三、光宗“宾天，实有隐恨”，孙慎行、邹元标追论红丸案，不容于魏忠贤，而对党护李选侍的沈“曲意绸缪”。大罪三。
四、任用辅臣的大权，魏忠贤“一手握定”，孙慎行等人照资格应该入阁，魏忠贤借故排斥，“岂真欲门生宰相乎？”大罪五。按：这是指魏广微而言，“门生宰相”一语为魏广微所深恨，因而他也起了杀杨涟之心。
五、因建言得罪的臣子，被贬斥后，虽有恩典，而魏忠贤阻隔不行，所以京城有“天子之怒易解，忠贤之怒难调”的传言。大罪七。
六、杀赵选侍、杀裕妃。大罪八、九。
七、“中宫有庆，已经成男，乃忽焉告殒”，传闻实为魏忠贤与客氏的阴谋。大罪十。
八、杀王安及其他内监。大罪十一。
《明朝的皇帝》 第三部分魏忠贤修祖坟僭拟皇陵
三十四、魏忠贤修祖坟僭拟皇陵
九、要挟奖赏，又于河间起建牌坊，镂凤雕龙，干云插汉；茔地僭拟陵寝。大罪十二。
十、滥邀封荫，其亲属魏良弼、魏良材、魏良卿、魏希孔、傅应星等，或则黄口小儿，或则目不识丁，无功而得恩荫。大罪十三。
十一、诬陷国戚，动摇中宫。大罪十四。
十二、给事中周士朴纠正织造太监，魏忠贤竟停其升迁，使吏部不得专铨除、言官不敢司封驳。大罪十七。按：周士朴即为应升吏科都给事中的第一优先者，因阮大铖的活动，才有此“停”，结果反而魏大中升了上去。这是赵南星处置之失。
十三、北镇抚司刘侨，不肯杀人媚人，忠贤以不善锻炼成狱，遂致罢官，示大明之律令可以不守，而忠贤之律令不敢不遵。大罪十八。
十四、东厂之设，原以缉奸，忠贤受事，日以快私仇、行倾陷为事。大罪二十。
十五、祖制不蓄内兵，原有深意，忠贤与奸相沈，创立内操，薮匿奸宄，安知无大盗刺客为敌国窥伺者，潜入其中？一旦变生肘腋，可为深虑。大罪二十二。
十六、忠贤进香涿州，警跸传呼，清尘垫道，人以为大驾出幸。及其归也，改驾四马，羽幢青盖，夹护环遮，俨然乘舆。大罪二十三。按：此即为平剧《法门寺》的张本，张冠李戴，把他套到了刘瑾头上。刘瑾在正德年间专权，但犹未敢出警入跸，妄拟乘舆。又：“九千岁”的称呼，出于蓟辽总督阎鸣泰，以示魏忠贤与“万岁”仅差一层。刘瑾并无“九千岁”之称。
十七、今春忠贤走马御前，陛下射杀其马，贷以不死，忠贤不自伏罪，进有傲色，退有怨言。大罪二十四。
由以上罪状，可以明显看出，熹宗的生死都操在魏忠贤手中，不篡位只是怕民心不服而已。以后世的眼光来看，大罪之大罪，在于开内操。明朝原有太监监军的制度，但至嘉靖年间尽罢不设。魏忠贤想掌军权，而须有懂兵事的太监为爪牙，所以开内操的真正用意，是魏忠贤借此养成军官，固不仅有“变生肘腋”之虞。
《明朝的皇帝》 第三部分阉党排斥正人君子陵
三十五、阉党排斥正人君子
杨涟的这道奏疏，自然有人参与，而且参与的人可能还不少，但叶向高事先并不知道，击奸不成，此为关键所在。
《明史·杨涟传》：
先是，涟疏就欲早朝面奏，值次日免朝，恐再宿机泄，遂于会极门上之。
按：因为参与的人多，所以要防备泄漏机密。此疏既上，魏忠贤大惧，求援于韩，韩不理，魏忠贤只好在宫里想办法了。
他的第一个办法是避重就轻。熹宗不大看奏折——也可能看不懂，都由王体乾跪着念给他听，杨涟的奏疏中，最重要以及最容易激怒皇帝的部分，王体乾都略而不念。
