如花似玉的容貌、含苞待放的年华统统被黄瓦红墙所禁锢。
多尔衮在摄政时曾伤害过小皇帝的自尊，仅仅因为这门婚姻是多尔衮包办的，就足以令顺治如鲠骨在喉，少年天子的一腔积怨都发泄到皇后的身上。
兼之顺治对汉族传统文化的系统学习，使得皇帝同皇后在文化上的差距日益扩大。
来自科尔沁草原的皇后，连汉话都说不顺溜，还能指望她同皇帝探讨经、史、子、集、诗词曲赋、明清小说！据《清史稿•；后妃传》所记：“美而慧”的皇后从来就没有得到过皇帝的欢心，顺治曾直言不讳地说道“自册立之始，即与朕志意不协”。
从大清门抬进来的博尔吉济特氏，在大婚之后就因顺治“另居侧宫”，而独守坤宁宫。
尽管孝庄很想调节帝后之间的紧张关系，但经过三年的努力依旧没有任何的好转，太后扭不过顺治，在顺治十年八月二十五（１６５３年）被迫同意把皇后“降为静妃，改居侧宫”。
孝庄皇太后可以同意废后，但绝不会坐视满蒙联盟受到危害，在太后的主持下废后的侄女—吴克善的孙女又从大清门抬了进来，成为顺治的第二位皇后。
然而这第二位蒙古皇后也未能跨越文化上的鸿沟而成为顺治的红颜知己。
就在此时，一位深受汉族文化熏陶的满洲女子——董鄂氏在顺治的生活中奇迹般地出现了……
对第二位皇后来说，真正的危机也就随之产生，《清史稿•；后妃传》对此有如下描述：“贵妃董鄂氏方幸，后又不当上？”顺治一直在寻找第二次废后的机会。
顺治十四年底太后患病，“皇后身为子妇”“起居问安礼节，殊觉缺然”，在“帝王以孝治天下”的社会“孝道所关重大，子妇之礼，昭垂内则，非可偶违”。
于是，顺治在十五年正月初七下令：将“应进中宫笺奏等项暂行停止”。
这就意味着皇后已经徒有其名。
第二位皇后被废只是个时间的问题。
当太后在三月二十五日（１６５８年）得悉已经悄然而至的再次废后波澜时，便以“皇后方在冲龄，未娴礼节”为由，而令对“中宫笺奏等项照旧封进”。
第一次废后是纯粹的帝后不和，因此太后还能容忍，而此次废后是因为顺治已经寻觅到自己的红颜知己——董鄂氏，为了宠妃而废掉皇后，这对孝庄是万万不能容忍的。
她不能不顾及满蒙联盟，不能不顾及同抗清势力浴血苦战的蒙古八旗将士的脸面，不能不考虑在北部屏藩着大清王朝的漠南蒙古各部的情绪，废后之事一之为甚，岂可再之！孝庄皇太后对顺治第二次废后预谋的干预使得母子之间的隔阂扩大，这种情感上的裂痕，在顺治十六年（１６５９年）抗清势力兵临南京城下的突发事件中凸显出来。
该年七月郑成功和张煌言所领导的抗清军队如从天而降，如狂飙一般扫荡着江苏、安徽两省，两省百姓纷纷迎降，清王朝在安徽的太平、徽州、宁国、池州以及无为、广德、和州等四府三州的统治均土崩瓦解。
这突如其来的挫折是顺治亲政以来从未遇到过的，２１岁的顺治被搅得方寸大乱，本来就受到佛老出世思想影响的顺治对这种无休止的征战已经厌倦，刹那间萌生退回关外的念头。
孝庄力驳出关之论，母子之间的冲突遂一触即发。
受到母亲驳斥的顺治恼羞成怒，立即做出御驾亲征的决定，扬言“或胜或死”，而且对试图劝阻亲征的人抽出宝剑，手劈御案。
顺治如此决绝，把孝庄推到极为棘手的境地。
