第二次审问张差的是刑部郎中胡士相和岳骏声。胡士相亦是浙党，且为刘廷元的亲戚，自然维持疯癫之说。及至王之寀奏上，揭开内幕，群臣纷纷奏请彻查严审，神宗一概不报。事在未定，郑国泰颇为恐慌。于是有个叫过庭训的御史移文蓟州，讯查张差的底细，而蓟州知州的复文则详述张差所以得了疯癫症的始末——这是一套预先安排好的双簧，想铸成张差疯癫为铁案。
刑部依十三行省区分为“十三清吏司”，“梃击”一案虽归山东司郎中胡士相主办，但重要案件，各司郎中都可向长官提出处理办法。这时有两个有正义感的郎中傅梅和陆梦龙发现胡士相在捣鬼，便去见“刑部右侍郎署部事兼署都察院事”的张问达，主张不必等皇帝有所批示，传提张差所供的“马三舅”、“李外父”等等，彻底追究。张问达接纳了要求，派定胡士相、劳永嘉、赵全桢、陆梦龙、傅梅、王之寀、邹绍先等七名司官会审。这七个人中，分成两派，除了王之寀与傅梅、陆梦龙以外，其余都是帮郑国泰的。
审问的情形，据《明史》卷三百四十一所记，是如此：
将讯，众咸嗫嚅。梦龙呼刑具三，无应者；击案大呼，始具。差长身骈胁，睨视傲语，无疯癫状。梦龙呼纸笔，命画所从入路。梅问：“汝何由识路？”差言：“我蓟州人，非有导者安得入？”问：“导者谁？”曰：“大老公庞公，小老公刘公。”且曰：“豢我三年矣，予我金银壶各一。”梦龙曰：“何为？”曰：“打小爷。”于是士相立推坐起，曰：“此不可问矣！”遂罢讯。
庞、刘两太监豢养张差三年，早有杀害太子的密谋，此如何“不可问”？陆梦龙要追出庞、刘二人的名字，张问达亦不肯默尔以息，于是下令十三司郎中会审，这在中国司法史上，是一种极为罕见的执法方式。
《明朝的皇帝》 第二部分奸逆有所畏惮顾忌
三十、奸逆有所畏惮顾忌
除了十三司郎中以外，另外还有些司官，如提牢主事王之寀等，一共是十八个问官。这一次会审，张差的供词更具体了。
《明史·王之寀传》：
（张）差供：马三舅名三道，李外父名守才，不知姓名老公乃修铁瓦殿之庞保；不知街道宅子乃住朝外大宅之刘成。二人令我打上宫门；打得小爷，吃有、著有。（小爷者，内监所称皇太子者也。）
又言：有姊夫孔道同谋，凡五人。
虽然如此，张差的供招单仍为浙党所增改删减，埋没了一部分真相。天启二年，王之寀复起，上一通所谓“复雠疏”，其中揭露：
其后复谳，差供同谋举事，内外设伏多人。守才、三道亦供结党连谋，而士相辈悉抹去之。当时有内应、有外援，一夫作难，九庙震惊，何物凶徒，敢肆行不道乃尔？缘外戚郑国泰私结刘廷元、刘光复、姚宗文辈，珠玉金钱，充满其室，言官结舌，莫敢谁何。……劳永嘉、岳骏声等，同恶相济。张差招“有三十六头儿”，则胡士相搁笔；招“有东边一起干事”，则岳骏声言“波及无辜”；招“有红封票高真人”，则劳永嘉言“不及究红封教”。今高一奎见监蓟州，系镇朔卫人。盖高一奎主持红封教者也，马三道管给红票者也；庞保、刘成供给红封教多人撒棍者也。诸奸增减会审公单，大逆不道。
于此可知，“梃击”一案的背景异常复杂。所谓“红封教”，是一种邪教，“三十六头儿”之说，显然袭自梁山泊的三十六罡星。明末的邪教作乱，为人所熟知的是“白莲教”徐鸿儒，以及“闻香会”、“棒槌会”等，“红封教”之名罕见，但可断定必与白莲教有关。河北西部自蓟州以迄山东的梁山泊、巨野一带，自汉末黄巾到清末义和团，每逢衰世，邪教作乱之事最多。红封教有郑国泰及宫中巨珰支持，而不成气候，实在要归功于王之寀等人追究“梃击案”，奸逆有所畏惮顾忌，因而销声匿迹。
