。父王重新向太子提出那些没有得到口答的严肃的问题，要求太子明确答复，大意是，想随心所欲，混下去是不行的，要么洗心革面，使自己真正成为一个合格的皇位继承人，要么去当修士，否则为父王的很难释念。
在事关他未来命运的两种方案中，太子选择了后者。根据基京出的主意，阿列克谢同意削发为僧，基京曾经说过：“僧帽又不是用钉子钉在脑袋上的。”
几天之后，彼得在出国前夕，同装病的阿列克谢作了一次详谈。沙皇劝他再仔细考虑一下自己的决定，把最后的答复在六个月之后寄到哥本哈根。
儿子表面上的顺从，同意放弃皇位或进修道院等等，都是不折不扣的欺骗。修道院是那些确实已看破红尘有出世想法的才进的。而太子口里虽然说他心甘情愿进修道院，但这都是违心之言。因此，尽管他可以在修道院小修室坐等父亲死亡，但小修室毕竟不是最好的栖身之地；僧帽虽则不是用钉于钉到脑袋上，但是正如瓦·奥·克柳切夫斯基一针见血指出的那样，要把僧帽换皇冠还不那么容易。除此之外，出家以后就要求清心寡欲，连在太子心目中越来越受宠的叶芙罗西尼娅也不能再朝思暮想了。
正因为如此，阿列克谢决定逃往国外。基京出发往查理巴德之前答应他：“我一定给你找到一个安身之地。”
但是，怎样才能脱身呢？
恰恰是沙皇本人帮他实现了这个计划。当时正在哥本哈根的彼得，最后一次想使儿子回心转意。他写信劝儿子要么前来哥本哈根，参加反对瑞典人的海战，要么就把削发为僧的时间确定下来，并提出要进哪个修道院。阿列克谢当即表示愿去哥本哈根。
很快就安排停当。1716年 9月26日，阿列克谢告别了诸元老，在叶芙罗西尼娅、她的弟弟伊凡和三名仆人的陪同下上路了。
“我要对你讲了，你不会告诉别人吧？”有一次太子向他的近侍伊凡·阿凡纳西耶夫吐露了真情。伊凡答应保守秘密。
“我不到父皇那里去；我要去奥地利皇帝那儿，或者到罗马去。不过我只让你和基京知道这件事，基京已去维也纳为我奔走，看我到哪里更合适。遗憾的是我现在见不到他，也许他正在路上。”
太子同基京终于见面了。他们在米塔瓦谈了一次话。
“你为我找到藏身之处了吗？”太子问道。
“找到了，”基京回答说：“到维也纳奥皇那里去，那里不会有人出卖你。”
这次会面消除了有关逃向何处，是维也纳还是罗马这个问题的所有疑虑。当然应该去维也纳，因为那里可以指望得到自己连襟的庇护。
基京给太子出了一些主意：“如果你父王派人在半路上找你，你应在夜里一个人偷偷溜掉，好避开来人。”此外基京还建议太子在前往哥本哈根路上科罗莱维茨时给沙皇发一封信，以便掩饰他真正的去向。最后，基京还嘱咐他，如果他父王派人来找你，绝不可从命。
逃亡者耍了许多花招。在从米塔瓦出发的邮车中，坐着的不是俄国皇位继承人，而是莫斯科的一位叫科汉斯基的中校及其夫人和一位中尉。另外一辆大车里坐的是中校的仆人们。
途中还换了几次妆。科汉斯基中校在各驿站登记时，化名为波兰勋章获得者克列缅涅茨基，他蓄起小胡子，他的夫人穿上男装，作为少年侍卫伴随着他。
1716年11月10日深夜，当维也纳朝廷的副首相申博恩准备就寝的时候，家里来了一位不速之客，操着半通不通的德法混合语向伯爵报告，说俄国皇太子就在门外，请求立即接见。阿列克谢太子进入内室，心情十分激动，不停地东张西望，前言不搭后语地抱怨父王想剥夺他的皇位，说缅希科夫的左右都是一些笨蛋和酒鬼，继母叶卡捷琳娜有永远难以满足的虚荣心，等等。
