密，都会立即成为街谈巷议的话题，更不可能躲过机敏的敌人谍报机关。为了掩人耳目，山本设计了一些假相。在第1航空舰队所属各飞行队撤出航空基地返回航空母舰之后，由九州方面的第12航空队属下的各教练部队进驻。这样，在鹿儿岛、出水等基地仍维持有大批飞机不停地飞行。在通讯方面，驻扎在这里的教练部队和其主力部队之间接连不断互发假报，保持原来的通讯量。
11月17日8点，山本为了赶上给即将启航的“赤城”号送行，下令“长门”号在没有护航的情况下从岩国驶出，开往佐泊湾。下午3点，山本和宇垣及其参谋来到机动部队旗舰“赤城”号上。山本向列队在飞行甲板上的大约100名各级指挥官、参谋及飞行军官训示说
“这次行动要在不得已开战的情况下，于开战之初就攻击位于遥远的珍珠港方面的美国太平洋舰队主力部队。这次战役能否获胜，将决定我军今后一切战役的命运。
“本来，这次作战要在排除一切困难、出敌之不意的情况下进行，而且作战计划就是在这种思想指导下制定的。然而，美国太平洋舰队司令金梅尔将军是位有远见卓识的人，他的警惕性非常高。因此，金梅尔会事先想到应付一切可能发生的事态，并会采取周密的警戒措施。诸位志士要充分注意，也要预想到发动强攻的可能，必须牢记在心，不可粗心大意。”
山本的参谋长宇垣在日记中这样记述了当时的情景
讲完话，山本缓缓走到担任攻击珍珠港飞机队指挥官的渊田面前，默默地握住他的手。山本直视的目光，表达了对这次行动的信心和对渊田的信赖。渊田感到，他自己用以回报的目光同样闪烁着必胜的信心。
18日，“苍龙”号和“飞龙”号在4艘驱逐舰的护卫下离开佐泊湾，向位于千岛群岛的集结地驶去。此后，其他舰船也一艘接一艘地驶出港口，有的沿海岸行驶，有的在离海岸线100海里开外的海面上行驶。与此同时，“瑞鹤”号也与其姐妹舰“翔鹤”号威严地驶离别府，朝单冠湾驶去。至夜幕降临，“赤城”号开始起锚，在两艘驱逐舰的伴随下，像幽灵一样驶向大海。稍后，“加贺”号在佐世保装满了刚刚改装完成的鱼雷，也急速地向集结地赶去。
当机动部队舰只正三三两两地驶向集合地点单冠湾的时候，20日下午4时，军令部第一部部长福留少将来到了正泊于广岛湾柱岛的“长门”号，把将于21日发布的“大本营海军部命令”和“大本营海军部指示”交给了联合舰队司令部。山本根据这些命令和指示，于21日凌晨零时发布了“联合舰队第五号作战电令”
机动部队务于11月26日自单冠湾出发，竭力保持行动隐蔽，12月3日傍晚进入待机海域并加油完毕。
22日，南云中将率领的以六艘航空母舰为基干的大约30艘战舰齐集日本北方择捉岛的单冠湾。单冠湾平素十分荒凉，现在一下于驶进这么多舰艇，当然使岛上居民惶恐不安。为了保守机密，舰队一驶进单冠湾，便从11月20日起，以演习为名切断了择捉岛与外界的一切联系，从交通到通信，以至居民的生活供给都由军队控制。大凑警备府还派军舰和飞机在择捉岛的周围及东部海面上进行警戒巡逻。这铁桶式的戒严直到12月8日才解除。
第二天，南云召开机动部队作战联席会议，各航空母舰、战列舰、巡洋舰和驱逐舰的舰长和参谋们，3艘潜艇的艇长及油船旗舰“极东九”的船长也在场。会议一开始，南云第一次向全体指挥官及参谋们透露了他们的进攻目标
24日，各飞行队长和全体飞行员参观了刚由夏威夷赶回来的特工铃木荣制作的瓦胡岛和珍珠港的沙盘模型，空中攻击总指挥官渊田再次对照沙盘模型向各飞行队详细交代了各自的战斗任务。
