此前，1895年7月，康有为发起，帝党中坚人物文廷式出面，组织强学会。这是政治性极强的学术团体，陈炽、沈曾植、文廷式为中坚人物，袁世凯在这时和康有为接触，因而他也参加进去。
该会组织发展很快，声威广播。
翁同龢对之极为注意，慨允拨发经费。王文韶、孙家鼐、张之洞、刘坤一均或捐助资金，或拨给会址，以作政治投资。英美公使表示要捐助仪器图书，李提摩太亲来联系，但李鸿章和大学士徐桐的人马也有打进学会，传情报，搞破坏，如张孝谦、史褚成等人。
夏天，康有为到上海、南京，组强学会上海分会，但张之洞这时作为两江总督，要求康有为放弃孔子改制的变法学说。康有为拒绝了。秋初，章太炎、陈三立、岑春煊、张謇都加入成为会员。
类似的组织在全国出现。
秋天的时候，李鸿章的党羽杨崇伊奏劾强学会植党营私，要求禁止，遂被下令封禁。文廷式旋被革职。
其后，康有为回到广州的万木草堂，当时孙中山在附近开业行医。康有为常到这座楼购买各种西方书籍，孙中山发现这个倾向，就想把他争取过来，托人说项，希望能做一次会谈，但是康有为要求孙中山递交一份门生帖子，拜他为师，孙中山觉得这非常可笑，于是会谈流产。
1897年，康有为四十岁了，他转往桂林，和唐景崧、岑春煊发起组织圣学会，企图建军、购置武器。这一年，黄遵宪由湖南盐法道署按察使，梁启超在上海任《时务报》主笔。
谭嗣同自南京辞官归长沙，组织南学会，该会为上层知识分子的改良派组织，同时又具有地方议会的性质。
十一月的时候，康有为上清帝第五书，提出国事需要国会讨论，颁布宪法。皇帝欲召见，许应骙挑拨阻止，说是康有为的官儿太小，不够召见的资格，应由总理各国事务衙门问话，遂由帝党方面的御史杨深秀来访康有为，彼此深为投契。
实际上改良派对守旧势力的利益还是充分考虑到的，譬如并不准备将其待遇撤销。政治方面的禁止妇女缠足，下诏求言，拟定宪法开国会，满汉不分，断发、易服、改元，都并不怎么触动他们的利益；经济方面的奖励工艺，提倡创新，开矿筑路，举办邮政等，也都并不触动他们的禁脔。
但在康有为身上，种种个人的非理性因素——他的意志、情欲、幻想、猜疑等等，表现得极为突出。其中，他的私人情欲、病态人格、潜意识等，往往导致他本来就错误的决策中非理性因素的失控，从而大大加重了变法失利的灾难程度。
对于洪秀全来说，皇帝非由我做不可；康有为呢，皇帝虽不必由我做，但皇帝得听我的，我在皇帝背后，他的大政方针，一如我意中所欲出。
但是这个听我的皇帝，却被一只强有力的黑手控制拿捏，康有为怎能咽下这口气呢？
他必然要使出浑身解数，放手一搏。
帝党与后党的攻防脉络（1）
1898年，李鸿章、翁同龢、荣禄、刑部尚书廖寿恒、户部左侍郎张荫桓，奉光绪之命，约见康有为于总理事务衙门，研讨变法事宜。
上皇帝第六书，依托皇帝力量，促使改良派参与政权。
1899年6月上旬，下诏定国是，公开明确宣布以变法为国家根本方针。中旬，光绪召见康有为。同时，慈禧太后迫使光绪下令，将帝党领袖翁同龢免职并开缺回籍，她则提升后党领袖荣禄为实权极大的直隶总督，统帅董福祥、聂士成、袁世凯三军。
这是变法之初，慈禧方面即已动手的两个关键细节。显然，变法之初，双方就在较劲。
帝党也在反击。6月下旬，御史宋伯鲁、杨深秀参奏后党总理各国事务衙门大臣许应骙，说他守旧迂腐，阻挠新政。光绪批示，要许氏讲清楚。
