通过这次“团结党”的进攻和俄共围绕谢列兹尼奥夫问题的争论，俄共在群众中的形象大受损害，而且这也标志着俄共的分裂。俄共势力因此大受打击。根据全俄社会舆论研究中心在2002年6月进行的民意调查，俄共在群众中的支持率为29％，虽然仍居各党之首，但比4月的35％下降了六个百分点，是2000年以来的最低点。
普京通过这一系列的“整党”活动，使国家杜马的组成已大大有利于自己的要求，反对党团如俄共已很难阻止克里姆林宫提出的法案在杜马中获得通过。如果说普京以前常常同包括俄共在内的各党派领导人会晤并征求他们的意见，那么现在普京只会见中派政党领导人，基本上不再听取别的党、特别是俄共领导人的看法。正是在这种情况下，杜马不顾左翼的强烈反对，先后通过了《所得税法》、《劳动法》、《土地法》等重要法案，杜马终于成为了普京可以控制的“橡皮图章”。
政府改革（一）
俄罗斯现行的行政体制成型于叶利钦时代。1993年12月12日俄罗斯通过的联邦新宪法规定了俄罗斯是共和制民主联邦法制国家，实行立法、行政、司法三权分立。但由于种种主观原因，俄罗斯的行政体制并不能适应其发展的需要。首先，国家行政系统职能转换滞后，跟不上市场经济需求的变化。俄罗斯经济转轨已经初见成效，但政治上的转型远未结束，真正意义上的行政转型刚刚开始。其次，国家行政系统组成不合理，各级政府组织之间的职权划分不科学，结构不平衡，其合理配置有待进一步探索。由于轻视行政机构自身的改革，苏联时期的行政顽疾并未因高度集权体制被市场经济体制取代而得到纠正。叶利钦时期虽然多次精简管理机关，合并和划分主管部门，但既没能使政府和政府机关更精干，也没能使它们更有效率。国家权力机关和管理机关的工作人员1993年为882万人，从1997年起机关人员急剧增加，到2002年国家机关人员已达到了114万。机关人员开支在财政支出中的比重逐年增长，1995年占16％，2000年占23％，2001年占32％。与此同时，由于国家机关人员工资很低，造成了人才流失，有经验的专家纷纷辞职。
同时，俄政府也没有建立和实施完善的职业公务员制度，贪污腐败现象严重，甚至威胁到了俄国家利益。苏联解体以后，俄罗斯在公务员制度上迟迟拿不出新规定，国家行政机构几乎直接沿用了苏联时期的一些过时体制，官员缺少监督，贪污腐败十分普遍。俄罗斯的警察与强盗常常是同义词，一些中国移民和商人成为他们的掠夺对象。令人震惊的是，在莫斯科大学宿舍发生火灾的时候，消防员救火的同时竟然对学生宿舍进行了洗劫。俄罗斯的犯罪率近年逐年上升，黑社会活动极其猖獗，甚至出现掏钱购买议员候选人的现象，有人估计，目前俄罗斯的各级杜马议员，约有5％～10％是黑手党成员。
因此，这与普京的执政方略严重脱节。普京意识到，俄罗斯的发展问题已经日益突出。国际社会和当今世界的准则是残酷的竞争。无论从经济规模，还是从经济结构和效率看，俄罗斯都已无法和主要大国相比，其它大国已经将俄落下一大截，俄罗斯目前需要快步发展。由此，普京的治国方略逐步从“稳定战略”转变为“加速发展战略”。因此行政改革成为了普京为俄罗斯设计的总体发展战略的重要一环，是连接政治改革和经济改革的不可或缺的中间环节。
