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日本统治的其他特点，也有助于产生日益高涨的要求统一的觉悟。军政监部的集中统一，对减少地方独立性是有效的。同时，日本人派来的大批官员中，很多人尽管经过担任行政官员的良好训练，但是他们并没有关于东印度群岛的经验和知识。
其中许多人表现出来的无知、无能和腐败，使印度尼西亚人感到吃惊，因为他们原来指望日本人会比荷兰人高明些。结果是，隶属于日本人的印度尼西亚人，由于具有对自己的国家、语言和人民方面的知识，实际上已能行使很大一部分实际权力。
这就使他们有了自信心，也使他们受到一些训练，为今后完全掌77握政权作了准备。
日本反对荷兰人和其他西方人的宣传，在日本取得了战争胜利的业绩鼓舞之下，很快受到了欢迎；可是，日本人把自己的国家描绘为亚洲的保护者、亚洲的领导者和亚洲的曙光等等所作的努力，却因经常发生的日本警察、军人和官吏所表现的残暴、腐败和无能而大受损害。
日本人的统治，带来了惯常的财政和经济困难。日本人发行纸币，引起了通货膨胀。到日本投降时，这种纸币只值票面价值的四十分之一。日本人夺取了荷兰和其他盟国国民的财产，并且，除了由军政监部管理的或移交给日本公司经营的工厂、矿山和种植园外，大量的金钱、贵重物品和其他财产都被日本敌产管理局所没收，并被移交给日本人或他们的合作者了。与此同时，东印度群岛的对外贸易遭到破坏，引起了消费品的严重缺乏，尤其是在人口稠密的爪畦，食物供应严重不足。日本人没有能力满足这些需要，同时，由于他们的船舶损失增加，他们也不能运走东印度群岛的主要出口产品。所以，他们企图用种植粮食作物来代替种植园经济。由于海上运输有困难，即使日本人鼓励修造木船也很难改善这种局面，因此日本人的目的是要使每个岛屿的粮食生产做到真正的自给自足。但是，日本人在增加粮食作物产量方面所取得的一点成就，被他们自己的占领军和许多随军的非战斗人员的需要所抵销了。到战争结束时，就连日本人自己也显得衣衫褴褛和营养不足。当然，一般老百姓遭受的苦难就更深了。这些情况，在印度尼西业和在其他日本占领地区一样，无法再引起人们对共荣圈理想的热情。日本人组织了“劳务队”，征募大批爪哇劳动者，同样不能引起人们的热情。根据日本人的统计，被送到海外的建筑工程去干活的爪哇人不少于二十七万，这些不幸的人中只有一小部分活着回家。
在日本入侵以前，大约二十年中，东印度群岛已经有了民族主义运动。这个运动谋求把当地信仰伊斯兰教、印度教和基督教的居民团结在摆脱荷兰统治、争取政治独立的共同纲领之下。1932年至1934年间，荷属东印度群岛政府进行报复，逮捕了主要领导人苏加诺、穆罕默德·哈达和苏丹·沙里尔，把他们流放到新几内亚。
1937年，在埃米尔·沙里富丁的领导下，民族主义运动再次兴起。埃米尔·沙里富丁建议，如果发生战争，愿同荷兰合作以反抗月本，但要求建立一支印度尼西亚军队并允许印度尼西亚独立，以此作为交换条件。但是荷兰人不答应。当时还有一个印度尼西亚共产主义运动，是由陈·马六甲和塞毛恩组织的。该党的一些领导人被放逐了，共产党也遭到取缔；但是在1941年，共产党仍在地下活动。
在日本人征服东印度群岛时，他们释放了被关押的民族主义运动领导人，并把他们送回爪哇。苏加诺和哈达属于愿意同日本人合作和至少在口头上拥护大东亚理想的那种人。但是，沙里尔和埃米尔·沙里富丁不愿意帮日本人的忙。他们和他们的追随者，不是积极地反抗日本人，至少也是避而远之。共产党人也在继续反抗。
起初，苏加诺和哈达似乎相信，为了报答民族主义者的合作，日本人会愿意给他们某种程度的真正独立。但是，他们不久就大失所望了。日本军事当局很愿意利用他们来煽动人民的反西方情绪，但是强烈反对把东印度群岛统一为一个印度尼西亚国家的任何想法，同时他们禁止悬挂印度尼西亚国旗和唱印度尼西亚国歌。违反命令者就要遭到宪兵队的毒手。实际上，1942年到1943年间，日本的政策主要是分而治之。日本人鼓励印尼人的民族主义来反对非印尼人的少数民族，而同时他们又赞助泛伊斯兰运动，企图面面俱到，八面玲珑，通过泛伊斯兰运动来破坏印度尼西亚统一的主张。他们也讨好信仰印度教和基督教的居民。虽然他们经常许诺要以政治上的让步来报答真诚的合作，但他们对于可能在他们主持下建立的印度尼西亚国的领土范围问题，却故意不表态。
1943年春，在东京讨论了东印度群岛的政治前途问题。东条和重光显然赞同最后给东印度群岛独立，但大本营坚决反对。当时在东印度群岛的地区陆军和海军当局也持反对态度。除了以日本战略上和经济上的利益会受到损害为理由而反对外，他们还认为，如果日本公开答应东印度群岛独立，日本将不再拥有行动自由，并会在任何和平谈判中处于一种困难地位。这种想法的思路是这样的：如果日本象料想的那样能够长期抵御住敌人的反攻，从而迫使对方考虑一个妥协的和平，那末它就需要留有余地来讨价还价；如果它在这以前就答应了所有的占领地区独立，那它事先就丧失了这种讨价还价的条件了。
