1913年4月29日，安徽都督柏文蔚率先通电反对借款。5月3日，孙中山与黄兴联合通电“各省政府和人民”，要求禁止银行团借款给北京政府，国民党籍的江西都督李烈钧、广东都督胡汉民与湖南都督谭延辏б脖硎玖送涣⒊。诘蹦旮魇《级剑硎痉炊越杩畹闹挥兴�4位，而通电赞成者则有17省的都督。
实际上，早在国民党内部对待袁世凯态度摇摆不定时，袁世凯已开始了一系列应对之策。5月6日，袁世凯在总统府召开秘密会议，布置南方的军事，宣称要“除暴安良”，严厉指责孙、黄等人是“捏词耸听、淆乱人心”；陕西都督张、山西都督阎锡山、直隶都督冯国璋、奉天都督张锡銮、山东都督周自齐与河南都督张镇芳等联名通电，指斥黄兴等“不惜名誉，不爱国家，谗言横行，甘为戎首；始以宋案牵诬政府，继以借款冀逞阴谋”，其中张凤、阎锡山都是国民党人，表明国民党已经分裂。
在完成军事部署后，老谋深算的袁世凯为了逼迫南方首先发难，以中央名义，先是解除了李烈钧江西都督的职务，以自己阵营的黎元洪代之，接着又罢免了胡汉民与柏文蔚；与此同时，袁世凯拟定军事计划，三路大军向江西、安庆及南京出发。袁当然知道革命党人不会甘心束手就擒，而是一定要反抗，这样中央对南方用兵就可以名正言顺地进行。
果然，1913年7月12日，李烈钧在江西湖口宣布独立，以江西讨袁军总司令的名义发布讨袁檄文，号召“天下共击之”。此后数日内，国民党控制的江苏、安徽、广东、上海、福建、湖南及重庆的部队川军相继响应，一时间颇有声势，似乎要重现辛亥年的局面。
但实际上，形势已与当年大不相同。满清政府退位后，全国人心思治，希望国家早日走上安定建设的轨道。宋案的发生虽使举国哗然，但多数人认同由法律解决。至于国民党方面，由于许多杂牌小党的加入，已成为一个谋求政治利益的俱乐部，就是原来老同盟会的同志，大多以为大功告成，转而热衷于仕途名利。所以国民党声势虽大，但肯于跟孙、黄反袁者甚少，其中又多犹豫动摇者。内部分歧，举事仓促，军队的战斗力可想而知。起义各省的部队，在兵精饷足的北洋军面前，望风披靡，没有经过什么像样的战斗就溃败。孙、黄及革命同志们只得东渡日本再度流亡。革命党人原有的地盘悉数为北洋所接收，北洋的势力第一次越过了长江。
为了获得当选总统的足够选票，把中间的进步党人（5月底，与国民党相对立的黎元洪的共和党、章太炎的统一党与梁启超的民主党合并为进步党）从国民党中彻底分化出来，坚定他们的拥袁立场，袁世凯还特地挑选了进步党人的熊希龄，由他组成了所谓“一流人才内阁”。“一流人才”，主要是指内阁成员多为政坛名流，如梁启超、张謇、汪大燮等。
10月6日，参、众两院议员举行总统投票选举，本来袁世凯已将对手打尽，当选不成问题。但他仍然担心当天不能选出来，就在议员都到会之后，操纵了数千人，号称“公民团”，包围了议会，声称不选出总统不准议员出来。投了两次票，袁世凯都没有得到法定应得的选票，被关在内的议员们人困马乏，直到晚上才被迫选袁为总统。这种卑劣的做法也成了历史的一大笑料。
袁世凯后来更加明目张胆，他先取消了国民党议员资格，各省议会也纷纷取缔国民党，于是，自辛亥以来国内最大政治势力的国民党土崩瓦解了。1914年1月10日袁世凯更是直接解散了国会。自此，袁世凯的北洋集团在中国真正占据了主导地位。
流亡日本，建立中华革命党