第二个办法是哭诉御前，请辞提督东厂的差使，再由客氏从旁劝解，王体乾附和着敲边鼓，熹宗糊里糊涂地也就置而不问了。
第三个办法是包围皇帝，不让杨涟接近。当杨涟知道了魏忠贤的手法，越发气愤，预备第二天上朝面劾。魏忠贤得知消息，借故使熹宗三日不朝；第四日临朝，无数太监如临大敌般，带着刀剑，重重遮护皇帝，杨涟始终得不到面奏的机会。
这时廷臣交谏，攻魏忠贤的奏疏有数十通之多，有人劝叶向高趁此时下手，而叶向高有他自己的想法：
《明史·叶向高传》：
向高念忠贤未易除，阁臣从中挽回，犹冀无大祸，乃具奏称忠贤勤劳，朝廷宠待厚，盛满难居，宜解事权，听归私第，保全终始。
这已经是帮魏忠贤了，而魏忠贤不但不领情，且深为不快，矫旨驳复，连篇累牍都是称赞魏忠贤有功的话。这不是太监所能做的文章，一打听，出于阉党绍兴人徐大化的手笔。
魏忠贤那时虽又气又恨，想尽杀东林，但还怕外朝正臣讲话，不敢畅所欲为，但阉党知道那班正人君子和而不同，有可乘之机，极力煽动，于是魏忠贤放手大干了。
这年十月，借故驱逐了杨涟、左光斗等人，接着便是对付叶向高。
《明朝的皇帝》 第三部分叶向高难安于位
三十六、叶向高难安于位
叶向高的不安于位，是因为两件事，第一件是管理皇陵的工部屯田郎中万燝上疏痛诋魏忠贤，措辞犀利，十分痛快。引录其中精警的片段如下：
忠贤性狡而贪，胆粗而大，口衔天宪，手握王爵，所好生羽毛，所恶成疮痏。荫子弟则一世再世，赉厮养则千金万金，毒痡士庶，毙百余人；威加缙绅，空十数署。一切生杀予夺之权，尽为忠贤所窃，陛下犹不觉悟乎？
且忠贤固供事先帝者也，陛下之宠忠贤，亦以忠贤曾供事先帝也，乃于先帝陵工，略不厝念。臣尝屡请铜，靳不肯予。间过香山碧云寺，见忠贤自营坟墓，其规制弘敞，拟于陵寝，前列生祠，又前建佛宇，璇题耀日，珠网悬星，费金钱几百万。为己坟墓则如此，如先帝陵寝则如彼，可胜诛哉！今忠贤已尽窃陛下权，致内廷外朝止知有忠贤，不知有陛下，尚可一日留左右耶？
魏忠贤见疏大怒，矫旨廷杖一百，斥逐为民。叶向高等极力谏劝，要救万燝。魏忠贤不但不听，而且听了王体乾的话，用暴力立威，派一批东厂的太监到万燝家，把他拖了出来，一路拖，一路揍，拖到宫前，已经气息奄奄，一顿大杖，死而复苏。魏忠贤必欲置之死地而后快，叫太监轮流在万燝身上乱踩乱踢，等抬回家，怎么救也救不活了，拖了四天，终于一命呜呼。而身后还有灾祸，诬陷万燝曾受贿银三百两。万燝是个廉吏，他家悉索敝赋，变卖一切才凑足三百两银子，交了这项“赃款”。
在这样的情况之下，所谓“辅臣”已毫无作用，所以叶向高决意求去，连上了十余疏，没有下文，而另一个间接的打击却又发生了。
叶向高的外甥林汝翥，其时当巡城御史——这个职位的实权，到清朝还保持着。他的职责是维持京师的治安和宁静，又称巡街御史，出巡时极其威风，前面用两条“响鞭”在街面上打得“吧嗒”、“吧嗒”地响，小偷流氓，只一听见这清脆的响声，无不躲得远远的。有时达官贵人的车夫争道，相持不下，只要巡城御史将到，立时解围，否则就有当街被打屁股的可能。
《明朝的皇帝》 第三部分林汝翥杖责不法太监
三十七、林汝翥杖责不法太监
