赖昌星为了让远华集团的人心不散，他对集团的负责人员说：“大家不要因为一些传言而心散了，只要管好自己的业务就行了，你们赚的钱我一分也不会少给你们的，一封举报信算什么啊，这点事情扳不倒我们远华的！北京方面的事情我来管，大家照常该做什么就做什么！”
赖昌星所说的该做的事情是有十几个香烟客户要求远华走私30多万箱香烟。在这样的情况下，远华集团还敢继续这样做，可见领导层是多么的自信，也可见他们的气焰是多么的嚣张。
1999年4月12日，根据江总书记、朱总理批示，中纪委成立“4·20”专案组， 刘丽英、王忠禹是两位主要的领导。
专案组先是从海关总署和经贸部收集了大量有关厦门海关的资料，经由公安部、安全部、北京武警派员秘密押送到厦门，他们虽然已经展开了调查，但行动是保密的，原因很简单，就是不想惊动整个走私大网络，到时候给他们一个措手不及，增加战果。
专案组深知这起走私案涉及的方面和人员都是史无前例的，于是调集了全国各地近200名专案人员及大批先进设备，进行集中的“大兵力作战”，对厦门海关这几年的进出口单证进行全面核查运算。最终的核查结果让人目瞪口呆：远华集团公司委托进出口的货物总值与海关征收关税的货物总值相差竟然有800亿人民币之多！这就是说远华集团私逃税款多达800个亿！
而在核查过程中发现，远华集团的每一笔进出口业务的文件都是非常规范的，不但有规范的外贸合同、销售合同、委托进出口批文，而且也有关税、检验等文书记录，应该说是“天衣无缝”，但为什么会有这么巨大的差额呢？
专案组为了弄清楚这个问题，立即就对厦门海关关长杨前线及涉嫌官员进行了监控。经过几个月的调查，终于在8月17日揭开谜底，远华集团进口的规范文件全部是与海关内外勾结伪造的，远华集团委托进口的东方、开元两家国营外贸大公司的公章、业务章早已掌握在远华人员的手中，他们想怎样制造文件就怎样制造。
8月19日上午，专案组从外地调集了300名武警官兵包围了厦门海关，从办公地点发现了大量假单证和瞒私放私的罪证。杨前线以及20多名涉嫌官员被羁押至金雁宾馆。
杨前线是一个“精明”过头的人，他多次制造假的缉私成绩，瞒天过海获得了全国优秀海关头衔。然而，在铁的罪证面前，他不得不交代与远华等勾结、受贿亿元的犯罪事实。杨前线的坦白是查处厦门惊天走私案的序幕。
8月21日，数百名武警官兵突袭远华集团，封锁了公司及其下属企业所有的办公楼、车间及专用于接待官员的红楼招待所，羁押了涉嫌走私和行贿的170多名骨干职员。
这个战果已经算是多年不见的了，但这个突袭最意想不到的是，在远华公司中搜查到了他们送礼行贿的花名册，福建、厦门数百名官员榜上有名。这个花名册是有来由的。
远华在厦门银行的账户全是空的，赖昌星将所有的银行贷款、走私销售款全部转移到了香港，需要用钱的时候，就派公司的财务总管和保镖去香港提取现金，押送至厦门。这位财务总管知道赖昌星不是好惹的，他一是为自己着想，而是为了对赖昌星有所交待，就私下将每位接受行贿送礼的官员的姓名、时间、金额和用途都作了详细记录，这本古今难得的“贪官受贿录”就这样产生了。
有了花名册在手，专案组向福建、厦门部门发出“双规通令”，要求所有的受贿官员在规定时间、地点坦白受贿事实，上缴受贿资金。大部分官员都在较短的时间接受双规，然而也有一些官员抱着侥幸的心理拒绝坦白交代，包括当时厦门的市委副书记刘丰、张思绪、公安局局长欧金祥、工商银行行长叶志成、商检局副局长罗良玉等人。
拒不交代的官员们相继被“请”进了金雁宾馆。随着调查和羁押人员的增加，专案组不得不急速“扩军”， 先后从全国各地召集500多名专案人员，专案组总人数到达了740多人，这是新中国成立以来最庞大的专案组。
专案组下榻在厦门的金雁宾馆、白鹭宾馆，一个宾馆已经装不下数量庞大的专案人员和涉案人员了。专案组在酒店的费用全部都是自理，每天需要20多万元的开销。曾经有段时间经费非常紧张，专案人员不得不将生活费由100元缩减为80元。厦门市的领导知道这件事之后，表示愿意在财政上给予补贴，但专案组的人没有同意，这显示了中央彻底查处厦门走私案的决心。
赖昌星是何许人也
走私案被揭发之后，很多人都疑惑，这个赖昌星是何许人，他有什么样的本领能营建一个如此庞大的走私网络呢？
专案组人员在询问被羁押的官员时，逐渐了解了有关赖昌星的一些生平。
赖昌星原籍福建晋江，1958年出生，因为身体发福，厦门人背地里都称他是“赖胖子”。他年轻的时候，曾经在晋江卖过破烂，因为他出手大方，为人义气，在晋江结识了不少朋友，其中包括当时当地的驻军长官。
20世纪70年代，赖昌星到了香港从商，大陆改革开放后，他以港商身份回晋江发展，受到了昔日结识朋友的支持，政府也对他比较支持，于是他担任了晋江市外商协会负责人及泉州同乡会负责人。
赖昌星是靠走私芯片起家的。1993年初，全国人大常委会的一位泉州籍副委员长出席了泉州同乡会，赖昌星借着这个机会结识了这位领导人，就像他的姓一样“赖”上他。通过这位领导人，赖昌星在北京开办了公司，并认识了另两位领导人及其子女。
