1857年12月，额尔金率领的英军和葛罗率领的法军在香港集结，待机行事。这时，俄、美两国派出的专使也赶到香港，同英、法专使共同谋划进攻中国的具体事宜。12月29日，英法联军在只有部分清军自动零星抵抗的情形下，一举占领广州。两广总督叶名琛俯首就擒，巡抚柏贵、广州将领穆克德讷等投敌。由巴夏礼牵头，英国将军斯托宾齐，法国军官马殿那参加，成立三人委员会，操纵柏贵、穆克德讷继续任职，成立了所谓政府。从而出现了中国近代史上受外人控制的第一个地方傀儡政权。
柏贵等受到严密监视，行动完全失去自由，未经三人委员会同意，不得发布任何命令。广州从此被英法军事占领了3年之久。
联军既占广州，英、法、俄、美四国公使便向清政府提出修订通商条约。1858年4月，四国公使到大沽口外和清政府代表谈判。英、法两国故意挑剔，谈判破裂。5月20日，英、法联军攻陷大沽。清政府慌了手脚，忙派大学士桂良和吏部尚书花沙纳赴天津议和。在侵略者的威逼下，在天津分别于6月26日、27日同英、法、俄、美等国签订了《天津条约》。
1859年6月，英法公使以换约为名，率领军舰到大沽口外，蛮横拒绝清政府指定的由北塘登陆的路线，坚持经大沽口溯白河进北京。6月25日，英、法联军突然向大沽炮台进攻，遭到中国守军的英勇抵抗，激战一昼夜，侵略军被打死打伤近500人，军舰被击沉多艘，英国舰队司令何伯也身负重伤。英、法联军逃往上海。
1860年2月，英、法两国再度从国内分别派出18000人和7000人加强侵华力量。3月，陆续到达香港的英军万余人强行在九龙尖沙咀登陆，实行武装占领。同月21日，巴夏礼诱迫两广总督劳崇光签署《劳崇光与巴夏礼协定》，强租九龙，年租银500两。4月，英法联军侵占舟山。5月，侵占大连湾、烟台。6月初，封锁渤海湾。8月，攻陷塘沽、大沽、天津。9月21日，进逼北京。9月22日，咸丰皇帝仓惶逃往热河，命其六弟恭亲王奕留守北京，负责议和。10月初，英、法联军在沙俄提供的北京平面图和军事情报的有利条件下，攻进安定门，占领北京城，火烧圆明园。10月下旬，奕代表清政府分别与英、法交换了《天津条约》换文。并新订了《北京条约》。这样，中国除允许外国公使驻京、准许内地自由传教和增辟牛庄、登州、台南、淡水、潮州、琼州、汉口、九江、南京、镇江、天津为通商口岸外，还改订了关税，并割让九龙给英国，赔偿英、法军费白银各800万两。
毒面包事件震惊中外
发生在宝灵任内的毒面包案，是香港历史上著名的事件，连总督夫人也在中毒者之列。
英国发动第二次鸦片战争，1856年10月英军舰炮轰广州，热爱祖国的香港居民异常愤怒，认为英国人完全是找借口制造事端。“亚罗号”虽是在香港注册的船只，但船主方亚明是中国人，捉的又是中国水手，不应借端开战，轰我省城，杀我同胞，因此纷纷离港返回内地，以抵制香港宝灵当局。同时，香港知识阶层在街头贴出告示，号召香港同胞离港，不运粮食蔬菜供应香港，制裁英军和港英当局。
当时香港很快掀起了维护主权的风潮。香港的英国殖民主义者极为恐慌，立即召开专门会议，研究应急措施。多数人主张用高压手段对付香港的中国人。但总督宝灵则认为，这样做反而更激起民愤，同时，他知道西摩的英国舰队，在广州并未打胜仗，英军正遭到顽强的抵抗。前方不利，后方需要安定。于是宝灵采取了争取香港的华商，争取一些游离分子的政策，特地用中文出版一本《丙辰粤军公牍要略》的小册子，广为派发。该小册子，把战争责任完全推到当时的两广总督叶名琛头上，劝华人不要离开香港，继续安分维持业务。
