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朝廷里的许多大贵族当然似乎过着虚空的生活，但那些被派去地方任庄官的小贵族或其他有势力的地方领导人，则不一定如此。他们关切如何获得实权，这显示出他们较现实的人生态度。事实上，这些小贵族常常是藤原氏或皇室分支的头目，并包括皇室分支的源氏与平氏。
由于皇室后代繁殖引起财政窘迫及王位继承的困难，远亲实际上被排除于皇室系谱之外。从814年起，这项做法甚至被进一步适用于皇室子女，因为嵯峨天皇（809～823在位）有多达50个子女。这些子女之中有33人被授予“源”姓，而此后所有的被排除于皇室系谱之外的皇室成员，不是被赐“源”姓就是被赐“平”姓。
由于被排除皇位继承权，他们往往对中央贵族怀有怨恨。
他们被允许组织武装卫士团，卫士本身往往也是贵族后裔。武装卫士称为“武士”或“侍”（samurai），他们借着结盟逐渐强大。最后，他们强大到足以干预朝廷事务。
他们对朝廷事务的干预，终于导致中央政府的崩溃。1156年，全盛时期虽然已过去，但仍有影响力的藤原氏，与其内部对手争夺朝廷控制权。他们争取地方对立武士集团平氏与源氏的协助。平氏由平清盛（1118～1181）领导，他的据点在西边的濑户内海地区。源氏由源为义（1096～1156）领导，据点在东边的关东地区。
在接着而来的武斗之中，平氏集团获胜，原因之一是源氏阵营发生内讧。为义被处死。清盛这时开始在首都巩固势力，或许他还不完全是最高统治者，但当然权势极强大。
然而，平氏阵营也分裂了。平氏阵营事实上包括一名源氏成员，为义的长子源义朝（1123～1160）。义朝被许多人视为是平氏战胜其父的主要功臣，但他觉得获得的奖赏不够多。结果，1159年，他在首都攻击平氏武士团，但被击败并被清盛杀死。
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第二节 朝廷兴亡（3）
不管确切细节如何，不久之后发生的事将是日本史的一个转折点。
依据许多记载的说法，清盛似乎偏好女色，尤其义朝之妾常盘御前。据说他强迫她委身给他，否则将杀她和义朝生的三个小孩。她屈服了。清盛的继母池禅尼也似乎为义朝的小孩（总共六人）恳求清盛手下留情。
不管事件的解释对不对，清盛饶了这六个小孩的命确是事实。
专家之间对于清盛赦免义朝后代的事实真相意见分歧。例如，JRCholley支持“威胁”理论。M。 Shinoda不支持，但承认平清盛赦免六个小孩似乎难以解释。RMaison and GCaiger感觉清盛只是受到常盘御前的吸引，因此有可能御前主动给清盛做妾。无论如何，所有的专家都认为清盛做了一个致命的决定。
他这个人无情，没想到会有这样的仁慈举动。按照当时的标准也是异常的，因为铲除落败的对手的家族是常规，甚至于被法律所认可。
最重要的，此举最后导致了平氏的垮台。被饶命的六个儿子之中有二人，源赖朝（1147～1199，其母是僧侣的女儿）与源义经（1159～1189，常盘的三个儿子之一），击败了平氏，并开创了日本史的新时代。
打败义朝后，清盛在首都定居下来，在其后约20年间热衷并控制朝廷生活。1180年，当平氏权力达至顶峰时，清盛安排其年仅两岁的外孙安德（1178～1185，1180～1183在位）即位。
以仁王子（1151～1180）争皇位未果，心怀怨恨，乃向源氏求援，当时被流放于伊豆半岛的赖朝欣然响应。赖朝很快就获得大批地方武士的支持，包括他的同父异母兄弟义经，这或许是因为地方武士觉得清盛已和地方失去接触了。
同一年，以仁被杀，清盛翌年发烧病死，但赖朝继续征讨平氏。由于饥荒与瘟疫蔓延，战斗受到耽搁，1183年，源氏武士团攻占首都。在清盛儿子平知盛（1151～1185）的领导下，平氏人马带着年仅5岁的安德天皇向西方逃逸。源氏人马在后面追击，1185年，义经在本州西角外海的坛之浦海战中大败平氏。知盛不愿投降，投海自杀。类似的命运等着安德。他的外祖母，即清盛###，把他抱在怀里，也投海自杀。
《平家物语》（流行于12世纪的军记文学）描写安德之死透露出强烈的佛教宿命论味道，特别是外祖母向他解释何以她必须结束他的生命：
陛下不知他因前世修行十德之功德，今世轮回登天皇宝座。然今恶业要你的命……日本渺小如粟，但如今为苦谷。波浪彼边有极乐净土，那是无悲伤的另一个首都。我要带吾君去彼边。
这不一定是被动或负面的宿命论。如权力斗争所显示，当时某些人不仅积极且刚毅自信，但争斗结果被归因于命运。虽然佛教相信人终将为自己的行为，以及为自己有什么样的命运负起责任，以业与命来解释事件因果有助于回避眼前的道德责任问题。
道德责任不应该跟社会责任相混淆。历史上，当身在某职位的日本人必须为其团体的失败负起象征性的责任时，或在类似的情况下，社会传统强烈要求自惩行动时，他往往选择自杀（在现代则辞职）。
当事件结果可以被归咎于前世时，避免面对良心问题也比较容易。这非常适合日本人避免作道德判断的偏好。
平安时代最后几年，除了战争人祸之外，天灾也不断。例如，1180年大台风来袭，1184年发生大地震，而大约同时期大火灾与洪水频繁发生。僧侣鸭长明（约1155～1216）在大约30年后写作的《方丈记》，对这些事件有生动的描写。《方丈记》如此描写1181～1182年的饥荒与瘟疫：
