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第二个矛盾是宗教，前面的文章（欧洲的文艺复兴和大航海时代（二））提到马丁路德发起了宗教革命，这就是新教。上一篇文章也提到了德意志爆发的新教革命使查理五世卷入了德意志内战。宗教革命很快传到尼德兰，以马丁路德和加尔文为首领的一部分教士认为罗马教廷歪曲了基督教教义。他们不再承认教皇的权威，而把圣经当作信仰的唯一源泉，任何信徒都可以通过阅读圣经来和上帝直接沟通，在信徒和上帝之间不需要罗马教廷和教士们作为中间媒介。加尔文创建的教会是按照*的原则来管理的，牧师由信徒推举。新教的这些原则在尼德兰这样一个商业社会很容易找到知音，尤其是加尔文*的管理方式很符合商业社会的胃口，所以最为兴盛。而西班牙一直是站在与异教徒穆斯林斗争最前线，所以狂热的宗教气氛符合与穆斯林的斗争，西班牙一直是教皇的支持者。在合并尼德兰后，宗教裁判所也到了这个地区，他们审判和绞死了很多新教徒。
1566年，矛盾爆发，在拂兰德和挨若，出现加尔文教徒攻打天主教堂的事件，紧接着，安特卫普也开始了砸坏天主教的偶像。这场运动很快席卷17个省。尼德兰地区出现动荡局面。菲力普二世派出军队*，在控制局面以后，国王增加了新的税收，导致整个金融界起来反抗，随后又开始动荡，在这个时候，反抗军挫败了西班牙的进攻，西班牙不得不做让步，允许北尼德兰地区信仰加尔文教，这样尼德兰分为两半，就是今天的北方的荷兰和南方的比利时。1588年，西班牙无敌舰队被英国击败，来自海上的威胁解除，北尼德兰7个省宣布
独立，到了1609年，西班牙承认荷兰独立。
荷兰由7个省组成，每个省和每个城市都有自己的议会和独立的财政，再由各省派出人员组成联合省议会，并选出执政官来管理整个国家，所以独立的荷兰也被叫做联合省。荷兰成了一个共和国。与同时期意大利的城市共和国相比，它的经济总量、领土和人口都大得多，也比历史上的希腊城邦要大很多，虽然古罗马共和国经济总量和领土很大，但是真正实现了共和制度的地区也只有罗马附近的地区，其他都是殖民地，这是一个划时代的变革。在欧洲各国都在由封建领主制度向中央集权的皇权社会演变的时候，就象中国在战国后期商鞅变法那样加强皇权削减士大夫（他们就是封建领主）势力一样。荷兰政治制度的创新改变了整个欧洲乃至世界的历史，而这一切与商业社会在荷兰的统治地位是分不开的，而商业社会的建立则与大航海带来的商业机会密切相关，这个在以后的社会哲学部分会有详细论述。独立后的荷兰很快不满足只作为大航海时代的配角，它在成为欧洲商业与金融中心以后又成为了航海中心。1602年，在国家的支持下，荷兰的大商人成立了一个联合财团，这就是著名的荷兰东印度公司，为了解决资金短缺的问题，荷兰人成立了世界上第一个股票交易所，充分吸收社会上的资金，大多数荷兰人都购买了东印度公司的股票。关于这些将在经济史部分详细描述。总之，荷兰人启动了近代资本社会的进程。而东印度公司很快跟随葡萄牙人进入亚洲，它将葡萄牙势力赶出亚洲并取得了亚洲地区海上贸易的霸主地位。1624年，荷兰人占据台湾，1661年被郑成功赶走。与此同时，荷兰人进入美洲，与葡萄牙争夺巴西，并在北美建立殖民地，它的首府是新阿姆斯特丹，1665年，荷兰人将它割让给英国，英国人把这个城市的名称改为纽约。