行事，大臣们想揣测也很难。
乾隆四十二年十月，乾隆就纪晓岚等人所进呈宋人李荐《济南集》中《咏凤凰台》诗中直呼汉武帝其名的问题，大为光火，谕旨责饬纪晓岚说：“秦始皇焚书坑儒，其酷虐不可枚举，号为无道，秦后之人深恶痛绝，因而显斥其名，尚为不可……至汉武帝在汉室尚为振作有为之主，且兴贤用能，独持纲纪，虽黩武惑溺神仙，乃其小疵，岂得直书其名，与秦政曹丕并论乎？”要求立即改正。
本来，在修书进程中，禁毁书就是一个十分敏感的话题。现在，乾隆居然指责纪晓岚将汉武帝列入秦皇一列，是显存不公，讥讽“秦火”之事。这一惊非同小可，纪晓岚有点一朝被蛇咬十年怕井绳的感觉。
作为总纂官，纪晓岚的日子确不好过。由于当时清朝是少数民族建立的，乾隆帝对“夷狄”之类字眼十分敏感，单这方面的文字狱就有几百起之多。纪晓岚对此十分小心，当他发现《四库全书》中仍有“夷狄”字样时，便小心翼翼地改正。谁知，这又惹得乾隆大为恼火。
同年十一月十四日，乾隆在上谕中说：
昨日披览四库全书馆所进《宗泽集》内将“夷”字改为“彝”字，“狄”改成“敌”字，昨阅杨继盛集内改写亦然，而此两集内又有不改者，殊不可解。“夷狄”二字屡见于经书，若有心改易，转为非理。如《论语》“夷狄之有君”，《孟子》“东夷西夷”，又岂能改易！亦何必改易！宗泽所指系金人，杨继盛所指系谙达，何所用其避讳耶？
皇帝要求将类似问题加以纠正。吏部承旨，要严议纪晓岚之罪，乾隆还是网开一面，特批免罪。
然而，常在河边走，怎能不湿鞋？乾隆五十二年纪晓岚又犯了同样的错误。是年三月十九日上谕说：“李清所撰《诸史同异录》书内称我朝世祖章皇帝与明崇祯四事相同，荒诞不经，阅之殊甚骇异。李清系明季职官，当明社沦亡，不能捐躯殉节，在本朝食毛践土已阅多年，乃敢妄逞臆说，任意比拟，设其人尚在，必当立正刑诛，用彰宪典……该总纂总校等即应详加查阅，奏明销毁，何以仅从删节，仍留其底本？”结果又是将纪晓岚严加议处。
同年五月，乾隆偶然翻阅文津阁《四库全书》，发现其中讹谬甚多，即要求对文渊、文源、文津三阁书进行校对。经过重校，确实发现很多错误，乾隆大为不满，六月初三日上谕指责说：“文津阁所贮《尚书古文疏证》内有引用钱谦益、李清之说，从前校订时何以并未删去？著将原书发交彭元瑞、纪晓岚阅看。此系纪晓岚原办，终难辞咎，与彭元瑞无涉。著彭元瑞、纪晓岚会同删改换篇，令纪晓岚自行赔写，并将文渊、文源两阁所藏一体改缮。”
在此情况下，六月十二日，纪晓岚“奏请将《尚书古文疏证》内各条遵照删改，陆续赔写，并请将文源阁所贮明季国初史部、集部及子部之小说杂记诸书自认通行校勘，凡有违碍，即行修改。”明清鼎革即改换朝代，在乾隆时是十分敏感的事。纪晓岚愿意将所有明末清初的相关书籍通查一遍，无疑是变被动为主动，让乾隆帝无话可说。但乾隆“得理”不饶人，次日，乾隆一方面对四库编校工作进行指责，另一方面对纪晓岚的不满逐步升级：“阎若璩《古文尚书疏证》一书，有引李清、钱谦益诸说，未经删削，并《黄庭坚集》诗注有连篇累页空白未填者，实属草率已极，使纪晓岚一人独任其咎，转令现在派出之大小各员分任其劳，实不足以昭公允。”结果，三阁改装费由纪晓岚和总纂官陆锡熊分摊，江南三阁则由总校陆费墀负担。后来陆费墀因此被革职，忧郁而死，家产仍被查抄；陆锡熊则死在前往东北校书的路上，与他俩人相比，纪晓岚还算是个幸运者。