普京还认识到，俄罗斯所要建立的强有力国家“必须是民主、法制、高效的联邦制国家，必须提高司法体系的作用，完善联邦关系，加大打击犯罪的力度”。执行权力机构本应依法办事，但是现在的国家机关工作助长了贪污腐败。贪污腐败不是缺少惩罚的结果，而是限制经济自由的直接结果。普京感到，问题不仅在立法机关，也在执行机关的工作制度本身。现行的制度妨碍了改革，在许多情况下简直是阻碍改革。这种制度保护的是得到所谓“地位”租金的权力，保护的是受贿和违规。此外，由于领导人的软弱和不够自信，导致政权为一些公司和家族所瓜分。
虽然俄的行政存在着如此多的弊病，但普京上台之初却没有宣布进行大规模的行政改革，因为他预见到了可能的阻力，决定悄悄地分步进行。
2000年5月13日就在普京提出改革联邦委员会建议的同一天，国家杜马顺利通过了普京总统对卡西亚诺夫的总理提名。随后俄政府组阁很快完成，原内阁大部分成员基本留任。普京把卡西亚诺夫安排在内阁的重要位置上，主要是由于卡西亚诺夫的政治色彩淡薄，是典型的务实派官僚，最适合于推行自己的决策。
卡西亚诺夫新政府暂时只设四名副总理，即库德林、马特维延科、克列巴诺夫和赫里斯坚科。据报道，原副总理绍伊古主动提出不担任副总理一职。虽然卡西亚诺夫称新政府不设第一副总理，但从库德林主管的业务范围看，这位身兼财政部长的圣彼得堡人实际上就是第一副总理。
卡西亚诺夫政府明显不同于普京政府。如果说普京是个政治型总理的话，卡西亚诺夫则是个技术型总理。前者上任伊始就被叶利钦定为“接班人”，他的主要任务是结束国家的混乱局面，开拓俄罗斯新时代。叶利钦执政时期，由于重病缠身，总理在国家政治生活中的地位十分突出。而卡西亚诺夫同其前任不同，他的主要任务是要将普京的治国蓝图逐步变为现实。这就意味着，今后俄罗斯国家建设的大政方针将由总统及总统办公厅来制定，政府只需抓好落实。
同时，43岁的卡西亚诺夫，39岁的库德林也十分符合普京将领导层主力年轻化的要求。俄罗斯《论据与事实》周刊把这些人称为“血气方刚的内行人”。再加上这一代人不在忧郁的30年代或艰难的40年代出生，他们的青年时代在苏联探索宇宙、繁荣电影、在世界体坛取得辉煌成绩、电视机逐步普及和大学生自编自演的娱乐晚会中度过，他们是在“为我们的苏维埃祖国而自豪”的气氛中成长的，因此他们目标明确，雄心勃勃，干劲十足，没有多少教条和框框，也较少形式主义和陈规陋习，捍卫国家利益和讲究实效是其主要特点。与此同时，由于年轻气盛，他们也可能做出一些冒险的事情。随着政府的稳定，普京的改革步伐也日益加快。
2000年11月30日，格列夫在俄德经济论坛上表示，2001年初政府部门将进行大规模行政改革。2001年3月2日，前总理、现俄联邦统计署署长斯捷帕申通过有关媒体透露，普京正在制定行政改革计划。普京在2001年的国情咨文中也表示，“官员们不熟悉管理体制，因此，必须实行与时代要求和目标相符合的行政改革。国家机关应该成为国家政策小巧的执行工具。”
2001年3月28日普京开始了他执政以来第一次国家权力机构的大规模人事调整。对一些最重要的强力部门进行了大改组，更换了联邦安全会议秘书、国防部长、内务部长、税警局等四个强力部门和原子能源部等部门的重要官员。
在这一系列人事变动中，最关键和最引人注目的是俄联邦安全会议秘书谢·伊万诺夫改任国防部长，内务部长鲁沙伊洛改任联邦安全会议秘书，“团结党”议会党团领导人格雷兹洛夫出任内务部长，而63岁的国防部长谢尔盖耶夫作为总统顾问，将从事战略稳定问题的协调和研究工作。
政府改革（二）