几乎在日本调兵遣将、磨刀霍霍的同时，美国方面也通过魔术情报①大致判断出日本将要发动战争。22日东乡茂德外相致电野村、来栖两大使
①即指美同海军密码破译小组。——作者
25日，罗斯福在白宫召开最高军事会议，国务卿赫尔、陆军部长史灯生、海军部长诺克斯、陆军参谋总长马歇尔以及海军作战部长斯塔克这些国务院、陆海军方面的显赫人物全部到会。赫尔首先在会上发言，他说
随后罗斯福总统接着指出
下午，斯塔克还给远在珍珠港的太平洋舰队司令金梅尔写信，发表高见说
华盛顿的眼睛就这样只盯着南方，他们作梦也没有想到，就在这次会议结束4小时之后——东京时间1941年11月26日清晨6时3O分，南云麾下的攻击部队，正从单冠湾拔锚起航。
偷袭珍珠港的机动舰队由空袭部队、警戒部队、支援部队、巡逻部队、破坏中途岛部队和补给部队等6支部队组成。空袭部队包括6艘航空母舰，即第1航空战队的“赤城”、“加贺”，第2航空战队的“苍龙”、“飞龙”和第5航空战队的“瑞鹤”、“翔鹤”；警戒部队由第1鱼雷战队的“阿武限”号轻巡洋舰率领，包括有第17驱逐舰战队的“谷风”、“浦风”、“滨风”、“矾风”和第18驱逐舰战队的“不知火”、“霞”、“霰”、“阳炎”、“秋云”等9艘驱逐舰；支援部队包括有第3战队的“比睿”、“雾岛”两艘高速战列舰和第8战队的“利根”、“筑摩”两艘重巡洋舰；巡逻部队由第2潜艇队的“伊一19”、“伊一21”和“伊一23”组成；破坏中途岛部队由第7驱逐舰队的“曙号”、“潮号”两艘驱逐舰组成；补给部队包括有7艘专用加油船，即第1补给队的“极东九”、“健洋丸”、“国洋丸”、“神国丸”和第2补给队的“东帮丸”、“东荣丸”、“日本丸”。全部机动部队共有各型舰只33艘，在严格的无线电静默中悄无声息地驶入寒冷的北太平洋水域。一艘巡逻艇在港口亮起信号
南云指挥的机动舰队从千岛群岛出发后，向近似正东的方向驶去。行至西经165度、北纬43度的位置时，突然取向朝南，直奔夏威夷。在海图上看，先是向东转，而后又向南，近似拐了个直角弯，像倒栽葱一样直逼夏威夷。
连日来，一路均是浓雾，船员的衣服全都带着极重的湿气，穿起来很不舒服。风大浪高，北太平洋的冬天是一年中波涛汹涌的季节。南云所指挥的偷袭珍珠港的机动部队，停止一切无线电通讯，朝着98度的航线，向夏威夷以北200海里的集结地点（北纬42度，西经170度）前进。
记录上记载的风速是20到24米。士兵们从舱顶上吊下来的盛满食物的容器中拿到食物后，要腾出一只手按住桌上滑动的餐盘才能进食。
偷袭部队以千岛群岛的单冠湾为集合地点，并选择航行最危险的路线，完全是为了保持行动机密。日本国内的军港和主要港口必渗透有美国的间谍，如果在这些港口集聚30多艘舰艇组成的庞大部队，然后又突然失踪，必然会使美国间谍疑心大起，忙不迭地向其本国报告。千岛群岛的择捉岛是渔业基地，人口稀少，不易引起人的注意，而且港湾有足够的幅员容纳大舰队集合，只要禁止船只进出，断绝一切通信，就可防止机密外泄。