杯弓蛇影，纪晓岚随即列出有问题的明末清初之间的书数十种。如《国史考异》、《十六家词》、朱彝尊《曝书亭集》、吴伟业《绥寇纪略》、陈鼎《东林列传》等都被指出有问题。但乾隆又倒打一耙，说纪晓岚所指吴绮《林蕙堂集》、叶方蔼《读书斋偶存集》、王士祯《精华录》内“秋柳诗”、查慎行《敬业堂集》内“殿庭草”绝句等并不违碍，又谕令“照常收入。”
面对这样的皇帝，纪晓岚只好谨小慎微，步步小心，如果稍有疏忽，可能就身手异处了。
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纪晓岚致宦52年，他以一介文士足登清要，不可谓不得志；晚年入阁，位极人臣，“集成一品，光辅两朝”，不可谓不显达荣耀，但是，在此之间又包含了多少屈辱、辛酸、惊悸、失落与遗恨。
他苦涩地品味自己在乾隆帝心目中的真实地位。虽然，乾隆帝对他优容有加，他与乾隆帝之间也多有妙趣横生的应对，但是，当他向乾隆帝提出有关军国大政的建策时，乾隆帝变色叱曰：“朕以汝文学尚优，故使领四库书，实不过以倡优蓄之，汝何敢妄谈国事！”乾隆五十年四月，乾隆帝又在关于刑部覆检海升殴死其妻一案的谕示中称：“其派出之纪晓岚，本系无用之腐儒，原不足具数。”身为协办大学士却被斥为“无用之腐儒”，所谓“国之大老”亦只不过是“以倡优蓄之”。在君主的轻蔑眼中，他全然无人格、无尊严可言。
他又想起官场狰狞的惊涛骇浪，使自己无时无刻不战战兢兢，如履薄冰。他曾题“砚铭”云：
捧来宫砚拜彤庭，片石堪为左右铭。
岁岁容看温室树，惟应自戒口如瓶。
这既是对自己的警戒，亦是对君主的表白。为了应付君主不测淫威下的种种危机，他不得不曲身危行、自屈自卑。在校勘《四库全书》时，他甚至在书中醒目之处留下错误，留待乾隆帝校出指斥，以示皇帝圣明天纵。
为了取悦君主，他竭尽心力，多有歌功颂德的高明创制。尽管如此，他仍然时刻感到头上高悬着一柄达摩克利斯剑，不虞之祸随时可能从天而降。乾隆五十年，御史葛锡宝参劾和遗跞蒙莩蕖⑵骶咄昝溃钟幸薪逯魇啤⒄幸∽财攘蛹＃耸卤居胨奚妫〉刍骋刹芪Σ巫嗪瞳｜“或竟系纪晓岚因上年海升殴死伊妻吴雅氏一案，和巴槌稣媲椋幕吵鸷蓿炝畈芪Σ巫啵晕ǜ粗啤！彼淙唬税缸詈笠圆芪Σ巫嗖皇担愿镏傲羧未Ψ郑焕┐笫绿鸪纱笥诎讣砉讨校硪拐秸嚼趵酰炭植话病Ｇ∥迨迥辏诟笱恳惩疾巫喟阜ⅲ捎谒胱惩几杆闪治仔缤辏惩既氪使莺螅殖Ｒ允闹谱髑虢蹋煌得埽室惩蓟褡铮荒懿荒笠话阎炅宓睦浜埂Ｋ渖砭痈呶唬词笔笨炭绦惺陆魃髟不缂伺话恪�
一天，皇上忽然宣召，要纪晓岚进宫面君，纪晓岚行在路上，猜测着皇上的意图，将新近朝里朝外发生的大小事件，一一在心中排队，以备皇上察问。尤其是自己职责之内的事情，更是成竹在胸，可是没有想到，这回皇上出了个难题。