光绪在变法期间多次去颐和园请示、窥察慈禧的意向，有时一呆两三天，此时又去。
因许氏被杯葛，后党感到大扫面子，干脆将荣禄实授直隶总督兼北洋大臣。
6月底，光绪命发给梁启超译书局经费，每月发经费2000两银子，命进所著《变法通议》，予以六品衔。
7月初，御史战火苗上升，双方御史在动作。帝党也在反击。
后党御史文悌弹劾康有为、宋伯鲁、杨深秀，光绪批示将文悌痛斥一通，革去他的御史职务。
7月17日，大学士孙家鼐请降旨，饬令将康有为书中孔子改制称王的字样一律删除，光绪帝仅派人告知康有为。
7月26日，光绪帝命将《时务报》改为官办，由康有为任督办。任命黄遵宪为驻日本公使。
这时，光绪帝赴颐和园请示，得知慈禧将在两月后举行阅兵式。
8月26日，准许梁启超设立编译学堂于上海，下令严厉谴责两江总督刘坤一、两广总督谭钟麟因循守旧，怠惰新法。
因礼部尚书怀塔布、许应骙等人阻挠礼部主事王照上呈条陈，命将该二人和礼部侍郎徐会沣等四人一同革职，而予以王照三品顶戴、四品京堂候补的奖励。
9月5日，光绪下令，给谭嗣同、刘光第、杨锐、林旭以四品卿衔，在军机章京上行走，参与新政事宜。此时，改良派完全获取起草皇帝文件的权力。
这些表明光绪进攻的步骤也甚严密。显然，对后党的攻击，光绪在以他的方式还击。
后党此时开始出重手，布置全面反扑。同在9月5日，怀塔布、杨崇伊结伴往天津，找荣禄密商对策。
11日，光绪通知直隶按察使袁世凯前来北京应召见。此时，荣禄下令将调聂士成部驻天津，董福祥部驻长辛店，反扑的力量布置妥当。这一天，湖南举人曾廉上书请杀康有为、梁启超。光绪将该上书交给裕禄转交谭嗣同，命他逐条驳斥。康有为主张开制度局，即懋勤殿，谭嗣同和林旭主张开议院。光绪帝倾向康有为的意见，命谭嗣同根据康熙等朝有懋勤殿制度拟旨，查出典故，引入上谕。光绪帝将持此草案亲往颐和园请示慈禧。谭嗣同说，现在我知道皇帝是真的没有任何实权！
光绪帝也不是完全被动，也不是完全的束手就擒，他也频频有所动作，但在这个时候拉拢袁世凯，一则有些晚了，一则所托非人，至少非常虚幻。
13日，光绪帝命令陈宝箴严查两广总督谭钟麟的昏谬情形。14日，赴颐和园，召见严复，同时下密诏给康有为和杨锐，告以危险迫近，要他们筹划对策。次日回宫。
9月16日，光绪帝赴颐和园，召见袁世凯，任他以侍郎候补，专办练兵事宜。17日，光绪帝命令康有为立即到上海督办官报，实际是暗示他对方政变在即，催促他离开。
帝党与后党的攻防脉络（2）
18日，李鸿章的亲家杨崇伊上书请慈禧再度训政，其操作手法，犹如给慈禧铺设一个台阶。这一天，光绪帝还宫，下第二次密诏，交林旭带给康有为。当夜，谭嗣同密访袁世凯，要求他举兵杀荣禄，袁世凯佯装应承，甚至做慷慨激昂状。
19日，慈禧还宫临朝。康有为访李提摩太，请他委托英国大使帮忙，无成。康有为又访伊藤博文，请其向慈禧游说。容闳访美国大使，请其帮助。
20日，皇上召见袁世凯，袁世凯推说让张之洞赞助变法，他则回天津，将谭嗣同计划全盘托向荣禄。荣禄乘专车向慈禧告密，并当即带兵进京；康有为于是日仓皇出逃。
21日，慈禧再度训政，以迅雷不及掩耳方式，以光绪帝名义下诏大肆抓捕，同时拘禁光绪帝于中南海之瀛台。
清朝咸、同以后，处理奏折、草拟谕旨的责任都归军机处。瞿兑之说，光绪时代，帝、后听朝，亲阅章奏，当下裁决者，即时由奏事太监口传谕旨，不能立即裁断者，交军机处，由大臣面奏取决。
