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这时朝中的情形，正如史书所谓，“居政府者皆小人，清流无所依倚”，带头的走了，朝廷里的清流们就此沦作了魏忠贤屠刀下待宰的羔羊。
九千岁的兵
且说魏忠贤名下，党徒成群，较为亲近者，有五虎、五彪、十狗、十孩儿、四十孙之谓。这其中，五彪都是武人，除了一个孙云鹤是东厂理刑官，其余如田尔耕、许显纯、崔应元和杨寰，则悉数在锦衣卫任职。
田尔耕是锦衣卫主事，许显纯执掌北镇抚司，崔应元和杨寰都是前者心腹，四个人“紧密团结”在以魏公公为核心的“阉党”周围，生杀予夺，不过一念之间，正人君子落进了诏狱，惨烈之况无以复加，“冠绝先代”，即使后世亦未有出其右者。
先说汪文言案。这人是个奇士，出身狱吏，仗义任侠，又饶具谋略，在万历以后东林斗垮三党的政治角力中出力甚多，颇得朝野敬重。叶向高秉政，以他作内阁中书，相当于国务院秘书长一类的职位，与韩爌、赵南星、杨涟、左光斗等一班清流过往甚密。头一次因为傅櫆弹劾被逮入狱，魏忠贤慑于叶向高大旗不倒，朝中东林云集，倒还没敢刻意构陷，只是廷杖一番，并不曾牵涉他人。等到叶向高已走，身边又有一干三党挑唆，于是便重兴大狱，不仅是汪文言，还把已经去职的杨涟、魏大中、左光斗，以及任在京中任职的周朝瑞、袁化中、顾大章也给扯了进来。
后面这六位，便是所谓的天启“六君子”了。
汪文言一被许显纯关进镇抚司诏狱，劈头盖脸就要他交代杨涟等人收受熊廷弼贿赂案情——原来这是倚附魏忠贤的大理寺丞徐大化出的主意，说空口诬陷，无名无份，不好收拾，不如把杨涟他们和熊廷弼扯上关系，就说他们都拿了这位尚且关在狱中的辽东经略的银子，那么“封疆事重，杀之有名”。魏忠贤听罢大喜，便要许显纯如法炮制。倒是汪文言真是个硬骨头，所谓的全刑，也就是“械、镣、棍、拶、夹棍”这五毒，许显纯全盘给他招呼了一番，仍旧抵死不肯连累他人，大呼“世间怎么会有贪赃的杨大洪”（大洪，杨涟别号）。许显纯只得凭空捏造了一份供词，汪文言垂死之际又张开眼睛怒斥他说：“你不要乱写，改天我一定要和你当面对质”。许显纯没办法，只好当即将他打死灭口。
汪文言一死，正所谓“死无对证”，这下子杨涟等人的罪名就算是“落到实处”，任由四位锦衣卫老爷“想当然”起来了。为了尽早结案，他们分遣缇骑跑去杨涟、魏大中和左光斗的老家拿人。结果杨涟被逮，家乡士民数万人“拥道攀号”，哭得惊天动地，沿途经历村庄，也多有人替他焚香祷告平安归来。魏大中和左光斗的情形也大抵如此。特别是左光斗，父老子弟“哭号震原野”，就连缇骑都忍不住跟着落下泪来。
当然，落泪也就落泪了，只不过证明锦衣卫的心也是人肉长的，但是犯人还是得捉，不然回到京城，拿什么跟四位大人以及魏公公九千岁交代呢？
杨涟等三人“一朝落网”，便和周瑞朝这三位一并给关了起来。阉党计议，给他们六人分派了“纳贿”金额：杨涟和左光斗都是银二万两，魏大中是三千，周朝瑞一万，袁化中六千，顾大章则是四万。成天也是五毒伺候，务必要他们“坦白”交代案情。
这时候的六君子却犯起了糊涂。可能是他们自己的主意，也可能是外面有谁替他们想的办法，或以为不如先承认纳贿，“好汉不吃眼前亏”，保全了性命，这样案子会全盘移交刑部，由国家司法公开审讯，那时候再来翻供倒也不迟。于是一咬牙，就说“我们确实是拿了熊廷弼的钱了”，如此这般，既然已经招供，就请镇抚司上报朝廷，由相关部门对我们另行作出裁决吧！
