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拜上帝会的组织和斗争策略是斩断教徒的所有退路，对参加者的全面控制。洪秀全除通过迷信宣传对会徒进行精神控制之外，还有一整套条规、措施，进行人身、家庭、财物的全面控制。造反之初，他要求入会者〃贱售家产〃，将〃田产房屋变卖，易为现款，交给公库〃，卖不掉的旧房屋则放火烧掉。于是，一人参加就要全家参加，互为人质，没有退路，都成为过河卒子。不久之后，每占领一地，就以鸣锣集中〃讲道理〃的办法，将活着而又没有逃跑的百姓，不论愿不愿意，悉数收编为太平军，也就是实行彻底的裹胁。收编之后，凡是财产没有全部交出乃至私藏银子五两以上的，〃即是邪心，即为妖魔，其罪极大〃；超过21日背不出天条，两次无故不听〃讲道理〃的，都是严重违反禁律的大罪；凡是不肯无条件服从，不愿做驯服工具的，发牢骚说怪话的，都叫做〃妖心未化〃；凡是不能忍受而夜里开小差的，叫做〃三更〃；凡是违反天条、命令的，叫做〃变妖〃，对以上种种罪名的处治，都是斩首。全面而严厉的控制，使人成为没有家庭财物，没有思想感情，没有人身自由，更没有人的尊严的工具。凡参加拜上帝会的成员都得把家产全部交〃公〃，教民不允许拥有私有财产。在太平军举事前夕，教民都得烧掉自己的房子，断绝教民所有可能的退路，这样教民就只能跟着拜上帝会向前走，因为他们没有家可归。这个办法虽然有点丧失人性，但却有效地防止了没有坚定信仰的民众叛变和动摇。
太平军在起义前期进展缓慢，一直处于被动挨打的境地，被清帝国的地方部队和地主武装围攻追逐，在万山丛中和对手玩猫捉老鼠的把戏，打一枪换一个地方。这时太平军没有在艰难曲折的岁月里叛逃和溃散，不是因为拥有坚定的基督教信仰，而是断教民后路的策略起了作用。一直到这一年的九月，太平军才攻克了第一个城市永安，在那里休整了半年时间，进行急需的政权建设，宣布建立太平天国，成立起义的领导核心。洪秀全被尊为天王，作为太平天国的元首，他的五位杰出助手杨秀清、萧朝贵、冯云山、韦昌辉、石达开也被封为王爵，杨秀清成为仅次于洪秀全的第二号人物，掌握了天国的军政实权。值得一提的是：洪秀全这是时已拥有三十六名妻子，他的地盘只有一个县城，腐败的派头却大得很。
太平军在永安宣布立国并建章立制，吸引了清帝国的大部队来围攻它。太平军在永安不能立足，就在次年四月突围北上，攻陷全州，进入湖南，攻长沙失败后绕道北上，于这一年年底攻陷岳阳。在岳阳，太平军从地下掘出十七世纪吴三桂所埋藏的巨炮，实力大为增加。洞庭湖的几千船民也在此加入太平军，为太平天国增添了水上生力军。力量已大为扩充的太平军在一八五三年初挥师北上，轻而易举地攻陷了湖北省的重镇汉阳和省城武昌，然后顺长江东下，沿途摧毁清帝国军队的所有抵抗，连克长江两岸的重镇九江、安庆、芜湖，最后攻陷江南最大的政治城市南京，并把南京定为国都。
太平军在进攻全州时，南王冯云山不幸阵亡，这是太平天国的最大损失。因为冯云山是天国里唯一有远见的知识分子，是拜上帝会的灵魂人物，太平天国的章制和进军战略都是他一手制定的。冯云山过早死去，使太平天国失去了前进的大方向，在战略上一直陷于被动，即使取得无数次的辉煌胜利也无法走向最后的成功。因为没有正确战略指导的进军只能是盲动和一时的成功。
洪秀全定都南京后，即在太平天国权力所及的范围内进行急剧的社会变革，取消大部分不合理的生活方式，主张男女平等，禁止妇女缠足，禁止男子娶妾，禁止人口买卖，禁止娼妓，禁止吸食鸦片，禁止偶象崇拜和崇拜祖先，禁止饮酒，禁止赌博，禁止迷信巫师巫婆，割掉辫子，厉行土地改革，创立天朝田亩制度，收土地为国有，按人口平均授田，创立新历法，废止阴历，改用阳历，力求在中国建立一个基督教的社会，实现〃有田同耕，有饭同食，有衣同穿，有钱同使，门不闭户，道不拾遗，男女别途，无处不均匀，无处不饱暖〃的大同世界。这一连串的措施，使中国平空跃进到一个新的境界，清政府对这个跟普通民变不同的新生力量大起恐慌。但这样剧烈的社会变革，需要一定的技术条件和安定有利的内外环境与之配合。