孙中山到达日本后，许多老同盟会员李烈钧、柏文蔚、胡汉民、廖仲恺、居正、许崇智、谭人凤等陆续到达日本，聚在一起共商讨袁大计。而陈其美、戴季陶、朱执信、邓铿等仍坚持在国内作斗争。当时流亡日本的国民党人，生活十分艰苦，衣食不周，甚至向公费留学生索取一点食物糊口。
国民党是一个曾经拥有几十万党员的大党，但此时几乎被袁世凯瓦解殆尽，孙中山认为，二次革命的失败，并不是因为袁世凯过于强大，而是因为国民党内部过于涣散。虽然党员众多，声势浩大，但内部意见分歧太多，“党魁则等于傀儡，党员则有类散沙”，因而患难之际，彼此“疏如路人”。
1913年秋，孙中山决心要缔造一个组织坚强的“中华革命党”。基于对以往革命失败的认识，孙中山特别强调“服从党魁”这一条件，他期望的这一个新的政党，凡入党者，“必自问甘愿服从文一人，毫无疑虑而后可”。
孙中山严格入党程序，起草了中华革命党入党章程和誓约，并决定党员必须在立约宣誓的署名下，盖上右手的中指指印。誓约内容有五条：一、实行宗旨；二、服从命令；三、尽忠职务；四、严守秘密；五、誓共死生。除此之外，还有一句：从兹永守此约，至死不渝，如有贰心，甘受极刑。
这份誓词遭到了几位老同盟会中坚人物的反对。黄兴认为“附从孙先生再举革命”一词不妥，不能“附从”；李烈钧说：“牺牲一己之自由，附从党魁为屈辱”，并且反对捺手印。1914年6月初，孙中山与黄兴的矛盾日渐暴露，黄兴决定赴美。27日，孙中山赴黄兴寓所送行，并集古诗联句书相赠：“安危他日终须仗，甘苦来时要共尝”，表示一片惜别之情，并希望以后再度合作。黄兴在赴美途中船上赋诗曰：“口吐三峡水，足蹈万里云，茫茫天地间，何处着吾身？”黄兴的矛盾复杂心理可见一斑。
1914年7月8日，中华革命党在东京举行选举大会，孙中山当选为总理。根据中华革命党原始党员名册，从1913年9月至1914年7月，共有692人入党，并规定以青天白日旗为中华民国国旗，旗以红色为地，青天白日为章，章在旗首上隅。
二次讨袁
二次革命失败后，袁世凯在国内已经没有足够的反对力量，行事嚣张。1913年10月6日，在大批军警包围下，袁世凯“当选”“正式大总统”。10月10日，袁世凯在清宫太和殿上举行盛大的大总统就职典礼，当日下午又在天安门上阅兵，将勋章授给前清内务府总管世续和太保徐世昌，想以此表明民国大总统的地位不是从革命党手中夺来的，而是由清王朝“禅让”而来。
1914年7月，在组成宪法起草委员会后，关于何种国体适用于中国的讨论，突然成为舆论关注的中心和焦点。舆论先行，这是帝制发动的第一步。8月3日，总统府顾问古德诺（Frank J。 Goodnow） 发表了《共和与君主论》，认为中国国情不适用于共和制。14日，杨度、严复、刘师培、孙毓筠等“六君子”发起成立“筹安会”，杨度后来发表《君宪救国论》的长文，全国阐述中国应该实行君主立宪制的理由。
此后，袁的亲信段芝贵等密电各省长官，要求各地以公民名义向参政院上书请愿更改国体。在一系列精心安排下，1914年9月1日，参政院代行立法院开会，一些代表请愿改变国体。对身边亲信炮制出的“民意”，袁则佯装不知。但暗地里，他已一步一步地按照计划，为称帝做准备。