《明朝的皇帝》 第二部分逆谋牵涉郑贵妃
三十一、逆谋牵涉郑贵妃
除了隐匿红封教谋反的迹象以外，胡士相还想替庞保、刘成开脱，由于陆梦龙的坚持，这一部分总算照实具奏。案情内幕当然也泄漏了出去，成为一条轰动的“新闻”。朝野之间，对郑国泰颇有严正的批评，郑国泰大起恐慌，做了一个“揭帖”散发，作为自辩。这是“此地无银三百两”的拙谋，于是给事中何士晋上疏攻郑，措辞极为犀利：
张差之口供未具，刑曹之勘疏未成，国泰岂不能从容少待？辄尔具揭张皇，人遂不能无疑。若欲释疑，计唯明告宫中，力求皇上速将张差所供庞保、刘成立送法司拷讯；如供有国泰主谋，是大逆罪人，臣等执法讨贼，不但宫中不能庇，即皇上亦不能庇。
试看“执法讨贼”、“皇上亦不能庇”两语，可知中国固有的法治观念是如何彻底！而亦正因有这样虎虎有生气的言官，才能了解国父监察制度列入五权宪法的本意及价值。
何士晋接下来又说：
设与国泰无干，臣请与国泰约，命国泰自具一疏，告之皇上，嗣后凡皇太子、皇长孙一切起居，俱系郑国泰保护，稍有疏虞，即便坐罪，则人心帖服，永无他言。若今日畏各犯招举，一唯荧惑圣聪，久稽廷讯，或潜散党羽，使远遁，或阴毙张差使口灭，则疑复生疑，将成实事，唯有审处以消后祸。
按：这段话初看似乎蛮横无理，倘使张差的逆谋“与国泰无干”，如何又要责成郑国泰保护太子及皇长孙？而且身为外臣，又如何保护？其实，此乃针对郑贵妃所发。玩味语气，何士晋是提出了一个调停的办法：只要郑贵妃能负责太子父子的安全，不妨大事化小，仅将郑贵妃宫中的太监庞保、刘成法办，此外从宽不问。假如郑贵妃连这样最起码的保证都不愿提供，那么，为了替太子消除隐患，非彻底追究不可。
神宗对何疏虽照样置之不理，但亦知道事情麻烦，真个连“皇上亦不能庇”了，所以对郑贵妃表示，要她自己想办法去解决问题。郑贵妃大窘，“解铃还须系铃人”，只有向太子乞怜，自己极力剖白，希望取得太子的谅解，为她出面料理。
《明朝的皇帝》 第二部分郑贵妃求援于太子
三十二、郑贵妃求援于太子
太子这时的心理很复杂，一方面因为郑贵妃亲来乞怜求援，不无受宠若惊之感；另一方面由于案情牵连甚广，颇有惧意，也希望风波能平伏，所以表现得非常合作。
有个为太子“伴读”的太监叫王安，是明朝末叶极少数的好宦官之一，他是雄县人，在太子身边已经二十年，郑贵妃一再在神宗面前谗害太子，多亏王安多方保护，此时为太子结好于郑贵妃，代草“令旨”颁示群臣，为“梃击”一案替贵妃“辟谣”，神宗及贵妃对此都深为满意。
为了“释疑”，神宗又采取了一个不平常的行动，《明史纪事本末》载：
