谈话的人把消息泄露给了媒体。除了在南方的负面宣传外，媒体的报道没有让肯尼迪兄弟在民权支持者那里赢得多少信誉—— 他们认为在一个重大问题上，博比不是在领导，而是在被动作出反应。而且，他们破坏了政府对南方众议员和参议员的政治影响力，而那些南方议员们似乎一定会让肯尼迪在国会山的日子比以往更加难过。“我从来没有从那件事中恢复过来，”博比后来谈到报纸的指责时说。
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活动家的坎坷经历以及政府为了保护他们而进行的艰苦斗争在蒙哥马利继续上演。一群白人暴徒手里拿着斧柄、棒球拍、铁链和铝管在公共汽车终点站攻击自由之行示威者。由于城市警察不在场——他们对示威者同样持敌视态度——失控的暴徒殴打着活动家、新闻记者、摄影记者和西根萨勒——他想保护2位妇女免遭棍击。在蒙哥马利出差的司法部律师约翰·多尔（John Doar）当时站在一栋联邦政府大楼的窗户前目睹了一切。他在电话里向华盛顿的伯克·马歇尔描述了那场混战。“噢，那些拳头，在打人！”他冲着电话里喊道。“没有警察。太可怕了！太可怕了！一个警察都看不到。他们在高喊，‘那些黑鬼在那儿！揍他们！揍他们！’真是恐怖。”暴徒用管子把西根萨勒打得趴在地上。他躺在那里不省人事。半个小时以后，他被送去了医院。
帕特森拒绝与博比谈论最近的暴乱。在与杰克交谈过后——杰克当时在弗吉尼亚州的米德尔堡度周末——博比决定派遣联邦警察前往蒙哥马利，保护“州际旅行者”。听说金也要前往蒙哥马利，准备到黑人牧师拉尔夫 ·阿伯内西（Ralph Abernathy）的第一浸礼会教堂（First Baptist Church）为自由之行示威者祈祷，博比非常恼火。他试图说服金不要把自己置于危险境地、增加当地的紧张局势，但没有取得成功。为了确保金的安全，50 名美国警察在机场迎接他，并将他护送到阿伯内西的家里。在肯尼迪的老朋友、司法部的副部长拜伦·怀特（Byron White）与州长帕特森见过面后——州长要求撤回联邦警察——怀特给总统打电话，提出的建议也是撤警察。但是，肯尼迪在蒙哥马利公共汽车终点站发生暴乱后已经发表了声明，说美国政府将履行其维护公共和平的职责，因而拒绝接受怀特的意见。
除了从白宫新闻办公室发表了他的声明以外，肯尼迪还是保持不公开露面，虽然博比在周末期间经常与他一起协商。5月21日星期天，联邦警察和暴徒之间在阿伯内西的教堂附近——有 1；500名自由之行示威者的支持者聚集在那里听金的讲话——爆发了一场新的暴力冲突。博比挑头调遣联邦警察，并与当地执法部门协调维持和平。在暴徒一次又一次围攻教堂、联邦警察用催泪弹予以驱散期间，金与博比在电话里发生了冲突。金一边与他的听众们等待着更多的联邦警察到来，一边对博比说，“如果他们不马上赶到这里，我们就要面临一场血腥冲突。”在亚拉巴马州国民警卫队取代了联邦警察、威胁教堂里的人们不得离开时，金谴责博比将教堂交给充满敌意的警卫队控制。“听着，大人，”博比不耐烦地回答说，“你跟我一样十分清楚，如果不是美国联邦警察的话，你现在早就像吝啬鬼凯尔西一样成了一具尸体了。”博比的比喻没有让金发笑——他从来没有听说过爱尔兰人用来形容死尸的这句俚语。“谁是凯尔西？”他问一些助手。“通话到此结束了，”沃福德说，“但更激烈的交锋还在后面。”