此时第一次世界大战刚刚爆发。日本利用各国无暇过问中国之时，于1914年11月出兵占领青岛，取代了德国的殖民统治，控制了胶济铁路。1915年1月，日本向袁世凯提出臭名昭著的“二十一条”，条约主要内容是：日本继承德国在山东的一切特权，增加筑路通商的新的权利；日本享有在南满、东蒙一带的特权；将日本租界旅顺、大连港口和南满、安奉两条铁路的期限延至99年；中国沿海港湾、岛屿不能租借或割让给其他国家；中国政府聘用日本人做政治、财政、军事顾问；中国警政和兵工厂要由中日合办，等等。
条约内容被记者们捅了出来，举国哗然，国内各界纷纷集会、通电、罢工罢课，抵制日货以示反对。孙中山虽居海外，亦及时揭露日本“二十一条交涉的真相”，他说：“此次交涉之由来，实由夫己氏（指袁世凯）欲称帝，要求日本承认，日本政府欲先得到相当之报酬，……夫己氏隐诺之，故有条件之提出。”
袁世凯企图称帝的野心还没被国民看透，多数人并不赞同孙中山进行反袁斗争，但孙中山还是坚定自己的立场。1915年10月，陈其美在孙中山的指派下到上海策划讨袁，策动了肇和兵舰起义，青年军官蒋介石还在其中担任军事一职，起草《淞沪起义军事计划书》，但起义很快遭致失败。
另一方面，袁世凯已经按照“民意”要求，为登基做最后的准备。参政院在第一次送“推戴书”，“推戴”袁为“中华帝国皇帝”而被其故作姿态地退还后，1915年12月11日晚，参政院再次递交“推戴书”。这一次，袁世凯不再推辞，12月13日正式宣布改国号为“中华帝国”。
此时，袁世凯的用心已完全大白于天下。如果说孙中山此前的反袁宣传和行动还不被理解的话，那么在此关头，“倒袁”已成为共识。而在这一轮新的倒袁活动中，曾经被袁世凯极力拉拢的力量，则成了倒袁中坚。其中起主导作用的，就是袁世凯原来的盟友——进步党人，其主脑一文一武，文为梁启超，武为蔡锷。12月23日，蔡锷、唐继尧与李烈钧等在云南起义，宣告云南独立，并通电各省要求取消帝制，联合讨袁；唐继尧留守云南，蔡锷、李烈钧二军分别出师四川、广西，护国战争爆发。
云南已经举起讨袁大旗，而袁世凯已止不住自己在称帝之路上的脚步。1916年1月1日，他在北京黄袍加身，举行登基大典，改国号为洪宪元年。
这使得已经点起的护国运动之火，很快蔓延到了全国，就连袁世凯的心腹——四川督军陈宦、湖南的汤芗铭也站到他的反对面。3月22日，众叛亲离的袁世凯不得不宣布取消帝制；1916年6月6日，只做了83天皇帝美梦的袁世凯，在举国一片讨伐声中黯然死去。
新旧约法之争与南下护法（1）
孙中山在日本得知国内反袁消息后，甚为振奋。因为担心中华革命党仍不够强大，所以他决意回到国内，亲临指挥这场保卫共和国体的斗争。
1916年4月27日，孙中山偕廖仲恺、戴季陶、张继等由日本启程返沪，同时还向在美国的黄兴也发出了邀请。为了保护共和，孙中山尽可能地团结各派。他同意仍然使用民国建立时决定的五色旗国旗，而不是他在组建中华革命党时规定的青天白日旗。他不去为个人地位作任何考虑，只要求坚持民国元年的约法。一直反对革命党的梁启超对孙中山的这个主张也表示赞同。
1912年3月12日，孙中山公布了经参议院通过的《中华民国临时约法》，这是中国宪政史上的首部宪法，它是用法律的形式确定在中国实行民主共和制度，规定了：“中华民国人民一律平等，无种族、阶级、宗教之区别”，“人民有人身、居住、财产、言论、出版、集会、结社、通信、信仰等的自由，有请愿、选举和被选举的权利”。但是袁世凯掌权后，便开始破坏临时约法，1914年5月，他颁布《中华民国约法》