街道挤满乞丐，喧嚣震耳欲聋……士绅原本戴帽穿鞋，彼等今赤脚沿街乞讨……墙边路上随处可见饿死尸体。满街尸臭，因无人拖去掩埋。
天灾加上源平之战，当然必定让许多人觉得世界倒置，并且或许末法预测的世界末日确实即将来临了。
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第二节 朝廷兴亡（4）
厌世诗人西行（1118～1190）的诗，反映出这个苦难时期的忧郁。他是贵族，曾任朝廷卫士，平清盛与源赖朝都经历过，但他后来弃绝俗世，去过僧侣隐居生活。下面是他的一首著名的诗：
郊野
一树
鸽声
呼伴
寂寞、凄冷的夜
他的另一首诗更直接：
长夜未央，
暗影朦胧，
明月当空，
照我愁衷。
这长夜朦胧的时代，现在由源赖朝支配。他开创的幕府将标志着日本史上的新时代。
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第三节 武士国家（1）
镰仓时代（1185~1333）
1185年，源赖朝是全国权势最强大的人物。然而，他不要他本人或后代出任天皇，也不消灭皇室。他反而借着由朝廷颁给他“征夷大将军”头衔（通常简称将军），将其权力合法化。几百年来，征战中的武人使用这一头衔，但只是临时性质的，而赖朝是第一位终身使用这一头衔的人。1192年，朝廷颁授这一头衔给他。
合法性（正式的权威）与实权之关系的特别性质，是日本历史与社会的一项特色。典型的情况是：高权威不掌握同样的高度实权，但却颁授合法性给那些掌握实权并利用前者的权威行使权力的人；前者往往以头衔的形式颁授合法性，且往往在受到压力的情况下颁授。由于高权威是掌权者之合法性的保证者，前者也因而获得被后者保护的保证。被授予合法性的人，也可颁授合法性给在他下面的人。在某种意义上，这是责任分散，在另一种意义上，这是权威的阶层排序。源赖朝提供了这一过程的一个特别清楚的例子。
他的政府是新旧混合体，这主要由于需要合法性，但也由于在变革之中维持与过去有某种程度的连续性是长久以来的习惯。新政府叫做“幕府”（shogunate），该术语指战地统帅的指挥部，幕府在理论上仅是朝廷的军事部门。中央政府旧机构大致维持不变，但被大幅削弱。旧头衔也被保留，但往往被赋予新的意义。京都仍是官方首都，朝廷仍在那儿。
最近的研究表明朝廷拥有的活力比原来人们认为的大得多，特别是在官僚政治事务方面，宗教机构也在政治世界中起着重要作用。从这一点来看，与随后室町时代的单纯的武士原则不同，这是镰仓时代的协同原则。
然而，现在政府实权实际上由幕府掌握。幕府不设在京都，而设在关东地区镰仓。这是赖朝的传统支持据点，此外他也对宫廷倾轧与朝廷影响力有戒心。他宁愿和朝廷之间保持安全距离。
政府核心现在是分散全国的单一的主从集团，这是和从前不同的。赖朝任命他的家臣为“守护”与“地头”，派遣他们至地方（诸国），依地方习惯法与武家法律治理，而不依据从前朝廷全国一致颁发实施的律令。他们也为幕府收税，并有权保留本地生产物的一部分给自己用。借着这种制度，赖朝对全国大部分地区行使相当直接的控制，朝廷与朝廷贵族的收入因而进一步受到削减。
这是封建制度，而在这方面日本和西洋中世纪有共通之处。然而，日本封建制度是独特的，因为它透过朝廷中央政府来运作。比起契约关系较普遍的西洋封建制度，日本封建制度的主从关系更属于私人关系。在日本，这关系是一种父权式且几乎是家庭性质的，而表达“主”与“从”的某些术语分别使用“亲”与“子”。同时，有点儿矛盾的是，在武士的世界里，家庭的羁绊似乎不很重要，因此将这私人关系单纯地看成一种对抽象表示的厌恶或许更正确。家庭的力量被夸大，那是后世宣传的结果。
对个人的效忠是赖朝控制其封臣的主要因素。他可能没有特别令人钟爱的性格，但他似乎拥有强烈的领袖魅力吸引人至他身边。然而，依赖效忠个人作为控制手段不是很成功，它不具一贯性，难以制度化，且随岁月褪色。
一方面因为他认识到这一点，另一方面因为他生性多疑，赖朝对其权力可能受到挑战的任何微小暗示都十分警觉。这使得他甚至对亲友都会怀疑，并因此对他们采取决定性行动。他对待同父异母的弟弟义经的方式是个好例子。赖朝嫉妒义经的名气与英勇，因此怀疑他谋反，竟派刺客谋杀他。最后，在亡命四年后，1189年，义经被赖朝的武士包围，他和妻儿一起自杀。他之后在日本文学与传奇之中成为悲剧英雄。
那些追杀义经的人不久之后也被赖朝杀害。更多赖朝的亲人与伙伴也被视为潜在威胁而被铲除。
赖朝铲除亲人可能并不符合其家庭的最佳利益。1199年当他从马背摔下致死时（不是在战斗中，但情况有点儿可疑），源家没有真正适合的继承人。他留下两个儿子，赖家（1182～1204）与实朝（1192～1219），两人名义上都成为将军。然而，在赖朝死后的谋杀与阴谋的混乱形势中，两人都不够强大、不够成熟而无法实行真正的控制。
第三节 武士国家（2）
对家族中较为敏锐的人而言，没有任何犹豫或摇摆的空间。赖家与实朝都被家人控制且最后都被谋杀。在许多阴谋背后是他们的母亲，赖朝###北条政子（1157～1225）。她实际上控制政