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然而，在南京暴行期间，日本人面对一场如此巨大的、公共关系上的灾难，他们还试图加以掩盖，这在今天看来几近荒谬，日本人不是采取纪律措施约束其在南京的部队，而是统领其所有的力量发动一场宣传战，希望以某种方法把世界历史中一场最血腥的大屠杀的详情遮掩起来。
日本传媒首先宣布南京城一切安好无恙。12月20日，罗伯特·威尔逊得知日本同盟通讯社已报道，南京居民正在返回家园，一切正常。威尔逊写道：“如果这就是南京传出的所有消息，那么真实的消息披露时就会引起一场大震动。”
然后，日本政府批准为日本游客精心准备南京之旅。同盟通讯社的报道发表一星期后，一艘满载日本观光客的日本商船从上海抵达南京。关于这次游览，乔治·菲奇写道：“他们被用心良苦地领去逛了几条现已清除了死尸的街道”，“他们穿过马路走向中国儿童，亲切地拍拍他们受了惊吓的脑袋”。一些妇女陪伴日本商务代表游览该市，而菲奇观察到，他们看来“非常自鸣得意，也为日本的了不起的胜利感到得意，不过，他们当然听不到真正的事实——我猜，世界的其他地方也不知道”。
1月份，日本新闻记者来到南京“制造”该市的图片，用以发往日本全国和世界其他地方。新年前夜，日本大使馆召集各难民营的中国管理人开会，告诉他们第二天城里要举行“自发的”庆祝活动。中国人被勒令制作大批日本国旗并举着它们游行，以便拍摄电影，显示成群结队欢乐的居民欢迎日本士兵。日本摄影师也来到南京，拍摄中国儿童接受日本军医的医治和日本士兵的糖果的照片。刘易斯·斯迈思在给朋友们的信中写道：“但是，没有照相机在场的地方，这些活动并不重视。”
日本的宣传最卑劣的例子是，1938年1月8日，刊登在上海一家日本人控制的报纸——《新申报》上的一篇文章。在“南京城融洽的气氛在令人愉快发展”的标题下，文章宣称：“皇军进城，把刺刀插入鞘，为了检查和治愈病人伸出仁慈的双手”，该文还说，日军在南京给又饿又病的南京群众提供医疗帮助和食品。
男女老少向皇军跪拜，表达其敬仰之意……大群大群的人围绕着太阳旗和红十字旗下的士兵高呼“万岁”以表示他们的感激……士兵和中国儿童欢聚一堂，高兴地玩滑梯。南京如今是各国注目的至善之地，因为这里洋溢安居乐业的气氛。
在幸存的传教士日记中可见，日本企图以虚伪材料粉饰整个大屠杀，所激起的却是怀疑的反应。这里有几个例子：
摘自詹姆斯·麦卡勒姆的日记，1938年1月9日。
如今日本人试图诋毁我们在安全区的努力。他们胁迫，恐吓可怜的中国人，使他们拒绝相信我们话……有些中国人甚至要去证明抢劫、奸淫、放火是中国而不是日本人之所为。有时我感到我们一直在与疯子和白痴打交道；而我感到惊讶的是，我们所有的外国人活着度过了这场磨难。
摘自乔治·菲奇的日记，1938年1月11日：
我们看到几份上海的日本报纸和两份《东京日日新闻》。这些报纸告诉我们，甚至早在12月28日商店就已迅速开门，买卖恢复正常；日本人正和我们一起赈济可怜的难民；这座城市已经清除了中国盗贼，平安和秩序现已占统治地位！唉，如果事情不是那么悲惨，我们也许会被逗得发笑。这是从战争一开始日本就一直向国外散布的典型的谎言。
摘自乔治·菲奇的日记，《读者文摘》转载：