太子来到维也纳，使奥地利政府感到左右为难。如果公开为太子提供避难所，那就是说和彼得公然作对，而沙皇在是不惜以兵戎相见的。可不希望事件发展到那样一个地步。另一方面，在维也纳，人们认为立即引渡太子也非良策，因为他们想把他当成一场政治赌博中的赌注。因此奥地利朝廷决定将太子秘密收容，把他连同其随行人员一起送往蒂罗尔的山地要塞——埃伦贝尔格，与世隔绝。
在太子求见申博恩，维也纳的大臣们忙于解决这一辣手问题的那些日子里，彼得等待皇子前来哥本哈根已经白白等了两个月，他开始着急了。太子迟迟不到，这究竟是怎么一回事呢？
对这一问题可以设想两种方案。要未是太子路上险遭不测，遇到了杀身之祸，要未是他自己有意躲起来了。尽管彼得也认为第二种可能性更大，他还是在12月 9日向威杰将军（驻扎在梅克伦堡的俄军指挥官）发出命令，要他派下面的军官去搜寻太子。同时彼得把正在维也纳的亚伯拉罕·维谢洛夫斯基召到阿姆斯特丹，命他查明太子的下落，并随时派信使送专函报告他的行止，并嘱咐他要绝对保密。此外，维谢洛夫斯基还受命转交查理六世一封信。彼得虽然写信给奥皇说他的太子“去向不明”，但他认准了逃亡的太子此刻正在这位皇帝所管辖的领土上。
威杰将军组织的搜寻工作毫无结果。然而，维谢洛夫斯基却发现了太子的行踪。1717年 1月初，他查明，去年10月29日太子正待在奥得河畔的法兰克福，从那里又往布累斯劳方向去了。维谢洛夫斯基一个驿站、一个驿站地跟踪太子，最后追到了维也纳。但是，在这里线索突然中断了。维谢洛夫斯基在维也纳及其近郊到处寻找太子达两个月之久，但一无所获。只是在 3月的下半月，他才弄清楚阿列克谢躲在埃伦贝尔格要塞。此时做这个工作的已经不只他一个人——近卫军上尉亚历山大·鲁缅采夫也前来协助他。
由于掌握了在逃的太子停留地点的确切消息，维谢洛夫斯基觐见了奥皇并转交了彼得的一封信。但查理六世却佯称并不知情。
奥地利朝廷采取了观望态度。只是在一个月之后，当再也不能否认太子隐匿在奥国境内的时候，查理六世才复信沙皇，转弯抹角地承认了阿列克谢留居在奥国境内。奥皇向沙皇保证，他将“尽心竭力地”照顾阿列克谢，决不会使他“落入敌手”。奥皇的这封支吾搪塞的复信，没有回答沙皇提出的主要问题，即维也纳朝廷是否准备引渡太子。
维也纳朝廷想先用搪塞的方式赢得时间再静候局势的变化。他们最关心的问题是，为了夺回皇太子沙皇会不会诉诸武力，欧洲各国对此事的态度又将如何。这时，维也纳决定把太子转移到那不勒斯，因为他的隐居地点已为众人所知。但是就连迁往那不勒斯也很难不露形迹，因为鲁缅采夫一直寸步不离地跟踪着太子。
查理六世支吾搪塞的态度，迫使彼得不得不派遣有经验的外交官彼得·托尔斯泰前往维也纳。在他携带的一封信中，沙皇明确表示他已知悉皇子逃奥后的种种经过以及眼下正被拘留在那不勒斯一所城堡之中等各节。沙皇言之凿凿，维也纳方面再也不能抵赖，何况它本来就十分害怕俄国军队入侵，于是决定准许托尔斯泰会见阿列克谢，以便商谈有关太子返国的事宜。
