1786年9月，拿破仑请了很长时间的假，回到故乡阿雅克修去处理父亲去世时留下的一点地产和一些杂乱的事务。拿破仑有条理地完成了这一切，改善了家庭的经济状况。1788年6月，拿破仑回到法国，很快就随自己的团队开赴奥松城。在这里，他仍像以前那样躲避社交，不和女人接触，不寻欢作乐，不知疲倦地工作，公暇之余便手不释卷。科西嘉人民的苦难、家庭的贫困、贵族出身的同学及军官对他的平视，这一切像一只无形的手推动着他去贪婪地阅读各类书籍，他渴望从书中找到自由和平等的真理，想用所学到的各种知识来武装自己，为科西嘉的解放而奋斗。他迷恋上了卢梭、孟德斯鸠、伏尔泰等启蒙学者的著作，对卢梭的《社会契约论》尤感兴趣。他还大量地阅读了有关古代波斯人、西塞亚人、色雷斯人、雅典人、斯巴达人、埃及人和迦太基人的历史、地理、宗教、社会风俗等方面的书籍，研读了亚历山大、汉尼拔和凯撒等历史上伟大统帅的传记以及炮兵技术、战术方面的书籍，并作了许多笔记。经过大量阅读、观察、分析和判断，拿破仑的视野逐渐跳出科西嘉的圈子而转向更广阔的世界，他开始认识到封建专制制度才是一切苦难的罪魁祸首，争取平等与自由的观念在他的思想中深深地扎下了根。他很快成了法国革命思想的狂热信徒，他相信革命后的法国一定会让科西嘉人民与他们共享平等和自由。他开始把故乡科西嘉的命运同法国革命联系在一起，逐渐抛弃了那种要把科西嘉从法国独立出来的一贯想法。
1789年7月14日，法国终于爆发了革命，巴黎人民攻占了封建专制堡垒——巴士底狱，国王被迫让步，政权转移到资产阶级制宪会议手中。身为法国王家军官的拿破仑心中暗暗高兴，他自言自语道：“科西嘉的时代到了！”他要利用法国革命来改变科西嘉的命运。
1789年8月，拿破仑申请回故乡科西嘉休假。在这里，他与岛上的爱国志士为争取科西嘉的自由和解放而积极活动着。1789年11月30日，法国制宪会议根据科西嘉爱国者提出的陈情书宣布：科西嘉是法兰西帝国不可分割的一部分，科西嘉人民享有与法国所有居民同等权利。1790年7月14日，从英国流亡归来的保利在一起欢呼声中登上了科西嘉。随着法国的事态发展，科西嘉形成了两派力量：一派是依靠当地军队和行政机构的旧制度的维护者，一派则是法国人革命原则的坚决拥护者。拿破仑与心目中的英雄保利在政治上发生了严重分歧。保利主张把科西嘉从法国占领下完全解放出来，并把英国政体的模式移植到科西嘉来；拿破仑则支持法国制宪议会的决议，拥护法国的民主政体，并认为法国革命为科西嘉的发展创造了条件。拿破仑和保利之间酝酿着一场公开的冲突。
1791年2月，拿破仑重返团队，并且带着自己的弟弟路易，以期稍稍减轻母亲的负担。两兄弟住在瓦朗斯，拿破仑用自己微薄的薪俸供弟弟上学，生活极其艰苦，有时他们只能吃上一块面包。同年夏天，他被调到瓦朗斯的另外一个团任中尉。这时，法国革命原则在各地不断取得胜利，拿破仑对革命的热情更加高涨。
1791年9月，拿破仑以国民自卫军阿雅克修营副营长的身份又回到了科西嘉。这次，他与保利彻底决裂了，因为保利已公开要使科西嘉脱离法国。岛上的两派发生了武装冲突，拿破仑命人开枪射击了支持保利的分离主义者。
