在这些收容所中，收容最多的要算美国教会学校——金陵大学（今南京师范学院）所属各单位。最多的时候校内各处好像有三万难民（前引书2，第五十一页）。
由于越来越多的难民从安全区外拥进来， 自此比较大的私人住宅也都改作收容所了。这样，收容所总共有二十五处，但要把所有难民全都收容在这些单位里，那是不可能的。在安全区内，居民住宅都住满了人，要让几万难民住在现有房子里是住不下的，倒不如在空地上、单位内部和居民住宅的院子里搭起临时小屋，暂时住下来。当然，安全区一片都是临时小屋（前引书2，第三十三、五十二至五十三页）。对居住在这种临时小屋的难民来说，天气—直晴朗是幸运的，但到年底，他们终于遭受大雪的袭击。在外侨马吉牧师（？）的信中这样说：“十二月二十八日，星期二。我们所担心的恶劣气候到来了。先是雪子下个不停，接着又下起鹅毛大雪。可怜的难民们虽说是住在临时小屋里，其实这种小屋与狗窝没有什么两样，他们处于悲惨的境地。因为这种临时小屋多数不能防雨，路面又很泥泞。前些日子连续放晴，对我们来说确实感到幸运。”（前引书2，第四十一页）
扬子江岸边也是集结难民的地方，那里约有两万市民。在日本军入城前由国际委员会配给他们的粮食几乎已经吃光，他们吃尽了苦难后，要求转到安全区来。然而，安全区里的难民已人满为患，事实上，日本军也不容许他们进入安全区。在马吉牧师（？）的信中，谈到十二月二十九日那天情况时，对此有所记述（前引书2，第四十一页），这个难民区大概就是中国方面所说的“宝塔桥难民区”。据本多胜一在南京采访后所写的报道说：“宝塔桥难民区”地处英租界，所以“许多居民在那里避难，他们抱着这样一种希望：也许日本军不能随便侵入这个地区”（《中国之旅》，若波文库版，第二四四至二四五页）。据说，在这个难民区里收容了数千名难民，其中二千名青壮年男子在附近的煤炭港码头被屠杀，对此，前面已有叙述（参照本书第四十四至四十七页）。
安全区虽已设置，但日本军不承认它在国际法的意义上是具有治外法权的区域。本来，安全区的性质是：它的设置是为了在发生战斗期间保护那些在战斗中受害的一般市民，因此在占领后，日本军理应接收。所以日本军当局不承认管理安全区的国际委员会有其特殊的法律地位。
国际委员会主席、德国人拉贝在一月十四日致函（检证四○三九）德国驻上海总领事，就这个安全区和管理安全区的国际委员会问题，叙述如下：
如同当时贵电之照会所报告的那样，我在当地设置的难民区国际委员会担任主席。
上述地区成了二十万中国非战斗人员之最后的避难场所。在该地区设置这个委员会不太容易。那是因为尤其日本方面根本不承认上述地区。其原因在于，（中国方面）高级武官和他们的幕僚一起，在最后的时刻，即在他们逃离南京前，一直居住在这个地区（中略）。
我委员会管理着全部约有七万难民的二十五个避难所，在七万名中约有五万名难民毫无粮食来源， 要由我们供给（洞富雄编前引资料集1，第一六六至一六七页）。
如果能保证南京市民的正常生活得以全面恢复的话，国际委员会也答应日本军接收安全区。该委员会事实上是这样希望的，它在十二月十七日致日本大使馆的公函中提出：“本委员会虽说受旧南京市政府委托，其职权在任何意义上说都是半行政性的，但无意继续行使该职权。我们迫切希望尽可能将这些职权及早移交给贵方。如此，本委员会则可成为单纯的救济机关。”（前引书2，第一二七页）
可是，日本军在开进南京的同时，掠夺、强奸、屠杀，为所欲为，军纪很坏，出现了军事当局亦感到束手无策的恐慌局面。于是出现了这样的局面：连在占领前还留在一般市区的市民也要求保护，陆陆续续不断地逃到安全区。为此，日本军事当局未能要求接管安全区，而国际委员会虽无能为力，却也不得己而负责保护难民。不久，军事当局对安全区的存在，在口头上表示了不负责任的承认，即采取了默认的方式（前引书2，第二十二、一二六、一五四页）。
占领南京后不久，日本军对逃入安全区的许多“便衣兵”进行了彻底的搜捕，并加以集体屠杀。许多普通男性市民受到这种残酷无情的搜捕便衣兵的连累，也遭受了与便衣兵同样的命运。对此，后面还将详细叙述。这种有组织地进行的屠杀另当别论。在安全区外，南京陷落伊始，日本兵就对市民开始犯下了可怕的暴行，而这种暴行不久就可能波及到安全区。
国际委员会担心日本兵的暴行影响到安全区，早在十二月十四日使致函日本军事当局，要求在安全区的各入口处分别派驻一名卫兵。十五日，日本军的特务机关长口头保证实施所提出的上述要求。可是，日本军事当局却始终没有派驻卫兵。正如委员会所担心的那样，日本兵三五成群地很快潜入安全区内的东西两边，开始实施暴行。十六日，他们强行拉去驻屯在司法部内的五十名穿制服的警官，另外又带走了四十五名“义务警官”。第二天，由于驻在高等法院的四十名穿制服的警官被带走，其他警官见此情景吓得发抖，不敢在街头露面，安全区内只能任凭日本兵横行不法。国际委员会从十六日到二十日连日来向日本大使馆提出建议，要求他们在安全区内派宪兵日夜巡逻， 并在收容所的入口处设置卫兵（前引书2，第一二○、一二三、一二四、一二六、一二七、一二九、一三一、一三三、一七一页）。