17世纪中叶，荷兰的商业霸权在全世界建立起来，在世界各个地方都有荷兰商人的身影。在欧洲北部，通过波罗的海海峡的荷兰船只是英国船只的13倍，运送着波罗的海国家的谷物和木材的四分之三，瑞典出口钢铁的一半。荷兰人把中国的丝绸和瓷器、茶叶、印度的香料和纺织品运往欧洲各地，荷兰人在亚洲的货栈里存储着各种各样的商品，他们可以在中国的糖和欧洲、巴西以及西印度群岛的糖之间选择，一旦其他国家出现短缺，它可以源源不断的供应。这个范围从欧洲到亚洲，从亚洲到美洲，阿姆斯特丹眼观全球，操纵着整个世界市场。在阿姆斯特丹可以买带世界上任何地方的商品，中国瓷器、丝绸，印度的香料，非洲的象牙，*的咖啡，来自美洲的糖等等。阿姆斯特丹在17世纪的地位就象今天的纽约一样控制着全球的贸易和金融。英国运往法国的货物不直接运到法国，而在阿姆斯特丹卸货，再由莱茵河运往法国，荷兰人赚取了中间的差价，法国国王对此无可奈何。荷兰人凭借他们在资本和贸易方面的优势，全世界的货物都在阿姆斯特丹的掌握中，为此，阿姆斯特丹成为整个世界的期货和现货贸易中心。贸易的发达促进银行业的发展，荷兰人几乎给任何一个欧洲君主贷过款。1650年，阿姆斯特丹人口达到200万，成为世界上最繁华的城市。
荷兰商业的繁荣与政治环境的宽松带来文化艺术的繁荣，同时也带来了哲学与科学。作为国家，荷兰收留了世界上任何地方的逃亡者，并确保他们有避难权，前面（欧洲的文艺复兴和大航海时代（三））提到的笛卡儿这时也从法国来到荷兰，由于天主教徒认为他是加尔文教徒，而新教徒又认为他是无神论者，于是，这位近代哲学与科学的鼻祖，解析几何的发明人哪里都去不了，只好呆在荷兰。这样这一时期的哲学与科学的中心到了荷兰。
欧洲的文艺复兴和大航海时代（六）
前面说道笛卡儿，笛卡儿诞生的时代是欧洲文艺复兴与宗教改革的时代，而且意大利的文艺复兴的成果已经硕果累累。哥白尼、迦利略的学说已经传播到了荷兰，加上处在大航海前沿的荷兰，商人和水手还有工程师们带来的大量外界的信息让知识的爆发处在一个临界点，17世纪的荷兰，十八世纪的英国就处在这个临界点上。那么同为航海前沿，也同样处在文艺复兴春风下的西班牙和葡萄牙为什么没有出现知识井喷式的爆发呢？我个人认为由于西班牙与葡萄牙在与穆斯林对抗当中形成的中央集权的政治体制阻碍这一进程（见欧洲的文艺复兴与大航海时代（二）与（四））。由于与穆斯林*教的对抗需要宗教的支持，所以西班牙和葡萄牙一直是狂热的天主教国家。从前面的文章我们知道意大利文艺复兴之火的熄灭有一个重要的原因就是宗教*（见欧洲的文艺复兴与大航海时代（三）），所以西班牙与葡萄牙没有这一进程是正常的。值得注意的是，欧洲这一时期的哲学家都是业余的，笛卡儿在军队中研究弹道学，斯宾诺莎靠磨眼镜片为生，莱布尼兹是位外交官。
笛卡儿这位近代哲学与科学的鼻祖于1596年3月31日生于法国土伦省莱耳市的一个贵族之家， 笛卡儿1612年到普瓦捷大学攻读法学，四年后获博士学位。1616年笛卡儿结束学业后，便背离家庭的职业传统，开始探索人生之路。他投笔从戎，想借机游历欧洲，开阔眼界。他于1621年回国，时值法国内乱，于是他去荷兰、瑞士、意大利等地旅行。1625年返回巴黎，1628年移居荷兰。在荷兰长达20多年的时间里，笛卡尔对哲学、数学、天文学、物理学、化学和生理学等领域进行了深入的研究，他的主要著作几乎都是在荷兰完成的。