这些反对意见取得了胜利，在1943年5 月31日的御前会议批准了一项决定，把东印度群岛作为日本的领土，但允许其居民根据能力大小，在政府机构中有一些发言权。于是，1943年6 月15日，东条在日本国会发表的讲话中宣布：鉴于印尼人与日本合作良好，日本政府打算逐步采取措施，允许他们在适合其能力的范围内，参加他们自己政府的工作；他并表示，这件事很快就会在爪哇实现。不久，东条亲自访问了巴达维亚。
起初，日本人曾取消了由部分指定、部分民选的议员组成的众议院。这个众议院是1916年根据荷兰政府的法令成立的；议员人数及其职权在1925年有所扩大。日本人还废除了所有的地方代议制机构。1943年8 月1 日，日军在爪哇的司令官原田熊吉中将宣布：将在爪哇建立一些地方议会，还要建立一个中央溶询议会；印尼人将在各行政机构中占有更多的职位；将来还要对他们作进一步的这类让步，如果他们与日本人合作有功而应该获得这些好处的活。按照这个命令，在各行政区和雅加达建立了部分由选举产生的地方议会，地方议会派十八名议员参加中央议会；中央议会除这十八名议员外，另包括由日本军政监部提名的二十三名议员和由印度尼西亚各素丹提名的十二名议员。地方和中央议会的职责限于就当局愿意向它们提出的一些问题作出建议。日本人还委派了一名印尼人为宗教事务部的负责人，两名印尼人为行政区长官，并允许一些印尼人在军政监部的若干部门里当顾问。爪哇中央谱询议会第一次会议在1943年10月中旬召开。东条和东南亚地区日军最高司令官寺内元帅对这次会议致以祝贺。苏门答腊也同样建立了一些省议会；海军当局迟迟才仿效，在他们的管辖区内也建立起地方议会，但是那时在海军控制地区还没有建立起中央议会。
1942年3 月，在爪哇的日本军事当局扶植了一个名叫“普泰拉”的组织，这是一个同菲律宾的“卡利巴皮”差不多的印尼人的组织。这个组织专门致力于消除西方影响，促进同日本的合作，宣传大东亚理想，并促使共同协力为日本军政监部的经济目标而工作。以苏加诺为领导的这个“普泰拉”组织，不接纳华人、欧亚混血种人和其他少数民族。值得注意的是，日本海军不允许任何类似的活动在它的统治地区出现。日本海军妒忌陆军已经控制了印尼的大部分石油产地。它似乎害怕鼓励（印尼）独立运动的结果可能会把自己从现已控制的地区赶出来。
1943年8 月，在爪哇的日本司令官指示，他希望当地居民以义勇队（或护乡队）
的形式，进一步与日本合作，协助镇压抵抗运动，并在盟军入侵时协助守卫岛屿。
“普泰拉”的成员要求建立义勇队的申请书果然及时递了上来，1943年10月，原田将军高兴地批准了这些申请书。“义勇防护大队”逐步建立了起来，尽管日本人起初在提供他们武装方面非常谨慎小心，只在训练时才发给他们火器。这个防卫组织同马来亚的“义勇军”相似，但必须同“兵补”（日军兵站后勤部）加以区别；印尼人象其他被征服的民族一样，也被招募到“兵补”里面工作。
1943年11月中旬，苏加诺赴东京，表面上是去感谢日本政府所作的政治让步。
实际上，他的目的是去请求东条按照给予缅甸和菲律宾独立的同样条件给予印度尼西亚独立，但是在这个问题上，他没有得到鼓励。据报道，他大失所望地回到国内。实际上，日本人非但不作新的让步，而且在1944年上半年反而在某种程度上从以前为印尼人撑腰的政策上后退了。华人和欧亚混血种人过去所受的严酷的待遇现在有所减轻：而在另一方面，“普泰拉”于1944年3 月被解散了，原因是它表现得过于民族主义，没有能够推动乡村里的印尼人象他们应该做的那样同日本人合作。
“普泰拉”由一个新的组织爪哇社会服务团所代替。这一组织包括所有的民族和宗教团体，也包括日本居民自己的民族和宗教团体。它有一个完全由日本人组成的中央管理局，它的分支一直伸展到下层的居民组织，这些居民组织是日本人在东印度群岛倡办的，他们在其他地方也倡办过这种组织。新成立的爪哇社会服务团的目的是促进对老百姓的总动员，以达到大东亚战争和大东亚共荣圈的目标。
盟军在新几内亚的推进，以及随后塞班岛的陷落和东条内阁的辞职，导致了日本政策的又一次变动。日本在爪哇的军政监部这时准备对印度尼西亚民族主义者作进一步的让步，希望由此把老百姓团结在自己一边，来到抗盟军入侵。在东京召开的由小矶内阁建立的最高战争指导会议的第一次会议，对这个问题提出讨论。陆军各首脑愿意同意政府应允许东印度群岛独立，但是海军当局仍然强烈反对任何这样的宣告。结果于1944年9 月2 日制定了一个一般性的妥协方案。会上一致同意，小矶将军应通知日本国会，将来当给予东印度群岛人民独立，但具体日期没有确定。
至于独立所采取的确切形式和东印度群岛将来对日本的关系，留待以后考虑。声明中没有提到它所包括的领土范围。会上一致同意，在爪哇应立即作出让步，同意“在适合实际情况的条件下”，在其他地区也应采取类似的措施。
因此，9 月7 日，小矶将军