从历史上看，同时对四个强力部门负责人进行调整，只有在发生未遂政变时，才可能发生。而普京之所以做出这一决定，主要目的在于推进军事改革，并尽早实现车臣局势正常化。
俄罗斯军事改革酝酿已久，虽然在普京总统的主持下制定了改革蓝图，但由于有意见分歧，仍不能很好地贯彻执行。分歧的代表人物不是别人，而是国防部长谢尔盖耶夫和总参谋长克瓦什宁。前者坚持说，俄战略核力量非但不能削弱，还应大大加强；后者的意见恰恰相反，认为要加强常规武装力量。无疑，谢尔盖耶夫和克瓦什宁的争论使国防部和总参谋部的关系蒙上了一层阴影。在这种情况下，很难指望二人能够通力合作，推动军事改革计划的顺利实施。谢·伊万诺夫近年来担任联邦安全会议秘书并领导了军事改革工作小组，他虽然是文职人员，但对军队情况了如指掌。由他出任国防部长是考虑到他和军队没有直接瓜葛，便于解决国防部面临的许多问题和较容易理顺国防部同总参谋部的关系。
在这次人事变动中不仅谢·伊万诺夫成为俄历史上第一位担任国防部长的文职人员，女性文职人员库杰林娜被任命为负责军费问题的国防部副部长也是前所未有的。因此，上述举措被视为俄军事领域的一项重大改革。谢·伊万诺夫入主国防部将提高国防部在国家权力机构中的地位和作用。
内务部长鲁沙伊洛填补联邦安全会议秘书职务的空缺也势所必然。普京总统称赞他在内务部建立了“一个出色的能战斗的集体”，并相信他在新的岗位上会更好地完成任务。普京指出，任命鲁沙伊洛担任此职与车臣局势密切相关。显然，在普京看来，鲁沙伊洛是协调强力部门之间合作、尽快使车臣局势正常化的合适人选。
格雷兹洛夫出任内务部长却有些出乎人们的意料。他是“亲总统”的政党“团结党”议会党团领导人，这是格雷兹洛夫被委以重任的政治基础。政界人士普遍认为，普京选择格雷兹洛夫担当此任具有明显的“政治色彩”。同样，格雷兹洛夫也因此成为担任内务部长的第一位文职人员。
普京总统做出的人事变动决定得到了国内各主要党派的赞同和支持。普京指出，这次人事变动将促进军事机构的现代化改革，由文职人员担任强力部门的关键职务是“俄社会生活向非军事化迈出的重要一步”。
2001年8月，普京下令成立由卡西亚诺夫总理牵头的公务员改革问题委员会和由总统办公厅第一副主任梅特维杰夫主持的部门间改革方案筹备工作小组，签署了《俄联邦国家公务员制度改革构想》，要求该委员会讨论重组国家机构的规划草案等法律规章制度，并于2002年10～11月举行委员会第一次大会。通过此次改革国家管理机构将被分为四种类型：第一是部委，负责制定国家政策，协调署、公务部门和监督机构间的活动；第二是公务部门，包括司法机构、税务、海关部门，负责提供与落实执行权力机构职能相关的服务，其资金来源仅靠预算，或法律规定的由经济主体及居民的责任支付的金额；第三是署，负责提供国家服务，其经济来源既有预算拨款又有商业盈利（比如宇宙航天署、统计署）；第四是监督机构，负责对经济主体和居民进行监督。
2001年9月21日，俄罗斯有关媒体以《行政改革悄悄进行》为题报道了科扎克领导的委员会的工作情况。委员会决定授权总统办公厅国家法制局于2001年11月1日前提出修改现有的联邦中央和地方的42个分权协议，建议政府在2002年1月1日前提出修改地方和联邦政府及其部门法律的权力。
2002年2月，普京根据卡西亚诺夫总理的提议，解除克列巴诺夫的副总理职务，此前他主管的交