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水师的营制，也体现了湘军的特色。
湘军水师一个营，包括一艘快蟹和一艘长龙船，加上八只舢板船，由营官率领。一个营的编制，有三百八十八人，船和人都可以稍有增加。
水师虽然也有刀盾枪矛，但派不上用场，军士们只要擅长划桨、掌舵和开炮，功夫全在手指和手臂上。一艘舢板，十人划桨，一人掌舵，船头一人撑篙，两人发炮。炮安装在船首和船尾，舢板旋转，两炮轮流发射。开炮时，舢板在后座力影响下，前进更快。
火炮也可以安装在船的半腰上，非常壮观，但临敌却发挥不了作用。一艘长龙，十六人划桨，四人摇橹，其他配置都和舢板一样。一艘快蟹，二十八人划桨，八人摇橹，一人任舱长，一人在船头，一人掌舵，六人担任炮手。
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清廷在1853年感到了更大的威胁，太平军北伐部队长驱北上，震动了华北。
林凤祥统帅部队，从扬州推进到安徽临淮和凤阳以后，6月份在安徽捻军配合下，进攻河南，占领了河南东部的重镇归德府，接着向西长驱三百里，包围开封，驻扎在开封南边五十里的朱仙镇。
林凤祥决定不打开封，从朱仙镇继续西进。部队冒着暴雨，脚踏深达一尺的积水，行军三百里，经###、郑州和荥阳到达巩县，在洛河岸边，得到当地百姓支持，乘民船渡过黄河。
林凤祥所部挺进山西，接着又折回河南，从武安东进直隶，于9月29日攻克临洛关，大败直隶总督讷尔经额所部清军一万多人。进而挥师北指沙河、任城和藁城，从这里东进深州等地。
10月13日，林凤祥的部队直逼保定城南六十里的张登镇，距离清廷京城不过三百里。天子脚下的臣民们大为震惊，三万多户官绅逃出京城。
1853年，咸丰三年（34）
文宗急令惠亲王锦愉和蒙古科尔沁王僧格林沁负责京畿防务，率八旗兵出战，带兵堵截。
林凤祥所部转战千里，兵员不断损耗，粮食弹药供应不上，战斗力大大减弱。林凤祥和李开芳尽了最大努力，也未能突破保定清军的防线，只好改变从保定直捣清廷的计划，南撤两百里，沿滹沱河东进，取道晋州、深州和献县，到达沧州，计划北上进占天津，从天津侧翼横插北京。
10月29日，太平军攻克了距天津仅四十里的静海县和独流镇。天津知县谢子澄率领四千多名团练勇丁抵抗，掘开南运河堤岸，使天津城外成为湖泽。太平军攻势受阻，只好退守静海，与清军对峙。北伐部队兵力不济，失去后勤补给，渐入困境，逐步被清军消灭。
太平军的北伐虽然失利，但在北伐部队所过之处，点燃了反抗清王朝的火焰。安徽与河南受到最大的影响，捻军势力大增。
安徽的地理位置，注定这个行省会受到太平天国运动的极大震撼。安徽南部的池州和太平，靠近太平天国的天京，而徽州和宁国两个郡，与江西和浙江交界，是太平军经常出没的地界。安徽东部的和州与滁州，位于长江以北，与天京隔江对望，更在天国势力范围之内。
安徽北部更是一个敏感的地区。凤阳、庐州、宿州、蒙州、泗州、颍州、亳州和寿州，介于河南与江苏之间，民风强劲剽悍，尚武好斗，感应于太平天国运动，出现了大批捻军。捻军首领有李士林、刘疙瘩、刘元吉、任二皮和龚瞎子，而他们都尊奉安徽涡阳人张乐行为大头领。
河南固始人李兆受也于这一年在安徽西部的霍邱组织起一股几百人的捻子，出没于河南东南角上的光州、光山、商城和固始之间，与安徽的捻军相呼应。
