那么，顾宪成在东林书院干什么呢？历史告诉我们，他的确在讲学，讲孔孟思想，他想要从当时对孔孟思想纷繁复杂的解释中告诉人们真正的孔孟到底说的是什么。
所谓东林党的形成是明朝晚期的一件大事，东林党并不是一些人所说的那样，清纯可爱。明朝的灭亡，和他们的反对党一样，他们也有一定的责任。
可以说，顾宪成在万历二十二年（1594年）之前，想要有所作为是有心栽花，而万历二十二年以后，其所为却是无心插柳，这棵柳树引起的党争并不是顾宪成所能想到的。
所以历史往往原谅这样“无心为恶”的人，虽恶不罚。
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并不纯净的东林党（1）
被对手扣以“东林党”这个帽子，其实戴起来并不舒服。明时所谓的“党”，文雅一点来讲是派系、团伙；不文明来讲，所谓“东林党”就是在东林书院和与东林书院有来往的那群家伙。
所以，这群家伙并不都是仗义之人，并不都是想为天下出力之人。顾宪成就曾在京察中联合吏部尚书打击内阁一派的推荐人，这些后来没有升职或者是被贬的人中肯定有多才刚直之人，只不过是内阁一派，就被顾宪成打击掉了。
他被清除出朝廷后，一心研究学术，对朝廷之事并不过问，直到李三才的出现。李三才这个人很倒霉，他在凤阳做巡抚时给万历皇帝上疏并没有得到重视，后来结识了顾宪成，并成为好友，他很为这个朋友的讲学所为而激动。当朝廷希望顾宪成到南京就职时，李三才给顾宪成写信，希望他能重新出山。但顾宪成只是一笑置之。
可第二年，由于万历皇帝长时间的断头，内阁大量缺人，时大学士叶向高提议推选阁臣，朝中很多官员推选了李三才，但却遭到工部郎中邵辅忠的强烈反对，反对的理由几乎可笑，他们认为李三才生活太奢侈。李三才在这方面的确不怎么注意，可这种生活细节无论如何都不能成为不能当阁臣的正当理由。通过叶向高的解释，我们得知此人正是前首辅王锡爵一党的，而且，此人也知道当年诸多兄弟在京察中落马，完全是顾宪成一伙的东林党人所赐。而李三才又和顾宪成交往甚密，这样成了邵辅忠反对的理由。
一时之间，诸多人站出来反对，诸多人站出来表示赞成。朝廷上下，南京北京仅围绕着一个阁臣问题开始了激烈的争论，由就事论事发展到了个人攻击，再由各人攻击发展到了派别之争。
一个李三才竟然引动了整个大明帝国两京的大臣们打嘴仗，真是毫无天理。远在无锡的顾宪成听到这个消息后，就出于好意——别的一点意思都没有——给当时的叶向高写了一封信，他说，自己和李三才是再好不过的朋友，对这位朋友很是了解，无论是能力还是人品，都对得起阁臣之职。
先接到他的信的是李三才的好朋友御史吴亮，这个头脑简单的家伙居然把这封信抄在了邸报上，遍递各衙门。无疑，这激起了那些反对李三才入阁的人的愤怒。他们认为，顾宪成以一介草民，居然敢干预政事，简直是大逆不道。
不过，在这个时候，关键是打胜李三才入阁这一仗，至于顾宪成，随便牵扯进来就是了。几天后，反对声最高的御史徐兆瑞忽出奇招，认为东林书院干预朝政，并给其命名为“东林党”。
徐兆瑞在大明的功劳本上并没有留下什么，但在反对东林那些家伙的历史上却写下了很浓重的一笔。他多次在奏疏中诬陷东林书院与顾宪成，在他的言辞中，不知道历史的人还以为当时的执政政府是东林书院，而不是万历皇帝。自然，顾宪成是他首先冲击的对象。他说，此人虽然远在山林，却能遥控朝廷事务，这种胆量如果再让其发展下去，有一天不是要造反吗？