行过君臣大礼之后，皇上给纪晓岚赐坐，然后捻着胡须说道：“纪爱卿，朕来问你，江南山水，秀甲天下，你可否想去游览一番？”纪晓岚一时不知皇上为何说出此话，赶忙顺其意答道：“圣上容禀，江南山青水秀，物产佳绝，人杰地灵。癸未、甲申年，臣蒙圣上恩典，督学福建。有幸过江，领略了江南美景。然臣福份浅薄，因父丧匆匆归里，未能尽心赏观，存憾至今。江南山水，常入梦中，如蒙皇上垂爱，微臣愿意供任江南。”纪晓岚以为乾隆要放他外任，心中翻滚起来。那年吏部授任纪晓岚为贵州都匀知府，因他文才出众，乾隆把他留下了，没有舍得让他赴任，改授亲察一等。但时过不久，出了泄露查盐机密一案，被贬到新疆效力三年，吃了不少苦头。这次，圣上又有什么想法，纪晓岚不得而知。圣上有命，不得不从，到江南做个封疆大吏，那也是个美差啊！纪晓岚一边在心中思索，一边回答着皇上，有意试探一下皇上的用意。
不想乾隆皇帝笑了起来，口中说道：“朕怎么舍得让你离开朕躬呢，只是看你对江南有否向往之意。”“臣确是向往多时。不过，臣蒙圣上垂爱，受命纂修四库，恭谨勤奋，惟恐有负圣恩，没有心思去游历江南。”“那么朕来问你，江南如此迷人，朕是否该去江南一游？”纪晓岚忽然明白了，是皇上又萌生了巡游江南的念头。心想皇上曾经五次去了江南，给国中政事的掌理，造成诸多不便。再说耗费巨大，有损国力。更何况皇上已是年近七旬的老人了，惟恐他经不弃旅途的颠簸。忠心事君，就要直言敢谏。于是，纪晓岚委婉地阻谏说：“吾皇万岁，容臣细禀，圣上政躬勤慎，国运昌盛，万民祝福。虽是七旬高龄，仍不惮劳瘁，巡视疆土，查勘民情，剔除弊政，英明治国，使日月增辉，山河添色，历代君王，莫能相比，圣体康健，万庶同颂，乃万民之福。乞望龙体珍重，国泰民安。臣恭颂吾皇万岁！万万岁！”乾隆听了，脸上略有不悦之色，说道：“朕思虑已久，主意已定。只是耽心一帮老臣阻拦，不好驳他们的面子，特召你来，斟酌一下，讲出让人心悦诚服的理由，让那些老臣们无话可讲。”乾隆皇上是既要顺利地六下江南，又要让朝中大臣心悦诚服，没有话说，这是其本意。本来，乾隆是一国之君，说一不二，臣属们怎会管得了皇上的事？
乾隆在封建帝王中，还算是较为开明的君主，常以从谏如流自我标榜，致使忠心报国的大臣们，直言敢谏，出现了象刘统勋、裘日修、陈大绶等敢于冒死直谏的一代忠臣，为乾隆朝的政治清明，做出了卓越贡献。这时刘统勋已经去世，但由他开创的直谏之风尚存。
皇上想第六次下江南巡游，也不得不考虑大臣们的劝谏，所以将纪晓岚召进宫来，密议两全其美之策，既能顺利南下，又能免去大臣们的阻谏，君臣的面子谁的也不伤着。
纪晓岚心里清楚：皇上出行，非同寻常。不但耗费大量的财富，给地方百姓增加负担，而且给国家政务造成许多不便，同时也让地方官员穷于应付，苦不堪言。但此刻皇上要他出个主意，要他一同来愚弄那些忠正的大臣，此事却非同小可！一旦传闻出去，他将受到全国上下的嘘声，留下千古骂名，甚至可能在朝中文武的死谏之下，皇上也众愿难违，不好应付。到那时，皇上若为平息大臣们的怨气，翻脸不认人，给他定个“妖言惑君”之罪，推出去当了替罪羊，丢官革爵不说，搞不好会身首异处，株连子孙。那么，他是有苦也无处诉说想到这里，他有点不寒而栗了。这个计谋，是献还是不献？纪晓岚犹豫起来，一时拿不定主意。
“纪爱卿，你为何不回朕的话？”乾隆看纪晓岚只顾思索，又追问道。
“万岁容禀：是纪晓岚该死，方才听圣上说起江南，贱臣便魂不守舍，心飞到江南了。”“呵呵呵……”乾隆捻着胡须笑起来：“朕又没说让你去江南，你发得什么呆？快快与朕说来，朕当如何向大臣们言明此事？”“这”纪晓岚语塞，赶忙跪在地上，继续奏说：“关于这圣驾南巡一事，非同一般。恭请圣上宽限两日，纪晓岚细细思考之后