捻军的勃兴，使清廷的文宗十分忧虑中原的局势。他害怕捻军与太平军携起手来，一起对付自己的王朝。他命令提督善禄率部驻扎河南与安徽交界处的永城，命令周天爵率兵驻扎徐州和宿州一线防备捻军。不久，周天爵去世，文宗又派给事中袁甲三取代他，驻扎在颍上和亳州一线，还任命舒兴阿任陕甘总督，率领军队驻扎河南东部的陈州。舒兴阿率部移驻安徽北部，后来前任总督牛鉴取代了舒兴阿。
文宗如此还不放心，又责成河南巡抚英桂总管对捻军的军事行动，镇压捻军各部。
但是，捻军的势力越来越大。安徽桐城的捻军拥有一千多匹战马，开归的捻军分为二十多部。河南南部的捻军也很强大，汝宁和信阳的捻军攻打正阳，在河南与湖北交界的桐柏杀死知县潘树霖，河南巡抚不得不从汝宁出兵，保卫省城。河南东部的捻军则围攻夏邑和沈邱，袭扰永城。
清廷倾尽全力对付太平天国，而捻军的日益活跃，迫使清廷不得不分兵对付。而捻军却越战越强，以至于到了后来，与善于骑射的捻军作战，也成为湘军的一个课题。
1853年爆发的上海小刀会起义，也牵制了清军的兵力。三十三岁的广东人刘丽川在9月7日率领起义军攻占了上海，建立大明国。文宗将代理两江总督杨文定革职逮捕，任命许乃钊为江苏巡抚。许乃钊带兵去上海攻打刘丽川的起义军，向荣从江南大营中分出兵力，以虎嵩林为大将，协助许乃钊作战。
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1854年，咸丰四年（1）
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1854年，在湘军史上发生的第一个重大事件，就是江忠源死于庐州。
胡以晃在1月上旬得到城内间谍送来的情报，知道守军已无粮食，军火也快用完，便下令增挖地道。
江忠源的弟弟江忠濬，以及同知刘长佑，于1月10日领着从湖南招募的勇丁赶到庐州，驻扎在西平门外的五里墩。江忠源的族弟江忠信也跟随江忠濬来到了庐州。城外的楚军与太平军殊死拼杀，仍然无法进城。
刘长佑和江忠濬决定派军士悄悄进城。江忠信率领十几名壮士，带着串钱和油烛，偷偷越过太平军的营垒，在半夜攀绳进入城内，接济城内守军，告诉江忠源援军已到。
湖北将领戴文澜都司，也带着五十八人同行，到达庐州，带着串钱进城。不过，这些援助仍然解决不了粮食问题。
庐州城外，布满太平军的骑兵，把清军增援部队隔在外围，无法逼近城墙，与守军形成犄角。
江忠信留在城内，屡次修补被炸毁的城墙，还攀绳出城，攻击太平军营垒。清廷后来将他提拔为五品守备，赏赐花翎。
在太平军攻城的一个多月里，城中的太平军拥护者，常常以太平军的名义号召市民起义。胡元炜招募的勇丁，分守北城的拱辰门，首领徐淮过去在县衙当差，却对清廷不满，他的手下有很多人与太平军暗中联络。
1月15日凌晨，庐州城内外浓雾如雨，能见度极低。太平军引爆水西门下隧道上层的地雷，炸垮了十多丈城墙。江忠源指挥部队抵抗。太平军分别逼近四座城门。拱辰门守军首先逃走，徐淮的勇丁放火内应，还在城墙外为太平军架好梯子。太平军缘梯而上。
江忠源一边应战，一边派兵抢堵缺口。不久，下层的地雷爆炸，胡以晃指挥部队登上废墟，击溃守军，冲进城内。江忠源挥军拦截，无奈清军兵勇或死或降，乱作一团。又听说城南有太平军登梯而上，人声鼎沸。各路太平军乘势攻入。