虽然在教堂里的人被允许黎明前离开，政府方面因为维护了法律和秩序而产生了一种胜利感，但肯尼迪兄弟与民权倡议者之间的分歧却加大了。当帕特森抱怨说美国联邦警察在亚拉巴马州的出现正在“政治上毁了我们”时，博比回答说，“约翰，更重要的是教堂里的这些人身体上安然无恙，而不是我们政治上平安无事。”但是，星期一，在经过了教堂的整夜危机之后，博比希望自由之行示威者们结束他们的活动。“他们已经达到了目的，”他告诉沃福德。在公开场合，博比呼吁“冷静”一个时期。CORE的詹姆斯·法默作出了尖锐的反应。“黑人已经冷静了100年，”他说，而且 “如果他们再冷静的话就会进入深度冷冻状态了”。金则告诉《时代》杂志，“等待的意思是‘永远不’。”当一名记者问拉尔夫·阿伯内西是否担心会让总统难堪时，阿伯内西回答说，“兄弟，我们已经难堪了一辈子。”金在拒绝了博比的要求后告诉他的几位助手，“你们知道，他们不明白世界正在发生着社会革命，所以他们不理解我们现在在干什么。”
在就亚拉巴马州的动乱发表了公开声明之后，肯尼迪会见了一批自由主义者，包括演员哈里·贝拉方特（Harry Belafonte）和沃尔特·W·罗斯托的弟弟、耶鲁学院院长尤金·罗斯托（Eugene Rostow）。贝拉方特十分尊敬地问总统是否“能够就自由之行示威者的事稍微多说些什么”。罗斯托用同样十分尊敬但更加有力的口吻敦促“在公平进入公共设施的实质问题上实施道义领导的必要性”。他们离开后，肯尼迪问沃福德，“（罗斯托）究竟想让我干什么？他难道不知道我为民权所做的一切已经超过了美国历史上任何一位总统吗？还会有谁完成得比我还要多呢？”肯尼迪的观点不无道理，但并不是他想像的那么有道理。他已经超越了其他总统，但却不足以赶上美籍非洲人立志结束2个世纪的压迫而付出的努力。
当自由之行示威者在密西西比州杰克逊的一所监狱服完刑回到华盛顿时，肯尼迪拒绝与他们在华盛顿见面。他也没有听从沃福德让他发表一项声明的建议——这是“艾森豪威尔从来没有做过的事······从道义角度明确阐述所涉及的问题。实施这种道义领导的惟一有效时间就是在出现道义危机的时候”，沃福德强调说。“在这个时候，你说的话最有分量。”黑人领袖们和报纸编辑人员在抱怨说，“虽然你在这个问题上批评了艾森豪威尔，但你还没有就美国人在无歧视情况下的旅行权利说过任何话。”由于从道义角度说明发表声明的必要性看来不大可能说服肯尼迪，因此沃福德还强调了其对外交事务的意义。“在司法部长采取有效行动之外——无论是已经完成的还是计划之中的——这种强有力的声明和公开呼吁应当会在国外产生良好效果。我通过阅读国外媒体报道注意到，人们在期待某种强有力的总统声明。”
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肯尼迪之所以拒绝采纳沃福德的建议，是因为他确信自己已经竭尽所能。他理解在一个以自由和机会均等为荣的国家里黑人们对等级制度感觉到的不公正感。对于黑人在南方受到的虐待——包括对参加非暴力型抗议活动的黑人男女进行人身恐吓——他并非视而不见。他知道这不仅仅是个最低工资增加5美分或者10美分的简单问题，而是一个与国家信念相抵触的问题。尽管如此，在他看来，这个问题的优先程度低于核战争的危险，因为核战争会令数千万人生灵涂炭，给整个星球带来的灾难将破坏人类的生存。他似乎在遵循一种虚假的认识，即公开、全力地投身于美国黑人同等权力事业就会阻碍他对世界和平的追求。许多民权活动家很合理地断定，肯尼迪对他们的事业根本没有道义上的承诺，他作为一个富人的出身背景使他没有接触过美籍非洲人，而他们的苦难促使他成了一个有兴趣的观察家，而不是像休伯特·汉弗莱那样发自本能地支持运用联邦政府的权力来医治这个国家最大的社会痼疾。