1717年 9月26日，托尔斯泰同阿列克谢第一次会晤。托尔斯泰向太子递交父王的一封信，“汝一向忤逆不孝，无论好言相劝抑或严责，均不能使汝遵从吾之教导，汝远行告别之前，信誓旦旦，曾几何时，逃往国外，甘心卖身投靠，汝此等行为，使为父个人羞愧难当，痛不欲生，国家亦因此蒙受耻辱……。”沙皇还告诉太子，托尔斯泰和鲁缅采夫将和他面晤并提出建议。还答应他，只要他回国决不加惩罚。设不听劝告，将革出家门，并宣布他为叛徒。
读完父王的信，又听了托尔斯泰的劝导，太子说：“现在我什么也不能说，因为这件事我需要好好考虑一下。”两天以后，托尔斯泰得知，阿列克谢断然拒绝服从父王的意愿，理由是“回到父亲那里很危险，我怕见他那副怒气冲冲的面孔；为什么我不可以把我不敢回国的事写信向我的保护人奥皇陛下报告呢？”
太子之所以这样坚决，是因为他深信，即使沙皇采取军事行动，奥国朝廷也不会拒绝给予庇护。托尔斯泰的任务就是要打消阿列克谢的这种不切实际的想法。因为托尔斯泰确知，维也纳不想走得太远，为了太子之事同俄国发生武装冲突。
这位经验丰富的外交官，行动相当坚决。他终于成功地打消了优柔寡断的太子的抗拒心理。
托尔斯泰对太子说：“我不会离开这里，直到把你交到你父王手里为止，不管你是死还是活。我会到处跟踪你，你想躲也躲不掉。如果你赖在这里不走，你父王就会把你当成叛徒。”
为了使吓唬能起作用，托尔斯泰还想出了一个新招，他佯称收到沙皇的一封亲笔信，说俄国部队正在波兰集结，准备入侵奥国领土，以便迫使奥国朝廷引渡太子。
恫吓起了一定的作用，但阿列克谢仍然犹豫不决，直到被托尔斯泰收买的奥地利驻那不勒斯官员想把奥国官方文件称为“姘妇”的叶芙罗西尼娅从太子身边夺走时，太子才改变主意。阿列克谢这下明白了，奥国朝廷并不听他那一套，实际上他已被人家甩了，今后他们更无意把同俄国沙皇的关系复杂化。
太子本来准备到罗马去找教皇，但他这步棋却被叶芙罗西尼娅阻止了，她的劝告太子总是无条件接受的。剩下的唯一出路，就是返回俄国。阿列克谢把托尔斯泰请来，对他说：
“我要回到父王那里有一个条件，就是要答应我住在乡下，不要把叶芙罗西尼娅从我身边夺走。明天你同鲁缅采夫再来一趟，我把我的答复告诉你们。”
翌日，1717年10月 4日，太子给父王写了一封信，由于激动写得很不工整，在信里“最卑贱最无用的奴才，不肖之子阿列克谢”陈述了他打算返回俄国的事，并再一次请求宽恕。太子在准备起程的同时，烧毁了全部文件和书信底稿，以防万一。
10月14日，阿列克谢太子在托尔斯泰和鲁缅采夫的陪同下，离开那不勒斯。途中他收到已经到达彼得堡的父王的来信：“吾儿。10月 4日来信收阅。现答复如下：所言请求宽恕一节，此前吾曾通过托尔斯泰和鲁缅采夫二先生书面和口头上予以应允，现特在此重申：决不食言。托尔斯泰先生亦曾将汝之其它要求函告，吾亦予以应允。”
彼得同时还写信给托尔斯泰，告诉他来函中所提皇子想娶同他姘居的女子为妻，并想在自己的村子里定居住等要求可全部答允，只要他能回国。
阿列克谢在逃亡中度过了近一年半的时间。太子在那些自愿的形同坐牢的岁月中，对皇位可说朝思暮想。
他留在俄国的那些死党，同样也不知道这位逃亡的太子的去向和现况。
亚伯拉罕·洛普欣（太子曾将出逃的计划告诉过他）由于受好奇心的驱使，一次他找到奥地利驻彼得堡的公使，贸然问道：
“太子现在哪儿，有没有关于他的消息？”
由于得到的是支吾搪