运。这些信中已见不到“至爱”的称呼，字里行间她已不再掩饰她那强压着的怨艾之情。她称自己“是薄命的红颜”，恨自己连一个字的回音也没有收到过。叶芙多基娅在1690年生了一个皇子，取名阿列克谢，但他们的家庭关系却并未因此改善。
在索菲娅摄政的头几年，在普列奥勃拉任斯科耶的彼得离官和克里姆林宫之间的关系还是正常的。然而，随着彼得年龄的增长，这种关系中逐渐出现了敌对情绪。双方互相猜忌。普列奥勃拉任斯科耶离宫对女摄政参加各种仪式庆典一事，并不是睁一只眼、闭一只眼。1689年7月8日，女摄政采取了一个挑衅性的行动，居然和两位沙皇并排棒着十字架圣像站在大教堂的宗教祭祀行列里。怒容满面的彼得对她说，作为一个女人，理应赶快走开，因为她的行为是对十字架的亵读。但公主却置之不理；彼得怒不可遏，当即飞身上马，驰往科洛缅斯科耶村，又从那里到了普列奥勃拉任斯科耶。在官方文件中提到这位女摄政用的是尊称“索菲娅·阿列克谢耶夫娜公主陛下和大公”，彼得周围的人一见哗然。纳塔利娅·基里洛夫娜皇后公开表示自己的愤懑：“她怎么竟敢把自己的名字和伟大的国君并列在一起？我们有人，他们不会对此不理的。”
如果普列奥勃拉任斯科耶把索菲娅的举动看作是想自己立威正名，以便有朝一日发动官廷政变的话，那么克里姆林官方面也认为彼得不断增加游戏兵的数目并加强装备，同样是心怀叵测、以图不轨的。不过，需要事先说明的是，保存下来的文件并未提供肯定证据，说明彼得已权欲熏心，急于独揽政权。
至于索菲娅，恰恰相反，不能说她没有权力欲。在取得摄政地位，并已惯于发号施令之后，她正在一步步地预谋一场宫廷政变，好从彼得手里夺下王位继承权。
按时间来说，彼得和索菲娅最后一次公开反目发生在1689年 7月。这次冲突是由欢迎戈利岑从克里米亚远征归来的庆祝典礼而引起的。这次远征既未给士兵也未给他们的长官带来荣誉。然而索菲娅不惜对那些莫须有的战功予以嘉奖，并竭力笼络射击军，好使后者能在她与彼得眼看一触即发的冲突中站在她一边。
为了表示抗议，彼得拒绝参加好大喜功的庆祝活动。远征军首领和其他军事长官来到普列奥勃拉任斯科耶村，竟然没有受到彼得的接见。索菲娅认为这种行为是对她的直接挑衅。她向射击军呼吁：“你们认为我们是有所作为的吗？如果认为我们有所作为，就支持我们。如果不是这样，我们就让贤。”索菲娅用最后一句话强调出自己的宽洪大度。实际上，在克里姆林宫，正如在普列奥勃拉任斯科耶离宫一样，双方都在为最后的摊牌进行紧张的准备工作。象在其它紧张情势下常遇到的情况一样，恐惧与期望的心情交织在一起，而结局却不期而至。
8月7日夜间，克里姆林宫里响起一阵警报声，射击军拿起了武器，有人放出风来说，彼得的游戏兵已从普列奥勃拉任斯科耶开拔，正向莫斯科进发。莫斯科射击军中拥护彼得的那一派，在未弄清事实真相之前，就认为射击军是要进军普列奥勃拉任斯科耶，而不是保卫克里姆林宫。于是他们马不停蹄地赶到彼得宫邸报信。结果警报原来是假的，但流言却引起了连锁反应。
人们叫醒彼得，向他报告了这个消息。可以想象得出，彼得的脑海里闪过什么念头，在那短短的一瞬间他想到的是什么。七年前发生过的情景从眼前一一闪过，——激怒的武装人群，钺、开山斧、长矛，纳雷什金家族的追随者们被戳得浑身是窟窿的尸体。彼得预感到有生命之虞，于是出人意料地当机立断：逃跑。他急切地思考着，逃往何方？有人给他送来衣服、马鞍和坐骑。他在三个人的陪伴下走了一整夜，然后下令去谢尔基圣三一修道院；七年前索菲娅曾在它的高墙里逃过难。