1628年，笛卡尔写出《指导哲理之原则》，1634年完成了以哥白尼学说为基础的《论世界》。书中总结了他在哲学、数学和许多自然科学问题上的一些看法。1637年，笛卡儿用法文写成三篇论文《折光学》、《气象学》和《几何学》，并为此写了一篇序言《科学中正确运用理性和追求真理的方法论》，哲学史上简称为《方法论》，6月8日在莱顿匿名出版。1641年出版了《形而上学的沉思》，1644年又出版了《哲学原理》等重要著作。他的著作在生前就遭到教会指责，死后又被梵蒂冈教皇列为禁书，但这并没有阻止他的思想的传播。
笛卡儿在科学上的贡献是多方面的。但他的哲学思想和方法论，在其一生活动中则占有更重要的地位。他的哲学思想对后来的哲学和科学的发展，产生了极大的影响。笛卡儿的哲学思想首先是二元论的，什么是二元论呢？就是物质与意识（见我对物质与意识的看法一文）是两个平行的世界。笛卡尔体系提出来精神界和物质界两个平行而彼此独立的世界，研究其中之一能够不牵涉另一个。精神不推动肉体，这是个新颖想法。笛卡儿的自然哲学观同亚里士多德的学说是完全对立的。他认为，所有物质的东西，都是为同一机械规律所支配的机器，甚至人体也是如此。同时他又认为，除了机械的世界外，还有一个精神世界存在，这种二元论的观点后来成了欧洲人的根本思想方法。最著名的思想就是＂我思故我在＂。意思是：“当我怀疑一切事物的存在时，我却不用怀疑我本身的思想，因为此时我唯一可以确定的事就是我自己思想的存在”。笛卡儿的哲学观首先否定了灵魂支配肉体的宗教学说，指出物质的一切运动由物理定律决定，这为近代科学的发展奠定了哲学基础。其次，笛卡儿将科学界已经发展起来的一套方法引入哲学，创造了近代哲学方法论。笛卡儿的方法论对于后来物理学的发展有重要的影响。笛卡尔希望用‘数学方法’来进行哲学性的思考。他用一般人证明数学定理的方式来证明哲学上的真理。这种方法和培根所提倡的实验归纳法结合起来；经过惠更斯和牛顿等人的综合运用，成为物理学特别是理论物理学的重要方法。作为他的普遍方法的一个最成功的例子，是笛卡儿运用代数的方法的来解决几何问题，确立了坐标几何学即解析几何学的基础。
在皇权时代的哲学与科学（五）中提到李约瑟认为代数起源于中国，后传到印度，*人又从印度人那学了去（见欧洲的中世纪和穆斯林世界的哲学与科学二），然后经*人传到西方与西方几何学交汇产生了近代数学。近代数学产生的标志就是解析几何的发现，笛卡儿致力于代数和几何联系起来的研究，于1637年，在创立了坐标系后，成功地创立了解析几何学。他的这一成就为微积分的创立奠定了基础。解析几何直到现在仍是重要的数学方法之一。
笛卡儿把他的机械论观点应用到天体，发展了宇宙演化论，形成了他关于宇宙发生与构造的学说。他认为，从发展的观点来看而不只是从已有的形态来观察，对事物更易于理解。他创立了漩涡说。他认为太阳的周围有巨大的漩涡，带动着行星不断运转。物质的质点处于统一的漩涡之中，在运动中分化出土、空气和火三种元素，土形成行星，火则形成太阳和恒星。
笛卡儿靠着天才的直觉和严密的数学推理，在物理学方面做出了有益的贡献。从1619年读了开普勒的光学著作后，笛卡儿就一直关注着透镜理论；并从理论和实践两方面参与了对光的本质、反射与折射率以及磨制透镜的研究。他把光的理论视为整个知识体系中最重要的部分。
笛卡儿运用他的坐标几何学从事光学研究；在《屈光学》中第一次对