协会的组织。该协会的宗旨是“更好地承担科技工作者在促进人类福利和维护世界和平方面的日益加重的责任”，协会主席、副主席以及一些发起者均来自鲍林的实验室，他们都反对梅—约翰逊法案。
1945年11月底发生的一件事情给反对派的活动注入了新的动力。一批美国军人进入被占领的日本原子能实验室，拆散了5台研究型回旋加速器，并把部件扔进了大海。后来了解到这些加速器是严格地用于非军事目的的，尽管格罗夫斯很快就公开道歉，但是日本科学家极度痛苦的呼唤在美国科技界激起了广泛的共鸣。此事清楚表明军队根本不懂得纯科学研究的基本知识，因此美国原子能研究的控制权显然不应该放在他们的手里。
于是，1945年的秋季，几十个精力充沛的青年科学家来到首都华盛顿，他们中有鲍林以前的学生科耶尔，他辞去了奥克里奇原子能实验室的工作，全力进行反对梅—约翰逊法案的斗争。各地的讨论小组联合组成了一个全国性的组织——原子科学家联合会，并在国会山附近的一幢无电梯的大楼里租了一个房间作为办公地点，配备了一台打字机。他们对议员实行盯人式游说，向国会各个委员会邮寄油印的申述材料，并用激烈的言词在报上发布新闻。反对梅—约翰逊法案联合阵线中一位激进的领导者、诺贝尔化学奖得主哈罗德·尤里①该法案称为“国会所写的第一个独裁者法案，你可把它叫作是共产党法案或纳粹法案，也可用其他任何你想像得出的坏名词。”随后，这些人提出了自己的修正法案。1945年12月份，民主党参议员麦克马洪提出一个包含了原子科学家联合会的意见的法案。该法案建议成立一个原子能委员会，该委员会将由总统任命的若干名军外科学家组成的专职小组领导；法案还建议确保研究工作的独立性并指派非军方人士任部长。这样就把军方排除在外了。
①尤里（Harold Clayton Urey，1893—1981），美国化学家，因发现氖（重氢）获1934年诺贝尔化学奖，后又研究地球化学和天体物理学，对发展原子弹及地球和其他行星起源理论均有重要贡献。
围绕梅—约翰逊法案和麦克马洪法案展开的辩论公开暴露了科技界内部的深刻分歧。支持梅—约翰逊法案的一方是那些在战争年代负责协调军界和科技界研究项目的高层管理人员，他们认为与军方共享原子能研究的决策权是最为现实的做法，布什和哈佛校长科南特①等人预言大多数科学家将会支持梅—约翰逊法案。与他们站在一起的有全国各地的上千名支持者。这些支持者相信，该法案能够给予军外科学家足够的代表权，同时又能确保原子能研究的优先地位。比如密立根就联合加州理工学院内外大约200名“平民”向国会递交了一封签名的公开信，敦促国会通过该法案。
①科南特（James Bryant Conant，1893—1978），美国教育家、科学家、哈佛大学校长（1933—1953），为第二次世界大战时组织美国科学为战争服务的中心人物，着有《论了解科学》、《教育与自由》等。
反对梅—约翰逊法案阵线的成员，除了科学家联合会的那些年轻的动乱分子外，还包括了一些受人尊敬的著名科学家，比如贝尔实验室主任和美国科学院院长朱厄特，原子弹研制者费密①和西拉特，当然还有鲍林。鲍林本人同时参加了帕萨迪纳科学家协会和原子科学家联合会，并以个人名义写信支持麦克马洪法案。
①费密（Enrico Fermi，1901—1954），美籍意大利物理学家，研究慢中子人工引发原子衰变，最早实现受控链式核反应，获1938年诺贝尔物理学奖，1939年赴美，1942年主持建立世界上第一座原子核反应堆。
大辩论的结果开始偏向反对梅—约翰逊法案的一方。到1946年春天，原子科学家联合会的成员增加到了几千人，其部分原因就是由于该联合会采取的反对梅—约翰逊法案的立场。成员的增加提高了联合会作为院外活动集团的地位。那时麦克马洪的支持者已经争取到了包括杜鲁门总统在内的一些政治家的支持。杜鲁门仔细听取了他们的意见后，感受到了战后选民的情绪，决定支持原子能技术的非军方控制，随后国防部长也很快表示支持。到7月份，麦克马洪法案经过一些修正并让军方在拟议中的原子能委员会中取得一席之地后，在国会获得通过。
这是一个来得有点突然的重大胜利。在鲍林和原子科学家联合会的其他成员看来，这是理智的胜利，它表明和平时期军方不再能主宰一切。杜鲁门和他的部长们开始谈论与苏联和其他国家共享原子秘密的问题，国际关系开始趋暖。人们希望，经过斗争，这个世界有可能摆脱战争的阴影，实现持久的和平。
但是，这种趋势很快就中断了。
好莱坞
随着麦克马洪法案的通过和广岛冲击波的逐渐淡去，许多科学家重新把自己的精力投入工作和家庭，然而鲍林却继续活跃在政治活动中。公众仍然渴望了解更多的有关原子弹的信息，请他作报告的邀请源源不断。现在他在解释原子弹的技术原理时，还不时插进爱因斯坦等人有关实现平民控制、公开交流科学信息以及成立世界政府的论述。但问题是，他对社会和政治问题谈得越多，他的报告就越发显得苍白无力。