林汝翥就因为行使职权，当街杖责了两名不法的太监，为魏忠贤矫旨廷杖。“光棍不吃眼前亏”，具有万燝的例子在，怕这一顿打会立毙杖下，所以林汝翥弃官而逃，一逃逃到遵化巡抚杨渼那里，杨渼胆小怕事，据实呈报，结果还是被捉了来打屁股，幸而未死。
当林汝翥开溜时，有人告诉魏忠贤，说他是叶向高的外甥。于是魏忠贤派了一批太监，跑到叶向高家去大闹，要叶家交出林汝翥来。这是有意令人难堪，叶向高辞官的意志越坚，而这也是魏忠贤所希望的，终于奉旨“加太傅，遣行人护归”。
叶向高一去，等于作战丧失了最重要的一个桥头堡，阉党很快地攻陷了东林的根本重地。《明史·朱国祚传》：
向高密奏（按：即请熹宗放魏忠贤归私第一疏），忤忠贤，决计去，谓国祚曰：“我去，蒲州更非其敌，公亦当早归。”
“蒲州”是指韩。叶向高既去，韩为首辅。《明史本传》：
向高罢，为首辅，每事持正，为善类所倚。然向高有智术笼络群阉，唯廉直自恃，势不能敌，而同官魏广微又深结忠贤，遍引邪党。其后，忠贤假会推事，逐赵南星、高攀龙，急率朱国祚等上言：“陛下一日去两大臣，臣民失望……”
结果不但逐去赵南星、高攀龙，而且又逐杨涟、左光斗、陈于庭，最后连韩自己也回了老家。
这时内阁中朱国祚成了首辅。照传统，辅臣虽有数人，但大权由首辅独掌。当韩还在位时，魏广微想分首辅之权，特由魏忠贤传旨，故意责备魏广微不可吃饭不做事，韩即因此抗疏而去。等朱国祚成了首辅，魏广微根本没有把他放在眼里，这年冬天遂亦被攻去位。
因此，我们可以大书一笔：自天启四年十二月始，政府言路尽为阉党之天下。顾秉谦当首辅，对魏忠贤唯命是听；魏广微向魏忠贤报告枢务的函件，封面标明为“内阁家报”，直视大明为魏家天下了。
于是不久而再起汪文言之狱，正人君子不得保其首领；同时又修《三朝要典》，企图篡改历史。在那三年之中，一方面正气发扬，一方面戾气所聚，形成两个极端。
《明朝的皇帝》 第三部分魏忠贤哭诉御前
三十八、魏忠贤哭诉御前
在此以前有个插曲，也可能是剪除魏忠贤的最好的一个机会，可惜未成事实。天启年间，关于对抗满洲入侵，曾有一个比较稳定的时期，得力于以辅臣督师的孙承宗。此人是个奇男子，史书形容他“貌奇伟，须髯戟张，与人言，声殷墙壁”。他早年以教读为生，往来燕晋边关，每到一地，喜欢跟戍守的老兵谈关塞险要，因而熟悉备边的军事。万历三十二年榜眼及第，一直在翰林院、詹事府供职。熹宗即位，充“日讲官”，为皇帝讲书。孙承宗的声音洪亮，善于辞令，兼以早年教读的经验，懂得深入浅出的方法，所以在经筵上庄谐并陈，头头是道，熹宗每听他进讲，总说“开心”，眷注特殷。
当杨涟、赵南星等人被逐时，孙承宗刚在蓟州、昌平一带视察防务，觉得魏忠贤太不像话，决定上书弹劾，但怕熹宗未必能看得到，恰好万寿节近，便上疏“以贺圣寿，入朝面奏机宜”为名，拜疏以后，随即进京。
哪知道魏广微得到了消息，造夜奔告魏忠贤，他说：“孙承宗拥兵数万，将清君侧，朝内有兵部侍郎李邦华跟他联络。等孙承宗一到京城，立刻便有粉身碎骨之祸。”
魏忠贤一听这话，吓得魂飞天外。熹宗已经归寝，他进寝殿去把熹宗喊醒了，“绕御床哭”。熹宗一念不忍，会内阁拟旨，阻止孙承宗到京。
这时的首