彼得长大成人后，非常骁勇善战，曾多次出生入死，可是此时十六岁的他，抛下妻子和母亲，将自己的命运交付近臣贤士和游戏兵；然而无人守卫的谢尔基圣三一修道院却救不了他的御驾。经过长途疾驰，疲惫不堪的彼得于 8月 8日清晨来到修道院，他一头扑到床上，痛哭流涕地向大司祭讲述发生的事件，并请求保护。
翌日，游戏兵团的战士们和苏哈列夫团的射击军官兵从普列奥勃拉任斯科耶来到彼得这里。他母亲也来了。
克里姆林宫只是在 8月 9日才获悉彼得出逃的消息，—— 8号那天索菲娅和射击军一起朝圣去了。这消息引起人们的惊恐不安，但他们佯作镇静，想竭力掩饰。“简直是瞎胡闹，他愿意跑就让他跑去吧。”沙克洛维特说道。
索菲娅想和解了事，但未能奏效。为了息事宁人，一开始她派大主教约阿基姆到三一修道院去，但此人对彼得有好感，到达后就留在彼得手下了。“我派大主教去，”索菲娅把失败的给果告诉了射击军，“是为了与弟弟和解，可大主教到了那里就不回来了。”随后她亲自动身去修道院，但途中接到弟弟断然让她返回克里姆林宫的命令。
索菲娅仰仗的军事力量，一天天在瓦解。她和沙克洛维特已不能靠发号施令来控制那些兵团和射击军，因为他们不愿冒险同支持彼得的军队发生武装冲突。应彼得之召团队指挥官们率士兵和射击军去谢尔基圣三一修道院。在那里，射击军的长官向沙皇告发了由沙克洛维特召集的秘密会议和他准备发动宫廷政变的阴谋；紧接着提出引渡沙克洛维特的要求。
在对沙克洛维特进行侦查时，彼得从三一修道院致函哥哥伊万，说明应铲除索菲娅的决心：“皇兄陛下，吾兄弟业已长成，刻你我身侧仍有某无耻之尤越俎代庖，执掌我国家大权，视吾辈如同等闲，是可忍，孰不可忍？”
这封信导致宫廷斗争的结束，表明纳雷什金集团获胜；索菲娅被宣布是个“无耻之尤”，并于 9月末被监禁到新圣母修道院。痴呆的哥哥伊万被黜，实际上是政变的另一结果。尽管彼得在信中表示要尊兄“如父”，但彼得的亲信早已抓了实权。不仅在组成新政府之际，而且在以后的年月里，在1696年伊万逝世之前，凡事他们也不向他禀奏。他只在名义上履行沙皇的职责：接见外国使节，参加教堂仪式，所有官方文件还都有他签署的名字。
陆地战争游戏与水上游戏互相更替地吸引着彼得的兴致。1692年冬，沙皇经常到佩列雅斯拉夫尔湖去。他运去了大量食品和造船材料。彼得甚至亲自参加造船。他这样乐此不疲，以至政府最有威望的官员不得不前来促驾返京，因为波斯大使已到达首都履新，按外交礼节需要沙皇在克里姆林宫接见。
8月间，有几条船在佩列雅斯拉夫尔湖下水试航。由于水域所限，船只不能过大，而且只能曲折绕行。辽阔的海洋和真正的海船吸引着彼得。阿尔汉格尔斯克是当时俄国唯一的海港。1693年彼得在众多随员——领主、侍臣、御前大臣和四十名射击军的陪同下前往海港。在这里，彼得第一次看见了从英国、荷兰和德国来的海船，还有运来的呢绒、服饰用品和各色染料；另一些船只在等待装载制造桅墙的木材、皮革、皮衣、大麻、鱼子。彼得第一次乘小炔艇在海上作了短暂的游览。