其实不认倒好。这一认，麻烦接踵而至。许显纯又是篡改供词，把案情无限夸大，然后往朝廷里一报，魏忠贤“顺其自然”地代表皇帝下旨，案件仍由锦衣卫北镇抚司诏狱处理，涉案人员所供认的纳贿金额，务必全数收缴没入国库，并且是五天一“追比”，拿不出钱来就继续打，打完又再给你五天，如此反复而已。
忠臣大多是清官，清官最怕别人和他谈钱。六君子拿不出钱来，只能继续挨打。他们在狱中受刑，真实景况外界无法得知——北镇抚司诏狱哪是可以随便让人进去参观的？倒是有个任侠豪杰之士，姓名不详，自称“燕客”，化妆成小吏住在诏狱附近，成天跟狱中的马夫狱卒们混在一块儿，混得熟了，便给他混进狱中，亲眼目睹了六君子受刑惨死的全部经过。
以下记述便节录自这位燕客所作的《天人合征录》一文。
“七月初四日……六君子从牢房里出来，各有两名狱卒在左右挟扶，伛偻着身子向东走去，每走一步都觉疼痛难当，呻吟的声音听起来极为酸楚，我也不觉备感伤心和悲愤……衣裳就像被血染过一样，而杨公（杨涟）的胡须原本是白色的，所以最为明显……到了镇抚司厅前，都跪在屋檐下面……许显纯处分完毕，又下令将他们关进狱中”。
“（七月）十三日……杨唤过家人大声说'你们回去，好生服侍老夫人，吩咐各位公子以后千万不要读书'……这天各人都毒打三十棍，棍声动地……诸位君子的大腿都腐烂了，赶紧用白布包裹起来，而杨公的情况最为恶劣”。
“（七月）十九日……杨、左（光斗）、魏（大中）都受全刑……左公的声音听起来仿佛小儿啼哭……周（朝瑞）、顾（大章）各受二十棍，拶敲五十，袁（化中）拶敲五十……魏大中把家人唤到跟前，吩咐他们说'我自从十五日以来，闻见谷食的气味就想呕吐，每天都只吃冷水一碗，苹果半只而已。送命想来只在旦夕之间，你们赶紧替我去预备棺材吧。只是我们家太穷，不可能准备得太好，只要能把尸骨遮掩起来就行'。”
“（七月）二十一日……许显纯直呼着杨公的名字说，'你唆使他们藏匿脏银拒不交纳，这是抗拒圣旨，该当何罪'，杨公抬起头想要分辩，然而已经说不出话来……趴在地上如同死人一般……”
“魏公受刑较杨、左为少……十七日以后，两只脚直挺挺的好像死掉的青蛙，不能自由屈伸……”
“顾公……躺在床上直到七月中才能下地走路，右大腿上的伤口溃烂，掉下来一块腐肉如同老鼠般大小……”
最后，“（七月）二十四日……用刑完毕，许显纯吩咐狱卒说，六个人不能住在一块……我听说后去问狱吏怎么回事，回答说'今天晚上各位大爷中定有壁挺（狱中所谓死也）之人'……这天晚上，三君子（杨涟、左光斗、魏大中）果然都死在了狱吏叶文仲的手中……叶文仲是狱卒的头目，为人至狠至毒……”
至于三君子的死况，燕客说是“验尸完毕之后……用芦席草绳捆裹起来，扔到墙外，整条街上都能闻见恶臭，尸虫像雨点一样落在地上”。另据《明史纪事本末》所述，杨涟之死“用盛满土的袋子压在身上，耳朵里钉进了铁钉，穿着一件血衣被扔进棺材里”，魏大中“死后六七天才被抬出牢房”，因为时值盛夏，“溃烂到面目全非的地步”。
