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就在曼努埃尔·乌鲁蒂亚进驻总统府的同一天，美国不得不宣布承认古巴新政府。接着，欧洲及一些拉美国家也相继宣布承认新政府。
1959年1月3日，当历史沉重地翻开新的一页的时候，卡斯特罗迎来了革命胜利的曙光，迎来了一个崭新的时代，迎来了新的历史进程。这天，他率领义军总指挥部离开圣地亚哥，以战无不胜的胜利者的姿态向哈瓦那进军。在整整五天五夜的行进中，他有时乘战车、有时乘吉普车，在队伍中不紧不慢地前进，所到之处受到群众的热烈欢呼，而他挥着有力的手势向欢呼的群众致意。与此同时，他率部进军哈瓦那的实况将由电视台向全国直播，并成为全国上下最受关注的新闻节目。
在进军哈瓦那的途中，卡斯特罗充满了极为振奋和旺盛的精力，他一路上总是要问候或是拥抱他认识的人和认出的人，并高呼口号，发表激昂演说，使气氛的欢腾一浪高过一浪。他这样很随意地与欢呼的人们亲近，无疑会给他的生命安全带来一定危险，但他没有很在乎这个，认为人民是拥护他的。这样，人民群众被他独有的领袖风采所折服，感到他是那样亲切和伟大。而这天的卡斯特罗确实仪表堂堂，他蓄着大胡子，身穿橄榄绿军装，背着带瞄准望远镜的半自动来福枪，叨着雪茄烟，戴着玳瑁架眼镜，脖子上挂着科布雷山圣母像，好像一位博学多才的国王，给人们留下了终生难忘的印象。
除此之外，卡斯特罗在率部进军哈瓦那的途中，一路上吸引了很多溃散的政府军前来参加义军，使义军的兵力呈直线上升，成为不可战胜的军队。这时，他简直成了革命胜利的象征，成了古巴民族新生的象征。
1月8日下午3时，卡斯特罗率大军乘一辆吉普车进入哈瓦那市。这时，在街道两旁夹道欢迎的群众立即像潮水般的欢呼起来，这是史无前例的历史镜头。
卡斯特罗站在吉普车上看到这种激动人心的场面，他内心深处充满了无限感慨，同时也升起一种从未有过的豪迈感，因为群众像在欢呼一个伟大的领袖一样在欢呼他。于是，他高高扬起有力的大手，万分感动地向欢呼的群众频频挥手致意。
这时，卡斯特罗在热烈欢呼的人群中突然发现了同父异母的姐姐利迪娅和儿子菲德利托在一起。于是，他急令司机停车，随即稳健地跳下吉普车，快步走上去一把将儿子紧紧搂在怀里。他激动得几乎流下思念的热泪，因为他已有3年多没有见到儿子菲德利托了。在这胜利的时刻相逢，他怎能不激动，不流泪呢？过了好一会儿，他才拉起菲德利托上了吉普车，直接向总统府驶去，他要去那里拜见总统乌鲁蒂亚。
卡斯特罗进入总统府大楼后，与总统乌鲁蒂亚等一行人来到大楼北面的阳台上，向潮水般拥挤在街上的欢腾的群众频频挥手致意。随后，他向无数拥护他的群众发表讲话，并用充满激情的语调大声说：“我相信，如果我们仅仅用12人建立起一支队伍。他们从未抛弃过一个伤员，从未殴打过一名俘虏，那么我们将是共和国力量的主宰者……也许有人会找到借口说我们的军队是‘政治军队’，因为我任命自己为首领。不。它的大门向所有革命战士开放。谁也不能组织个人的军队……我一直警告他们，从现在起，任何手段、任何人都无法拯救滥杀无辜的罪犯……独裁时期，舆论分文不值；但自由时期，它是一切。在舆论面前应收起武器……”
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率部挺进哈瓦那（2）
