岸边被枪杀于机枪的交叉的火力之下（《远速》，四十八号，载前引书1，第八十八至八十九页）。
马吉牧师在法庭上作证说，在十日或十五日，有一千名或两千名难民从安全区里被带走。但是在田伯烈编写的那本书中说，估计还是马吉牧师这个外侨，他在十二月二十四日致其在上海的妻子的那封信中说，十五日，从国际委员会办事处附近的收容所里被强行带走的难民有一千三百名。这个数字同菲奇所说的相符。这封信对当时的情景叙述如下：
那天晚上，在职员开会时通知说，在我们总部附近的一个收容所里，士兵们带走了全部难民一千三百名准备枪杀。我们知道，其中有许多人过去当过兵，当天下午，我们还对拉贝（安全区国际委员会主席，德国人。
——洞富雄注）说，要他从某军官那里就他们的生命安全问题取得保证。
他们将怎么样呢？现在已经明明白白。男人们在带着刺刀的士兵们的押送下，排好了队，每一百个人集中起来，系在一起。戴着帽子的人，被粗暴地脱去了帽子，扔在地上。然后，我们通过车头灯的照明，看到他们走向刑场。我们没有从这些群众中听到啜泣声。我们自己也觉得心里憋得慌。
他们从南边一直拖着沉重的脚步走来，其中不是也有四个广东青年曾于昨天无可奈何地向我交出了武器吗？有个身体强壮的高个子北方人，他那作出生死攸关的决定时所流露出来的幻灭的目光，至今还留在我的脑海里，令人担忧。我对他们说，要日本军保证难民的生命安全，这是多么愚蠢啊！
我们深信，日本军至少可能会在某种程度上实现其所作的保证，在他们到达的同时，也许会建立秩序。但做梦也没有想到，他们的暴行恐怕是残忍透顶了。因为后来更险恶的日子来临了（前引书2，第三十二页）。
我认为，菲奇和马吉牧师作证所说的日本率从安全区带走了一千三百名左右难民并加以屠杀的这起事件，是日本军在安全区搜捕便衣兵的最初屠杀人数。当时，黄俊乡曾被日本军逮捕，但幸免于难。他在为提交远东国际军事审判而作的宣誓口述中（检证一七三三。实际未向法庭提出），叙述如下：
昭和十二年（一九三七年）十一月（阴历）九日，日本军在光华门附近破坏城墙，侵入城内，迫近难民地区。两天后，日本军开始搜查住宅。
他们见到地上到处是丢弃的武器，断定有许多军人潜伏在难民区内。于是，他们就无视国际道义而开始进行杀戮。凡是十八岁到四十岁的人，一概被看作为国民军而逮捕起来。最初几天逮捕的人超过两千名。我也是其中之一。被逮捕的人排成四列纵队，从难民区出发，走向沿扬子江堤岸的各处（宝塔桥、 四所村、 老江口、草鞋峡、燕子矶一带），队伍长达一日里（约二英里） 。入夜后。日本军几乎把他们全都斩尽杀绝（前引书1，第三八三至三八四页）。
集体屠杀的方法好像是极其残酷的。估计是马吉牧师，这个外侨在信中谈到十二月二十三日那天的情况时是这样写的：“中午，一个男子被送到总部里来，他头部焦黑，既无眼睛也无耳朵，鼻子也残缺，样子很凄惨。我叫他乘上我的车子，把他送到医院里去，但两、三小时后他就死去了。据说他是和几百个同伴一起，被日本军捆绑起来后，浇上了汽油点火焚烧的。但他碰巧在外侧，汽油未浇到他的头上。后来，有一个类似的患者被抬进医院里来，其烧伤的程度更为严重。这个人也死去了。起初，他们恐怕是遭到机枪的扫射，没有全部死去。第一个人全然没有外伤，但第二个人却有外伤。后来我又在去家——在鼓楼对侧——途中，途经马路的拐角处，看到一个男子躺在地上，他的头上和手上同样被烧得焦黑。一看便知道他是挣扎着爬出来， 到了这里后才死去的。真是难以置信的暴行！”（前引书2，第三十八页）火刑的方法是残酷的：以五至十人为一组，被紧紧地捆绑在一起，然后把这些人投入在熊熊燃烧中的院子里。这是日本军对十二月二十五日从金陵大学收容所里带出来的一部分中国便衣兵的处置方法，是前面已介绍的该大学教授贝茨博士的报告中所谈到的。
关于这种火刑以及其他暴行，新岛淳良也于一九六七年在南京曾听说过，他记录如下：
屠杀的方法是各种各样的。在西边的汉中门附近，出现了活埋的情况。
把几万人分几次埋于土中，使他们窒息而死。当时幸存的伍长德，后来站在东京审判的证人席上。在市中心繁华的马路上，约有一千个人排成一行，被点火焚烧。对逃走的人，就地枪决。在市中心，即现在的人民广场一带（鼓楼下面），许多青年被吊在电线杆上，火从下面烧上来，把他们活活烧死。还有许多青年被剥得精光，给浇上硝酸、硫酸后死去（《夺走三十万人生命的“南京事件”》，载《东风新闻》，一九六七年七月三日。关于在汉中门附近的活埋情况，参照本书第五十九至六十页）。
一九七一年夏，访问南京的《朝日新闻》记者本多胜一也听到过下列可怕的事实：“在‘永利亚化工厂’，反对日本军强行带走人的工人，当场被剖开肚子，挖去心肝。据说，后来日本兵把心肝煮熟后吃掉了。”（《中国之旅》，岩波文库版，第二三一、二三四页）