1693年的海上之行带有勘查的性质。彼得已经想好，来年还要再去阿尔汉格尔斯克。为此决定要更加认真地进行准备。彼得指派督军费多尔·马特维那维奇·阿普拉克辛在驻地督造一条海船。
1694年 1月，纳塔利娅·基里洛夫娜皇后归天。母后的死使彼得显出了两个性格特点：一是鄙视陈规陋习，一是宁肯独自一人去忍受伤亲之痛。 1月25日，在皇后弥留之际，儿子和她道别后，立即动身去普列奥勃拉任斯科耶。他在那里独自一人痛悼母后的逝世。安葬仪式他甚至也没有参加。可以猜测得出，彼得这种行为在莫斯科人心目中引起一些什么样的流言蜚语。早些时候，他的七个月的次子亚历山大夭折时，他也没有去送葬。如果说在那种情况下他不到场是为了冷落妻子并且有意怠慢她的亲朋好友的话，那么安葬母后他也不在那一定是另有原因的：他怕让人看出自己感情脆弱。母后入土后的第三天，他来到墓前，独自凭吊了一番。彼得曾向阿普拉克辛督军扼要而真切地叙述了他当时的悲痛心情。
在以前这些日子里，彼得既不出席领主杜马，也不去过问政事。国家事务都由他母亲和他本人周围的亲朋至友掌管。他们都是些什么样的人呢？
整个十七世纪，在与沙皇共同建立丰功伟绩的战友中，往往是皇亲国戚身居要津。在罗曼诺夫一世——沙皇米哈伊尔·费多罗维奇时代，政府的实际首脑是贪权好势而又精力充沛的皇父菲拉列特大主教。在阿列克谢·米哈伊洛维奇统治时期最初是鲍里斯·伊万诺维奇·莫罗佐夫，他是沙皇的老师、“老人家”，是靠和沙皇的小姨子联姻才得以巩固自己的地位的。后来，莫罗佐夫失势，由沙皇前妻的亲戚米洛斯拉夫斯基家族来操持国政。少年彼得登位，政府的实际首脑是他母亲的娘家人——纳雷什金家族，而在婚后，是他与之联姻的新姓氏的代表——洛普欣家族。
他们的同龄人，即那些和沙皇一起长大，一起受教育的人，成了沙皇近臣的另一个来源。姓氏显赫的后生子们列入皇储的亲信的名册。皇储曾和他们一起玩耍、学习，他们给他当恃从。他同其中一些人建文了一种莫逆之交，这种关系甚至一直维系到皇储登上沙皇宝座以后。这些“后生”的贵族身份，以及他们和帝位继承者的密切关系，保障了他们日后的宦途通畅无阻。
彼得生母和妻子这条线上的亲戚没有成为他的战友。纳雷什金家族及其同伙在射击军1682年叛乱时已被消灭。唯一幸免于难的国舅列夫·基里洛维奇。纳雷什金沿袭祖制在政府里占了一席高位，但随着姐姐的去世，他的地位一落千丈。他的“智力绝对一般，而且嗜酒无度；为人傲慢；尽管还没有到作恶的程度，但绝非善良之辈”。这就是鲍里奇·伊万诺维奇·库拉金大公对他的评价。
外戚洛普欣家族中也没有什么政治人物冒尖：一方面这是因为这个家族出身贫寒，另一方面，早婚的彼得由于对皇后冷落，故此也就无心提拔岳家的那批国戚。
剩下的是彼得的一些同龄人，从中也可以挑选出他一批老战友。然而这些人无论从贵族的爵位，还是从心理上看，同那些与彼得的先辈过从很密的“后生子”比，可说大相径庭。
青年彼得的朝中缺少良材。这种弱点已经表露无遗：只要浏览一下彼得即位初期关于立法的大事记就会发现，其中既没有什么纲领性的东西，也看不出什么铁腕领导。这种法令老是跟不上时势，只是穷于应付眼前的需要罢了。唯有鲍里斯·阿列克谢耶维奇·戈利岑公爵具有卓越的才能。我们曾多次援引过库拉金的评论，他认为戈利岑为人“聪明过人，举一隅而知三隅。但此人不勤于政事，沉溺于声色，好饮酒作乐”。戈利岑是彼得暂避三一修道