卡斯特罗说到这里，停顿下来，突然低声问站在身边的卡米洛说：“我还好，是吗，卡米洛？”
卡米洛感到有些吃惊，但他急忙回答说：“是的，很好，菲德尔。”
就在这时，从街角的公园里飞来一群美丽的鸽子，其中一只轻轻地落在卡斯特罗肩上。他伸手抓住这只可爱的鸽子，专注地凝视了一会儿这只睁大眼睛、摇晃着脑袋的鸽子，随后将它放开，鸽子向空中飞去。这真是一副神奇的情景。接着，他用有力的声调继续对热烈的群众说：“此时为何还私藏武器？请这些革命者放弃他们虚伪的立场，依照人民的权利与和平行事！……武器，干什么用？反对谁？反对人民支持的革命政府？反对革命？为讹诈
共和国总统？为威胁和平？让我们看匪帮泛滥、天天火并？武器，究竟用它干什么？”
卡斯特罗还打着有力的手势说：“……那我就告诉你们，两天前，某个组织成员进入圣安东尼奥兵营，那是卡米洛·西恩富戈斯和我，作为武装力量总司令的辖区；他们拿走了500件武器，包括机枪……如果他们要挑衅，枪支不缺少，但缺少拥护他们的群众……”
卡斯特罗进入哈瓦那后，被新政府暂时任命为“各武装组织的总统总代表”，办公室设在希尔顿旅馆第二十层楼里。塞利娅·桑切斯为办公室主任，继续充当他的助手，帮助他排忧解难，谋划策略。塞利娅的公寓位于11街，卡斯特罗也住进了这所公寓，仍然由塞利娅照顾他的生活。不过，他大部分时间在这里办公。
除此之外，卡斯特罗在科伦比亚兵营还拥有一间宽大的办公室，他有时来到这里办公。他担任新政府的要职后，积极投入到新的工作中，以维护新政府的稳定局面。不久，他在这里与来自皮诺斯岛监狱的一些军官进行谈话，他们中有大部分人参与了联合军事委员会的政变阴谋，其中有巴尔金上校。这些军官将被撤职，或要求永远离开国家。不过，由于何塞·拉蒙·费尔南德斯领导了监狱的暴动，并因支持七·二六运动受到起用。他决定让费尔南德斯去一所新的军事学校担任领导职务。但是，费尔南德斯却准备退役后到一家糖厂工作。
卡斯特罗见费尔南德斯不接受他的提议，心里感到很烦躁。他在大厅来回走了几步，便用激将的口气说：“就这样，你应当去糖厂，我要去写书，让革命见鬼去吧，不是吗？”在这种情况下，费尔南德斯同意去军校任职。
这时，卡斯特罗由于工作繁忙，他无法照顾儿子菲德利托的生活，只好将他交给姐姐利迪娅照管。另外，刚从墨西哥回来的妹妹埃玛和阿古斯蒂娜也可以照管菲德利托。而菲德利托的母亲米尔塔和巴拉特一家流亡在外，因为他们与巴蒂斯塔有密切关系。
一直单身的卡斯特罗，打算将全部精力投入到致力于国家的改变和建设中。
成为了军政核心（1）
卡斯特罗通过武装斗争推翻了巴蒂斯塔的统治，取得了革命的胜利，但他并没有成为新政府中的核心领导人物。当他要求总统乌鲁蒂亚授权他以政府名义发表声明时，却往往受到总统的劝阻。不过，他在新政府中却是举足轻重的角色，主要职责是为新政府制定纲领和方针路线，尽可能地使新生的政府尽快走上正轨。于是，他宣布执行1940年宪法中从未实施的反对大庄园的法律条文、18个月内进行大选和8至10个月内改组各政党；赋予部长会议以制宪权。
关于外交的政策问题，尤其是与美国的关系，卡斯特罗在电视上发表讲话时，说他想跟美国保持最好的关系，但是他不能对那个国家采取卑躬屈膝的态度。他还声明说：“我并没有把自己出卖给美国，我也不接受他们的命令。”