其实除了燕客，左光斗的学生史可法——就是后来满清入关，在扬州壮烈殉国的那位——也曾贿赂狱卒，前往狱中探视自己的老师——当时左光斗还活着——结果看见左光斗“席地倚墙而坐，面庞焦烂不能分辨，左膝盖以下部位，筋肉和骨头都已经全部脱落”。于是禁不住抱着老师失声痛哭。左光斗听见是他的声音，因为无法睁开双眼，于是奋力用手指把眼皮扳开，“目光如炬”，大声呵斥学生说：“你这个没用的奴才！这是什么地方，你来干什么？国家大事，已经糜烂到了这种地步，你却轻身罔顾大义，那天下事还有谁来承担？赶快出去，不要让奸佞小人找到机会构陷于你，（不然）我第一个杀了你！”于是“摸着地上的刑械，作出想要投击的样子，一旁的狱吏都吓得不敢作声”。史可法后来“流着眼泪向旁人回忆起当时情形，说'老师的肺肝，都是用铁石铸成的！'”。
而每死一人，许显纯便用刀剔下死者的喉骨，用小盒封固起来，送给魏忠贤作为凭证——惨绝人寰，惨无人道，竟至于此！
继杨、左、魏三人以后，袁化中和周朝瑞也相继遇害。最后只剩下一个顾大章，被移交刑部，刑部尚书李养正也是阉党一伙，把案子按着魏公公的意思落实了，仍旧下令将顾大章交还诏狱发落。顾大章对家人们说：“（刑部大牢）这里简直就是福堂，我还回去做什么？”于是在刑部狱中上吊自尽而死。
至于魏忠贤，自从这次得手以后，便放开手脚接二连三的干了起来。早前，阿附于他的官员当中，有个叫作王绍徽的，为了迎合“九千岁”迫害东林党人的举动，于是以梁山泊一百单九将——他还算上了托塔天王晁盖——的体例，拟出一个《东林点将录》，把他们所谓的“东林逆党”头要人物悉数囊括其间——比如叶向高，就是“天魁星呼保义大学士”——以此为基础，天启五年（1525年）十二月，魏忠贤又矫诏发布了所谓的《东林党人榜》，名单范围进一步扩大，共计三百零九人，上至大学士、各部院，下至台省部曹，及至督抚、郡邑，应有尽有，“活着的削去名籍，死了的追夺功名，已经削夺的就实行禁锢”，真正形成了对东林党人的一网打尽之势。
而“六君子事件”之后，复于天启六年（1526年）再兴大狱，以“李实诬奏”案逮死周起元、周顺昌、高攀龙等七人，以及同年六月安徽的“吴养春案”，虽然源起各不相同，然而狱中前后经过，大抵也与六君子没有太多的区别。
最后一个大阉的末路
只不过，锦衣卫在天启六年奉魏忠贤命逮捕周顺昌伊始，却是遇上了不小的麻烦。
周顺昌是吴县人，曾在吏部任职。他为人刚直贞节，疾恶如仇，同乡的魏大中被逮入狱，便曾为其饯行，不但同起同卧，还许诺以自己的女儿嫁给魏大中的孙子。旁边的锦衣校尉等得不耐烦了，不停地催促他们快走，周顺昌瞪起双眼大声呵斥他说：“你难道不知道世间有不怕死的男子汉么？回去告诉魏忠贤，我就是以前的吏部郎周顺昌！”进而对魏忠贤骂不绝口。校尉们跑回去把这事如实禀告了魏忠贤，于是等到苏松巡抚周起元等人因为开罪苏杭织造太监李实而兴起大狱的时候，魏忠贤便捎带着把周顺昌也给拖进了这趟浑水，派遣专人到苏州去捉拿这位不怕死的“周吏部”了。
当时带头捉人的，是锦衣千户张应龙和文之炳这两位。刚到苏州，连日阴雨，景色惨淡。周顺昌行将入狱的消息一传开，“穷村僻落，蝇附而至，愿一识周吏部，日不下万人”，都焚香为周顺昌祈祷平安无事。这里面固然有周顺昌“好为德于乡”，平日替家乡人做了不少好事的缘故，然而更多的，想来应该是大家对他不畏权贵的慷慨豪情由衷钦佩所致。有读书人文震亨、杨廷枢、王节、刘羽翰等几位，还跑去找到巡抚毛一鹭和巡按御史徐吉，希望他们能代为向上转达民愿，宽赦周顺昌的“罪行”。
偏是张应龙和文之炳不明就里，还想着在逮人之前多向