当时香港已有很多华人离港，其中与清朝官吏有关系的商人，也都结束在港业务回乡。香港市面经常贴有告示，警告那些仍然出售粮食给英国人的中国商人，如果执迷不悟，仍不悔改，便将他们内地的祖屋烧毁，捉拿他们的亲人。港英政府也采取相应措施，对那些肯冒险留港为英国人服务的中国人加以保护。
当时有一个名叫张亚霖的商人，开了一间“裕盛办馆”，平时专办洋船粮食。在大多数商人为抵制英国对中国的侵略而歇业的时候，他却趁机大做生意，发国难财。不但贩运粮食入港，连全港英国人的伙食，他也全部包办下来，生意自然兴隆。
张亚霖曾被当时香港爱国同胞警告多次，他在广州的一间店铺已被烧毁，但他仍然坚持供应香港英国人粮食。
1857年1月15日早上，“裕盛办馆”的面包上市，将供应四百多户英国人的面包送到各个订户家中。英国人用过早餐之后，全部中了毒。香港历史上有名的毒面包案就此发生。
港督宝灵全家也中毒。他立即派员到张亚霖办馆检查，经过取样化验，发现裕盛办馆当天送出的面包里含有强浓度的砒霜，每4磅面包内约含有0。92％克的砒素。因为抢救及时，并无一人死亡。
案件发生后，香港警方立即抓人封铺，把制造面包的工人全部拘捕。张亚霖当天早上，即和家人一起乘早船去了澳门。
当时港督宝灵的太太因中毒陷于昏迷状态。他推断，这是张亚霖受了内地爱国人士的威迫才下此毒手，于是派战船到澳门把张亚霖乘坐的港澳渡船“皇后号”追回来，拘捕了张亚霖。据记载，张亚霖并非举家逃走，他是送父亲及妻子儿女去澳门。在船上，他的父亲、妻子、儿女都吃了自带的面包，也呕吐不止。他发现面包有问题，心想一定是反英分子设法在面粉里放了毒，因此，他要求“皇后”号的船主，立即驶回香港。
由于张亚霖的父亲和妻子儿女都吃了毒面包，证明他并不是有意下毒。15名面包工人，其中8人被控故意放毒。但张亚霖陈述说，他们都是好伙计，不可能下毒。张亚霖因为要包办英国人的伙食，已被中国政府通缉，8个伙计也是不能回内地的人。对于这一类效忠英国的人，如果判以罪刑，在当时的环境下，对香港英国当局是十分不利的，因为和中国的战争仍在进行中，所以，宝灵处理此案比较慎重。
为审理这一案件，港府组织了特别法庭，由总督宝灵授权警察总监和辅政司组成。负责为张亚霖辩护的律师必烈啫士，从法理上尽力替张亚霖辩护，而检察官为了缓和中毒英国人的愤怒情绪，只好说，毒案已经是事实，有关人等就是凶手，本着宁枉毋纵的宗旨，应判他们有罪。
审讯一连进行了3天，但因证据不足，陪审员终于以5：1的多数票，宣布下毒的罪名不能成立。最后，港府为了保护奴才，宣判张亚霖等人无罪释放。但是，中毒的英国人非常不满，骂陪审员是糊涂虫，并且声称张亚霖一伙放出后，要用私刑将他们一律处死。宝灵为了缓和中毒英国人的情绪，一方面又命特别法庭将张亚霖等一伙收押监护，一面赶紧将毒面包案件发生详情，以及经过审理得不出证据的经过，向伦敦报告，请求处理办法。直至5月8日，英国殖民地部才对毒面包案作了批复，指出既然初审找不到主谋下毒及如何下毒的证据，可不必再审；应将全部有关人员驱逐出境。于是，港督宝灵签发了对8人递解出境令。张亚霖自由离境，他当时是被清政府通缉的人，如果递解回原籍，等于判他死刑，所以让他自由离境。张亚霖乘船去了越南。而必烈啫士于稍后升了官，被任命为辅政司。