癸酉（按：为五月二十八日）驾幸慈宁宫，召见百官……辅臣方从哲、吴道南暨文武诸臣先后至。内侍引至圣母灵次（按：神宗生母李太后崩于前一年的二月，这亦是“梃击案”所以发生的原因之一，如李后在，郑贵妃不敢如此胆大妄为），行一拜三叩头礼时，上西向，倚左门柱，设低座，俯石栏。百官复至御前叩头，上连呼曰：“前来。”群臣稍膝而前，在御座不数武。上练冠、练袍，皇太子冠翼善元冠、素袍侍御座右，三皇孙雁行立左阶下。上宣谕曰：“朕自圣母升遐，哀痛无已。今春以来，足膝无力；然每遇节次朔望忌辰，必身到慈宁宫圣母座前行礼，不敢懈怠。昨忽有疯癫张差，闯入东宫伤人，外廷有许多闲说。尔等谁无父子？乃欲离间我耶？适见刑部郎中赵会桢所问招情，止将本内有名人犯张差、庞保、刘成即时凌迟处死。其余不许波及无辜一人，以伤天和，以惊圣母神灵。”
接着，神宗执着太子的手，又对群臣表示他这个儿子很孝顺，他极爱惜；又说，从小养到大，如果有别意，当时何不另立太子，到现在大家还有什么可怀疑的，而且福王在数千里外，倘非宣召，他不能忽然飞了来。这些话是一再强调他本人并无废立之意，并且极爱长子；对于郑贵妃只字不提。用这样的手法开脱郑贵妃，近于掩耳盗铃，至多只能证明神宗对“梃击”之谋事前毫无所闻而已。
《明朝的皇帝》 第二部分太子为庞保、刘成缓颊
三十三、太子为庞保、刘成缓颊
神宗不但援子以明心迹，而且援孙以示重固；不但自己极力辩解，而且示意太子辟谣，《明史纪事本末》载：
命内侍传呼三皇孙至石级上，命诸臣熟视。谕曰：“朕诸孙俱已长成，更有何说。”顾问皇太子：“尔有何语，与诸臣悉言无隐。”皇太子曰：“似此疯癫之人，决了便罢，不必株连。”又曰：“我父子何等亲爱，外廷有许多议论，尔辈为无君之臣，使我为不孝之子。”上因谓群臣曰：“尔等听皇太子语否？”又述东宫言，连声重申之，群臣跪听未起。上屡顾阍者，令续到官皆放进无阻，以故后来者踵趾相错，班行稍右，与帝座远，上又持皇太子而向右问曰：“尔等俱见否？”众俯伏谢，乃命诸臣同出。
这一番做作，效果是有的：多少可说明神宗和太子的父子之情还是有的。而令臣下印象特别深刻者，神宗此时已二十五年不朝，二十五年中除了少数宰辅以外，许多大臣从未见过神宗的面。世宗与神宗都曾数十年不出禁宫一步，在中外历史上是个极其特异的纪录。
由于圣谕皇皇，张差在第三天即被凌迟处死。据王之寀以后透露：“张差以首抢地，谓同谋做事，事败独死。”这是狂悖愚恶者自速其死，虽可怜、不足惜。
再下一天，神宗命司礼监及九卿三法司审庞保、刘成于文华门，因为张差已经处决，死无对证，刘、庞二人不肯招供。在文华殿前，亦不便用刑，一时不能有结果。
此时太子派人传谕，为庞、刘缓颊：
张差持棍闯宫，至大殿檐下，当时就擒，并无别物，其情实系疯癫，误入宫闱，打倒内侍，罪所不赦。后招出庞保、刘成，本宫反复参详，保、成身系内宫，虽欲谋害本宫，于保、成何益？此必保、成素曾凌虐于差，故肆行报复之谋，诬以主使。本宫念人命至重，造逆大事，何可轻信？连日奏求父皇，速决张差，以安人心，其诬举庞保、刘成，若一概治罪，恐伤天和，况姓名不同，当以雠诬干连，从轻拟罪，奏请定夺，则刑狱平，本宫阴骘亦全矣。
按：庞保原名郑进，刘成原名刘登云，所以有“姓名不同”的话。太子所以出此，自是受了压力所致。
《明朝的皇帝》 第二部分神宗三年三次加赋
三十四、神宗三年三次加赋
会审庞保、刘成，就因为太子这道出于王安手笔的令旨无结果而散。此外案内有名的马三道、李守才、孔道等人，刑部定了充军的罪名，神宗准如所请。而庞保、刘成则在宫内被处死；这自是郑贵妃在取得神宗的许可以后，杀以灭口