爱娃·海伦目睹了这样的情况。鲍林每次作报告时，她几乎都陪同前往并坐在前排仔细倾听。她注意周围听众的反应，观察哪些地方效果好，哪些地方效果差，并在会后进行点评。她认为鲍林的问题是缺乏信心。每当鲍林谈及政治问题时，他就对自己的有关知识缺少把握，说起来理不直，气不壮。比如谈到原子能技术的控制问题时，他总是服从更高的权威，引用其他科学家或政治家的论断而乏陈己见。这样的讲话丧失了他作科学报告时惯有的幽默感，并由于缺少第一手资料而显得不够真实，因此听起来枯燥乏味。在一场效果很差的报告之后，爱娃告诉鲍林：“你缺乏自信。听众的印象是你对自己所说的东西没有把握。”
对爱娃的评论，鲍林一向是认真对待的。他认识到自己必须努力变成一个原子能政治学方面的专家，如同他以前步入免疫学和生物化学等新领域并成为这些学科的专家一样。他开始研究政治、历史、经济和国际关系。阅读有关书籍，政府报告，从《路易斯安那时报》到《纽约时报》的各种报纸，包括《国民》、《纽约人》和《时代周刊》等在内的各种杂志，还阅读由原子科学家联合会出版的名为《原子科学家通报》的新期刊。
鲍林发现，与量子力学相比，原子能政治学要简单得多。此外，影响决策的竞争对手也比较少，无非是政府、工业部门、军方、科技界和公众等方面。每一方都有自己的计划和关注的热点，把这些东西整理出来并不困难。他发现，只要弄清楚每一方的动机和行动方式，就不难理解人们关于原子弹问题的不同言论。几个月以后，他宣称：“我可以报告自己的研究结果了。”然而，他的演讲却引来了麻烦。
最早邀请鲍林去演讲的团体之一是一个政治行动组织，名叫艺术、科学和专业人士独立公民委员会。这个组织成立于战后，是代表艺术家和知识分子立法利益的一个院外活动集团，同工会或实业家协会的性质相类似。这个组织的政治立场左倾，它的好莱坞分会主要由自由派民主党人士所组成，中间还夹杂着少数的社会主义者和共产主义者，多数成员来自电影界。特里林①谈到罗斯福新政支持者时说，他们“怀疑甚至否定利润驱动原则，相信进步。科学、社会立法、计划经济和国际合作，特别是与苏联的合作”，特里林的这些评论主要就是针对这个组织而言的。
①特里林（Lionel Trilling，1905—1975），美国文学评论家、哥伦比亚大学教授（1931—1975），着有《弗洛伊德和我们的文化危机》、《文化之外：论文学和学识》、《真诚与真实性》等。
鲍林在这个组织的第一次演讲很受欢迎。在随后的答问时间里，有人问他美国武库中究竟存有多少颗原子弹。鲍林回答时作了一个大胆的猜测：也许有100到200颗原子弹，并且在下个年度有制造500颗原子弹的潜力。鲍林的这个估计大大超过了实际数字——当时美国武库中能够用于实战的原子弹不足10颗。一个记者报道了鲍林的估计，使其迅速在媒体上广为传播。当时仍在竭力争取通过梅—约翰逊法案的格罗夫斯将军当然很不高兴，并把自己的不快告知了鲍林。“我对原子弹问题所说的话被错误地引用了，”鲍林在1946年2月给朋友的一封信中写道，“记者对我的粗略估计作了错误解释，并传遍全国。格罗夫斯将军认为这可不是开玩笑的事。”然而军方对他言论的不快并未使鲍林感到担心。他写道：“你清楚，我跟原子弹工程毫无瓜葛，完全是一个局外人，因此可以自由地作各种猜测。”
鲍林夫妇由于与艺术、科学和专业人士独立公民委员会的交往而结识了一批知名度很高的社会活动分子，这些人似乎都信仰鲍林所说的“很合我口味的相当自由化的政治”。于是他们两人都参加了这个组织。对来自小城而又十分爱看电影的鲍林夫妇来说，能与好莱坞明星交往是一件令人激动的事。好莱坞分会的负责人是克伦威尔，他是电影“林肯在伊利诺伊”和“赞达之囚”的导演。分会成员包括凯克纳、罗宾逊、哈佛兰、威尔士和马奇等。鲍林夫妇由于这层关系得以出入制片厂，观看拍电影，在制品人的豪宅里品尝鸡尾酒，在私人放映厅里观看新片预映。他们还与卓别麟聊天，在拉夫顿和兰彻斯特的好莱坞别墅里谈笑风生，还在布朗德比与当时还只是一个自由派演员的里根一起推敲委员会的政策声明。
鲍林对原子科学家联合会的工作并不积极，只投入很少一点时间；而对艺术、科学和专业人士独立公民委员会的事却非常投入。他按时参加例会，协助起草行动目标和政策。他很快就被任命为好莱坞分会科学部的副主任，并与弗朗克·锡纳特拉、曼①、埃灵顿②罗斯福夫人③等一起成为该组织的全国董事会的成员。
①曼（Thomas Mann，1875—1955），德国小说家，作品揭露资本主义社会的腐朽衰败，代表作有长篇小说《布登勃洛克一家》、《魔山》等，因抨击纳粹政策被迫流亡国外（1933），加入美国籍（1944），获1929年诺贝尔文学奖。
②埃灵顿（Duke Ellington 1899—1974），美国爵士乐作曲家、钢琴家、乐队指挥，20年代在纽约自建乐队，对乐队爵士乐进行许多革新，著名大型作品有《黑色、棕色和米色》、《跟上时代的回忆》。
③罗斯福夫人（Eleanor Roosevelt，1884—1962），美国第三十二任总统罗斯福