为了彻底地搞臭东林党，徐兆瑞捏造了东林书院的种种罪状，比如，说东林书院在浒墅关附近的小河向来往商船收税，胁迫浒墅关的官吏以“修书院”的名义向东林书院送银两；东林书院的成员到各地讲学，动辄一百多人，要县衙门迎接款待，每次耗费银子二百两上下；东林书院的讲会“杂以时事”，它的讲义刊印出来，涉及地方政治事宜，各地方政府必须照办。
万幸的是，万历皇帝对这种胡说并没有如其他皇帝那样很重视，原因是，他对任何事情都不重视。所以，只有徐兆瑞在那里空喊，东林党毫发无损。可李三才就倒霉了，因为顾宪成的那封信，他已经没有任何理由入阁。并且，他原来的职位也无法保住，他只好请求辞职。当他一连向皇上上了十五次辞职的疏章没有得到回音后，他就不等皇上允许，自动离职卸任，回通州定居去了。
李三才事件拉开了东林党与反对派的争斗，在这件事上，无论后人多么想为顾宪成辩护，但一条不容置疑的事实却是，他希望李三才入阁来提高东林书院在朝廷的影响。
并不纯净的东林党（2）
虽然，他后来解释说，自己所写给叶向高的信的缘由只不过是出于对李三才的了解与肯定，但在攻击他的言辞里，都有这样一条：李三才本就是东林一伙的。
几年后，发生了明末三案，直接引起了党争。这三案是梃击案、红丸案、移宫案。梃击案我们在前有所介绍，这里不再赘述。红丸案发生在泰昌元年（1620年），万历皇帝的那位太子朱常洛即位后不久就得了重病，司礼监秉笔兼掌御药房太监崔文昇进泻药，服后病益剧。鸿胪寺丞李可灼就献上了两颗红色的丸子，说是仙方，可长生。朱常洛服后不但没有永远不死，反而立即就死了。朝臣群起弹劾崔、李二人，东林党人立即怀疑此二人是受郑贵妃指使而下毒；而反对派却反对，其实这些人反对的目的就是因为东林党赞成。争论一起，大学士方从哲从中协调，事久决不下。最终，两派谁也没有取得胜利，朱常洛死后，儿子朱由校即位，抚养他的李选侍坚决居住在乾清宫，以把持朝政。都给事中杨涟、御史左光斗等联合大太监王安迫其移宫哕鸾宫。朱由校正式即位后，此事引起争论，成为官僚派系斗争的内容之一。
东林党的势力逐渐扩大，特别是当朱由校登基后，由于是他们的努力，所以皇帝对这些人很是器重。在这样的情况下，一些失意的政客，善于钻营的士大夫纷纷投进东林，而且，在这些人信誓旦旦的承诺下，东林也接纳了他们。
在后期，东林党之所以敌不过阉党，有一部分原因即在此。诸多的政客发现自己所凭借的东林已经不是当初的东林时，他们立即掉转，把枪口对准了真正的东林党人。
我们回过来看，当初，万历皇帝下令全国开展矿监税使活动，最先反对的就是东林党。这并不是说，他们在为天下百姓着想。因为在万历皇帝最先派出矿监时，老百姓的利益并没有受到影响，而受到影响的是一些富民。那么，东林党的人是些什么人呢？这些人大都是有功名、田地或是资产的中小地主阶层。
税使刚刚成立时，其所征税的对象也无非是一些开旅店的店主，这些人自然也被称为富户。也就是万历皇帝侵犯了他们的利益，才使得他们奋起而反对之。