不久之后，赖昌星从其中一位领导的儿子口中得知军队和国家急需大量电脑软件。他觉得这是一个发财的好机会，于是他就利用香港公司与某军工企业秘密进行电脑芯片贸易。这笔交易让赖昌星发了一笔横财，为他后来的发展积累了一定的原始资金。
1994年，赖昌星到了厦门，以1亿多港币注册了“厦门远华电子有限公司”，别看公司的名字上有“电子”两个字，但他不做任何电子产品，而是专门进行芯片的走私。
赖昌星尝到了走私的甜头，当然想把生意扩大，赚更多的钱，于是他逐渐涉足厦门的石油业、房地产业、文体娱乐业，远华电子有限公司迅速扩展为远华集团。
为了显示自己高一层的身份，赖昌星在办公室、招待所悬挂了他与某领导人的大幅合影，还频繁地邀请北京的高层人士到厦门，与此同时，还大手笔笼络省市官员。
1996年，赖昌星积累的资本已经非常雄厚，他决定要设计建造一座大厦，彰显自己的实力，同时也用于集团的办公。就这样，高达三十八层的远华国际中心在不久之后就破土动工了。
动工之时，赖昌星邀请了中央、省、市近2000名嘉宾，只要是到场了，就每人发一袋价值3000元的礼品，包括1000元红包、一瓶马爹利牌洋酒、两条三五牌香烟、一把精美的洋伞，还请每位嘉宾吃了一顿鱼翅、鲍鱼、人参、燕窝的“工作餐”，整个气势在厦门“传诵”至今，许多旁观者说一辈子也没见过那样奢华的阵势。
赖昌星有一年过生日，邀请了200名嘉宾，每位嘉宾都收到了一个10万元以上的红包。
赖昌星这一系列的炫耀自己与上层的关系和大手笔的巴结与贿赂，得到了厦门许多官员的青睐和赞赏。
那时的厦门超过亿元的大型投资项目并不多，而远华集团的出现，正好迎合了厦门领导人热切招商引资的心理，因此，远华帮了他们的大忙。于是，远华集团挑到了厦门的好山、好地、好项目、好银行，各部门也是见远华就亮绿灯。不久，远华就在厦门遍地开花了，远华烟、远华酒、远华商城、远华娱乐城、远华足球队……无处不在的远华成为了厦门经济的发展象征。
计划建造的远华集团的总部国际中心，高88层，正好位于厦门岛的几何中心上，占地2万平方米，建筑面积28万平方米，赖昌星计划投入30亿元。远华走私案东窗事发的时候，远华国际中心大楼的地基刚刚挖好，那时的资金已经投入了亿元。
在远华国际中心的地基不远处有一栋3层小楼，是88层楼的筹建处，有20多间办公室、会议室、预决算室。尽管这栋小楼仅仅是临时居住的，但排场也是很大的，有两个价值200万元的中央空调专门负责为此小楼供冷。等到远华国际中心建成的时候，这栋造价高达300万元的小楼就会被推倒变成花园。
在专案组进驻厦门之后，远华的相关资产陆续被冻结，建造远华国际中心的项目也停止了。因为它当时号称是远华独资建设，而实际上是赖昌星通过非正常的渠道取得的，没有办理土地出让、产权、规划等相关手续，而且还欠名为“天地建设发展”的公司1亿地价款，赖昌星事发后逃跑没有来得及将这块地质押。
从这层意义上说，天地建设发展公司仍然是这块地的最大业主，他们希望这块地能尽早地拍卖出去，以变成一部分资产。由于这块地处在黄金地段，基坑已建好，地质资料、设计图纸等都已经齐备，远华集团这个最值钱的“遗产”不乏接盘者，但因为它的造价极为昂贵，接盘的一方一定要资金雄厚，经过几年的沉淀，杭州钢铁集团最终接盘。
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轻松打开走私渠道
赖昌星为了全面打通走私的渠道，笼络官员，他采用了两个大手笔的做法。
一个是将在走私渠道上能说得上话的领导、海关、公安、商检、边防、银行等关键部门关键人物的子女或者重要的亲属招进远华公司，干着并不重要和极为轻松的工作，却给他们万元甚至数万元的工资待遇。
另一个是在当时还属比较偏僻的湖里工业区建起专用红粉金钱腐蚀官员的“地下宫殿”—— 红楼招待所。
这个招待所从外面看上去是一座普通的七层楼，但里面却是极其奢华的，舞厅、卡拉OK厅、小电影院、桑拿浴、脚浴等一应俱全，另外还有五套超级豪华鸳鸯房和一大群美女。曾经在那里工作过的女总经理对专案人员说，你们能想象那些女孩子们多漂亮就有多漂亮。当政府的官员与其中的美女鸳鸯戏水或发生关系的时候，赖昌星手下的秘书们就会用针孔录像机录下整个过程，以留作日后的不时之需。
在整个走私案的核查过程中，赖昌星用针孔摄像头拍摄的那些录像带均已被搜出。那座红楼招待所不知道害了多少年少的姑娘，也不知道害了多少干部，让他们不得不给赖昌星开绿灯。
为了保护走私，独霸厦门的走私市场，赖昌星还养了一帮打手，这帮打手专门对其他进行走私的公司实施“保护”。在厦门，除远华外，其他有走私活动的公司都要向远华集团交保护费，如果不交，海关、边防中的人连人带船统统抓走，更为严重的时候，远华集团的打手上门寻衅殴打，即使是对官员也不例外。
那时的厦门海关缉私处长说，他曾经查获了两艘远华集团的走私油轮，可是还没有经过处理，远华的人就带着一个关长来了，气势汹汹地命令他放行，其中一个打手扔给他一个钱袋子就扬长而