1792年5月28日，拿破仑回到巴黎，向陆军部汇报了自己在科西嘉的活动。这时，奥地利皇帝和普鲁士国王因仇视法国革命，已向法国革命政府宣战。法国贵族和将军们纷纷倒戈通敌，前线军事指挥人员极其缺乏，可拿破仑却没有得到任命。这位年轻人为生活所迫，不得不穿着破旧的衣服在街头来回奔走，设想能经营些赚钱的投机买卖，但结果一事无成。由于贵族军官的逃亡，军队中缺额较多，7月16日，拿破仑被擢升为上尉。
对奥战争的节节败北，引起了巴黎人民的普遍不满。6月20日，愤怒的群众闯进国王内宫，强迫国王戴上红色尖帽，并要他面朝庭院的窗口向人群低头认罪，这一幕正巧被路过的拿破仑看见，他被这个优柔寡断、怯懦怕死的国王形象激怒了，他鄙视地说道，“真是一个懦夫！怎么能够放纵这群无赖！应该用大炮消灭几百人，其余的人就会四散逃命了。”8月10日，拿破仑又一次看见了巴黎人民进攻杜伊勒里宫的情形。作为一个军人，他为国王的无能感到遗憾。他在给哥哥约瑟夫的信中写道：“如果路易十六跨上他那匹战马，胜利本来会属于他的。”君主制被推翻了，代表大工商业资产阶级的吉伦特派掌握了政权，实行了共和制。
1792年10月，拿破仑第三次回到科西嘉，担任科西嘉国民自卫军一个营的营长。这时，法国革命军已击退欧洲反动君主对法国革命的武装干涉，开始转入反攻。在南方，法军计划以科西嘉为基地，占领撒丁王国的马达莱纳群岛，作为打入撒丁的跳板。拿破仑奉命参加了这次战斗。1793年2月18日，拿破仑的一支小部队占领了马达莱纳群岛附近的圣斯特法诺岛，打乱了撒丁的防御部署。正准备扩大战果时，拿破仑突然接到指挥官停止进攻和返回的命令。愤怒的拿破仑把大炮扔进大海，返回了科西嘉。这是拿破仑的第一次作战。
拿破仑回到了阿雅克修，这里的情况非常混乱。保利最后决定使科西嘉脱离法国，向英国投靠。拿破仑的弟弟吕西安是个坚定的亲法派分子，他向土伦的法国当局告发了保利的通敌叛国。拿破仑和他的同乡、国民公会特派员萨利切蒂多次策划夺取阿雅克修并拘留保利，均未成功，因为当地多数居民支持保利。不久，保利派袭击了拿破仑支持者的住所，洗劫了波拿巴一家，拿破仑历尽千难万险，带着全家从科西嘉逃出。他们先逃到土伦，后又去了马赛，备尝亡命和贫困之苦。科西嘉很快从法国分离出去而归英国保护，拿破仑这才真正选定了法国作为祖国。
土伦初露锋芒
1793年，法国局势正发生着巨大变化。这年春天，仇视法国革命的欧洲封建君主国借口法王路易十六被处死，组织了第一次反法联盟军，武装进攻法国。法军的失利，贵族的叛乱及吉伦特派的倒行逆施，引起了法国人民的强烈不满。6月2日早晨，8万名武装的巴黎平民再次向杜伊勒里宫进发，吉伦特派的统治垮台了，代表中、小资产阶级的雅各宾派建立了革命专政。
1793年7月，盘踞在土伦和南方其他几个城市的王党分子为了推翻雅各宾派专政，恢复波旁王朝，居然引狼入室，允许反法联军英国和西班牙舰队驶入土伦港，并把拥有30余艘舰只的法国地中海舰队，拱手交给了英国人和西班牙人。此后，其他外国军队也都相继踏进这个地理位置十分重要的港口。到9月底，土伦的外国军队已经达到14000人，其中英国军队3000人，西班牙军队5000人，那不勒斯军队4000人，撒丁军队2000人。这一情况犹如晴天霹雳震惊了整个法国。为了捍卫新生的革命政权，打退国内外反革命势力的猖狂进攻，革命政府颁发了全国总动员法令，动员人民起来扫除叛乱、抵御侵略。没多久，两支大军便开赴土伦前线，一场著名的围攻战开始了。