明摆着，皇帝从未参加过征战，如果出征必然是凶多吉少，“在疆场上，一旦遇到不幸”，必然会引起巨大的动荡，清王朝在中原的统治很可能会因此而付诸东流。
对孝庄来说最大的痛苦则是母子之间已经不能沟通，她身为母亲不能让儿子恢复冷静，为了扭转局面，不得不向顺治的乳母李氏求援。
然而当李氏在朝廷上出现后，一向对乳母有亲切感的顺治挥舞着宝剑“恐吓要把她劈成碎块”，乳母也被吓走了。
万般无奈，顺治与汤若望太后又想到同顺治有着师生情谊的传教士汤若望，请汤若望出面劝顺治放弃亲征，这已经是孝庄的最后一招。
万幸的是这最后一招总算奏效，顺治终于收回了亲征的谕令。
御驾亲征的危机虽然化解，但母子之间的裂痕却无法弥合，为了儿子的皇位、为了清王朝的江山社稷孝庄皇太后把心都快操碎了，可儿子非但不理解，反而一再向她显示皇帝至高无上的权威，让她陷入困境，难以承受的失落、伤感袭上一颗饱经磨难的心……
清太宗皇太极庄妃博尔吉济特氏顺治之死
对于不到３０岁丧夫的孝庄来说，更沉重的打击还在后面。
顺治在十八年正月初三（１６６１年）被天花病毒（也称痘症）感染，因生天花病倒在床。
从关外来到中原的满族，对中原地区流行的死亡率相当高的天花非常缺乏免疫力，豫亲王多铎就是因为出花在顺治六年去世，享年３６岁。
因对成年人出花的恐惧，每年的冬春之交顺治都要去南苑行宫“避痘”，但顺治十七年的冬季却是个例外，顺治不仅未去避痘，反而被董鄂妃的葬礼弄得疲惫不堪。
于是，天花病毒乘虚而入。
顺治体质本来就不是很好，亲政后的刻苦攻读竟累得吐血，用现在的话说就是得了肺结核，而按照当时的说法就是得了“痨病”，在抗生素尚未发明的情况下痨病不可能痊愈，得了痨病的人也不可能长寿。
在痨病的阴影下，孝庄皇太后实在不敢奢望顺治能活到他父亲的年纪，说句心里话能有他叔叔多尔衮的阳寿她就很知足了。
其实就连顺治自己也意识到这一点，他曾对木陈和尚说道：“老和尚许朕３０岁来为祝寿，庶或可待，报恩和尚来祝４０，朕绝候他不得矣，”并指着面颊说“老和尚相朕面孔略好看……
此骨已瘦如柴”，当木陈劝顺治当“早睡安神”“拨置诸缘”时，顺治则说道：“朕若早睡，则终宵反侧，愈觉不安，必谯楼四鼓，倦极而眠，始得安枕耳。”２０多岁的人，已经虚弱到宛若一盏将尽的残灯。
如果没有经受董鄂妃去世的打击，顺治或许还可以活过３０岁，但他的红颜知己董鄂氏在顺治十七年八月仙逝（１６６０年），孝庄已经意识到顺治的阳寿也快到头了。
有其父必有其子，当年皇太极就是因为无法摆脱宸妃去世的巨大悲痛而撒手人寰的，但令孝庄始料不及的是，儿子走得比父亲还快……
为了能追封董鄂氏为皇后，顺治竟至闹到寻死觅活的地步，皇太后虽然让了步，但皇帝仍意犹未尽。
为了弥补心灵上的缺憾，顺治以最高的级别主持董鄂妃葬礼，他以蓝墨批本（只有皇帝或太后去世才用蓝墨批本），又亲自主持４９天的景山大道场，从建水陆道场到“起棺”、“举火”、“收灵骨”、“迎神主”……
一直到“断七”，顺治事必躬亲。
按说到十月初八过了“断七”丧事也就结束了，但余哀未尽的皇帝在十月十六日及二十七日又在景山两次建“陟天道场”，十一月初八还在西苑及广济寺同时举办“仙驭道场”。
过度的悲伤、主持葬礼的疲惫都伤害了顺治帝本来就多病的身体。
