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为了使古巴渐进式地实现社会主义，卡斯特罗认为需要团结更多社会各界人士。于是，他与已经解散的原正统党###、他大学时的好友齐诺·埃斯基韦尔会面时，希望齐诺能参加政府工作。但是，齐诺对此并不热心，只是希望卡斯特罗像自己以前说的那样，在国内建立正常的民主。他们谈话的气氛是冷淡的。过了几个月后，齐诺打算离开古巴，他希望齐诺去墨西哥做外交工作，但齐诺以要到法国与家人团聚为由拒绝了。
到了1959年下半年，古巴的局势处在激烈的动荡中，各种反革命势力浮出水面，公开向新生政权挑战，其中最突出的是军事长官马托斯准备在卡马圭省发动叛乱。卡斯特罗随即从一个不愿意参加叛乱的军官那里得到了这个情报。据他对此说：“当乌韦尔试图拉拢一位军官为他所用时，这位军官向我们报告了情况。”随后，他打电话到马托斯曾就职的司令部，揭穿他们企图阴谋叛乱的计划，但对方予以否认。
10月19日，在这多事之秋的季节，马托斯带领一支部队发动叛乱，理由是政府中存在共产党。事发当天上午，卡斯特罗亲自与卡米洛飞往卡马圭省平息叛乱。他日后对此回忆说：“我首先指示全国土改委员会所属一支当地民兵同警察武装占领城市战略点，在兵营周围控制有利地形准备战斗……上午我与卡米洛·西恩富戈斯乘飞机去卡马圭……”
卡斯特罗与卡米洛赶到卡马圭省后，即令卡米洛率部前往镇压。卡米洛指挥部队迅速包围马托斯的叛军，经短暂激战，这伙叛军很快被消灭。
10月21日，曼努埃尔·阿蒂梅突然在哈瓦那散发公开信，辞去全国土改委员会主管职务，辞职的理由是卡斯特罗将国家交给了国际共产主义。同一天，逃到国外的原空军司令迪亚斯·兰斯派出一架飞机飞到哈瓦那上空，投掷炸弹，并散发推翻政府的反动传单。炸弹爆炸时，造成2人死亡、40人受伤。
面对一系列企图颠覆政府的反革命恐怖活动，卡斯特罗号召全国提高警惕，坚决镇压反革命分子。
10月27日，在投票选举大学生联合会主席时，卡斯特罗此前私下反对七·二六运动中的“右派”天主教博伊特尔当选###主席，支持革命领导委员会中库韦拉当选###主席。因此，在投票前几小时他到会发表讲话，指出说：“无论政府还是七·二六运动都不干预大学生联合会的竞选者……七·二六运动不反对革命领导委员会，无论在大学还是其他领域。这样做为的是不给敌人投机和搞阴谋留有任何余地……在古巴，唯一的分裂只能在赞成革命和反对革命者之间……”由于他的讲话，天主教候选人放弃竞选，库韦拉取得选举胜利。
10月29日，卡米洛率部平息叛乱后，从卡马圭乘飞机回哈瓦那，但途中因遇到风暴，飞机迷失方向，被迫降落时掉进了大海。卡斯特罗得知卡米洛的飞机失事后，立即命令展开搜救工作，但一无所获。他在战争期间与卡米洛建立了很深的交情，没有了卡米洛是义军的一大损失。但是，一些反对派说卡米洛乘坐的飞机失事完全是卡斯特罗和劳尔阴谋策划的，目的是夺取军权，因为劳尔不久被任命为革命武装力量部部长，并取消起义军编制。
11月18日傍晚，第十二次全国劳工代表大会在哈瓦那举行，参加大会的有来自全国的1700个工会组织。会上发生了严重的分歧，七·二六运动中的“右派”要求扼制共产党进入政府机构，由此引发了非常激烈的争论。大会开始时，劳尔首先发表讲话，他指出想分裂组织的人与造成1958年4月罢工失败的人是一样的，他们破坏了反巴蒂斯塔的城市运动。
11月19日凌晨1时，卡斯特罗匆忙赶到大会现场。他的到来，使大会的气氛变得热烈起来，并响起了暴风雨般的掌声。他在会上发表了重要讲话，用有力的声调说：“我相信我们大家会完全同意！那么，为什么在革命敌人的利益面前迷失方向呢？这里缺少的是一把扫帚，愿它成为我们的象征！”他在讲话中还将宗派主义分子与几十年前参议员希望从舞台上清理出去的“工贼”联系在一起，并明确指出说：“这里不允许模棱两可。因为在这个进程中可能发生从极端的极端主义滑向极端的反动主义……要么彻底胜利，要么被打倒！”
平叛乱入红阵营（2）
由此可见，卡斯特罗在治国的工作中不断提升共产党的地位，将共产党逐渐吸收到政府中来。
卡斯特罗在平息国内叛乱和加强巩固新政权工作的同时，也在积极探索古巴经济发展的道路。由于美国的强硬态度，使古巴与美国的关系越来越恶化，几乎到了宣布破裂的地步。在这种情况下，卡斯特罗决定不依靠美国来发展古巴经济，准备同东方的社会主义大国建立合作伙伴关系。卡斯特罗在美国政府面前同样表现了强硬态度，他不买美国的账，更不会向美国屈服，哪怕是美国人将刀架在他的脖子上。既然美国政府首先表现出不友好的态度，或翻脸不认人，那么，他就能在美国的“后院”放一把大火。