3月，东京的一家电台向全世界传出这条消息：“造成南京这么多人死亡和如此大的财产损失的暴徒已被抓获并正法。经查明他们是蒋介石部队中心怀不满的士兵。如今一切已平静下来，而且日本军队正在赈济30万名难民。”
摘自刘易斯·斯迈思及其妻子1938年3月8日写的一封信：
日本报纸的最新消息是：他们找到了11名中国武装强盗。所有事都是他们干的！咳，如果他们每人能在两星期内夜以继日地强奸100至200名妇女，并携带所报道的50000美元逃遁，那么他们真是相当强壮的中国人……
传单是日本人的另种宣传形式。在大屠杀期间，日本军队就计划向南京人民大量传送凭空捏造的消息。例如：“所有返回家园的中国良民将会发给粮食和衣服。日本愿意成为那些不被魔鬼一一蒋介石的士兵愚弄的中国人的好邻居。”这些传单醒目地印着彩色的照片：一个英俊的日本士兵抱着一个中国孩子（如一位观察者所说，“像基督似的”），一个中国妇女拜倒在他脚下，感谢他送了几袋米。据乔治·菲奇所说，撒下这些传单的当天，确有大批中国人离开难民营返回他们已成废墟的家。
日本人还把颜色鲜亮的彩色招贴画贴在悲剧曾经发生的房屋外或其附近。有一幅描述一个日本士兵抱着一个小孩，同时把一桶米给孩子的母亲，把糖和其他食品给父亲。一名德国外交官的报告叙述这幅招贴画描绘了“一个迷人、可爱的士兵，手里拿着炊具，肩上扛着一个中国孩子，其穷困然而诚实的农民的父母望着他（这名士兵），望着这位好叔叔，充满感谢和家庭的幸福”。右上角的文字说：“回到家乡来！给你饭吃！信赖日本军！可得救助！”
同时，日本人在南京和上海举办富有魅力的招待会和传媒活动以转移人们对种种暴行的注意力。2月份，一名日本将军邀请外国外交代表出席南京日本大使馆的茶会。他吹嘘日本军队纪律严明举世闻名。在日俄战争和满洲战役中不曾发生过一起违反纪律的事。将军说道，如果出于某种原因日本人曾在南京施暴，那只是因为中国人民在外国侨民——当然，指的是国际安全区委员会的煽动下抵抗他们。但是，也够奇怪的了，在同一个讲话中将军自相矛盾地承认，日本兵曾把怒火发泄到老百姓身上，因为进逼南京的过程中，他们找不到一点可吃或可用的东西。
然而，日本新闻界无法在席卷南京的放火、强奸、谋杀事件上愚弄外国外交团体。2月中旬，日本人在上海举办了一场军乐会，还有艺妓和报社摄影记者参加。然而，一名德国外交官观察到，欢庆的活动在进行的同时，“一个母亲因为护住11岁的女儿不让日本兵强奸这名幼女而连房子一起被烧死”。
安全区领导们的反击
国际安全区委员会尽其所能抗击铺天盖地的宣传。在大屠杀的头几天，区领导还能得到美国驻外记者如弗兰克·蒂尔曼·德丁、阿奇博尔德·斯蒂尔和C。耶茨·麦克丹尼尔的帮助。但在他们离去之后，国际委员会只有靠自己的设备了。日本政府禁止其他记者进入南京，如《芝加哥论坛报》的马克斯·科佩宁。而当日本兵意识到他们的恶行不会被世界传媒观察到，便更加变本加厉了。
但是，日本政府低估了国际委员会开展它自己的宣传运动的能力。安全区领导共同的一个突出特点是他们在文字技巧方面都受过优良训练国。他们几乎无一例外都是能言善辩的作家和演说家。传教士们受教育于美国和欧洲最好的大学，他们成年后的多数岁月都奉献于布道、写文章，以及基督教的巡回演讲；委员会中的一些教授曾经著书立说。此外，作为一个群体，他们和传媒合作很有经验。在南京沦陷之前很久，他们就已乐于通过南京电台广播讲话或为通俗报刊撰写文章。另外，传教士具有一个日本人来曾预见的额外优点：他们终其一生思考地狱的真正意义。他们在南京发现了一个，便立即为世界公众把它描述下来。