围攻先由不中用的纨袴子弟卡尔托指挥。卡尔托过去是个画家，不谙军旅之事，战事屡屡不顺，炮兵指挥多马尔坦也在围攻战中受伤致残，收复土伦的前景十分黯淡。就在这时，拿破仑出现了。他是奉调前往一个海防部队去的，途中正好路过革命军部队驻地，国民公会的特派员、拿破仑的老乡萨利切蒂立即推荐拿破仑接替多马尔坦的职务，担任土伦平叛部队的炮兵指挥官。这一任命很快就得到了巴黎军事当局的批准。谁也没有料到，正是这样一个偶然的机遇，使拿破仑获得了一个初试锋芒的舞台。
9月中旬，拿破仑到达土伦前线。卡尔托傲慢地接待了他。卡尔托身穿挂有金带的军服，大模大样地踱着方步，对拿破仑说：“无须你来相助。不过，欢迎你来分享我的荣誉。”
拿破仑一到这里就立即投入紧张的工作。他很快发现这里的炮兵形同虚设，既无足够的火炮，又无充足的弹药，只有几门破破烂烂的野炮和臼炮，由一名军曹一筹莫展地看管着。士兵们没有起码的素养，也没有经过认真地训练，他们既不会使用火炮，也不懂得如何修理。更可笑的是，他的上司卡尔托竟缺乏炮兵方面的起码常识，对他那少得可怜的几门炮，连射程有多远都一无所知。面对如此状况，拿破仑首先想方设法搜集各种火炮。没多久，便弄到了近百门大口径火炮及大量的弹药。接着，他派专人到里昂和格勒诺布尔等地收集一切有用的军械起材，并在奥利乌尔建立了一个有80名工人的军械工厂。为了解决炮兵的机动和工事构筑问题，拿破仑征用了从尼斯到瓦朗斯和蒙彼利埃一带的马匹，还在马赛安排生产了几万个供修筑炮垒用的柳条筐。
与此同时，拿破仑还仔细地观察了战地，熟悉了每个局部的地貌。最后，他提出了攻陷土伦的作战计划。他认为应该首先集中主要兵力，攻占港湾西岸的马尔格雷夫堡，夺取克尔海角，然后集中大量火炮，猛烈轰击停泊在大、小停泊场内的英国舰队，切断英国舰队与土伦守敌之间的联系，迫使英舰撤出港口。这样，守敌一无退路，二无援兵，三无火力支援，法军只需很少兵力，便可迅速攻占土伦。拿破仑这一大胆而新颖的作战计划，显示了他敏锐的洞察力和丰富的想象力。然而，由于年青和不知名，他的方案迟迟得不到批准。此后，法军又进行过几次围攻，均未获成功。法国国民公会鉴于卡尔托的无能，派出老将杜戈米埃接替了他。杜戈米埃是一个已有40年军龄的老军人，他顽强、勇敢，为人正直，具有正确的军事眼光，他为拿破仑如此大胆而新颖的作战方案惊叹不已，并很快批准了这一方案。
这时英军似乎也认识到马尔格雷夫堡和克尔海角的重要性，竟派出4000人登岸驻守，征用了土伦一切人力来加强防御。英军扬言要把马尔格雷夫堡变成“小直布罗陀”。于是，一个月前还是可以轻易攻取的阵地，如今必须重兵进攻。拿破仑立即着手在小停泊场的北面构筑一个炮兵阵地，准备集中火力攻打马尔格雷夫堡。为了攻敌不备，拿破仑带领士兵用橄榄树枝对阵地进行了巧妙的伪装。因此，敌人对这项工程毫无察觉。
围攻土伦的日子终于临近了。11月下旬，前线司令部最后批准了进攻作战计划。12月上旬，革命军的最后一批援军到达，使围攻土伦的兵力达38000人，超过了守敌一倍以上，12月中旬，突击部队和炮兵都按预定计划进入集中地域，并占领了预先构筑好的保垒，完成了最后的进攻准备。
12月14日，对土伦的总攻正式开始。法军使用45门大口径火炮，集中地向“小直布罗陀”猛烈轰击。一排排的炮弹掠空而过，飞向联军阵地。“小直布罗陀”倾刻之间变成火海。在法军猛烈炮火的打击下，联军精心构筑的防御工事很快被摧毁。许