据资料记载，这次中毒事件中，虽然当时并无一人死亡，但是许多人的健康受到了损害，精神上受到了惊吓。总督宝灵的夫人，在港治疗一段后，送回英国调养，健康从此未能恢复，显然是中毒促使她提前进了坟墓。
英伦借机生事
毒面包案究竟是有人下毒还是意外事故，一直是一桩悬案。据说，在此案发生之前，曾有一艘轮船运来一批面粉和一批砒石，两种货物都堆放在同一货舱里。当时货轮设备简陋，海上航行时间又长，遇到几次大风浪，船舱漏水，砒石受潮后渗入到面粉内。这批面粉运到香港后，全由裕盛办馆收买下来。毒面包就是用这批有毒的面粉制作的。若此事属实，就是一桩意外事故了。
香港的英国人对这起案件，有一种出于民族主义的成见，认为这一定是两广总督叶名琛买通杀手干的，若不是直接买通了张亚霖，就是买通了店中的伙计，甚或派出其他人员到店中下毒。因此，他们一方面指责宝灵处理案子不当，放走了犯人，一方面猛烈攻击叶名琛，指责他是毒案的幕后主谋，要求进兵广州，实行报复。
英国伦敦，在案件真相没有调查清楚的情况下，英国报纸大造舆论，煽动英国人的民族主义情绪。首相巴麦尊在议会上发表了激烈的专篇演讲，攻击中国人有意“毒杀可敬的英国商人”。英国政府的用心是想借此进一步煽起英国人民对中国人的仇恨，为扩大对华侵略战争制造舆论。其实，即使确定是中国人放了毒，也是由英国的侵略行径引起的，当时正是第二次鸦片战争刚刚开始，广东和香港人民对英国侵略者仇恨万分的时候。难道只许你侵占我领土，掠夺我财物，杀害我同胞，就不许我反抗复仇。
英国人大造舆论，的确起了作用，各国公使就毒面包一案向中国提出“抗议”。两广总督叶名琛在回答这一无理“抗议”时说：“事情发生于香港，我不可能去查明真相。想来由于英人对华人施加过无数罪行，附近各地人民不得不走此路，以泄私恨。”
这一案件，曾引起恩格斯的关注，他在《波斯与中国》一文中，对毒面包案等事件加以评论，表现出对中国人民的反抗斗争的深切同情。他写道：“英国政府的海盗政策已引起了一切中国人的反对一切外国人的普遍起义，并使这一起义带有灭绝战的性质。”“我们不要像骑士般的英国报纸那样去斥责中国人可怕的残暴行为，最好承认这是保卫社稷和家园的战争，这是保存中华民族的人民战争。”
第一座监狱建成
1857年，香港建成第一座监狱，称为维多利亚监狱，这也是宝灵在任时的一项重要工程。这座监狱建在中环奥卑利街两边，四边都筑起高高的石墙，中间是街道，两边是监狱，港府任命一个名叫英格利的人担任首任监狱官。
监狱建成以后，凡由法庭判了罪的犯人，都押解到这里服刑。至于待审的疑犯，则拘留在警署的拘留所内，这就将裁判司兼任监狱官和执法官的情况改变了。
这座新监狱建成后不到5年，便人满为患。而且，差馆里的警署，也无法容纳日益扩大的警察队伍。
因此，有关当局便在维多利亚监狱旁边的山坡上开辟地盘，建造一座大型而多样化的建筑物。这座建筑物，就是后来位于荷里活道，俗称“大馆”的中央警署。
建筑物前面是警察总部，后面是拘留所，东面是裁判司署。由于维多利亚监狱紧贴在中央警署的西面，以后有人以为维多利亚监狱是中央警署的一部分。其实，维多利亚监狱早就有了，而中央警署是后来才建筑的。不过，