5月16日至18日，也就是亚拉巴马州发生动乱期间，肯尼迪第一次作为总统出行——前往加拿大。虽然他知道此次访问的时机可能会激怒民权活动家，但他觉得渥太华的谈话太重要了，不能推迟。希望加拿大独立于美国冷战政策的约翰·迪芬贝克（John Diefenbaker）总理反对华盛顿要加拿大加入美洲国家组织的压力和在加拿大国土上部署核武器的要求。由于肯尼迪没有希望通过私下交谈来改变迪芬贝克的想法，因此他利用在议会的讲话机会来阐述美国的政策。他将美国与加拿大的历史关系描述为“平等而独立的国家的团结”，敦促加拿大人加入美洲国家组织，从而令“整个这个地区更加安全，能够抵御任何形式的侵犯”。他强调说明加拿大的加盟将使美洲国家组织多么欢欣鼓舞。同样重要的是，他敦促部署核武器，以便保卫所有北约地区，即加拿大和欧洲，并警告说，“我们的对手们正在观察我们西方是否有分歧。在我们有分歧的时候，他们就有了勇气。”
迪芬贝克痛恨肯尼迪试图迫使他违心采取行动。在肯尼迪回到美国后，这位总理威胁要发表一份备忘录——据说肯尼迪在备忘录中称迪芬贝克为狗娘养的。特德·索伦森声称那张手写的纸条模模糊糊地提到了美洲国家组织，丝毫未涉及迪芬贝克。备忘录事件过去后，博比回忆说，他哥哥“憎恨······迪芬贝克—— 对他很是鄙视”。私下里，肯尼迪巧妙地针对备忘录风波说，“我并不认为迪芬贝克是个狗娘养的，我觉得他是个蠢货。”（“我不可能叫他是个狗娘养的，”肯尼迪开玩笑说。“我并不知道他是这么个东西——在当时。”）抛开个人偏见不说，加拿大访问加深了肯尼迪在外交政策方面的担忧。就像第二次世界大战期间的丘吉尔一样，他完全可以抱怨说，惟一比拥有同盟更糟糕的是没有同盟。
加拿大之行，以及他从渥太华回国1星期后于 5月25日向国会发表的一次特别讲话，反映了肯尼迪内心对猪湾惨败以后恢复他外交政策领导地位信心的担忧。他解释说，通常情况下，总统就国情状况每年只发表一次讲话，可是现在是美国人面临“非常挑战”的“非常时期”。在议会讲台区向联合会议发表讲话时，肯尼迪庄重地提醒国会，美国已经成为世界上“自由事业的领袖······今天，捍卫和扩展自由的伟大战场，”他说，“是整个南半球——亚洲、拉丁美洲、非洲和中东——是正在兴起的民族的土地上。”反对自由的势力正在努力控制这场革命，并使之有利于他们。而虽然他们拥有“强大的国际打击力量，（以及）进行常规战争的庞大队伍”，但他们的“侵略常常是暗中进行，而不是公然行动”。
由于美国在核武器数量和应用能力上的优势在这场“争夺思想和灵魂的战斗中”处于第二位，因此肯尼迪没有提及这一点。同时，他觉得没有必要把南方各地的民权运动作为被压迫人民反对“不公正、残暴和剥削”的斗争的一部分包含在自己的讲话中。那样不会取悦于南方的众议员和参议员，而他们的投票对于增加国防预算是至关重要的。
风流韵事肯尼迪与女记者的风流艳事（1）
1941年10月，杰克作为一名少尉进了海军，然后立刻前往设在华盛顿的ONI外国情报处。他成了一名情报资料传递人员，核对并归纳总结来自海外情报站的报告，用于ONI