谕旨公布者，叫做明发上谕。
密交督抚者，叫做军机处字寄，也叫廷寄。
谕诸外使臣者，叫做电旨。
廷寄，用于指示军略，训诫疆吏，委曲详尽，万里如见。
军机大臣应召答问如超过时间，皇上就会赏给一个垫子，此即赐坐之意。清末军机大臣，从人性上大致分为两种：一种老实笃厚的，白吃白喝无所用心；一种极度狡猾的，一意结党营私，培植私人势力。
军机处司员从各部中考取充实，就叫做军机章京，又叫做小军机，章京一职劳苦繁重。谭嗣同、刘光第、杨旭等作为小军机，也即军机章京，那就非常辛苦劬劳。他们之于公务，像李贺作诗一样，“是儿要呕出心来”。他们是章京中输入的最为新鲜健康的血液，是一代杰出的军机章京，但诡谲的历史，给他们的机会太少太少。
刘光第和杨锐一样，都是四川人，童年时即“得窥陈编，略识圣贤之意”（《年谱》）。1883年他二十四岁时考中进士，授刑部主事。居京师以日常读书阅世所得，成《都门偶学记》一卷。三年后因母丧回乡守制，常在泸州、叙府一带游览观察山川。因步行富顺、泸州乡路，为瘈犬所伤，从乡人借厨刀削去伤口，乡人围观骇叹。
后来慈禧执意修筑颐和园，工程浩大，李鸿章迎合醇王之意，创设海军，名为筹备海防，实则将各省款项敛归游玩之费。刘光第在手札中痛切言之，自谓心事冥漠，“虽服官如服病也”。
到了戊戌年的九月初，他和谭嗣同、杨锐、林旭四人，均赏予四品卿衔，在军机章京上行走，参与新政。当时任命刚下来，刘光第即以才学疏浅相推辞，未能如愿，乃勉力从之。因获光绪帝信任，言路大开，章奏每天从外间送来的有数百通，他二日一班，三更后入值，终日披览，签识可否，以待光绪帝阅夺。
当时的陋习，凡是初入军机者，内卫都要向他们索取赏钱。刘光第这样守正不阿的品节，当然不会低头。军机首辅生日祝寿，同僚皆往拜，独刘光第不往；军机大臣裕禄擢礼部尚书，同僚皆往贺，独刘光第不贺。他说，时事如此艰难，我辈岂有暇奔走媚事权贵耶！“某藩司循例馈诸章京，光第独璧还之。每年军机处同僚例可分五百金以上，光第亦不取一文”（《年谱》）。
可怜刘光第这样一位卓然独立的知识分子，被捕后不经审讯就被砍杀。临刑之际，刽子手命他跪下听旨，他坚决不跪。“皂役捺之跪，倔强自若，且曰：未讯而诛，何哉？神色淡定如平日”。
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慈禧反扑不遗余力
1899年9月21日，梁启超避入日本使馆，次日在日本志士平山周的保护下逃离北京，平山是孙中山先生特地请托前来救驾的，随后与王照乘坐日舰东渡。23日，谭嗣同会晤李提摩太，商议救光绪帝，无计可施。杨深秀、张荫桓被捕。24日起，杨锐、林旭、谭嗣同、徐致靖、刘光第等被捕，慈禧命令缉拿削籍的文廷式押解来京。这时候，康有为已经到达上海。
改归知县庶吉士廖润绂上折，请求诛杀康有为、梁启超、张荫桓等。
被捕前杨深秀还上疏，质问光绪帝被幽禁的原因，请慈禧太后不要训政。
廖润绂再次上折，要求将张荫桓、徐致靖、康广仁、谭嗣同、林旭等五人速行惩办。
这天，康有为在广州的住宅被抄家查封。
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9月29日，康有为到达香港。次