关于美国军事基地在古巴的存在问题，卡斯特罗强调指出：决定取消它的权力属于古巴，也不希望那里的驻军中有“特务或阴谋分子……”他在会见美国军事顾问代表团时说，如果他们所效力的军队被打垮，接下去怎么办，“说实话，我真不知你们在这里做什么……”1月底，美国军事顾问团撤离古巴，但关塔那摩军事基地仍被美军占领着。
这之后，卡斯特罗将主要精力投入到审叛战犯的工作上来，并专门派切·格瓦拉负责“清洗”旧政府军中的军官，对犯有严重罪行的将处以极刑。与此同时，他还在拉卡瓦尼亚城堡设立了“革命法庭”，并由律师和调查人员组成小组对案件进行审判。
1月22日，在哈瓦那体育馆，以马埃斯特腊山颁布的刑法为依据，对原巴蒂斯塔政府的三名军官进行公诉，其中有个警察局长被指控在任职期间屠杀了108个旧政府的反对者。
卡斯特罗亲自参加了这次审判，并发表了关于革命接班人的讲话。他认为革命的政权是不可能被他的敌人推翻的。他对此说：“……我对我的敌人说过：在我的后面还有更激进的人……我建议‘运动’领导指定劳尔·卡斯特罗为七·二六运动第二领导人。这并非因为他是我的兄弟，所有人都知道我们多么憎恶任人唯亲；这是因为，实事求是地说，我认为他有足够的品德成为我的接班人，如果明天我在这个斗争中死去的话……我征求人民的意见是否同意！（欢呼声，高喊‘同意’）……他们需要时，可以杀死我……此外，也可能再杀死劳尔，但他自有他的继承人，继承人后面还有另外的继承人……”
卡斯特罗在讲话中还要求说：“……借此机会我们要求美国政府交还逃亡的战争罪犯和被他们窃取的、存入美国银行的成百万比索……”
在这次“清洗”旧政府的官员中，有数百人受到审判，其中有150人处以极刑。此次“清洗”，虽然不同于苏联赤色社会主义国家发生的大规模的“肃反”运动，但也有些相似的地方。因此，卡斯特罗亲自领导的这次“清洗”工作，尽管经过了一些法律程序，却引起了世界新闻媒体的关注，甚至遭到了一些媒体的强烈谴责，尤其是美国的谴责。其中有些媒体称此次“清洗”为“浴血暴行”。
然而，卡斯特罗绝不承认这是一场“暴行”，他认为这是为正义所进行的一次审判，是一件受到人民群众拥护的事件。
1月24日，卡斯特罗在革命取得胜利后，第一次出访委内瑞拉的加拉加斯。此次出访主要是参加推翻独裁者马科斯·佩雷斯·希梅内斯一周年纪念活动。在一次以目前民主化进程为主题的###上，他发表了讲演，希望能在充分自由的框架内谋求经济和政治独立。他还向听众宣称说：“我向全世界人民保证，当大多数人反对我们时，我们便退出……”在访问期间，当他发现一些媒体和舆论反对他在古巴所进行的革命。于是，他回国后，便亲自创办了拉丁社，并邀请阿根廷记者豪尔赫·里卡多·马塞蒂担任主编，聘请哥伦比亚记者加夫列尔·加西亚·马尔克斯等资深记者为通讯员，专门发布被忽略的事件，驳斥国际通讯社的报导。
在这期间，卡斯特罗越来越关注古巴共产党（人民社会党），因为共产党是古巴具有健全组织的唯一政党，该党中一些重要领导人都参加过1933年的革命，并在古巴人民群众中具有不可低估的影响力。在巴蒂斯塔执政期间，曾将所有反对派都说成是共产党并进行镇压，这无形中使共产党更加深入人心。就在从西班牙流亡到古巴的一位名叫帕雷斯的人，也发表文章说：共产党是“唯一在航行中的政党”，“菲德尔的菲德尔主义是不足以保证菲德尔主义生存下去的”。这个断言确实具有现实性，因为卡斯特罗也逐渐感到了自己的政治危机。
与此同时，共产党也