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其次，谈谈商业经营方法是否可以授予专利权的问题。按照传统理论，商业经营方法是经商、交易、做生意的策略，不属于专利法意义下的发明创造的范畴，因此不能授予专利权。需要指出的是，一种观点认为商业经营方法属于智力活动规则方法的范畴，这是不正确的。以欧洲专利公约为例，它将商业经营方法和智力活动规则方法并列为不能授予专利权的内容，这表明两者不能彼此覆盖。过去，人们较为一致地认为商业经营方法不能被授予专利权。随着计算机技术、网络技术的发展和电子商务的出现，这种传统的理论受到了挑战。近年来，美国有关法院作出的一些判决认为“商业经营方法”本身并不构成单独一类授予专利权的条件。换句话说，不能仅仅依据认定一项申请的内容是一种商业经营方法，就得出该申请不能授予专利权的结论。这类申请的内容常常涉及计算机的应用，包含数学计算方法，因此常常和上面所说的问题混在一起。美国法院认为，如果认定要求保护的内容涉及一种抽象的数学方法，不能授予专利权，就应当明确以此作为理由予以驳回，不需要单独引入商业经营方法的概念。上述判决对许多国家产生了影响，一些国家开始仿效美国的作法。然而，各国舆论，包括美国国内舆论在内．对此看法并不一致。美国有许多人支持其法院判决的观点，但是也有许多人提出了强烈的批评意见，有些人甚至要求在美国专利法中明确增加写入“商业经营方法不能授予专利权”的规定（美国专利法中对此没有明确规定），以迫使美国法院改变其观点。
值得注意的是，在我国专利法第二十五条所规定的不能授予专利权的内容中， 既没有提及计算机程序，也没有提及商业经营方法。这使我国专利法在这两个问题上具有采取较为灵活作法的余地，完全可以根据科学技术的发展和我国具体国情的需要来解决我国的立场。随着专利法和专利法实施细则的第二次修改，国家知识产权局也将对审查指南中的有关规定进行修改调整。
3。 疾病的诊断和治疗方法
所谓疾病，本条虽未明确限定，实际上是指人体或者动物体上的疾病而言。欧洲专利公约采用了这样一种思路，即认为疾病的诊断和治疗方法是以人体或者动物体为实施对象，无法在产业上制造、使用，不具备实用性，所以不授予专利权。然而，随着专利制度的发展，人们对这种观点的认识有了一些变化，认为它会给实用性的概念带来混淆。 TRIPS协议第27条（3）也允许其成员对疾病诊断、治疗方法不授予专利权， 但是将它作为单独一类予以排除，没有将它与实用性标准相互联系起来。
疾病的诊断方法是指为发现、识别、研究和确定疾病的状况、原因而采取的各种措施，例如诊脉法、X光诊断法、超声诊断法等都是常用的诊断法。
疾病的治疗方法是指为消除病态、恢复健康而采取的各种措施，例如电疗、磁疗、针灸、气功、催眠等各种疗法，以及进行外科手术、打针、服药等方法都在内。外科手术不能被授予专利权，并不只限于为治疗疾病目的而进行的手术，为美容而进行手术的方法也不能被授予专利权。
疾病的诊断和治疗方法不能被授予专利权，是指以活的人体或者动物体为实施对象而言，在已经死亡的人体或者动物体上进行的测试、保存或者处理方法，例如防腐、制作标本等方法，可以被授予专利权。对已经脱离了活的人体、动物体的组织或者流体进行处理或者检测的方法，例如血液的处理或者分析方法，可以被授予专利权。
对疾病的诊断和治疗方法不授予专利权是指这些方法本身，为疾病的诊断和治疗而使用的物质、组合物，以及仪器、设备和器械等产品可以获得专利权。制造假肢、假牙、假眼，以及制造牙齿模型的方法也可以获得专利权。
为诊断和治疗疾病而使用的药品和其他化学物质，在1992年第一次修改专利法后，已经可以获得产品专利。然而，对于第一次医药用途发明和第二次医药用途发明来说，可以获得何种类型的专利保护，是一个值得讨论的问题。传统的观点认为，如果一种物质是已知的，则自然已经丧失新颖性，发现该物质具有新的医疗、诊断用途。并不能使它成为新的物质，因而不能再对该物质本身授予产品专利。 欧洲专利公约在这方面有所突破，其第54条（5）规定，新颖性的规定不应排除任何用于诊断治疗疾病的已知物质或者组合物的专利性，其条件是该种已知物质或者组合物在申请日之前没有用于任何疾病的诊断治疗方法。这表明，第一次医药用途发明在欧洲能够获得产品专利的保护。第二次医药用途发明不能再获得产品专利的保护。但是如果按照其性质，将其权利要求撰写为“物质X用于治疗疾病Y”，则直接违背了欧洲专利公约中关于疾病诊断治疗方法不能授予专利权的规定。为此，欧洲创造了“用物质X制备治疗疾病Y的药品的应用”的权利要求撰写方式， 巧妙地解决了这一难题。事实上，第二次医药用途发明一般并不涉及药品的制造方法，撰写成制备方法权利要求是一种技巧，它克服了上述难题，为第二次医药用途发明提供了有效的专利保护。我国专利法中没有类似于欧洲专利公约第54条（5）那样的规定，因此目前对第一次医药用途发明和第二次医药用途发明都必须采用药品制备方法的权利要求撰写方式。