这时候，江忠源不惜一死，但还记挂着族弟江忠信的安危。在他的催促下，江忠信连忙出城，捡回了一条性命。
江忠源的随从们团团护着他，企图杀开血路。撑到早晨，守城清军全部被歼。江忠源见大势已去，举剑自刎，被左右制止。一名健壮的军士背着他奔走。江忠源咬着军士的脖子，逼迫他放手。
太平军步步逼近，江忠源转战到水关桥的古塘，身上七处受伤，从桥上跳下古塘，溺水而死。和他同时战死的有布政使刘裕珍和李本仁，以及池州知府陈源兖等人。
与江忠源一同从六安来到庐州的参将马良勋，以及从湖北来增援的参将戴文澜，县丞艾延辉与兴福，都死在庐州城内。
邹汉勋跟随江忠源来到庐州之后，清廷将他升为直隶州候选同知。这个刚刚步入官场的学者，被太平军斩杀在庐州西门，终年四十九岁。他死后，清廷以正五品官级赐恤。
邹汉勋个子不高，长相颇为怪异。他双目深陷，眼珠略带绿色，宽额头，高颧骨，尖下颚，胡须尖硬，说话操土音，外乡人很难听懂。每次出战前，他先喝下几杯酒，袒露一只手臂，手执长矛，刺死不少太平军。太平军对他十分仇恨，奋力砍杀，所以他死得十分难看。
邹汉勋一家五兄弟，都是颇有建树的学者，他的大哥邹汉纪是个音韵学家和地理学家。他的二哥邹汉璜是个医学家。他的两个弟弟邹汉嘉和邹汉章，也对军事地理学颇有研究。
据说，在这些死者中，除邹汉勋以外，陈源兖、马良勋和戴文澜死得最为惨烈。
江忠濬率领乡勇前来增援，未能救出大哥，悲痛万分。他决定留在安徽，搜集江忠源的残部，与太平军决一死战。
在江忠源死守庐州期间，清军的江南大营分出兵力，由和春率领，增援庐州，江北大营则派兵攻占了仪征。但是，和春的援军还没到达，庐州就被太平军攻占了。
江忠源死后第八天，江忠濬募人找回哥哥的尸首。江忠源旧部士卒周昌发冒死潜入庐州城，在古塘找到尸体，发现他面色如生。于是解下衣服，将尸首包裹，在太平军占领区辗转行走，背出城外。江忠濬派人将大哥归葬家乡新宁。
清廷得报后，追赠江忠源总督头衔，赐给他“忠烈”称号，赐予祭葬，赏骑都尉兼一云骑尉世职，褒扬三代，下令在湖南、江西和庐州为他建祠。
1854年，咸丰四年（2）
江忠源是一位颇具特色的近代军事人物，在清廷镇压太平军的战争中，占据着重要的地位。他以儒将领兵，对太平军作战“如报私仇”，是太平天国运动初期的一个劲敌。
江忠源钻研经世的学问，对清末军政形势保持着清醒的头脑。他善于领兵，从广西打到江西，转战四省，屡战屡胜。正因为如此，清廷在他生前死后，对他连连拔擢，予以殊荣。而后来的湘军巨头如曾国藩、胡林翼和左宗棠等人，则把他视为士大夫出而领兵的先驱和榜样，大力颂扬。但是他眼见得楚军已经在战争中消耗殆尽，却没能停下来招募训练新的勇丁，又投入新的战斗，终于独臂难支，在太平军进击下兵败身亡。
在晚清的历史上，江忠源的表演有如昙花一现。这个湖南人享年不过四十二岁，但他组织和训练楚勇，形成了一套开创性的办法，对后来湘军和淮军的统帅组建军队，产生了很大的影响。湘军以“忠义血性”的儒生为将领，兵勇都用朴实而缺少心眼的山农，以及将必亲选、兵必自招、兵归将有的原则，就是从江忠源这里开始的。但他自己并没有将这一原则贯彻始终，导致了他匆匆地结束了军人生涯。
江忠源治军，以赤心对待将士，部属愿为他效死。但是，他对部属的约束也很严格。楚军所过之处，秋毫无犯。每战必定亲自陷阵。指挥作战料敌如神，能以少胜多。守城时，每晚必定巡城一周，见