他们真实可靠、令人信服地再现了他们目睹的恐怖场面：
整整10天是一派混乱——这是人问地狱……不得不袖手旁观，眼看着甚至非常穷的人的最后一点财产也被夺走——他们的最后一个硬币、最后一点被褥（而这时是天寒地冻），穷车夫的人力车；眼看着曾和你一起寻找避难所的成千上万已解除武装的士兵，连同好几百个平民当着你的面被拉出来去枪毙或作为刺刀练习的靶子，而你不得不听着那些杀害他们的枪声；眼看成千名妇女跪在你面前歇斯底里地哭着，求你救她们逃脱那些折磨她们的畜牲。袖手旁观，眼看你的国旗不只一次而是十几次被扯下污辱，而你的家被劫掠，然后眼看你开始喜爱的城市和你已计划慎重地、系统地奉献你最佳的学识的机构被付之一炬——这是一座我以前不曾想象到的地狱。（乔治·菲奇，1937年12月24日）
我要讲述的是一个恐怖的故事；我不知道该从哪里开始，在哪里结束。我从来没有听说过或读到过如此残酷的暴行。强奸！强奸！我们估计每夜至少1000起而白天更多。如遇反抗或任何看似不满的表现就用刺刀捅或开枪。我们一天可以记下成百上千起；人们都歇斯底里了，我们外国人一出现，他们就跪下磕头，求我们帮助。那些怀疑当过兵的人，还有其他一些人，被领到城外枪杀，有成百上千——不，是成千上万……甚至在某些难民中心的贫穷难民也被一再洗劫再至抢走最后一分钱，差不多是最后一件衣服和最后一片被褥……每天上午、下午和晚上都有妇女被拉走。（约翰·麦卡勒姆，1937年12月19日）
我想我所说的恐怖事件已经够多了睁它们有数十万件。因为太多了，最后使心都麻木了，几乎都不会再感到震惊。我没想到，会有如此残暴的人存在于现代世界中……似乎只有“撕人魔”杰克（“撕人魔”杰克，指1888年在伦敦东区杀死多名妓女的一杀人犯。——译注）这种罕见的疯子才会这么做。
日本人的暴行的细节不仅生动地记录在安全区日记中，也写入信件和时事通讯中，它们被一再抄写或一再打字，以便朋友、亲戚、政府官员和报刊全部能收到。在寄出描述大屠杀的文件时，安全区领导经常请求收件人在发表时不要透露作者是谁，因为担心委员会的某个成员会受惩罚或被驱逐出南京。马吉在家信中写道：“请非常谨慎地对待这封信，因为如果它发表，我们可能会全被驱逐，而这对南京的中国人会是一场灾难。他解释说，日本人会”极其喜悦地“允许外国人离开，但不会允许任何人返回。
最后，安全区领导的坚持不懈、艰苦工作和小心谨慎得到了回报。乔治·菲奇的日记首先潜出南京，在上海引起“轰动”，他的以及其他人的事故（通常删去了关键名字）迅速在主流刊物个登载，如《时代》周刊、《读者文摘》、《远东》杂志，在美国读者中激起了普遍的义愤。有的内容最后在书中重视，如《曼彻斯特卫报》记者田伯烈。《外人目睹中之日军暴行》（1938年）和徐淑希的《南京安全区档案》（1938年）。
为了使读者作好准备，安全区领导有时在文件的前言中加以提醒。在其日记出版之前，菲奇写道：“我将要叙述的绝不是一个愉快的故事；事实上，它是如此地令人不愉快，以致我只能把它介绍给有一副好肠胃不易反胃的人来回读。”“因为这是个如此罪恶和恐怖、令人难以置信的故事，是兽性惊人的一帮丢人的罪犯蹂躏爱好和平的、善良守法的人民的故事……我相信它在现代历史上