4。 动物和植物品种
TRIPS协议第27条（3）（b）规定：成员可以规定，除微生物之外的动、植物以及生产动、植物的主要是生物的方法不能授予专利权，但生产动、植物的非生物方法及微生物方法除外。TRIPS协议还规定：成员应以专利制度或者有效的专门制度，或者以任何组合的制度，给植物新品种以保护。
本条规定动物和植物品种不能获得专利保护，这不违反 TRIPS协议的规定。另一方面，我国是农业大国，在植物品种，特别是农、林作物品种的开发研究方面具有一定的优势，取得了许多成就。 因此，对植物新品种提供法律保护有利于鼓励这方面的发明创造，有利于保护我国的利益。在这种情况下，我国采取了对植物新品种的保护单独立法的作法。国务院1997年3月20日发布了中华人民共和国植物新品种保护条例，该条例自1997年10月1日起施行。根据该条例的规定，国务院农业和林业行政部门按照其职责分工负责植物新品种权申请的受理和审查，并对符合条例规定的植物新品种授予植物新品种权。完成育种的单位或者个人对其授权品种，享有排他独占权，任何单位或者个人未经品种权所有人许可，不得为商业目的生产或者销售该授权品种的繁殖材料，不得为商业目的将授权品种的繁殖材料重复使用于生产另一品种的繁殖材料。
本条规定，生产动、植物品种的方法可以获得专利保护。这里所说的动植物品种的生产方法是指非生物学的方法，不包括主要是生物学的方法在内。一种方法是不是主要是生物学的方法，取决于人的技术在该方法中的介入程度。如果人的技术的介入对该方法所要达到的目的或者效果起了控制的作用或者决定的作用，那么这种方法不属于“主要是生物学的方法”，可以获得专利保护。例如，利用修剪树枝的方法改善树的特性或者产量，或者促进或者阻遏树的成长，由于发明的主要点在于人为的技术，这种方法不属于主要是生物学的方法。采用辐照饲养法生产高产牛奶的乳牛也是如此。
至于微生物，本条没有明确规定。在1992年第一次修改专利法之前，由于药品和化学物质都不授予产品专利，所以在审查实践中对微生物本身也不给予专利保护，只对微生物方法给予专利保护。随着药品和化学物质可以获得专利保护，微生物菌种和微生物制品的专利保护问题也隧之得到了解决。 微生物包括细菌、放线菌、真菌、动植物细胞系、病毒、质粒、原生物、藻类等。不过，微生物只有经过分离成为纯培养物．并且具有特定的工业用途时，才是可以授予专利的主题。根据专利法实施细则第二十五条的规定，申请专利的发明涉及新的生物材料的，如果所涉及的生物材料是公众不能得到的，并且对生物材料的说明不足以使所属领域的技术人员实施其发明，则申请人还必须在申请日前或者最迟在申请日，将生物材料的样品提交国家知识产权局承认的保藏单位保藏。
生物技术和基因工程对相应的知识产权保护也提出了许多新的问题，例如，如何保护转基因动物或者植物？如何防止克隆技术的滥用？等等。可以预料，这些同题将导致专利制度进一步产生变革。
5。 用原子核变换方法获得物质
原子核变换方法是指使一个或者几个原子核经分裂或者聚合形成一个或者几个新原子核的过程。用原子核变换方法所获得的物质，主要是指用加速器、反应堆，以及其他核反应装置制造的各种放射性同位素。这些同位素不能被授予专利权。但是这些同位素的用途，以及使用的仪器、设备可以被授予专利权。此外，依本条规定。原子核变换方法也不能获得专利保护。
第三章 专利的申请
引言
本章内容涉及申请专利应当提交的文件以及与申请有关的一些制度和原则。
一项发明创造完成后，其所有人并不能因为作出了该发明创造就自然而然获得专利权。要想获得专利权，首先应当向国家知识产权局提出申请。专利申请经国家知识产权局审查后认为符合规定的，才能被授予专利权。
专利法及其实施细则对专利申请规定了严格的要求。本章重点规定了一些基本要求，包括申请文件的种类及其内客、申请日的确定、优先权（包括外国优先权和本国优先权）的要求、申请的单一性及合案申请、申请的撤回和申请的修改。在本章规定的基础上，专利法实施细则和国家知识产权局的规章对上述制度和原则做了进一步的详细解释和补充。
本章是专利法的第二次修改中惟一未作任何实质性修改的一章。
第二十六条
申请发明或者实用新型专利的，应当提交请求书、说明书及其摘要和权利要求书等文件。
请求书应当写明发明或者实用新型的名称，发明人或者设计人的姓名，申请人姓名或者名称、地址，以及其他事项。
说明书应当对发明或者实用新型作出清楚、完整的说明，以所属技术领域的技术人员能够实现为准；必要的时候，应当有附图。摘要应当简要说明发明或者实用新型的