与此同时，从美国政府的角度来说，实际上美国总统艾森豪威尔是个愚蠢的总统，他对古巴政策是失误的，他应该采取友好的态度将古巴拉入自己的阵营，而不应采取推开的政策，将古巴赶到东方社会主义阵营，给自己的背后带来威胁。古巴之所以日后投奔赤色的社会主义阵营，完全是美国政府逼迫的。
随着古巴日渐赤化，一批政府中高级工作人员相继辞职，一批工业也失去了业主和经理，还有一批管理者对生产采取消极抵触的态度。在这种陷入困境的情况下，卡斯特罗从拉丁美洲和其他国家请来一批社会主义的或是进步的顾问，但工业管理人员仍很缺乏，于是向东方寻找帮助。另外，由于新生的革命政府拿不出资金，使很多建设工作陷入困境。为渡过眼前的困难，他来到古巴劳工中心，向工人们解说工业化方案，他提醒说：“如果我们吃掉所生产的一切，进口超过出口，我们将如何发展？”
除此之外，卡斯特罗还在电视上发表讲话。他在抨击美国政府的同时，列举国内犯罪、失业、半失业和挥霍金融储备的现状，阐述了降低国家赤字的措施，并由国家充当开发商。他在讲话中还希望以生产取代进口，这样可以节约14亿美元。
由于古巴是生产朗姆酒的大国，卡斯特罗制定一项提高酒精饮料税收的措施。他对此说：“现在我们的朗姆酒的消费是革命前的300％……我们不能指望一条戒酒法的政令，我的看法是一个醉汉就是一幕如此消极的画面，它同一个吸着吗啡想入非非的人的情景是一样的……”
9月间，卡斯特罗出席在美国举行的联合国大会，他在发言中一改过去的温和口气，向美国政府发起猛烈攻击，说古巴的贫穷完全是美国政府造成的，因为美国一直在打压古巴。在联大会议期间，一些媒体批评他想把古巴建立成反民主的“国家工业”，而他没有就此进行辩白。
不过，由于美国政府声称将在国内市场取消对古巴糖产品的配额，并停止向古巴提供石油。因此，卡斯特罗并不拒绝与美国政府进行谈判，但前提是要求停止在美国领土上的流亡者及“鼓动和支持他们的美国人的”反革命活动。然而，美国政府的回答含糊其辞，而艾森豪威尔却强调所有加勒比国家都应服从于美国的安全需要。在这种情况下，两国根本不可能举行谈判。
由美国政府采取推开古巴的外交政策，一直十分关注苏联会立即插手进来，主动提出大量购买古巴糖，并向古巴提供所需石油。卡斯特罗得知这个令人兴奋的消息后，立即派代表团秘密前往莫斯科和北京，就相关问题进行会谈。在会谈中，苏联决定每年向古巴出口90万吨石油，当相于古巴总需求的1/4，可使古巴节约2400万美元。
然而，当美国政府得知苏联向古巴提供帮助的消息后，迅速作出反应，宣布不再加工苏联原料，理由是太黏稠，不适合炼油厂的设备。
11月底12月初，古苏关系进一步得到加强，并跨上一个历史性的新台阶。12月中旬，苏联派出一位官员，第一次踏上了这个紧挨美国的岛国。这位名叫亚历山大·阿列克萨耶夫的官员是以塔斯社记者的身份来到哈瓦那的。他的到来，为古巴日后加入社会主义阵营打开了通道，也是古苏建立外交关系的前奏，具有划时代的意义。由于苏联受到西部的北大西洋公约组织和东部的中国及日本的挤压，苏共总书记尼吉塔·赫鲁晓夫急于向外扩张，尤其是向西半球的加勒比海国家扩张，如果能在这里得到巩固，便可以在经济和军事领域增强国家的核心竞争力，与美国抗衡。赫鲁晓夫将古巴称做是“距美国海岸144公里的一头箭猪”。一旦争取古巴加入红色阵营，便可在古巴建立反美的前沿阵地，等于在美国的背后插上一把尖刀，使美国日夜不得安宁。
1959年底，苏共一位重要领导人对拉丁美洲进行了访问，这个人就是米高扬。他在访问拉美期间，也来到古巴进行参观访问，并高度赞扬了古巴的农业改革。他在与卡斯特罗举行会谈时，签订了一项对于古巴来说具有重要意义的经济协定，同时答应向古巴贷款1亿美元。这样一来，不但解决了古巴的燃眉之急，还有力保证了古巴即使失去美国的经济扶持，也不会对古巴经济造成多大的打击。这样，古苏经济合作的序幕由此正式拉开了，也是古巴加入红色阵营的开始。
由于古苏关系不断密切，再加上苏联在经济上和即将开始的军事援助，使卡斯特罗更加坚定了反对美国的决心，这一决心在以后治国的日子里始终没有改变过。
与美国新的智斗（1）
2003年9月27日，古巴哈瓦那，卡斯特罗（右）和巴西总统席尔瓦在给古巴国家英雄纪念碑献花
当沉重的历史车轮驶入1960年的时候，古巴与美国的较量达到了前所未有的高潮，美古关系进一步恶化，最终破裂已经不可避免。于是，美国政府加紧对古巴进行经济封锁，企图通过经济制裁将古巴新生的革命政权扼杀在摇篮中。
以艾森豪威尔为首的美国政府不仅在经济上打压古巴，而且还直接进行军事干预，并派飞机轰炸古巴的甘蔗田。卡斯特罗命令防空部队向敌机开火，有几架美国飞机被击落。美国总统艾森豪威尔理直气壮地为上述制裁和事件进行辩解，并指责卡斯特罗政府为共产党聚会提供方便。
由于美国对古巴进行军事骚扰，卡斯特罗立即宣布古巴进入战备状态，并在全国实行军事化。每天早晨，他和劳尔都要检阅部队，准备打仗。与此同时，他在全国开始组建和训