在天启三年（1623年）的京察之中，东林党人赵南星掌管吏部，力斥反对派官员亓诗教、赵兴邦、官应震、吴亮嗣等，议当罢黜。吏科给事中魏应嘉坚决不同意。赵南星可不管，总之，不和自己站在一边的就是敌人。他写了《四凶论》攻击亓诗教等，最终这些人在强大的东林势力的打击下被罢黜了。从各种史料来看，赵南星通过这次京察大肆打压其他派别的人，完全是一种斩草除根的想法。的确，东林官员不与阉党合作，从而获得清誉之名。但东林党人以“清流”、“正人”自诩，对三党官员心存报复，对政见不合者均斥为“邪人”、“邪党”，甚至直指为阉党，却也是他们的愚蠢之处。这样造成的结果就是：被东林排斥的官员，便投依阉党求存。东林执政后反而在朝官中日益孤立，而魏忠贤的阉党的势力却得到了极大的增强。
针对这次京察中东林党人的报复行为，前辈学人谢国桢先生就说：“天启三年的京察，赵南星未免作的太辣，但后来魏忠贤的残戮，又未免太毒了。”他这句话其实还可以这样来理解，后来东林党人被魏忠贤大肆清洗，一半责任要归于自己。
假设，只是假设，党争开始只是纯粹的政见和价值观分歧的话，那么到后来也就显现出了它的真实面目：彻底沦为了全然不顾天下国家的意气之争、利益之争、个人恩怨之报复。齐、楚、浙三党自然如此，东林党更是不能逃脱。
所以，东林党并不是如我们所想象的那样，十分纯净，纯净到只为百姓着想。晚明的清官、好官都出在东林或是对东林有一定的好感。这只不过是因为其他党派太差劲了，这些官员只能退而求其次而已。
在正义与非正义之间挣扎（1）
被反对派命名的东林党在其产生到灭亡，到底争论了哪些事呢？这是一个很不能让人解释清楚的问题，一方面，他们的争论到底起到了多少作用；另一方面，在争论中，是否真的是从大局着想的。
顾宪成似乎就是东林党的开始，而在他死后，东林党也并没有结束，直到明朝灭亡，在历史的回音壁上，我们还能听到他们的声音。在此，我们不对他们的声音确认是对还是错。我们只是想看一下，他们用了几十年时间到底都争论了些什么。
第一起事件是关于张居正的，万历十年（1582年），张居正死，第二年，张居正被抄家，顾宪成认为这是张居正咎由自取。
第二件事是争国本，万历十四年（1586年）正月，科臣——后来的东林党人——姜应麟上疏皇帝应立太子，万历皇帝迟迟不立，东林党人与内阁一派和皇上争论了十五年。
第三件事是丁亥京察，发生在万历十五年（1587年），北察主计人之一为左都御史辛自修，南察主计人有右都御史海瑞。两人都欲借京察整饬吏治。顾宪成在北察中支持辛自修，他的弟弟顾允成等在南察中支持海瑞。结果，辛自修与海瑞都失败，顾宪成兄弟被降斥。
第四件事就是万历二十一年（1593年）的三王并封，顾宪成强烈反对。
第五件事是癸巳京察，主计人是吏部尚书孙鑨，左都御史李世达和考功司郎中赵南星。考察贯彻了严于自身、严于要律、贪吏必察的原则，但不久，赵南星被斥为民，孙鑨被迫辞职。支持京察的官吏纷纷被贬。
第六件事是万历皇帝设矿监税使活动引起的争论。
第七件事是万历二十六年（1598年）发生的《闺范图说》事件，早在万历十八年（1590年），山西按察使吕坤编辑了《闺范图说》，里面提到的妇女都是皇后级别的，郑贵妃拿到这本书后，就把自己也写了进去。他这样做的目的当即被东林党人拆穿，引起争论。
第八件事是万历二十七年（1599年）二月——万历四十二年（1614年）三月的民变，东林党人或支持民变或者参与民变。
第九件事是万历二十七年的己亥京察，北察主计人吏部尚书李戴秉承阁臣沈一贯意大肆打击东林党，东林党反击，此事过后，东林党人被迫去无锡听顾宪成