日本军占领南京后一星期，即二十一、二十二日左右，安全区内好不容易配备了宪兵。于是，宪兵似乎在安全区内巡逻起来，但未能因此而确保安全区内的秩序。如根据国际委员会就日本军的暴行所提出的报告，看来这种事件仍在不断发生（前引书2，第一一○至一一一页）：
第一五一件 十二月二十二日，两个日本兵在金陵大学蚕桑系强奸了十三岁少女难民。她的母亲前去阻止而负了伤。另外，日本兵还强奸了一名二十八岁的妇女。二十三日凌晨四时，一个日本兵强行拉走两个姑娘，在路上遇见宪兵后，这个日本兵就逃之夭夭〔警察局副局长H·K·吴提供〕
第一四六件 十二月二十三日下午三时，两个日本兵来到汉口路小学收容所，搜寻了值钱的东西后，强奸了职员黄（译音）小姐。此情况被紧急报告了日本军特务宪兵队后，他们为了逮捕日本兵，派来了宪兵，但日本兵已逃走，于是，宪兵带走了黄小姐以作为证人。当天晚上，又来了另一个日本兵，强奸了王夫人的女儿。下午七时左右，又有三个日本兵进来，强奸了两名妇女，其中一个还只有十三岁〔汉口路小学难民收容所所长岑达臻（译音）提供〕。
第一四八件 十二月二十五日晚，七个日本兵来到圣经师资训练学校难民收容所，整整呆了一个晚上。白天，上午九时来了四个日本兵，下午二时来了三个日本兵，他们搜寻了衣服和现金后，强奸了两名妇女。在被强奸的妇女中，一个年仅十二岁〔圣经师资训练学校提供〕。
第一六七件 十二月二十七日下午一时，五个日本兵和一个勤务员来到汉口路小学，企图带走两个姑娘。正当她们要被带出去时，幸亏来了几个巡逻的宪兵。宪兵看到这种情景后，就逮捕了三个日本兵和一个勤务员〔汉口路小学难民收容所所长岑达臻（译音）提供〕。
即使有宪兵巡逻，也没有产生太大的效果，那是因为发生的事件实在太多了。当时驻南京大使馆参事官日高新六郎在远东国际军事审判时提出的宣誓供词中说：起初，在南京，除宪兵队队长外，只有一支由十四人组成的宪兵队，但几天内，理应再增加四十个宪兵，那是在十二月十七日听说的（《远速》，二一○号，载前引书1， 第一八二页）。可是，宪兵队的力量好像没有迅速增强。马吉牧师（？）在上述信件中，在谈到十二月十九日那天的情况时这样写着：“我们听说，最近来了十七个宪兵，他们可能是为了前来协助恢复秩序的。与五万多军队相比，宪兵只有十七个！”他又在谈到二十二日那天的情况时说：“今晨五时，射击队立即在附近进行活动，射出的枪弹竟达一百发以上。夜间，他们两度闯进大学，站在门口的警察被他们的刺刀戳伤，门也被破坏了。先前刚部署的日本宪兵队已经睡着了。新上任的日本宪兵队的代表们来访， 保证在一月一日前恢复秩序。”（前引书2，第三十七页）
贝茨博士也在其宣誓口述中，引用了十二月二十一日写的那封信中所谈的一节话：“国际委员会的两名委员乘汽车走了四、五英里路，还没有看到过一个宪兵”（前引书1，第五十五页）。在一月十日写的那封信中，所谈情况如下：
五万多名日本兵在南京横行不法时，真正的宪兵只有屈指可数的十七个，因而我们一连几天未曾见到一个宪兵。结果是有几个日本兵戴上了特制的臂章，充当宪兵，这样，他们自己所作的坏事当然被隐瞒起来，而仅仅阻止了一些无足轻重的事件的发生（前引书2，第五十一页）。
这封信说，派到安全区来的乔装的“宪兵”是些非常令人担忧的士兵，同样，在远东国际军事审判时作为证人出庭的马吉牧师就当时在南京的宪兵人数问题，对辩护律师的盘问，作证答覆如下：
起初，我们几乎看不到宪兵。但我们想同日本人交涉一下或许多少会派一些宪兵来，于是就前往日本大使馆。后来日本大使馆好像不断地带来了许多人。那是经过了一番努力的。于是，大家继续努力，要求把他们派到安全区附近去站岗。为此，起光大家壮了胆，可是后来渐渐闹出笑话来了， 其情况是， 这些哨兵也干起了像前面所说的士兵所干的不法行为了（《远速》，四十九号，载前引书1，第一○二至一○三页）。
这里所叙述的，是从进攻南京的过程中所看到的日本军的军纪败坏情况，以及与此不相适应的宪兵不足的问题。原系第十军所属的宪兵、不久后担任杭州宪兵队队长的上砂胜七中佐这样说：
如上所述，随着军队的前进，各种各样的事件也多起来了，要阻止这些事件的发生很不容易，煞费苦心，无奈分配来到几个师团二十万大军的宪兵仅不到一百人，实在毫无办法。即使提出派辅助宪兵来，如果部队是在驻扎期间，似乎还能接受这一要求，但如果部队在进攻中，各部队都希望多一个兵，所以我们的要求就得不到满足。我们仅仅只能逮捕不能容忍的现行犯，而且假如是在进攻中发生事情，也没有设置军法会议未加以处理，于是，把一部分人引渡给所属部队，由这些所属部队去进行监督；把另一部分人由宪兵队带走，前往南京。
这种情况传到了东京的中央部门以后，当时的参谋总长困院宫殿下于是发出了《关于整饬军纪的训示》（中略）。
虽被称为皇军，但这使皇军听后感到讨厌。由于