那极为虚弱的命门火随时都可能熄灭。
顺治十七年九月初十，在火化董鄂妃遗体时，隆安和尚曾低声问主持火化仪式的行森：“上来，也请师接？”了解内情的人都很清楚：下一个隆重的火化仪式就该轮到顺治了。
从正月初三一显示出痘症，孝庄就意识到顺治应该确立继承人了。
从顺治亲政后，这是惟一一次母子能想到一起的一件大事。
尽管都想到立继承人，但究竟立谁，母子之间还是存在尖锐的分歧。
在顺治看来，只有立一位年长的继承人才可能避免幼主临朝所产生的种种危机；而当时他的儿子最大的也只有八九岁，所以他排除了传子而决定传贤；但他的兄弟中也没有一个可以委之重任的人，因此便考虑到一个能干的堂兄弟——安亲王岳乐。
顺治的安排，遭到孝庄皇太后的断然否决，在孝庄看来，帝系的转移所引发的问题比幼主临朝还要错综复杂。
即使到了生命的最后一刻，母子之间依旧不能沟通。已经没有更多的时间进行争论了，孝庄皇太后立即派人把传教士汤若望请进紫禁城进行磋商。
汤若望虽然来自德国，但自１６１９年到明王朝统治下的中国传教，就对汉族传统文化、政治体制的了解，比相当多的满洲权贵还要深，这也是他能成为顺治忘年之交的一个重要原因。
因而当“皇帝使人问汤若望的意见”时，汤若望建议：册立已经生过天花的皇三子为继承人；而为了避免亲王辅政所造成的大权旁落，孝庄皇太后也打算建议顺治撇开宗室亲王、起用异姓臣子辅政……
在有生之年顺治所做的最后一件事也是违心的，他的传贤不传子的主张不仅遭到皇太后的反对，也遭到两黄旗大臣以及汉族官员的反对，就连他一向尊重、信赖的“玛法”（满语老爷爷）汤若望也站在太后一边。
已经没有体力争辩的顺治，颁布的最后一道命令就是：册立八岁的皇三子为皇太子，赐名玄烨，同时挑选最为忠诚的索尼、苏克萨哈、遏必隆、鳌拜作为辅政四大臣，以明年（１６６２年）为康熙元年。
正月初六，孝庄已经 “传谕民间：毋炒豆、毋燃灯、毋泼水，始知上疾为出痘”，然而上述一切禁忌的公布，不过反映出只要有一线希望母亲都不会放弃的愿望。
初七子时，顺治在养心殿去世，这一年孝庄皇太后４７岁。
据一位参加过顺治丧礼的外国传教士记载，那是个寒冷的日子，太后一身黑色，手扶着栏杆，悲痛万分地望着宫里的人把顺治生前使用过的物品抛入燃烧的火堆中，白发人反送黑发人……
突突蹿动的火苗，考干了她脸上的泪水……
任性的儿子走了，把苦涩留给了母亲，她的心血全都付之东流，为了大清王朝的江山社稷她得义不容辞地再承担起教化幼主、辅佐幼主的重任。
正月初九皇太子玄烨即皇帝位，辅政四大臣在顺治的灵位前向皇天上帝宣誓：要“誓协忠诚，共生死，辅佐政务；不私亲戚，不计怨仇；不听旁人及兄弟子侄教唆之言，不求无义之富贵；不私往来诸王贝勒等府，受其馈赠；不结党羽，不受贿赂；惟以忠心仰报先皇帝大恩；若复为身谋，有违斯誓，上天殛罚，夺算凶诛”。
清太宗皇太极庄妃博尔吉济特氏再辅康熙
让孝庄感到欣慰的是，任性的儿子居然生了个理智的孙子。
顺治十六年（１６５９年），虚龄６岁的皇三子同兄长一起去给父皇顺治请安，顺治询问他们各自的志向，皇二子“以愿为贤王对”，而皇三子的回答却是“待长而效法父皇，黾勉尽