这是日本军对俘虏施加暴行的方法，俘虏当中，有的似乎也被用来作人体实验的。提交远东国际军事审判的。南京地方法院检察处敌人罪行调查报告》，对此情况介绍说：“敌多摩部队将我被俘的人带到医药试验室，把各种有毒细菌注入他们体内，对其所发生的变化进行实验。该部队在极保密的机场内进行这种试验，因而不知道确切的死亡人数。牺牲犬猫来进行药物实验，这对于富有同情心的人来说已是于心不忍，何况把我俘虏同胞供实验用，这种做法实是视俘虏连犬猫都不如。真是可悲之极” （《远速》，五十八号，载洞富雄编前引资料1，第一四四页）。对于这种情况，是有人作证的，新岛淳良根据当时曾在日本军的俘虏收容所里被役使的谢金龙这个人提供的证词，他介绍了这样一个事实：“在俘虏收容所所长森田中尉的指挥下，有一百个俘虏死于细菌试验。”（前引《夺走三十万人生命的“南京事件”》）
正当校对本书时，出版了《同细菌战部采取自决行动的两位医学工作者》（常石敬一、朝野富三合著，一九八二年十一月，新潮社）这本关于“多摩部队”的书。此书认为，“多摩部队”是个通称，陆军给它起了个隐秘的称呼，叫“荣一六四四部队”。该部队成立于昭和十四年四月十八日，创始人也是臭名远扬的“七三一部队”的石井四郎（第一七九页）。
前面已经说过，南京地区西部警备司令官、第十六师团第三十旅团长佐佐木到一少将于十二月二十四日开始进行查问工作，但查问会议于翌年一月五日停开，佐佐木就这将近半个月时间所取得的“成果”说：“到今天为止，从城内清除了残兵败卒两千名左右，收容在旧外交部里。”接着，他还说：“在外面，把牧师手里的中国伤兵当作俘虏收容起来，还陆续逮捕了在城外近郊继续进行不法行为的散兵。在下关处置了数千人。”（《一个军人的自传》，增订版，第三三四至三三五页）
在下关处决的是数千名游击队员（？），虽说有两千名“便衣兵”收容在旧外交部里，但这些“便衣兵”的实际命运又如何呢？
如前所述，佐佐木少将在一月五日停开了查问会，但好像隔了两天，七日又恢复开会。在贝茨博士的手记中这样写着：“他准备接受登记。我认为，一月七日正在大学内恢复进行公开登记时，宪兵从走在宪兵们前面的许多男子中强行拉走了一百个人左右，其中就有他。可见，在这个星期内，实际进行工作的军官们，奉命每天强行拉走许多男子。如果他们不这样做，似乎认为是未能满足上级的要求（先前提出要当过兵的人去自首的做法，实际已经停止，那是不言而喻的，登记的做法也与最初时大为不同）。”（洞富雄编前引资料集2，第四十七页）
对散兵的搜捕是进行得很彻底的。但尽管如此，不少中国军队的官兵好容易才幸免于难，成为控告日本军暴行的活着的证人。写了《南京大屠杀》一书（一九七九年出版）的在台湾的郭岐将军也是其中的一个。
疯狂屠杀
前面叙述的是日本军通过搜捕散兵对中国军民进行集体屠杀的事实，但他们除这种奉上级的命令犯下的暴行外，还主要在占领南京后不久；在整个南京市区胆敢对普通老百姓进行疯狂屠杀，美国大使馆的埃斯皮领事在报告中就这一事实说：
除由日本军负责驱逐前中国军人和对他们执行死刑外，日本兵以两、三人或两、三人以上为一小组，在全市自由巡逻。这些兵杀人、强奸或掠夺，引起了城市里莫大的恐慌。这些兵为所欲为，什么事都干得出来，他响是否得到了空白委任状，抑或日本军在南京入城后，完全不受管制？对此毫无充分说明。我们听说，最高指挥官至少发出了两项命令，这就是：命令对官兵加以管制，又严格命令军队在入城前切勿烧毁财产。
但就实际情况说来，几千几万个日本兵聚集于全市，犯下了荒谬绝伦的掠夺和残暴行为。据外侨目击者说，士兵们像一群野人，放任自流，糟蹋了城市。全市无数男女和儿童被杀。据说，日本军枪杀或用刺刀杀戮一般老百姓，却丝毫没有明确的理由，这种情况很多（《远速》，五十九号，载前引书1，第一五三页）
由一个日本兵或几个日本兵集体屠杀南京市民的种种例子，人们记忆犹新，试以安全区国际委员会每天向日本大使馆提出的、关于日本军暴行事件的报告来说，它曾对日本军在安全区自入城后到二十日为止的一周时间内所发生的屠杀事件作了调查。杀伤等事件的总数达一百三十四起（报告中列举的事件，编号为一百零五起，但其中很多在一起内包括两起事件），内杀伤十八起，掠夺五十一起，强奸（很多情况是一起强奸数人， 或进行轮奸）五十一起，强行拉走十四起（前引书2，第一○三至一一○页，第一六七至一七三页）。杀伤十八起，这个数字不大，但这类事件竟然会发生在治安情况还比较好的安全区内，安全区外的情况与这里相差就更远了。
总数一百三十四起是个很大的数字，但在整个安全区，最初一周内所发生的日本兵暴行事件，自然不止这一些。在该报告中也说，另外还有接到通知和目睹的情况，但没有时间去查实，没有工夫记录下来（前引书2，第一六七至一六八页）。
另外，安全区范围相当大，仅外侨委员和中国职员决不可能了解暴行事件的全部情况，这一点十分重要。也像见茨博士所说的那样，被害者担心报复，或出于耻辱感，他们不少人把事件隐瞒起来。
《纽约时报》记者德丁在十五日前留在南京，他对日本兵屠杀人民的情况作了这样的报道：“一般市民，不问男女老少都被日本军枪杀。消防人员和警官都成了日本军