出击航线则要选择不致被美国巡逻机发现或遇到其他船只的路线。当时从日本到珍珠港有北方、南方、中央3条航线，南方航线上有许多荷兰、英国、美国的岛屿，无法顺利通行；中央及北方航线则各有利弊。中央航线虽有通过日本内海的优点，但却有来自威克岛、中途岛的巡逻机，所以危险性大。相比而言，北方航线离这些美军基地较远，可避过巡逻圈，被发现的可能性较低；但北太平洋的冬天季风特强，且气候恶劣，经常是浓雾弥漫不适合大舰队的行动；加以航线又长，须中途补给燃料，在加油技术上是否能克服困难，以及大小舰艇能否同时到达目的地都在未定之中。然而，经过多次在强风和恶劣气候中举行海上补给和航行演习后，山本五十六信心倍增。既然偷袭珍珠港本身就是一次冒险，那么航线选择也必须冒险。遂决定选择北方航线，并以单冠湾为集合地点。
机动部队离开单冠湾向夏威夷进发后的第六天，即12月1日，南云通过了东经180度国际日期变更线。而此时停泊在内海的“长门”号则被一种出奇的宁静所笼罩。山本和他的参谋们为保证珍珠港冒险行动的成功，做了一切努力。现在，他们像军令部以及其他人一样，必须等待、期望和祈祷。山本的参谋长宇垣在日记中焦躁地写道
山本早就接到天皇将于12月2日10点召见他的命令，所以他在这一天里心情平静，若有所思。16点，山本从岩国起程前往东京。而正在此时，在东京皇宫的千种大厅，决定日本兴亡的最后一次御前会议正在举行。会议从下午2点开始。参加会议的有东条内阁的全体成员、原嘉道枢密院议长、永野军令部总长、杉山参谋总长。东条主持了这次会议。会议气氛紧张，与会者焦虑不安，大家都认识到当前局势的严重性，知道帝国的命运正处于生死攸关之时。会议的结果却非常的简单，会议决定
开战决定的通知，很快就传到停泊在广岛湾柱岛的联合舰队旗舰“长门”号上。当夜由军令部次长发出机密电报指示
12月2日，永野和杉山两名总长一起上奏天皇，请求天皇向陆海军的第一线各军及舰队下达开战命令，并把开战日期定为12月8日。他们在向天皇请求时解释了他们选定12月8日的理由
下午5时，军令部根据天皇的命令再次致电联合舰队司令部
这封密电到达南云舰队司令部时，已是他们离开单冠湾的第七天。这天风速超过每秒20米，海浪一波接一波地横扫过“赤城”号的甲板，护航的驱逐舰等小舰艇被巨浪冲击着，摇摇摆摆地跟随在航空母舰之后。
夜里8时，“赤城”号的通信员接到这封电报后，立即送呈草鹿参谋长，草鹿看完后，又送呈南云。直到此时两人的心情才一下子变得明朗起来。草鹿还想起他和南云一直反对山本冒险计划的事。
那是海军大学图上演习结束后，第1、第11两航空舰队司令长官决定以联名的形式，上呈山本，建议撤销进击夏威夷作战。为此草鹿参谋长和鹿屋航空基地参谋长大西于10月3日前去拜见联合舰队司令长官山本。山本在听了他们的意见之后说
但草鹿仍然不服，他实际上非常严重地攻击了山本提出的前提，并且在急切之中越出了日本人礼貌的界限
这句话激怒了山本。山本反驳说
随着谈话内容的不断深入，大西接受了山本的计划，但草鹿仍未被说服。山本并不因此而对草鹿发怒，相反，在草鹿离开的时候，山本破例地把他送到了舷门，诚恳地拍着草鹿的肩膀说
现在两人接到这项命令，长时间来一直郁积在心的疙瘩全然消失，对美作战的念头已占据了他们的全部身心。“赤城”舰飞行长增田在日记中写道
在机动舰队收到电报的次日，在东京，山本五十六进宫谒见天皇。天皇对山本说
这天晚上，山本突然回到青山南町的住宅，他已经有几个月没有回家了。夫人礼子因患肋膜炎正卧病在床。见山本回来，她自然十分高兴，遂勉强爬了起来。当晚一家