太平天国极度缺乏政治人才，除了洪秀全、韦昌辉等极少数低层知识分子外，占绝大多数的高中层干部都是文盲，对这些改革即不理解也没有热情去推行，因此天国缺少推动变革的技术力量。就是文化水准较高的洪、韦两人，政治眼界也相当有限，只知道坐在书房里制定制度，而不知道怎样走出去推行制度。太平天国自建立的那一天起，就一直遭到清政府的围攻，对外战争一天也没有间断过，并且在战争中一直处于劣势，因此天国没有适合变革的外部环境。在这种不利的情势下，太平天国的现代化变革从制定制度的那一天起就注定不可能实行，尤其是生活方式的变革措施形同虚设，而这些变革措施又是其中最为进步合理的部分。天国的领导人包括政策制定者洪秀全在内，根本不把这些条律放在眼里，每个权力人物都妻妾成群，结果这些禁欲条律只在普通百姓士兵身上起作用，在整个天国形成各级教主骄奢淫逸，下级教士被迫作苦行僧的可悲景观。至于《天朝田亩制度》，在南京周边的农村被有限地推行，但这种制度的不足之处是不切实际的平均主义，限止了种田人的劳动积极性和对土地的责任心，使生产力受到损害，制度的合理性和积极性不可能充分地体现出来。
洪秀全在进行基督教改革的同时，又继续对清帝国用兵，以巩固新生的红色政权。一八五三年五月，太平天国派出两支大军北划，矛头直指帝国首都北京。第一军由大将林凤祥率领，由南京出发，挺进到距天津只十公里的静海县独流镇，引起北京清政府的震动。第二军由大将李开芳率领，由安庆出发，挺进到山东省高唐县。但这两支北划兵团却象断了线的风筝一样，没有援军，也没有补给供应，很快陷入清军的重重包围。在北划兵团身陷重围的情况下，南京曾派出少量的增援兵团北上解围，但救援来得太迟，不但不能解救北划兵团，自身也掉进了清军精心设置的口袋。一八五五年，第一军退到河北省阜城县的连镇覆没；第二军退到山东省茌平县的冯官屯覆没。北划失败，使太平天国推翻清政府，由自己统一中国的希望化为泡影。
太平天国在北划的同时，为了减轻首都的压力，又派出大军西征，以控制长江中游。长江中游的城镇曾被太平军攻克过，但又很快放弃了。定都南京后，为了确保南京的安全，消除来自上游的威胁，保证首都的物资供应，太平军又重新对中游的城镇用兵。西征军开始进展顺利，长江两岸的军事重镇安庆、九江和武昌再次落入太平军的手中，前锋进入湖南，岳阳继武昌之后再度被攻克。在向湖南纵深进军时，太平军遇上了自己的克星湘军。
湘军是清政府的一位汉人副部长曾国藩组建的。曾国藩是清帝国统治阶层中最有头脑最有能力也最
有远见的官僚，当洪秀全在金田举义时，他正在故乡湖南省湘潭县为他死去的老娘守三年之丧。那时清帝国政府军（八旗兵和绿营兵）腐败至极，不能抵挡太平军的进攻，咸丰皇帝在万般无奈的情况下只好下放军权，授意各地的地主乡绅和汉人地方官组建自己的武装以抗击太平军。曾国藩是一个典型的儒家系统士大夫，对太平天国破坏那些固有生活方式的行为有强烈的反感。他以恢复传统生活方式他称之为〃维护名教〃作为政治号召，组织以湖南省人为主体的湘军，攻击太平天国，成为太平天国唯一的劲敌。
湘军在出征前期，数量只有区区一万七千多人，和几十万身经百战且没有退路的太平军相比力量处于绝对的劣势。但有两个因素抵消了这一劣势：一是湘军的各级将领都是怀才不遇的知识分子，和传统的中国知识分子不同，他们没有官职，空怀济世安民的抱负但苦于没有施展能力的舞台，有头脑有远见又没受腐败政府的污染，渴望在战场上展示自己的能力，以实现治国平天下的政治理想，因此他们的综合素质比太平军的各级将领要高得多，一般都能很好地胜任自己的职位。二是湘军的统帅曾国藩是清政府内部最杰出的帅才，意志坚韧胸怀宽阔，能够容纳象左崇棠这样公开轻视自己的将才，依其特长分别委以重任，使其在军队中最大限度地发挥自己的作用，这种优良的品质恰恰是太平军的统帅洪秀全所缺少的，因此曾国藩的素质比洪秀全要高出几个挡次。两军对垒，最终都归结到人才的较量，湘军的统帅和将领的素质比他们的对手高得多，从而决定了最后的胜利者属于湘军。
湘军和太平军交手后，把太平军沿着来时的路一路往回赶，一直赶到九江并向这座设防坚固的军事重镇发起进攻。战场的主动权控制在湘军手中，西征军完全处于被动挨打的逆境。在这关键时刻，太平天国最杰出的统